README

   1
   2                Welcome to the official version of GROMACS!
   3
   4 If you are familiar with unix, it should be fairly trivial to compile and
   5 install GROMACS. Installation instructions are available in the INSTALL file,
   6 and a more extended step-by-step guide can be found on http://www.gromacs.org .
   7
   8 Of course we will do our utmost to help you with any problems, but PLEASE
   9 READ THE INSTALLATION INSTRUCTIONS BEFORE CONTACTING US!
  10
  11 There are also several other online resources available from the homepage,
  12 and special information for developers. We recommend all users to subscribe
  13 at least to the gmx-announce list - there is almost no traffic at all, but
  14 you get notice of new versions or severe bugs, and it gives us a possibility
  15 to keep track of the number of users since no signature is required anymore.
  16
  17 If you are a developer, or change the source for any other reason, check
  18 out http://www.gromacs.org/developer for details on using automake & autoconf!
  19
  20                                * * * * *
  21
  22 GROMACS is free software, distributed under the GNU General Public License.
  23 However, scientific software is a little special compared to most other
  24 programs. Both you, we, and all other GROMACS users depend on the quality
  25 of the code, and when we find bugs (every piece of software has them) it
  26 is crucial that we can correct it and say that it was fixed in version X of
  27 the file or package release. For the same reason, it is important that you
  28 can reproduce other people's result from a certain GROMACS version.
  29
  30 The easiest way to avoid this kind of problems is to get your modifications
  31 included in the main distribution. We'll be happy to consider any decent
  32 code. If it's a separate program it can probably be included in the contrib
  33 directory straight away (not supported by us), but for major changes in the
  34 main code we appreciate if you first test that it works with (and without)
  35 MPI, threads, double precision, etc.
  36
  37 If you still want to distribute a modified version or use part of GROMACS
  38 in your own program, remember that the entire modified must be licensed
  39 under GPL, and that it must clearly be labeled as derived work. It should
  40 not use the name "official GROMACS", and make sure support questions are
  41 directed to you instead of the GROMACS developers.
  42 Sorry for the hard wording, but it is meant to protect YOUR reseach results!
  43
  44                                * * * * *
  45
  46 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
  47 To help us fund development, we humbly ask that you cite the GROMACS papers:
  48
  49 * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  50   H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  51   Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  52
  53 * GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable
  54   molecular simulation
  55   B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl
  56   J. Chem. Theory Comput. 4 (2008) pp. 435-447
  57
  58 There are a lot of cool features we'd like to include in future versions,
  59 but our resources are limited. All kinds of donations are welcome, both in
  60 form of code, hardware and funding! Industrial users who choose to pay
  61 for a license pro bono (it is still GPL and can be redistributed freely) or
  62 contribute in other ways are listed as GROMACS supporters on our webpages.
  63 Don't hesitate to contact us at gromacs@gromacs.org if you are interested.
  64
  65
  66                        Good luck with your simulations!
  67
  68                               The GROMACS Crew
  69
  70
  71
  72
  73
  74
  75
  76