src/programs/mdrun/tests/alanine_vsite.mdp

   1 ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS
   2 ; Preprocessor information: use cpp syntax.
   3 ; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/roe
   4 include                  =
   5 ; e.g.: -DPOSRES -DFLEXIBLE (note these variable names are case sensitive)
   6 define                   =
   7
   8 ; RUN CONTROL PARAMETERS
   9 integrator               = md
  10 ; Start time and timestep in ps
  11 tinit                    = 0
  12 dt                       = 0.005
  13 nsteps                   = 20
  14 ; For exact run continuation or redoing part of a run
  15 init-step                = 0
  16 ; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)
  17 simulation-part          = 1
  18 ; mode for center of mass motion removal
  19 comm-mode                = Linear
  20 ; number of steps for center of mass motion removal
  21 nstcomm                  = 100
  22 ; group(s) for center of mass motion removal
  23 comm-grps                =
  24
  25 ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS
  26 ; Friction coefficient (amu/ps) and random seed
  27 bd-fric                  = 0
  28 ld-seed                  = 1993
  29
  30 ; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS
  31 ; Force tolerance and initial step-size
  32 emtol                    = 10
  33 emstep                   = 0.01
  34 ; Max number of iterations in relax-shells
  35 niter                    = 20
  36 ; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints
  37 fcstep                   = 0
  38 ; Frequency of steepest descents steps when doing CG
  39 nstcgsteep               = 1000
  40 nbfgscorr                = 10
  41
  42 ; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS
  43 rtpi                     = 0.05
  44
  45 ; OUTPUT CONTROL OPTIONS
  46 ; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
  47 nstxout                  = 20
  48 nstvout                  = 20
  49 nstfout                  = 20
  50 ; Output frequency for energies to log file and energy file
  51 nstlog                   = 0
  52 nstcalcenergy            = 100
  53 nstenergy                = 100
  54 ; Output frequency and precision for .xtc file
  55 nstxtcout                = 0
  56 xtc-precision            = 1000
  57 ; This selects the subset of atoms for the .xtc file. You can
  58 ; select multiple groups. By default all atoms will be written.
  59 xtc-grps                 =
  60 ; Selection of energy groups
  61 energygrps               =
  62
  63 ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS
  64 ; cut-off scheme (group: using charge groups, Verlet: particle based cut-offs)
  65 cutoff-scheme            = verlet
  66 ; nblist update frequency
  67 nstlist                  = 10
  68 ; ns algorithm (simple or grid)
  69 ns-type                  = Grid
  70 ; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy
  71 pbc                      = xyz
  72 periodic-molecules       = no
  73 ; Allowed energy drift due to the Verlet buffer in kJ/mol/ps per atom,
  74 ; a value of -1 means: use rlist
  75 verlet-buffer-drift      = -1
  76 ; nblist cut-off
  77 rlist                    = 0.9
  78 ; long-range cut-off for switched potentials
  79 rlistlong                = -1
  80 nstcalclr                = -1
  81
  82 ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW
  83 ; Method for doing electrostatics
  84 coulombtype              = PME
  85 coulomb-modifier         = Potential-shift-Verlet
  86 rcoulomb-switch          = 0
  87 rcoulomb                 = 0.85
  88 ; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field
  89 epsilon-r                = 1
  90 epsilon-rf               = 0
  91 ; Method for doing Van der Waals
  92 vdw-type                 = Cut-off
  93 vdw-modifier             = Potential-shift-Verlet
  94 ; cut-off lengths
  95 rvdw-switch              = 0
  96 rvdw                     = 0.85
  97 ; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
  98 DispCorr                 = No
  99 ; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off
 100 table-extension          = 1
 101 ; Seperate tables between energy group pairs
 102 energygrp-table          =
 103 ; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
 104 fourierspacing           = 0.12
 105 ; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
 106 fourier_nx               = 24
 107 fourier_ny               = 24
 108 fourier_nz               = 24
 109 ; EWALD/PME/PPPM parameters
 110 pme-order                = 4
 111 ewald-rtol               = 1e-05
 112 ewald-geometry           = 3d
 113 epsilon-surface          = 0
 114 optimize-fft             = no
 115
 116 ; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM
 117 implicit-solvent         = No
 118
 119 ; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS
 120 ; Algorithm for calculating Born radii
 121 gb-algorithm             = Still
 122 ; Frequency of calculating the Born radii inside rlist
 123 nstgbradii               = 1
 124 ; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms
 125 ; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps
 126 rgbradii                 = 1
 127 ; Dielectric coefficient of the implicit solvent
 128 gb-epsilon-solvent       = 80
 129 ; Salt concentration in M for Generalized Born models
 130 gb-saltconc              = 0
 131 ; Scaling factors used in the OBC GB model. Default values are OBC(II)
 132 gb-obc-alpha             = 1
 133 gb-obc-beta              = 0.8
 134 gb-obc-gamma             = 4.85
 135 gb-dielectric-offset     = 0.009
 136 sa-algorithm             = Ace-approximation
 137 ; Surface tension (kJ/mol/nm^2) for the SA (nonpolar surface) part of GBSA
 138 ; The value -1 will set default value for Still/HCT/OBC GB-models.
 139 sa-surface-tension       = -1
 140
 141 ; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS
 142 ; Temperature coupling
 143 tcoupl                   = v-rescale
 144 nsttcouple               = -1
 145 nh-chain-length          = 10
 146 print-nose-hoover-chain-variables = no
 147 ; Groups to couple separately
 148 tc_grps                  = system
 149 ; Time constant (ps) and reference temperature (K)
 150 tau_t                    = 0.1
 151 ref_t                    = 300
 152 ; pressure coupling
 153 Pcoupl                   = Berendsen
 154 pcoupltype               = Isotropic
 155 nstpcouple               = -1
 156 ; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
 157 tau_p                    = 1
 158 compressibility          = 4.5e-5
 159 ref_p                    = 1
 160 ; Scaling of reference coordinates, No, All or COM
 161 refcoord-scaling         = No
 162
 163 ; OPTIONS FOR QMMM calculations
 164 QMMM                     = no
 165 ; Groups treated Quantum Mechanically
 166 QMMM-grps                =
 167 ; QM method
 168 QMmethod                 =
 169 ; QMMM scheme
 170 QMMMscheme               = normal
 171 ; QM basisset
 172 QMbasis                  =
 173 ; QM charge
 174 QMcharge                 =
 175 ; QM multiplicity
 176 QMmult                   =
 177 ; Surface Hopping
 178 SH                       =
 179 ; CAS space options
 180 CASorbitals              =
 181 CASelectrons             =
 182 SAon                     =
 183 SAoff                    =
 184 SAsteps                  =
 185 ; Scale factor for MM charges
 186 MMChargeScaleFactor      = 1
 187
 188 ; SIMULATED ANNEALING
 189 ; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
 190 annealing                =
 191 ; Number of time points to use for specifying annealing in each group
 192 annealing-npoints        =
 193 ; List of times at the annealing points for each group
 194 annealing-time           =
 195 ; Temp. at each annealing point, for each group.
 196 annealing-temp           =
 197
 198 ; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN
 199 gen-vel                  = no
 200 gen-temp                 = 300
 201 gen-seed                 = 173529
 202
 203 ; OPTIONS FOR BONDS
 204 constraints              = all-bonds
 205 ; Type of constraint algorithm
 206 constraint-algorithm     = Lincs
 207 ; Do not constrain the start configuration
 208 continuation             = no
 209 ; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
 210 Shake-SOR                = no
 211 ; Relative tolerance of shake
 212 shake-tol                = 0.0001
 213 ; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix
 214 lincs_order              = 2
 215 ; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for
 216 ; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.
 217 ; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
 218 lincs_iter               = 5
 219 ; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond
 220 ; rotates over more degrees than
 221 lincs-warnangle          = 30
 222 ; Convert harmonic bonds to morse potentials
 223 morse                    = no
 224
 225 ; ENERGY GROUP EXCLUSIONS
 226 ; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded
 227 energygrp-excl           =
 228
 229 ; WALLS
 230 ; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald
 231 nwall                    = 0
 232 wall-type                = 9-3
 233 wall-r-linpot            = -1
 234 wall-atomtype            =
 235 wall-density             =
 236 wall-ewald-zfac          = 3
 237
 238 ; COM PULLING
 239 ; Pull type: no, umbrella, constraint or constant-force
 240 pull                     = no
 241
 242 ; ENFORCED ROTATION
 243 ; Enforced rotation: No or Yes
 244 rotation                 = no
 245
 246 ; NMR refinement stuff
 247 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble
 248 disre                    = No
 249 ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal
 250 disre-weighting          = Conservative
 251 ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation
 252 disre-mixed              = no
 253 disre-fc                 = 1000
 254 disre-tau                = 0
 255 ; Output frequency for pair distances to energy file
 256 nstdisreout              = 100
 257 ; Orientation restraints: No or Yes
 258 orire                    = no
 259 ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging
 260 orire-fc                 = 0
 261 orire-tau                = 0
 262 orire-fitgrp             =
 263 ; Output frequency for trace(SD) and S to energy file
 264 nstorireout              = 100
 265
 266 ; Free energy variables
 267 free-energy              = no
 268 couple-moltype           =
 269 couple-lambda0           = vdw-q
 270 couple-lambda1           = vdw-q
 271 couple-intramol          = no
 272 init-lambda              = -1
 273 init-lambda-state        = 0
 274 delta-lambda             = 0
 275 nstdhdl                  = 100
 276 fep-lambdas              =
 277 mass-lambdas             =
 278 coul-lambdas             =
 279 vdw-lambdas              =
 280 bonded-lambdas           =
 281 restraint-lambdas        =
 282 temperature-lambdas      =
 283 init-lambda-weights      =
 284 dhdl-print-energy        = no
 285 sc-alpha                 = 0
 286 sc-power                 = 1
 287 sc-r-power               = 6
 288 sc-sigma                 = 0.3
 289 sc-coul                  = no
 290 separate-dhdl-file       = yes
 291 dhdl-derivatives         = yes
 292 dh_hist_size             = 0
 293 dh_hist_spacing          = 0.1
 294
 295 ; Non-equilibrium MD stuff
 296 acc-grps                 =
 297 accelerate               =
 298 freezegrps               =
 299 freezedim                =
 300 cos-acceleration         = 0
 301 deform                   =
 302
 303 ; simulated tempering variables
 304 simulated-tempering      = no
 305 simulated-tempering-scaling = geometric
 306 sim-temp-low             = 300
 307 sim-temp-high            = 300
 308
 309 ; Electric fields
 310 ; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real)
 311 ; and a phase angle (real)
 312 E-x                      =
 313 E-xt                     =
 314 E-y                      =
 315 E-yt                     =
 316 E-z                      =
 317 E-zt                     =
 318
 319 ; AdResS parameters
 320 adress                   = no
 321
 322 ; User defined thingies
 323 user1-grps               =
 324 user2-grps               =
 325 userint1                 = 0
 326 userint2                 = 0
 327 userint3                 = 0
 328 userint4                 = 0
 329 userreal1                = 0
 330 userreal2                = 0
 331 userreal3                = 0
 332 userreal4                = 0