docs/release-notes/2020/major/miscellaneous.rst

   1 Miscellaneous
   2 ^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 grompp now warns if macros in mdp "define" field are unused in topology
  11 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  12 Macros defined in the mdp (with e.g. -DPOSRES) now cause a warning
  13 in grompp if they are not encountered while parsing the topology file
  14
  15 :issue:`1975`
  16
  17 Introduced CMake variable GMX_VERSION_STRING_OF_FORK
  18 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  19 To help users and developers understand which version of |Gromacs| is
  20 being used, anybody providing a forked version of |Gromacs| shall set
  21 GMX_VERSION_STRING_OF_FORK in the source code (or if necessary when
  22 running CMake). It will then appear in the log file and users will know
  23 which version and fork of the code produced the result.
  24
  25 Provide checksum to validate release tarballs
  26 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  27 Released versions of |Gromacs| will now provide a checksum calculated
  28 from the files participating in building the binaries. When building
  29 |Gromacs| from the tarball, the files will be checksummed again and
  30 compared against the checksum generated during the release build. If the
  31 checksums don't match, the version string is modified to indicate that
  32 the source tree has been modified, and the information is printed in the
  33 log files for the users. If checksumming has not been possible (either due
  34 to missing Python during installation, or because the original checksum file
  35 is missing), this is indicated through a different version string.
  36
  37 :issue:`2128`
  38
  39 Updated physical constants to CODATA 2018
  40 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  41
  42 Reproducibility of computed quantities is easiest to achieve if software
  43 stays up to date with the standards. The values for standard units have thus
  44 been updated to conform with the data available
  45 `here <http://www.codata.org/committees-and-groups/fundamental-physical-constants>`_.
  46
  47 Change grompp warning about decoupling without SD to a note
  48 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  49
  50 The warning that grompp issues when decoupling a molecule
  51 without the use of the SD integrator has been changed to a note,
  52 since there are valid use cases for using normal MD when not
  53 running in the completely decoupled state.
  54
  55 :issue:`2767`
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