Removed include simple.h from nb_kernel_avx_128_fma_XX
[gromacs.git] / share / top / sw.itp
blobd9699588eb2026feb280a15130a4fc67e07b455d
1
2 ; Topology file for SW
4 ; Paul van Maaren and David van der Spoel
5 ; Molecular Dynamics Simulations of Water with Novel Shell Model Potentials
6 ; J. Phys. Chem. B. 105 (2618-2626), 2001
8 ; Force constants for the shell are given by:
10 ; k = qs^2/(4 pi eps0 alpha)
11 ; However, in the current version of the itp file and software (3.2+)
12 ; force constants are computed in mdrun, and the input is the
13 ; polarizability in nm^3.
15 ; Some data: mu (water) = 1.8546 D ( 0.0386116 e nm)
16 ;            1/(4 pi eps0 alpha) = 94513.94
18 ; Alpha-X = 1.415   kx = 608069
19 ; Alpha-Y = 1.528   ky = 563101
20 ; Alpha-Z = 1.468   kz = 586116
22 ; Alpha   = 1.470   k  = 585318
24 ; Bonding parameters from (but without cubic term):
25 ; D. M. Ferguson: 
26 ; Parametrization and Evaluation of a Flexible Water Model 
27 ; J. Comp. Chem. 16(4), 501-511 (1995)
29 ; Possible defines that you can put in your topol.top:
30 ; -DANISOTROPIC Select anisotropic polarizibility (isotropic is default).
31 ; -DRIGID       Rigid model (flexible is default)
32 ; -DPOSRES      Position restrain oxygen atoms
35 [ defaults ]
36 LJ      Geometric
38 [ atomtypes ]
39 ;name        mass      charge   ptype   c6      c12
40    WO    15.99940       0.0     A       0.0     0.0
41    WH     1.00800       0.0     A       0.0     0.0
42    WS     0.0           0.0     S       0.0     0.0
43    WD     0.0           0.0     D       0.0     0.0
45 [ nonbond_params ]
46 #ifdef RIGID
47 #ifdef ANISOTROPIC
48 WH      WH      1       4.0e-5          4.0e-8
49 WS      WO      1       1.0e-6          1.0e-12
50 WS      WH      1       4.0e-5          2.766e-08
51 WO      WO      1       2.0e-3          1.174e-06
52 #else
53 WH      WH      1       4.0e-5          4.0e-8
54 WS      WO      1       1.0e-6          1.0e-12
55 WS      WH      1       4.0e-5          2.769e-08
56 WO      WO      1       2.0e-3          1.176e-06
57 #endif
58 #else
59 #ifdef ANISOTROPIC
60 WH      WH      1       4.0e-5          4.0e-8
61 WS      WO      1       1.0e-6          1.0e-12
62 WS      WH      1       4.0e-5          2.910e-08
63 WO      WO      1       2.0e-3          1.189e-06
64 #else
65 WH      WH      1       4.0e-5          4.0e-8
66 WS      WO      1       1.0e-6          1.0e-12
67 WS      WH      1       4.0e-5          2.937e-08
68 WO      WO      1       2.0e-3          1.187e-06
69 #endif
70 #endif
72 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
73 ;; This is a the 'classical YAW' model, in which we do have the dummy.
74 ;; The shell is attached to the dummy, in this case the gas-phase
75 ;; quadrupole is correct. Water_pol routine can be used for this
76 ;; model. This has four interaction sites.
77 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
78 [ moleculetype ]
79 ; molname       nrexcl
80 SW              2
82 [ atoms ]
83 ; id    at type res nr  residu name     at name         cg nr   charge
84 1       WO      1       SM2             OW1             1       1.24588
85 2       WH      1       SM2             HW2             1       0.62134
86 3       WH      1       SM2             HW3             1       0.62134
87 4       WD      1       SM2             DW              1       0.0
88 5       WS      1       SM2             SW              1       -2.48856
90 #ifdef ANISOTROPIC
91 [ water_polarization ]
92 ; See notes above. Alphas in nm^3 (See ref. above)
93 ; O H H D S funct  al_x  al_y     al_z          rOH     rHH     rOD
94   1 2 3 4 5 1   0.001415 0.001528 0.001468      0.09572 0.15139 0.0137408
96 #else
98 [ polarization ]
99 ; See notes above.      alpha (nm^3)
100 4       5       1       0.00147
101 #endif
103 #ifdef RIGID
104 [ settles ]
105 ; i     funct   dOH     dHH
106 1       1       0.09572 0.15139
108 #else
110 [ bonds ]
111 1       2       1   0.09572     458148.
112 1       3       1   0.09572     458148.
114 [ angles ]
115 ; i     j       k
116 2       1       3    1   104.52     417.6
117 #endif
119 [ dummies3 ]
120 ; The position of the dummies is computed as follows:
122 ;               O
123 ;             
124 ;               D
125 ;         
126 ;       H               H
128 ; 2 * b = distance (OD) / [ cos (angle(DOH))    * distance (OH) ]
129 ;         0.0137408 nm  / [ cos (104.52 / 2 deg) * 0.09572 nm   ]
130 ;         0.01557 nm 
131 ; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-X1)
133 ; Dummy from                    funct   a               b
134 4       1       2       3       1       0.117265878     0.117265878
136 [ exclusions ]
137 ; iatom excluded from interaction with i
138 1       2       3       4       5
139 2       1       3       4       5
140 3       1       2       4       5
141 4       1       2       3       5
142 5       1       2       3       4
144 #ifdef POSRES
145 ; Restrain the oxygen...
146 [ position_restraints ]
147 ; iatom type    fx      fy      fz
148 1       1       100     100     100
149 #endif