docs/doxygen/user/mainpage.md

   1 \Gromacs {#mainpage}
   2 =======
   3
   4 \Gromacs is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate
   5 the Newtonian equations of motion for systems with hundreds, to millions
   6 of particles.  See [www.gromacs.org](http://www.gromacs.org) for more
   7 information.
   8
   9 This documentation generated by Doxygen is (mostly) extracted from the source
  10 code, and provides documentation for understanding the source code.
  11 The documentation can be generated with different levels of details.
  12 This documentation has been generated to include
  13 \if internal
  14 all documentation, including internal functions and classes used for internal
  15 implementation purposes.
  16
  17 The main audience for this level of detail are people who want to understand
  18 detailed implementation of some area, or try to find some specific function
  19 within the library.  If you are overwhelmed by the amount of details, the
  20 [library API documentation](../html-lib/index.xhtml) skips functions not meant
  21 to be used outside a single module.
  22 \elseif libapi
  23 documentation of functions in the library intended for reuse within the
  24 library (a subset of these functions is also exposed as a public API).
  25 Also overview documentation aimed at \Gromacs developers is included at this
  26 level.
  27
  28 The main audience for this level of detail are users and developers who want to
  29 understand the \Gromacs code in general.
  30 If you only want to call \Gromacs, but not modify it, the
  31 [public API documentation](../html-user/index.xhtml) provides a cleaner entry
  32 point.
  33 If you are interested in internal implementation details not described here,
  34 you can try searching the [full documentation](../html-full/index.xhtml).
  35 \else
  36 documentation of functions exposed through installed headers and intended as
  37 part of a public API.  Note that definition of the public API is very
  38 preliminary, and subject to change.
  39
  40 The main audience for this level of detail are users of \Gromacs who are
  41 interested in writing their own analysis tools that use \Gromacs as a library,
  42 as well as other developers who want to link against \Gromacs.
  43 To understand the inner workings of \Gromacs, or if you want to contribute to
  44 \Gromacs, see the more detailed
  45 [library API documentation](../html-lib/index.xhtml) or
  46 [full documentation](../html-full/index.xhtml).
  47 \endif
  48
  49 Currently, only parts of the code are documented here.  The following pages
  50 give an overview of some of the topics that are documented:
  51
  52  - \subpage page_analysisframework <br/>
  53    Provides an overview of the framework that the \Gromacs library provides for
  54    writing (trajectory) analysis tools.
  55  - \subpage page_onlinehelp <br/>
  56    Provides an overview of the formatting markup available in help texts.
  57  - \subpage page_usinglibrary <br/>
  58    Provides general guidance for writing software that uses the \Gromacs
  59    library.
  60 \if libapi
  61  - \subpage page_wrapperbinary <br/>
  62    Provides an overview of how the `gmx` wrapper binary is implemented.
  63  - \subpage page_logging <br/>
  64    Documentation for logging and status output (for now, within mdrun).
  65  - \subpage page_simd <br/>
  66    Documentation about the new SIMD module that makes it possible to write
  67    highly accelerated CPU code that is still portable.
  68  - \subpage page_mdmodules <br/>
  69    Documentation for work-in-progress modularization of parts of mdrun, that
  70    should make it easier to implement additional features as add-ons on top of
  71    a common interface.
  72  - \subpage page_refdata <br/>
  73    Documentation for writing tests that use reference data generated by the
  74    same test.
  75
  76  - \subpage page_modulegraph <br/>
  77    Automatically generated module dependency graph.
  78 \endif
  79
  80 This list will hopefully expand over time.