docs/how-to/beginners.rst

   1 .. _reference manual: gmx-manual-parent-dir_
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   3 .. _gmx-beginners:
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   5 Beginners
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   8 For those just starting out with |Gromacs| and / or :ref:`Molecular Dynamics Simulations <gmx-md>` it can be very daunting.
   9 It is highly recommended that the various and extensive documentation that has been made available for |Gromacs|
  10 is read first, plus papers published in the area of interest.
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  12 Resources
  13 ^^^^^^^^^
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  15 * |Gromacs| :doc:`/reference-manual/index/` - very detailed document that can also act as a very good introduction for :ref:`MD <gmx-md>` in general.
  16 * :doc:`Flow Chart </user-guide/flow>`- simple flow chart of a typical |Gromacs| MD run of a protein in a box of water.
  17 * Molecular dynamics simulations and GROMACS introduction
  18   (`slides <https://extras.csc.fi/chem/courses/gmx2007/Berk_talks/forcef.pdf>`_,
  19   `video <http://tv.funet.fi/medar/showRecordingInfo.do?id=/metadata/fi/csc/courses/gromacs_workshop_2007/IntroductiontoMolecularSimulationandGromacs_1.xml>`_)
  20   - force fields, integrators, control of temperature and pressure (Berk Hess).
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