README

   1
   2                Welcome to the official version of GROMACS!
   3
   4 If you are familiar with unix, it should be fairly trivial to compile and
   5 install GROMACS. Installation instructions for CMake are available in the
   6 INSTALL.* files (the use of autotools is no longer available). A more
   7 extended step-by-step guide can be found on our website http://www.gromacs.org.
   8
   9 Of course we will do our utmost to help you with any problems, but PLEASE
  10 READ THE INSTALLATION INSTRUCTIONS BEFORE CONTACTING US!
  11
  12 There are also several other online resources available from the homepage,
  13 and special information for developers.
  14
  15 If you are a developer, or change the source for any other reason, check
  16 out http://www.gromacs.org/Developer_Zone.
  17
  18                                * * * * *
  19
  20 GROMACS is free software, distributed under the GNU General Public License.
  21 However, scientific software is a little special compared to most other
  22 programs. Both you, we, and all other GROMACS users depend on the quality
  23 of the code, and when we find bugs (every piece of software has them) it
  24 is crucial that we can correct it and say that it was fixed in version X of
  25 the file or package release. For the same reason, it is important that you
  26 can reproduce other people's result from a certain GROMACS version.
  27
  28 The easiest way to avoid this kind of problems is to get your modifications
  29 included in the main distribution. We'll be happy to consider any decent
  30 code. If it's a separate program it can probably be included in the contrib
  31 directory straight away (not supported by us), but for major changes in the
  32 main code we appreciate if you first test that it works with (and without)
  33 MPI, threads, double precision, etc.
  34
  35 If you still want to distribute a modified version or use part of GROMACS
  36 in your own program, remember that the entire modified must be licensed
  37 under GPL, and that it must clearly be labeled as derived work. It should
  38 not use the name "official GROMACS", and make sure support questions are
  39 directed to you instead of the GROMACS developers.
  40 Sorry for the hard wording, but it is meant to protect YOUR reseach results!
  41
  42                                * * * * *
  43
  44 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
  45 To help us fund development, we humbly ask that you cite the GROMACS papers:
  46
  47 * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  48   H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  49   Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  50
  51 * GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable
  52   molecular simulation
  53   B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl
  54   J. Chem. Theory Comput. 4 (2008) pp. 435-447
  55
  56 There are a lot of cool features we'd like to include in future versions,
  57 but our resources are limited. All kinds of donations are welcome, both in
  58 form of code, hardware and funding! Industrial users who choose to pay
  59 for a license pro bono (it is still GPL and can be redistributed freely) or
  60 contribute in other ways are listed as GROMACS supporters on our webpages.
  61 Don't hesitate to contact us at gromacs@gromacs.org if you are interested.
  62
  63
  64                        Good luck with your simulations!
  65
  66                               The GROMACS Crew