[gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / tests / refdata / ForOplsaa_Pdb2gmxTest_ProducesMatchingTopology_11.xml
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4 <OutputFiles Name="Files">
5 <File Name="-o">
6 <GroFile Name="Header">
7 <String Name="Title">Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)</String>
8 <Int Name="Number of atoms">228</Int>
9 </GroFile>
10 </File>
11 <File Name="-p">
12 <String Name="Contents"><![CDATA[
13 ;
14 ;
15 ; This is a standalone topology file
16 ;
17 ; Created by:
18 ;
19 ; Command line:
20 ; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
21 ;
23 ; Include forcefield parameters
24 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
26 [ moleculetype ]
27 ; Name nrexcl
28 Protein 3
30 [ atoms ]
31 ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
32 ; residue 50 LYS rtp LYSH q +2.0
33 1 opls_287 50 LYS N 1 -0.3 14.0027
34 2 opls_290 50 LYS H1 1 0.33 1.008
35 3 opls_290 50 LYS H2 1 0.33 1.008
36 4 opls_290 50 LYS H3 1 0.33 1.008
37 5 opls_293B 50 LYS CA 1 0.25 12.011
38 6 opls_140 50 LYS HA 1 0.06 1.008
39 7 opls_136 50 LYS CB 2 -0.12 12.011
40 8 opls_140 50 LYS HB1 2 0.06 1.008
41 9 opls_140 50 LYS HB2 2 0.06 1.008
42 10 opls_136 50 LYS CG 3 -0.12 12.011
43 11 opls_140 50 LYS HG1 3 0.06 1.008
44 12 opls_140 50 LYS HG2 3 0.06 1.008
45 13 opls_136 50 LYS CD 4 -0.12 12.011
46 14 opls_140 50 LYS HD1 4 0.06 1.008
47 15 opls_140 50 LYS HD2 4 0.06 1.008
48 16 opls_292 50 LYS CE 5 0.19 12.011
49 17 opls_140 50 LYS HE1 5 0.06 1.008
50 18 opls_140 50 LYS HE2 5 0.06 1.008
51 19 opls_287 50 LYS NZ 6 -0.3 14.0067
52 20 opls_290 50 LYS HZ1 6 0.33 1.008
53 21 opls_290 50 LYS HZ2 6 0.33 1.008
54 22 opls_290 50 LYS HZ3 6 0.33 1.008
55 23 opls_235 50 LYS C 7 0.5 12.011
56 24 opls_236 50 LYS O 7 -0.5 15.9994 ; qtot 2
57 ; residue 51 SER rtp SER q 0.0
58 25 opls_238 51 SER N 8 -0.5 14.0067
59 26 opls_241 51 SER H 8 0.3 1.008
60 27 opls_224B 51 SER CA 8 0.14 12.011
61 28 opls_140 51 SER HA 8 0.06 1.008
62 29 opls_157 51 SER CB 9 0.145 12.011
63 30 opls_140 51 SER HB1 9 0.06 1.008
64 31 opls_140 51 SER HB2 9 0.06 1.008
65 32 opls_154 51 SER OG 10 -0.683 15.9994
66 33 opls_155 51 SER HG 10 0.418 1.008
67 34 opls_235 51 SER C 11 0.5 12.011
68 35 opls_236 51 SER O 11 -0.5 15.9994 ; qtot 2
69 ; residue 52 GLY rtp GLY q 0.0
70 36 opls_238 52 GLY N 12 -0.5 14.0067
71 37 opls_241 52 GLY H 12 0.3 1.008
72 38 opls_223B 52 GLY CA 12 0.08 12.011
73 39 opls_140 52 GLY HA1 12 0.06 1.008
74 40 opls_140 52 GLY HA2 12 0.06 1.008
75 41 opls_235 52 GLY C 13 0.5 12.011
76 42 opls_236 52 GLY O 13 -0.5 15.9994 ; qtot 2
77 ; residue 53 TYR rtp TYR q 0.0
78 43 opls_238 53 TYR N 14 -0.5 14.0067
79 44 opls_241 53 TYR H 14 0.3 1.008
80 45 opls_224B 53 TYR CA 14 0.14 12.011
81 46 opls_140 53 TYR HA 14 0.06 1.008
82 47 opls_149 53 TYR CB 15 -0.005 12.011
83 48 opls_140 53 TYR HB1 15 0.06 1.008
84 49 opls_140 53 TYR HB2 15 0.06 1.008
85 50 opls_145 53 TYR CG 15 -0.115 12.011
86 51 opls_145 53 TYR CD1 16 -0.115 12.011
87 52 opls_146 53 TYR HD1 16 0.115 1.008
88 53 opls_145 53 TYR CD2 17 -0.115 12.011
89 54 opls_146 53 TYR HD2 17 0.115 1.008
90 55 opls_145 53 TYR CE1 18 -0.115 12.011
91 56 opls_146 53 TYR HE1 18 0.115 1.008
92 57 opls_145 53 TYR CE2 19 -0.115 12.011
93 58 opls_146 53 TYR HE2 19 0.115 1.008
94 59 opls_166 53 TYR CZ 20 0.15 12.011
95 60 opls_167 53 TYR OH 20 -0.585 15.9994
96 61 opls_168 53 TYR HH 20 0.435 1.008
97 62 opls_235 53 TYR C 21 0.5 12.011
98 63 opls_236 53 TYR O 21 -0.5 15.9994 ; qtot 2
99 ; residue 54 ASP rtp ASP q -1.0
100 64 opls_238 54 ASP N 22 -0.5 14.0067
101 65 opls_241 54 ASP H 22 0.3 1.008
102 66 opls_224B 54 ASP CA 22 0.14 12.011
103 67 opls_140 54 ASP HA 22 0.06 1.008
104 68 opls_274 54 ASP CB 23 -0.22 12.011
105 69 opls_140 54 ASP HB1 23 0.06 1.008
106 70 opls_140 54 ASP HB2 23 0.06 1.008
107 71 opls_271 54 ASP CG 24 0.7 12.011
108 72 opls_272 54 ASP OD1 24 -0.8 15.9994
109 73 opls_272 54 ASP OD2 24 -0.8 15.9994
110 74 opls_235 54 ASP C 25 0.5 12.011
111 75 opls_236 54 ASP O 25 -0.5 15.9994 ; qtot 1
112 ; residue 55 ALA rtp ALA q 0.0
113 76 opls_238 55 ALA N 26 -0.5 14.0067
114 77 opls_241 55 ALA H 26 0.3 1.008
115 78 opls_224B 55 ALA CA 26 0.14 12.011
116 79 opls_140 55 ALA HA 26 0.06 1.008
117 80 opls_135 55 ALA CB 27 -0.18 12.011
118 81 opls_140 55 ALA HB1 27 0.06 1.008
119 82 opls_140 55 ALA HB2 27 0.06 1.008
120 83 opls_140 55 ALA HB3 27 0.06 1.008
121 84 opls_235 55 ALA C 28 0.5 12.011
122 85 opls_236 55 ALA O 28 -0.5 15.9994 ; qtot 1
123 ; residue 56 PRO rtp PRO q 0.0
124 86 opls_239 56 PRO N 29 -0.14 14.0067
125 87 opls_246 56 PRO CA 29 0.01 12.011
126 88 opls_140 56 PRO HA 29 0.06 1.008
127 89 opls_136 56 PRO CB 30 -0.12 12.011
128 90 opls_140 56 PRO HB1 30 0.06 1.008
129 91 opls_140 56 PRO HB2 30 0.06 1.008
130 92 opls_136 56 PRO CG 31 -0.12 12.011
131 93 opls_140 56 PRO HG1 31 0.06 1.008
132 94 opls_140 56 PRO HG2 31 0.06 1.008
133 95 opls_245 56 PRO CD 32 -0.05 12.011
134 96 opls_140 56 PRO HD1 32 0.06 1.008
135 97 opls_140 56 PRO HD2 32 0.06 1.008
136 98 opls_235 56 PRO C 33 0.5 12.011
137 99 opls_236 56 PRO O 33 -0.5 15.9994 ; qtot 1
138 ; residue 57 PHE rtp PHE q 0.0
139 100 opls_238 57 PHE N 34 -0.5 14.0067
140 101 opls_241 57 PHE H 34 0.3 1.008
141 102 opls_224B 57 PHE CA 34 0.14 12.011
142 103 opls_140 57 PHE HA 34 0.06 1.008
143 104 opls_149 57 PHE CB 35 -0.005 12.011
144 105 opls_140 57 PHE HB1 35 0.06 1.008
145 106 opls_140 57 PHE HB2 35 0.06 1.008
146 107 opls_145 57 PHE CG 35 -0.115 12.011
147 108 opls_145 57 PHE CD1 36 -0.115 12.011
148 109 opls_146 57 PHE HD1 36 0.115 1.008
149 110 opls_145 57 PHE CD2 37 -0.115 12.011
150 111 opls_146 57 PHE HD2 37 0.115 1.008
151 112 opls_145 57 PHE CE1 38 -0.115 12.011
152 113 opls_146 57 PHE HE1 38 0.115 1.008
153 114 opls_145 57 PHE CE2 39 -0.115 12.011
154 115 opls_146 57 PHE HE2 39 0.115 1.008
155 116 opls_145 57 PHE CZ 40 -0.115 12.011
156 117 opls_146 57 PHE HZ 40 0.115 1.008
157 118 opls_235 57 PHE C 41 0.5 12.011
158 119 opls_236 57 PHE O 41 -0.5 15.9994 ; qtot 1
159 ; residue 58 THR rtp THR q 0.0
160 120 opls_238 58 THR N 42 -0.5 14.0067
161 121 opls_241 58 THR H 42 0.3 1.008
162 122 opls_224B 58 THR CA 42 0.14 12.011
163 123 opls_140 58 THR HA 42 0.06 1.008
164 124 opls_158 58 THR CB 43 0.205 12.011
165 125 opls_140 58 THR HB 43 0.06 1.008
166 126 opls_154 58 THR OG1 43 -0.683 15.9994
167 127 opls_155 58 THR HG1 43 0.418 1.008
168 128 opls_135 58 THR CG2 44 -0.18 12.011
169 129 opls_140 58 THR HG21 44 0.06 1.008
170 130 opls_140 58 THR HG22 44 0.06 1.008
171 131 opls_140 58 THR HG23 44 0.06 1.008
172 132 opls_235 58 THR C 45 0.5 12.011
173 133 opls_236 58 THR O 45 -0.5 15.9994 ; qtot 1
174 ; residue 59 ILE rtp ILE q 0.0
175 134 opls_238 59 ILE N 46 -0.5 14.0067
176 135 opls_241 59 ILE H 46 0.3 1.008
177 136 opls_224B 59 ILE CA 46 0.14 12.011
178 137 opls_140 59 ILE HA 46 0.06 1.008
179 138 opls_137 59 ILE CB 47 -0.06 12.011
180 139 opls_140 59 ILE HB 47 0.06 1.008
181 140 opls_136 59 ILE CG1 48 -0.12 12.011
182 141 opls_140 59 ILE HG11 48 0.06 1.008
183 142 opls_140 59 ILE HG12 48 0.06 1.008
184 143 opls_135 59 ILE CG2 49 -0.18 12.011
185 144 opls_140 59 ILE HG21 49 0.06 1.008
186 145 opls_140 59 ILE HG22 49 0.06 1.008
187 146 opls_140 59 ILE HG23 49 0.06 1.008
188 147 opls_135 59 ILE CD 50 -0.18 12.011
189 148 opls_140 59 ILE HD1 50 0.06 1.008
190 149 opls_140 59 ILE HD2 50 0.06 1.008
191 150 opls_140 59 ILE HD3 50 0.06 1.008
192 151 opls_235 59 ILE C 51 0.5 12.011
193 152 opls_236 59 ILE O 51 -0.5 15.9994 ; qtot 1
194 ; residue 60 HIS rtp HISE q 0.0
195 153 opls_238 60 HIS N 52 -0.5 14.0067
196 154 opls_241 60 HIS H 52 0.3 1.008
197 155 opls_224B 60 HIS CA 52 0.14 12.011
198 156 opls_140 60 HIS HA 52 0.06 1.008
199 157 opls_505 60 HIS CB 53 -0.005 12.011
200 158 opls_140 60 HIS HB1 53 0.06 1.008
201 159 opls_140 60 HIS HB2 53 0.06 1.008
202 160 opls_507 60 HIS CG 54 -0.015 12.011
203 161 opls_511 60 HIS ND1 54 -0.49 14.0067
204 162 opls_508 60 HIS CD2 55 0.015 12.011
205 163 opls_146 60 HIS HD2 55 0.115 1.008
206 164 opls_506 60 HIS CE1 56 0.295 12.011
207 165 opls_146 60 HIS HE1 56 0.115 1.008
208 166 opls_503 60 HIS NE2 57 -0.57 14.0067
209 167 opls_504 60 HIS HE2 57 0.42 1.008
210 168 opls_235 60 HIS C 58 0.5 12.011
211 169 opls_236 60 HIS O 58 -0.5 15.9994 ; qtot 1
212 ; residue 61 VAL rtp VAL q 0.0
213 170 opls_238 61 VAL N 59 -0.5 14.0067
214 171 opls_241 61 VAL H 59 0.3 1.008
215 172 opls_224B 61 VAL CA 59 0.14 12.011
216 173 opls_140 61 VAL HA 59 0.06 1.008
217 174 opls_137 61 VAL CB 60 -0.06 12.011
218 175 opls_140 61 VAL HB 60 0.06 1.008
219 176 opls_135 61 VAL CG1 61 -0.18 12.011
220 177 opls_140 61 VAL HG11 61 0.06 1.008
221 178 opls_140 61 VAL HG12 61 0.06 1.008
222 179 opls_140 61 VAL HG13 61 0.06 1.008
223 180 opls_135 61 VAL CG2 62 -0.18 12.011
224 181 opls_140 61 VAL HG21 62 0.06 1.008
225 182 opls_140 61 VAL HG22 62 0.06 1.008
226 183 opls_140 61 VAL HG23 62 0.06 1.008
227 184 opls_235 61 VAL C 63 0.5 12.011
228 185 opls_236 61 VAL O 63 -0.5 15.9994 ; qtot 1
229 ; residue 62 CYS rtp CYSH q 0.0
230 186 opls_238 62 CYS N 64 -0.5 14.0067
231 187 opls_241 62 CYS H 64 0.3 1.008
232 188 opls_224B 62 CYS CA 64 0.14 12.011
233 189 opls_140 62 CYS HA 64 0.06 1.008
234 190 opls_206 62 CYS CB 65 0.06 12.011
235 191 opls_140 62 CYS HB1 65 0.06 1.008
236 192 opls_140 62 CYS HB2 65 0.06 1.008
237 193 opls_200 62 CYS SG 66 -0.335 32.06
238 194 opls_204 62 CYS HG 66 0.155 1.008
239 195 opls_235 62 CYS C 67 0.5 12.011
240 196 opls_236 62 CYS O 67 -0.5 15.9994 ; qtot 1
241 ; residue 63 GLY rtp GLY q 0.0
242 197 opls_238 63 GLY N 68 -0.5 14.0067
243 198 opls_241 63 GLY H 68 0.3 1.008
244 199 opls_223B 63 GLY CA 68 0.08 12.011
245 200 opls_140 63 GLY HA1 68 0.06 1.008
246 201 opls_140 63 GLY HA2 68 0.06 1.008
247 202 opls_235 63 GLY C 69 0.5 12.011
248 203 opls_236 63 GLY O 69 -0.5 15.9994 ; qtot 1
249 ; residue 64 ALA rtp ALA q 0.0
250 204 opls_238 64 ALA N 70 -0.5 14.0067
251 205 opls_241 64 ALA H 70 0.3 1.008
252 206 opls_224B 64 ALA CA 70 0.14 12.011
253 207 opls_140 64 ALA HA 70 0.06 1.008
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1109 222 225 1
1110 223 226 1
1112 [ angles ]
1113 ; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
1114 2 1 3 1
1115 2 1 4 1
1116 2 1 5 1
1117 3 1 4 1
1118 3 1 5 1
1119 4 1 5 1
1120 1 5 6 1
1121 1 5 7 1
1122 1 5 23 1
1123 6 5 7 1
1124 6 5 23 1
1125 7 5 23 1
1126 5 7 8 1
1127 5 7 9 1
1128 5 7 10 1
1129 8 7 9 1
1130 8 7 10 1
1131 9 7 10 1
1132 7 10 11 1
1133 7 10 12 1
1134 7 10 13 1
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1157 5 23 25 1
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1271 86 87 98 1
1272 88 87 89 1
1273 88 87 98 1
1274 89 87 98 1
1275 87 89 90 1
1276 87 89 91 1
1277 87 89 92 1
1278 90 89 91 1
1279 90 89 92 1
1280 91 89 92 1
1281 89 92 93 1
1282 89 92 94 1
1283 89 92 95 1
1284 93 92 94 1
1285 93 92 95 1
1286 94 92 95 1
1287 86 95 92 1
1288 86 95 96 1
1289 86 95 97 1
1290 92 95 96 1
1291 92 95 97 1
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1294 87 98 100 1
1295 99 98 100 1
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1300 100 102 104 1
1301 100 102 118 1
1302 103 102 104 1
1303 103 102 118 1
1304 104 102 118 1
1305 102 104 105 1
1306 102 104 106 1
1307 102 104 107 1
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1309 105 104 107 1
1310 106 104 107 1
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1331 119 118 120 1
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1343 122 124 128 1
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1355 122 132 134 1
1356 133 132 134 1
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1358 132 134 136 1
1359 135 134 136 1
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1361 134 136 138 1
1362 134 136 151 1
1363 137 136 138 1
1364 137 136 151 1
1365 138 136 151 1
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1370 139 138 143 1
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1374 138 140 147 1
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1376 141 140 147 1
1377 142 140 147 1
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1379 138 143 145 1
1380 138 143 146 1
1381 144 143 145 1
1382 144 143 146 1
1383 145 143 146 1
1384 140 147 148 1
1385 140 147 149 1
1386 140 147 150 1
1387 148 147 149 1
1388 148 147 150 1
1389 149 147 150 1
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1391 136 151 153 1
1392 152 151 153 1
1393 151 153 154 1
1394 151 153 155 1
1395 154 153 155 1
1396 153 155 156 1
1397 153 155 157 1
1398 153 155 168 1
1399 156 155 157 1
1400 156 155 168 1
1401 157 155 168 1
1402 155 157 158 1
1403 155 157 159 1
1404 155 157 160 1
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1407 159 157 160 1
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1413 160 162 166 1
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1417 165 164 166 1
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1444 178 176 179 1
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1453 185 184 186 1
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1471 188 195 197 1
1472 196 195 197 1
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1474 195 197 199 1
1475 198 197 199 1
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1477 197 199 201 1
1478 197 199 202 1
1479 200 199 201 1
1480 200 199 202 1
1481 201 199 202 1
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1483 199 202 204 1
1484 203 202 204 1
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1492 207 206 212 1
1493 208 206 212 1
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1498 209 208 211 1
1499 210 208 211 1
1500 206 212 213 1
1501 206 212 214 1
1502 213 212 214 1
1503 212 214 215 1
1504 212 214 223 1
1505 215 214 223 1
1506 214 215 216 1
1507 214 215 217 1
1508 214 215 226 1
1509 216 215 217 1
1510 216 215 226 1
1511 217 215 226 1
1512 215 217 218 1
1513 215 217 219 1
1514 215 217 220 1
1515 218 217 219 1
1516 218 217 220 1
1517 219 217 220 1
1518 217 220 221 1
1519 217 220 222 1
1520 217 220 223 1
1521 221 220 222 1
1522 221 220 223 1
1523 222 220 223 1
1524 214 223 220 1
1525 214 223 224 1
1526 214 223 225 1
1527 220 223 224 1
1528 220 223 225 1
1529 224 223 225 1
1530 215 226 227 1
1531 215 226 228 1
1532 227 226 228 1
1534 [ dihedrals ]
1535 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
1536 2 1 5 6 3
1537 2 1 5 7 3
1538 2 1 5 23 3
1539 3 1 5 6 3
1540 3 1 5 7 3
1541 3 1 5 23 3
1542 4 1 5 6 3
1543 4 1 5 7 3
1544 4 1 5 23 3
1545 1 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_N_C_C_C
1546 23 5 7 10 3 dih_LYS_chi1_C_C_C_CO
1547 1 5 7 8 3
1548 1 5 7 9 3
1549 6 5 7 8 3
1550 6 5 7 9 3
1551 6 5 7 10 3
1552 23 5 7 8 3
1553 23 5 7 9 3
1554 1 5 23 24 3
1555 1 5 23 25 3
1556 6 5 23 24 3
1557 6 5 23 25 3
1558 7 5 23 24 3
1559 7 5 23 25 3
1560 5 7 10 11 3
1561 5 7 10 12 3
1562 5 7 10 13 3
1563 8 7 10 11 3
1564 8 7 10 12 3
1565 8 7 10 13 3
1566 9 7 10 11 3
1567 9 7 10 12 3
1568 9 7 10 13 3
1569 7 10 13 14 3
1570 7 10 13 15 3
1571 7 10 13 16 3
1572 11 10 13 14 3
1573 11 10 13 15 3
1574 11 10 13 16 3
1575 12 10 13 14 3
1576 12 10 13 15 3
1577 12 10 13 16 3
1578 10 13 16 17 3
1579 10 13 16 18 3
1580 10 13 16 19 3
1581 14 13 16 17 3
1582 14 13 16 18 3
1583 14 13 16 19 3
1584 15 13 16 17 3
1585 15 13 16 18 3
1586 15 13 16 19 3
1587 13 16 19 20 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1588 13 16 19 21 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1589 13 16 19 22 3 dih_LYS_chi5_C_C_N_H
1590 17 16 19 20 3
1591 17 16 19 21 3
1592 17 16 19 22 3
1593 18 16 19 20 3
1594 18 16 19 21 3
1595 18 16 19 22 3
1596 5 23 25 26 3
1597 5 23 25 27 3
1598 24 23 25 26 3
1599 24 23 25 27 3
1600 23 25 27 28 3
1601 23 25 27 29 3
1602 23 25 27 34 3
1603 26 25 27 28 3
1604 26 25 27 29 3
1605 26 25 27 34 3
1606 25 27 29 32 3 dih_SER_THR_chi1_N_C_C_O
1607 34 27 29 32 3 dih_SER_THR_chi1_CO_C_C_O
1608 25 27 29 30 3
1609 25 27 29 31 3
1610 28 27 29 30 3
1611 28 27 29 31 3
1612 28 27 29 32 3
1613 34 27 29 30 3
1614 34 27 29 31 3
1615 25 27 34 35 3
1616 25 27 34 36 3
1617 28 27 34 35 3
1618 28 27 34 36 3
1619 29 27 34 35 3
1620 29 27 34 36 3
1621 27 29 32 33 3 dih_SER_THR_chi2_C_C_OH_HO
1622 30 29 32 33 3
1623 31 29 32 33 3
1624 27 34 36 37 3
1625 27 34 36 38 3
1626 35 34 36 37 3
1627 35 34 36 38 3
1628 34 36 38 39 3
1629 34 36 38 40 3
1630 34 36 38 41 3
1631 37 36 38 39 3
1632 37 36 38 40 3
1633 37 36 38 41 3
1634 36 38 41 42 3
1635 36 38 41 43 3
1636 39 38 41 42 3
1637 39 38 41 43 3
1638 40 38 41 42 3
1639 40 38 41 43 3
1640 38 41 43 44 3
1641 38 41 43 45 3
1642 42 41 43 44 3
1643 42 41 43 45 3
1644 41 43 45 46 3
1645 41 43 45 47 3
1646 41 43 45 62 3
1647 44 43 45 46 3
1648 44 43 45 47 3
1649 44 43 45 62 3
1650 43 45 47 48 3
1651 43 45 47 49 3
1652 43 45 47 50 3
1653 46 45 47 48 3
1654 46 45 47 49 3
1655 46 45 47 50 3
1656 62 45 47 48 3
1657 62 45 47 49 3
1658 62 45 47 50 3
1659 43 45 62 63 3
1660 43 45 62 64 3
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1662 46 45 62 64 3
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1905 134 136 138 143 3 dih_ILE_chi1_N_C_C_C
1906 151 136 138 140 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
1907 151 136 138 143 3 dih_ILE_chi1_C_C_C_CO
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1916 137 136 151 153 3
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1931 139 138 143 144 3
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1947 136 151 153 155 3
1948 152 151 153 154 3
1949 152 151 153 155 3
1950 151 153 155 156 3
1951 151 153 155 157 3
1952 151 153 155 168 3
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1957 168 155 157 160 3 dih_HIS_chi1_C_C_C_CO
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1966 153 155 168 170 3
1967 156 155 168 169 3
1968 156 155 168 170 3
1969 157 155 168 169 3
1970 157 155 168 170 3
1971 155 157 160 161 3 dih_HIS_chi2_C_C_C_N
1972 155 157 160 162 3
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1974 158 157 160 162 3
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1980 157 160 162 166 3
1981 161 160 162 163 3
1982 161 160 162 166 3
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1984 160 161 164 166 3
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1988 163 162 166 167 3
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1990 161 164 166 167 3
1991 165 164 166 162 3
1992 165 164 166 167 3
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1994 155 168 170 172 3
1995 169 168 170 171 3
1996 169 168 170 172 3
1997 168 170 172 173 3
1998 168 170 172 174 3
1999 168 170 172 184 3
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2001 171 170 172 174 3
2002 171 170 172 184 3
2003 170 172 174 176 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
2004 170 172 174 180 3 dih_VAL_chi1_N_C_C_C
2005 184 172 174 176 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
2006 184 172 174 180 3 dih_VAL_chi1_C_C_C_CO
2007 170 172 174 175 3
2008 173 172 174 175 3
2009 173 172 174 176 3
2010 173 172 174 180 3
2011 184 172 174 175 3
2012 170 172 184 185 3
2013 170 172 184 186 3
2014 173 172 184 185 3
2015 173 172 184 186 3
2016 174 172 184 185 3
2017 174 172 184 186 3
2018 172 174 176 177 3
2019 172 174 176 178 3
2020 172 174 176 179 3
2021 175 174 176 177 3
2022 175 174 176 178 3
2023 175 174 176 179 3
2024 180 174 176 177 3
2025 180 174 176 178 3
2026 180 174 176 179 3
2027 172 174 180 181 3
2028 172 174 180 182 3
2029 172 174 180 183 3
2030 175 174 180 181 3
2031 175 174 180 182 3
2032 175 174 180 183 3
2033 176 174 180 181 3
2034 176 174 180 182 3
2035 176 174 180 183 3
2036 172 184 186 187 3
2037 172 184 186 188 3
2038 185 184 186 187 3
2039 185 184 186 188 3
2040 184 186 188 189 3
2041 184 186 188 190 3
2042 184 186 188 195 3
2043 187 186 188 189 3
2044 187 186 188 190 3
2045 187 186 188 195 3
2046 186 188 190 193 3 dih_CYS_chi1_N_C_C_S
2047 195 188 190 193 3 dih_CYS_chi1_CO_C_C_S
2048 186 188 190 191 3
2049 186 188 190 192 3
2050 189 188 190 191 3
2051 189 188 190 192 3
2052 189 188 190 193 3
2053 195 188 190 191 3
2054 195 188 190 192 3
2055 186 188 195 196 3
2056 186 188 195 197 3
2057 189 188 195 196 3
2058 189 188 195 197 3
2059 190 188 195 196 3
2060 190 188 195 197 3
2061 188 190 193 194 3
2062 191 190 193 194 3
2063 192 190 193 194 3
2064 188 195 197 198 3
2065 188 195 197 199 3
2066 196 195 197 198 3
2067 196 195 197 199 3
2068 195 197 199 200 3
2069 195 197 199 201 3
2070 195 197 199 202 3
2071 198 197 199 200 3
2072 198 197 199 201 3
2073 198 197 199 202 3
2074 197 199 202 203 3
2075 197 199 202 204 3
2076 200 199 202 203 3
2077 200 199 202 204 3
2078 201 199 202 203 3
2079 201 199 202 204 3
2080 199 202 204 205 3
2081 199 202 204 206 3
2082 203 202 204 205 3
2083 203 202 204 206 3
2084 202 204 206 207 3
2085 202 204 206 208 3
2086 202 204 206 212 3
2087 205 204 206 207 3
2088 205 204 206 208 3
2089 205 204 206 212 3
2090 204 206 208 209 3
2091 204 206 208 210 3
2092 204 206 208 211 3
2093 207 206 208 209 3
2094 207 206 208 210 3
2095 207 206 208 211 3
2096 212 206 208 209 3
2097 212 206 208 210 3
2098 212 206 208 211 3
2099 204 206 212 213 3
2100 204 206 212 214 3
2101 207 206 212 213 3
2102 207 206 212 214 3
2103 208 206 212 213 3
2104 208 206 212 214 3
2105 206 212 214 215 3
2106 206 212 214 223 3
2107 213 212 214 215 3
2108 213 212 214 223 3
2109 212 214 215 216 3
2110 212 214 215 217 3
2111 212 214 215 226 3
2112 223 214 215 216 3
2113 223 214 215 217 3
2114 223 214 215 226 3
2115 212 214 223 220 3
2116 212 214 223 224 3
2117 212 214 223 225 3
2118 215 214 223 220 3
2119 215 214 223 224 3
2120 215 214 223 225 3
2121 214 215 217 218 3
2122 214 215 217 219 3
2123 214 215 217 220 3
2124 216 215 217 218 3
2125 216 215 217 219 3
2126 216 215 217 220 3
2127 226 215 217 218 3
2128 226 215 217 219 3
2129 226 215 217 220 3
2130 214 215 226 227 3
2131 214 215 226 228 3
2132 216 215 226 227 3
2133 216 215 226 228 3
2134 217 215 226 227 3
2135 217 215 226 228 3
2136 215 217 220 221 3
2137 215 217 220 222 3
2138 215 217 220 223 3
2139 218 217 220 221 3
2140 218 217 220 222 3
2141 218 217 220 223 3
2142 219 217 220 221 3
2143 219 217 220 222 3
2144 219 217 220 223 3
2145 217 220 223 214 3
2146 217 220 223 224 3
2147 217 220 223 225 3
2148 221 220 223 214 3
2149 221 220 223 224 3
2150 221 220 223 225 3
2151 222 220 223 214 3
2152 222 220 223 224 3
2153 222 220 223 225 3
2155 [ dihedrals ]
2156 ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
2157 5 25 23 24 1 improper_O_C_X_Y
2158 23 27 25 26 1 improper_Z_N_X_Y
2159 27 36 34 35 1 improper_O_C_X_Y
2160 34 38 36 37 1 improper_Z_N_X_Y
2161 38 43 41 42 1 improper_O_C_X_Y
2162 41 45 43 44 1 improper_Z_N_X_Y
2163 45 64 62 63 1 improper_O_C_X_Y
2164 47 50 53 51 1 improper_Z_CA_X_Y
2165 50 55 51 52 1 improper_Z_CA_X_Y
2166 50 57 53 54 1 improper_Z_CA_X_Y
2167 51 59 55 56 1 improper_Z_CA_X_Y
2168 53 59 57 58 1 improper_Z_CA_X_Y
2169 55 57 59 60 1 improper_Z_CA_X_Y
2170 62 66 64 65 1 improper_Z_N_X_Y
2171 66 76 74 75 1 improper_O_C_X_Y
2172 68 72 71 73 1 improper_O_C_X_Y
2173 74 78 76 77 1 improper_Z_N_X_Y
2174 78 86 84 85 1 improper_O_C_X_Y
2175 84 87 86 95 1 improper_Z_N_X_Y
2176 87 100 98 99 1 improper_O_C_X_Y
2177 98 102 100 101 1 improper_Z_N_X_Y
2178 102 120 118 119 1 improper_O_C_X_Y
2179 104 107 110 108 1 improper_Z_CA_X_Y
2180 107 112 108 109 1 improper_Z_CA_X_Y
2181 107 114 110 111 1 improper_Z_CA_X_Y
2182 108 116 112 113 1 improper_Z_CA_X_Y
2183 110 116 114 115 1 improper_Z_CA_X_Y
2184 112 114 116 117 1 improper_Z_CA_X_Y
2185 118 122 120 121 1 improper_Z_N_X_Y
2186 122 134 132 133 1 improper_O_C_X_Y
2187 132 136 134 135 1 improper_Z_N_X_Y
2188 136 153 151 152 1 improper_O_C_X_Y
2189 151 155 153 154 1 improper_Z_N_X_Y
2190 155 170 168 169 1 improper_O_C_X_Y
2191 157 160 162 161 1 improper_Z_CA_X_Y
2192 160 166 162 163 1 improper_Z_CA_X_Y
2193 161 166 164 165 1 improper_Z_CA_X_Y
2194 164 162 166 167 1 improper_Z_N_X_Y
2195 168 172 170 171 1 improper_Z_N_X_Y
2196 172 186 184 185 1 improper_O_C_X_Y
2197 184 188 186 187 1 improper_Z_N_X_Y
2198 188 197 195 196 1 improper_O_C_X_Y
2199 195 199 197 198 1 improper_Z_N_X_Y
2200 199 204 202 203 1 improper_O_C_X_Y
2201 202 206 204 205 1 improper_Z_N_X_Y
2202 206 214 212 213 1 improper_O_C_X_Y
2203 212 215 214 223 1 improper_Z_N_X_Y
2204 215 227 226 228 1 improper_O_C_X_Y
2206 ; Include Position restraint file
2207 #ifdef POSRES
2208 #include "posre.itp"
2209 #endif
2211 ; Include water topology
2212 #include "oplsaa.ff/tip4p.itp"
2214 #ifdef POSRES_WATER
2215 ; Position restraint for each water oxygen
2216 [ position_restraints ]
2217 ; i funct fcx fcy fcz
2218 1 1 1000 1000 1000
2219 #endif
2221 ; Include topology for ions
2222 #include "oplsaa.ff/ions.itp"
2224 [ system ]
2225 ; Name
2226 Protein (fourth fragment of regressiontests/complex/aminoacids.gro)
2228 [ molecules ]
2229 ; Compound #mols
2230 Protein 1
2231 ]]></String>
2232 </File>
2233 </OutputFiles>
2234 </ReferenceData>