ewald_rtol adjustment for OpenMM.
[gromacs.git] / configure.ac
blob7e59483d6b1118e4ebae16dc6325998aa544533b
1 #######################################################################
2 # Process this file wth autoconf to produce a configure script.
3 #######################################################################
4  
5 AC_PREREQ(2.50)
6 AC_INIT(gromacs, 4.0.99-dev-20100305, [gmx-users@gromacs.org])
7 AC_CONFIG_SRCDIR(src/gmxlib/3dview.c)
8 AC_CONFIG_AUX_DIR(config)
9 AC_CANONICAL_HOST
11 AM_INIT_AUTOMAKE(tar-ustar)
12 AC_PREFIX_DEFAULT(/usr/local/gromacs)
14 AM_CONFIG_HEADER(src/config.h)
15 dnl This is the version info according to the libtool versioning system.
16 dnl It does *not* correspond to the release number.
17 SHARED_VERSION_INFO="6:0:0"
18 AC_SUBST(SHARED_VERSION_INFO)
20 AC_DISABLE_SHARED
23 #######################################################################
24 # Simple options and makefile variables
25 #######################################################################
27 ### Single/Double
28 AC_ARG_ENABLE(float,
29              [AC_HELP_STRING([--disable-float],
30                              [Use double instead of single precision])],, enable_float=yes)
32 AC_ARG_ENABLE(double,
33              [AC_HELP_STRING([--enable-double],
34                              [Same effect as --disable-float])],, enable_double=no)
35 if test "$enable_double" = "yes"; then
36    enable_float=no;
38 if test "$enable_float" = "no"; then
39   AC_DEFINE(GMX_DOUBLE,,[Compile in double precision])
41 AM_CONDITIONAL([GMX_DOUBLE],[test "$enable_float" = "no"])
45 ### Fortran or not
46 AC_ARG_ENABLE(fortran,
47              [AC_HELP_STRING([--enable-fortran],
48                              [Use Fortran kernels])],, 
49 [case "${host_cpu}-${host_os}" in
50   sparc*-solaris* | alpha*-* | rs6000*-aix* | powerpc*-aix* | mips*-irix*) enable_fortran=yes ;;
51   *) enable_fortran=no ;;
52  esac])
53 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
54   AC_DEFINE(GMX_FORTRAN,,[Enable Fortran support])
56 # Generic fortran kernels will be turned off below if you enable power6-specific optimization!
57 # always use CC for linking:
58 AC_SUBST(F77LINK,"\$(LINK)")
64 ### MPI or not
65 AC_ARG_ENABLE(mpi,
66               [AC_HELP_STRING([--enable-mpi],
67                               [Compile for parallel runs using MPI]
68                               [(instead of threads)])],,enable_mpi=no)
71 ### MPI environment
72 AC_ARG_ENABLE(mpi-environment,
73               [AC_HELP_STRING([--enable-mpi-environment=VAR],
74                               [Only start parallel runs when VAR is set])],,
75 [case "${host_cpu}" in
76   mips*-irix*) enable_mpi_environment="MPI_ENVIRONMENT" ;;
77   *) enable_mpi_environment=no ;;
78 esac])
79 if test "$enable_mpi_environment" != "no"; then
80   AC_DEFINE_UNQUOTED(GMX_CHECK_MPI_ENV,"$enable_mpi_environment",[If defined, only start MPI runs when this variable is set])
83 ### MPI_IN_PLACE
84 AC_ARG_ENABLE(mpi-in-place,
85               [AC_HELP_STRING([--disable-mpi-in-place],
86                               [Disable MPI_IN_PLACE. For MPI implementations]
87                               [that have broken support for it ]
88                               [(some versions of MPICH, for example).])],, enable_mpi_in_place=yes)
92 AC_ARG_ENABLE(debug,
93               [AC_HELP_STRING([--enable-debug],
94                               [Add -g to other command line arguments])],,enable_debug=no)
96 ### IA32 assembly code
97 AC_ARG_ENABLE(ia32_sse,
98               [AC_HELP_STRING([--disable-ia32-sse],
99                               [Don't build SSE/SSE2 assembly loops on ia32])],,enable_ia32_sse=yes)
101 case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
102    i?86-*) ;;
103    *) enable_ia32_sse=no ;;
104 esac
106 ### AMD64 assembly code
107 AC_ARG_ENABLE(x86_64_sse,
108               [AC_HELP_STRING([--disable-x86-64-sse],
109                               [Don't build SSE assembly loops on X86_64])],,enable_x86_64_sse=yes)
110 case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
111    x86_64-* | amd64-*) ;;
112    i?86-apple) ;;
113    *) enable_x86_64_sse=no ;;
114 esac
117 ### Altivec on powerpc (motorola)
118 AC_ARG_ENABLE(ppc_altivec,
119               [AC_HELP_STRING([--disable-ppc-altivec],
120                               [Don't build Altivec loops on PowerPC])],,enable_ppc_altivec=undef)
121 # Power3/4/5 running AIX does not support altivec. We identify this with vendor=IBM.
122 # IBM powerpc 970 boxes run linux, and have vendor=unknown.
123 if test "$enable_ppc_altivec" = "undef"; then
124   case "${host_cpu}-${host_vendor}" in
125     ppc*-ibm* | powerpc*-ibm*) enable_ppc_altivec=no ;;
126     ppc*-* | powerpc*-*) enable_ppc_altivec=yes ;; 
127     *) enable_ppc_altivec=no ;;
128   esac
131 ###################################
132 ## Detect buggy version of gcc
133 ###################################
134 AC_ARG_ENABLE(gcc41_check,
135               [AC_HELP_STRING([--disable-gcc41-check],
136                               [Disable the check for buggy gcc 4.1])],,enable_gcc41_check=yes)
140 ### ia64 assembly code
141 AC_ARG_ENABLE(ia64_asm,
142               [AC_HELP_STRING([--enable-ia64-asm],
143                               [Build assembly loops on ia64])],,enable_ia64_asm=no)
144 case "${host_cpu}" in
145    ia64) ;;
146    *) enable_ia64_asm=no ;;
147 esac
150 # IBM Power6-specific optimization
151 AC_ARG_ENABLE(power6,
152              [AC_HELP_STRING([--enable-power6],
153                              [Use IBM Pwr6/PPC440/PPC450-specific F77 kernels])],,enable_power6=no)
154 # Turn off generic fortran loops if we are using power6-specific optimization
155 if test "$enable_power6" = "yes"; then
156   enable_fortran=no;
159 AC_ARG_ENABLE(bluegene,
160               [AC_HELP_STRING([--enable-bluegene],
161                               [Build assembly intrinsics kernels on bluegene])],,enable_bluegene=no)
164 ### Optimize for host cpu version
165 AC_ARG_ENABLE(cpu-optimization,     
166               [AC_HELP_STRING([--disable-cpu-optimization],
167                               [No detection or tuning flags for cpu version])],, enable_cpu_optimization=yes)
170 ### Do software 1/sqrt(x)                                                                                                            
171 AC_ARG_ENABLE(software-invsqrt,
172               [AC_HELP_STRING([--disable-software-invsqrt],
173                               [No software 1/sqrt (disabled on sgi,ibm,ia64)])],,
174 [case "${host_cpu}-${host_os}" in
175   mips*-irix* | rs6000*-aix* | powerpc*-aix | ia64*-*) enable_software_invsqrt=no ;;
176   *) enable_software_invsqrt=yes ;;
177 esac])
178 if test "$enable_software_invsqrt" = "yes"; then
179   AC_DEFINE(GMX_SOFTWARE_INVSQRT,,[Use the GROMACS software 1/sqrt(x)])
181 AM_CONDITIONAL([GMX_SOFTWARE_INVSQRT],[test "$enable_software_invsqrt" = "yes"])
183 AC_ARG_ENABLE(fahcore,
184               [AC_HELP_STRING([--enable-fahcore],
185                               [Create a library with mdrun functionality])],, enable_fahcore=no)
189 # The four options below used to improve code scheduling, but the newest CPUs can usually rearrange
190 # instructions dynamically at runtime, so they might not make much difference now:
193 AC_ARG_ENABLE(all-static,
194               [AC_HELP_STRING([--enable-all-static],
195                               [Make completely static binaries])],, enable_all_static=no)
196 # Dont add the -all-static flag until after the compiler test.
199 # FFT libraries - only use one...
200 AC_ARG_WITH(fft,
201             [AC_HELP_STRING([--with-fft=@<:@fftw3/fftw2/mkl(>=6.0)/fftpack@:>@],
202                             [FFT library to use. fftw3 is default, fftpack built in.])],,
203                              with_fft=fftw3)
205 AC_ARG_ENABLE(fftw-measure,
206             [AC_HELP_STRING([--disable-fftw-measure],
207                             [Dont optimize FFTs. This produces binary exactly]
208                             [reproducible runs (as the -reprod flag to mdrun),]
209                             [and if you are using FFTW on x86 and specified its]
210                             [--enable-sse/sse2 flag (NOT default in FFTW!) the]
211                             [kernels used are close-to-optimal anyway.])],,
212                              enable_fftw_measure=yes)
215 AC_ARG_ENABLE(threads,
216               [AC_HELP_STRING([--disable-threads],    
217                               [Disable parallel runs using threads])],,enable_threads=yes)
220 ### Use external BLAS/LAPACK libraries if the user wants to.
222 AC_ARG_WITH(external_blas,
223             [AC_HELP_STRING([--with-external-blas],
224                             [Use system BLAS library (add to LIBS). Automatic on OS X.])],,
226 # default action - check if we are on OS X
227 case "${host_vendor}-${host_os}" in
228   apple-darwin*) with_external_blas="yes" ; extra_LDFLAGS="-framework Accelerate" ;;
229   *)             with_external_blas="no"  ;;
230 esac
232 AM_CONDITIONAL([GMX_EXTERNAL_BLAS], [test "$with_external_blas" = "yes"])
235 AC_ARG_WITH(external_lapack,
236             [AC_HELP_STRING([--with-external-lapack],
237                             [Use system LAPACK library (add to LIBS). Automatic on OS X.])],,
239 # default action - check if we are on OS X
240 case "${host_vendor}-${host_os}" in
241   apple-darwin*) with_external_lapack="yes" ; extra_LDFLAGS="-framework Accelerate" ;;
242   *)             with_external_lapack="no"  ;;
243 esac
245 AM_CONDITIONAL([GMX_EXTERNAL_LAPACK], [test "$with_external_lapack" = "yes"])
250 AC_ARG_WITH(qmmm_gaussian,
251               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-gaussian],
252                               [Use modified Gaussian0x for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_gaussian=yes)
253 if test "$with_qmmm_gaussian" = "yes"; then
254   AC_DEFINE(GMX_QMMM_GAUSSIAN,,[Use (modified) Gaussian0x for QM-MM calculations])
258 AC_ARG_WITH(qmmm_gamess,
259               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-gamess],
260                               [Use modified Gamess-UK for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_gamess=no)
261 if test "$with_qmmm_gamess" = "yes"; then
262   AC_DEFINE(GMX_QMMM_GAMESS,,[Use (modified) Gamess-UK for QM-MM calculations])
266 AC_ARG_WITH(qmmm_mopac,
267               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-mopac],
268                               [Use modified Mopac 7 for QM-MM (see website)])],,with_qmmm_mopac=no)
269 if test "$with_qmmm_mopac" = "yes"; then
270   AC_DEFINE(GMX_QMMM_MOPAC,,[Use (modified) Mopac 7 for QM-MM calculations])
274 AC_ARG_WITH(qmmm_orca,
275               [AC_HELP_STRING([--without-qmmm-mopac],
276                               [Use ORCA for QM-MM])],,with_qmmm_orca=no)
277 if test "$with_qmmm_orca"="yes"; then
278   AC_DEFINE(GMX_QMMM_ORCA,,[Use ORCA for QM-MM calculations])
282 AC_ARG_WITH(dlopen,
283             [AC_HELP_STRING([--without-dlopen],
284                             [do not compile with dlopen, needed to read VMD]
285                             [supported file formats])],,with_dlopen=yes)
289 ############################################################
290 # Add some debug info: Who is building, and on what machine?
291 ############################################################
292 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_TIME],["`date`"],[Date and time for build])
293 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_USER],["`whoami`@`hostname`"],[User doing build])
294 AC_DEFINE_UNQUOTED([BUILD_MACHINE],["`uname -srm`"],[Hardware and OS version for build host])
297 ############################################################
298 # Checks for requirements for version information generation
299 ############################################################
300 generate_version=no
301 if test -d $srcdir/.git ; then
302     AC_CHECK_PROG(have_git, git, yes, no)
303     if test "$have_git" = "yes" ; then
304         AC_MSG_CHECKING(for git >= 1.5.1)
305         if test "`git --version`" \< "git version 1.5.1" ; then
306             AC_MSG_RESULT(no)
307         else
308             AC_MSG_RESULT(yes)
309             generate_version=yes
310             AC_DEFINE(USE_VERSION_H,,[Use generated version info])
311         fi
312     fi
313     if test "$generate_version" = "no" ; then
314         AC_MSG_WARN([No compatible git version found, won't be able to generate proper development version information.])
315     fi
317 AM_CONDITIONAL([USE_VERSION_H],[test "$generate_version" = "yes"])
320 ############################################################
321 # Checks for programs
322 ############################################################
324 # normally we use the default compiler, but on alpha/linux we try the compaq ones first
325 case "${host_cpu}-${host_os}" in
326   alpha*-linux*)
327     cc_names="ccc cc gcc"
328     f77_names="fort f77 g77"
329     ;;
330   *) 
331     cc_names="cc icc xlc gcc"
332     f77_names="f77 ifort xlf xlf77 cf77 fl32 g77 fort77 f90 xlf90 pgf77 cf77 fort fort77 pgf90"
333     ;;
334 esac
335 # the (non-mpi) c compiler, which is also used for programs executed during build stage
336 AC_PROG_CC( $cc_names )
337 # Check for environment variable CC_FOR_BUILD before overwriting it
338 if test -z "$CC_FOR_BUILD"; then
339   CC_FOR_BUILD=$CC
342 if test "$enable_gcc41_check" = "yes"; then
343     if $CC --version 2>&1 | grep 'gcc.* 4\.1' > /dev/null 2>&1; then
344         AC_MSG_ERROR([Uh-oh. Your compilers appears to be GCC version 4.1, which unfortunately produces]
345 [buggy code at high optimimzation levels. It would be a good idea to update or]
346 [use a different compiler. If you are ABSOLUTELY sure what you are doing, you]
347 [can override this check with --disable-gcc41-check.])
348     fi
353 AC_SUBST(CC_FOR_BUILD) 
355 if test "$enable_fortran" = "yes"; then 
356   AC_PROG_F77( $f77_names )
357   if test -z "$F77"; then
358     AC_MSG_ERROR([No fortran compiler found])
359   fi
362 AM_PROG_AS( $CC )
364 # if we are using mpi, also get an MPICC. We cannot set that in the PROG_CC macro
365 # above, since autoconf checks that the created file can be executed. This would
366 # fail on platforms where MPI executables can only be run through a batchqueue.
368 if test "$enable_mpi" = "yes"; then
369   enable_threads="no"
370   AC_CHECK_PROGS(MPICC, mpxlc mpicc mpcc hcc, $CC)
371 # now change the normal cc to the MPI one - see the comment above.
372   CC=$MPICC
373   CXX=$MPICC
374   AC_MSG_CHECKING([whether the MPI cc command works]) # be paranoid
375   AC_TRY_LINK([#include <mpi.h>],[int argc; char **argv; MPI_Init(&argc,&argv);],
376 AC_MSG_RESULT([yes]),AC_MSG_ERROR([Cannot compile and link MPI code with $CC]))
377   AC_DEFINE(GMX_MPI,,[Make a parallel version of GROMACS using MPI])
378   AC_DEFINE(GMX_LIB_MPI,,[Use a real MPI library])
380   if test "$enable_mpi_in_place" = "yes"; then
381     # not all MPIs support MPI_IN_PLACE:
382     AC_MSG_CHECKING([for MPI_IN_PLACE in collective operations])
383     AC_TRY_COMPILE([
384 #include <mpi.h>
385 void test(void)
387     void *buf;
388     MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, buf, 10, MPI_FLOAT, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
390     ],,[
391         AC_MSG_RESULT([yes])
392         AC_DEFINE(MPI_IN_PLACE_EXISTS,[],[MPI_IN_PLACE available for collective operations])
393     ],[
394         AC_MSG_RESULT([no])
395     ]) 
396   fi
398 # on the cray xt3 we have to tell autoconf that we 
399 # are actually cross-compiling even if the architecture
400 # of host and target are the same. so we enforce 
401 # cross-compilation if __QK_USER__ is defined
402   AC_MSG_CHECKING([for catamount])
403   AC_TRY_COMPILE([
404 #if defined __QK_USER__
405 #else
406 #error not catamount
407 #endif
408 ],,[
409   AC_MSG_RESULT([yes])
410   cross_compiling=yes 
411   AC_DEFINE(GMX_CRAY_XT3,[],[Enable special hacks for Cray XT3])
412   AC_DEFINE(GMX_NO_SYSTEM,[],[Ignore calls to system(3)])
413   AC_DEFINE(GMX_NO_NICE,[],[Ignore calls to nice(3)])
414   AC_DEFINE(GMX_BROKEN_CALLOC,[],[Don't use calloc(3)])
415   extra_LDFLAGS="$extra_LDFLAGS -lgmalloc -lacml"
417   AC_MSG_RESULT([no])
419 # end of "$enable_mpi" = "yes"
423 AH_TEMPLATE([F77_OR_C_FUNC],
424             [Set to F77_FUNC(name,NAME) if Fortran used, otherwise 'name' for C.])
425 AH_TEMPLATE([F77_OR_C_FUNC_],
426             [Set to F77_FUNC_(name,NAME) if Fortran used, otherwise 'name' for C.])
430 if test "$enable_fortran" = "yes"; then
431   AC_F77_LIBRARY_LDFLAGS
432   AC_F77_WRAPPERS
433   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC(name,NAME)],[F77_FUNC(name,NAME)])
434   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC_(name,NAME)],[F77_FUNC_(name,NAME)])
435 else
436   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC(name,NAME)],[name])
437   AC_DEFINE([F77_OR_C_FUNC_(name,NAME)],[name])
442 AC_PROG_CPP
443 # Needed by libtool scripts?
444 AC_PROG_EGREP
446 if test "$enable_cpu_optimization" = "yes"; then
447   ACX_DETECT_GMXCPU
448 else
449   gmxcpu=""
451 ACX_COMPILER_MAXOPT
454 # We've postponed the threads check because we need to check with the right
455 # compilers/flags 
456 if test "$enable_threads" = "yes"; then 
457   if test "$enable_mpi" = "yes"; then
458     AC_MSG_ERROR([Cannot use both threads and MPI - yet.])
459   fi
460   if test "$with_fft" = "fftw2"; then
461     AC_MSG_ERROR([fftw2 can't be used with threads. Use fftw3 or mkl.])
462   fi 
463   AC_CHECK_HEADERS(unistd.h)
464   AC_CHECK_HEADERS(sys/time.h)
465   AC_CHECK_HEADERS(sched.h)
466   AC_CHECK_FUNCS(sysconf)
468   # for now we just assume pthreads
469   ACX_PTHREAD(,AC_MSG_ERROR([Cannot find POSIX threads - required for thread support using configure!]))
470   LIBS="$PTHREAD_LIBS $LIBS"
471   CFLAGS="$CFLAGS $PTHREAD_CFLAGS -I$srcdir/include"
472   CXXFLAGS="$CXXFLAGS $PTHREAD_CFLAGS -I$srcdir/include"
473   CC="$PTHREAD_CC "
474   AC_DEFINE(THREAD_PTHREADS,,[Use pthreads for thread_mpi multithreading])
476   # profiling
477   AC_ARG_ENABLE(tmpi-profiling,
478               [AC_HELP_STRING([--enable-tmpi-profiling],
479               [Enables profiling of thread_mpi calls and wait times])],,
480               enable_tmpi_profiling=no)
481   if test "x$enable_tmpi_profiling" = "xyes"; then
482     AC_DEFINE(TMPI_PROFILE,,[Enable profiling for call and wait times])
483   fi
485   # check the atomics
486   AC_MSG_CHECKING(if atomic operations are supported)
487   CFLAGS_RET="$CFLAGS"
488   CXXFLAGS_RET="$CXXFLAGS"
489   CFLAGS="$CFLAGS -I$srcdir/include -DTMPI_CHECK_ATOMICS"
490   CXXFLAGS="$CXXFLAGS -I$srcdir/include -DTMPI_CHECK_ATOMICS"
491   # this sets a variable 'tmpi_atomics' to 'yes' if there are atomics. 
492   AC_COMPILE_IFELSE([#include "thread_mpi/atomic.h" ],
493                       [AC_MSG_RESULT(yes); tmpi_atomics=yes],
494                       [AC_MSG_WARN(
495 [No atomics.
497 This compiler+CPU combination doesn't have working atomics.
498 Thread support will be unbearably slow: disable threads.
500 Atomics should work on all but the most obscure CPU+compiler combinations;
501 if your system is not obscure -- like, for example, x86 with gcc --  please
502 contact the developers.
503 ]); tmpi_atomics=no])
504   CFLAGS="$CFLAGS_RET"
505   CXXFLAGS="$CXXFLAGS_RET"
507   AC_DEFINE(GMX_THREADS,,[Use threads for parallelization])
508   AC_DEFINE(GMX_MPI,,[Make a parallel version of GROMACS using MPI])
509   AM_CONDITIONAL(THREAD_PARALLEL,true)
510 else
511   AM_CONDITIONAL(THREAD_PARALLEL,false)
516 #############
517 # Check integer endian
518 #############
519 AC_C_BIGENDIAN([AC_DEFINE([GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN],,[Integer byte order is big endian.])],[],[
520 AC_MSG_ERROR([Cannot determine endian in compiled output])])
521 # Little endian implied if GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN not defined in source.
523 #############
524 # Make sure size_t can hold pointers.
525 # On some Nec machines, you reportedly need to specify a flag for size_t to be 64 bits wide.
526 #############
527 AC_MSG_CHECKING([that size_t can hold pointers])
528 AC_TRY_COMPILE([
529 #include <stdlib.h>
530 #include <stddef.h>
531 ],[int chk[sizeof(size_t)-sizeof(int *)+1];],AC_MSG_RESULT([yes]),[
532    AC_MSG_ERROR([size_t is smaller than int*. Check if your compiler needs a flag to make it 64 bit.])])
535 #############
536 # Check that SIGUSR1 is defined
537 #############
538 AC_MSG_CHECKING([for SIGUSR1])
539 AC_TRY_COMPILE([#include <signal.h>],[int i=SIGUSR1;],[
540 AC_MSG_RESULT([yes])
541 AC_DEFINE(HAVE_SIGUSR1,,[SIGUSR1 supported and defined])
542 ],AC_MSG_RESULT([no]))
544 #############
545 # Check if pipes are supported
546 #############
547 AC_MSG_CHECKING([for pipes])
548 AC_TRY_COMPILE([#include <stdio.h>],[
549 FILE *pipe=popen("/tmp/pipe","r");
551 AC_MSG_RESULT([yes])
552 AC_DEFINE(HAVE_PIPES,,[Pipes (popen/pclose) supported])
553 ],AC_MSG_RESULT([no]))
557 #############
558 # Check floating-point format and endian
559 #############
560 ACX_FLOAT_FORMAT
563 AC_PROG_INSTALL
564 AC_PROG_LN_S
565 AC_PROG_MAKE_SET
566 AC_LIBTOOL_WIN32_DLL
567 AC_PROG_LIBTOOL
568 AC_SYS_LARGEFILE
570 # Use our own version of AC_FUNC_FSEEKO from autoconf 2.63 instead
571 # of the broken one we might get from autoconf 2.61.
572 ACX_FUNC_FSEEKO_FIXED
577 ############################################################################
578 # Checks for libraries.
579 ############################################################################
581 # Don't add math library for intel compilers
582 if $CC -V 2>&1 | grep 'Intel Corporation' > /dev/null 2>&1; then
583   AC_MSG_NOTICE([Using built-in math library with intel compiler])
584 else
585   AC_CHECK_LIB(m,sqrt,,AC_MSG_ERROR([No math library found]))
588 #####
589 # Disable MASS support for now.
590 #####
593 case "$with_fft" in
594 fftw2)
595   if test "$enable_float" = "yes"; then
596     sizeof_real=4
597   else
598     sizeof_real=8
599   fi
600   ACX_CHECK_FFTW2(fftw,$sizeof_real)
601   ACX_CHECK_FFTW2(rfftw,$sizeof_real)
603   case ${ac_fftw_savedprefix} in
604    d) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_DFFTW,,[Use the d prefix on fftw2 includes]) ;;
605    s) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_SFFTW,,[Use the s prefix on fftw2 includes]) ;;
606    *) AC_DEFINE(FFTW2_NAME_FFTW,,[Dont use any prefix on fftw2 includes]) ;;
607   esac
609   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTW2,,[Use FFTW2 FFT library])
611   ;; #  end of fftw2 check
613 fftw3) # Much simpler check than fftw2
614 # Check for header <fftw3.h> AC_CHECK_HEADERS doesnt work, since we must
615 # use mpicc to get includes - cpp isnt always the same compiler.
616 AC_MSG_CHECKING([for fftw3.h])
617 AC_TRY_COMPILE([#include<fftw3.h>],,[
618 # ok, look for library file too
619 AC_MSG_RESULT(yes)
620 if test "$enable_float" = "yes"; then
621   AC_CHECK_LIB([fftw3f],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find fftw3f library]))
622   PKG_FFTW="fftw3f"
623 else
624   AC_CHECK_LIB([fftw3],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find fftw3 library]))
625   PKG_FFTW="fftw3"
627   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTW3,,[Use FFTW3 FFT library])
629 # not ok, echo a warning
630 AC_MSG_ERROR(
631 [Cannot find the default external FFT library (fftw3).
632 Other alternatives are 'fftw2', or 'mkl' for Intel MKL.
633 You are STRONGLY recommended to use one of these - fftw is free.
635 Use CPPFLAGS and LDFLAGS if the library is installed in a 
636 non-standard location. (see FAQ at http://www.gromacs.org)
637                                                           
638 If you dont care about performance you can also specify 'fftpack'
639 to use a slower set of FFTs built into Gromacs. 
640 (Just install FFTW3 unless you really know what you are doing).
643   AC_SUBST(PKG_FFTW)
644   ;;
646 mkl*)
647 ###########
648 # Intel Math Kernel Library version 6 and later.
649 ##########
650 AC_MSG_CHECKING([for mkl_dfti.h])
651 AC_TRY_COMPILE([#include<mkl_dfti.h>],,AC_MSG_RESULT(yes),AC_MSG_ERROR([Cannot find mkl_dfti.h header from Intel Math Kernel Library>=6.0.]\
653 ## Check for library
654 #  AC_CHECK_LIB([guide],main,,AC_MSG_ERROR([Cannot find libguide (Intel MKL)]))
655 #  AC_CHECK_LIB([mkl],DftiComputeForward,,
656 #    AC_MSG_ERROR([Cannot find Intel Math Kernel Library >= 6.0]))
657   # first check for older MKLs
658   AC_CHECK_LIB([mkl],DftiComputeForward,,[have_mkl="no"])
659   if test "$have_mkl" == "no"; then
660     # we assume it's a new MKL
661     LIBS="$LIBS -liomp5 -lmkl_sequential -lmkl_core"
662     LMKL=" -liomp5 -lmkl_sequential -lmkl_core"
663     AC_CHECK_LIB([mkl_intel_lp64],DftiComputeForward,,[have_mkl10_64="no"])
664     if test "$have_mkl10_64" == "no"; then
665       AC_CHECK_LIB([mkl_intel],DftiComputeForward,,[have_mkl10_32="no"])
666       if test "$have_mkl10_32" == "no"; then
667         AC_MSG_ERROR([Cannot find Intel Math Kernel Library >= 6.0])
668       fi
669     fi
670   fi
671   AC_DEFINE(GMX_FFT_MKL,,[Use Intel MKL FFT library])
672   AC_SUBST(LMKL)
673   ;;
675 fftpack | no)
676   AC_MSG_WARN([The built-in FFTPACK routines are slow.
677 Are you sure you don't want to use FFTW? It is free and much faster...])
678   AC_DEFINE(GMX_FFT_FFTPACK,,[Use Built-in FFTPACK FFT library])
679   ;;
681   AC_MSG_ERROR([Unknown FFT library])
682   ;;
683 esac
686 if test "$enable_fftw_measure" != "yes"; then
687    AC_DEFINE(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE,,[Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE FFT kernels)])
690 ######
691 # check for xtc headers
692 case "${host_os}" in
693 cygwin* | mingw*)   # use our own xdr stuff for cygwin/mingw
694   ;;
696   AC_CHECK_HEADERS([rpc/rpc.h])
697   AC_CHECK_HEADERS([rpc/xdr.h],,,
698 [#if HAVE_RPC_RPC_H
699 # include <rpc/rpc.h>
700 #endif
702   AC_CHECK_LIB(nsl,xdr_float)
703   AC_TRY_LINK([
704 #if HAVE_RPC_RPC_H
705 #include<rpc/rpc.h> 
706 #else
707 #error NO rpc.h header
708 #endif
709 #if HAVE_RPC_XDR_H
710 #include<rpc/xdr.h>
711 #else
712 #error No xdr.h header
713 #endif
714 ],[ XDR *xd; float f; xdr_float(xd,&f);],[have_xdr="yes"])
716   if test "$have_xdr" != "yes"; then
717     AC_DEFINE(GMX_INTERNAL_XDR,,[Use our own instead of system XDR libraries])  
718     AC_MSG_WARN([Couldn't find XDR headers and/or libraries - using our own])
719   fi
720   ;;
721 esac
724 ########################################################################
725 # Checks for header files and types
726 ########################################################################
728 AC_CHECK_HEADERS([limits.h unistd.h],,AC_MSG_ERROR([Include headers not found]))
729 AC_CHECK_HEADERS(unistd.h)
730 AC_CHECK_HEADERS(sys/types.h)
731 AC_CHECK_HEADERS(sys/time.h)
732 AC_CHECK_HEADERS(dirent.h)
733 AC_CHECK_HEADERS(copyfile.h)
734 AC_CHECK_HEADERS(regex.h,,[AC_MSG_WARN(
735 [No regex.h found.
736 Regular expression matching in selections will be disabled.
737 Selections still work, but the default groups can differ from
738 those obtained with regular expressions enabled.
739 Consider installing the regular expression library from GNU libc.])])
741 #####
742 # Checks for additional and/or optional functions or libraries.
743 #AC_FUNC_MALLOC
744 AC_FUNC_MEMCMP
745 AC_TYPE_SIGNAL
746 AC_TYPE_OFF_T
747 AC_FUNC_VPRINTF
748 AM_WITH_DMALLOC
749 AC_CHECK_FUNCS(strcasecmp)
750 AC_CHECK_FUNCS(strdup)
751 AC_CHECK_FUNCS(gettimeofday)
752 AC_CHECK_FUNCS(cbrt)
753 AC_CHECK_FUNCS(isnan)
754 AC_CHECK_FUNCS(_isnan)
755 AC_CHECK_FUNCS(isfinite)
756 AC_CHECK_FUNCS(_isfinite)
757 AC_CHECK_FUNCS(fsync)
758 AC_CHECK_FUNCS(fileno)
759 AC_CHECK_FUNCS(copyfile)
761 # check for bool (must come late, since CFLAGS/includes might affect it)
762 AC_CHECK_TYPES([bool])
763 AC_SEARCH_LIBS(posix_memalign, c, AC_DEFINE(HAVE_POSIX_MEMALIGN, 1, Define to 1 if you have the posix_memalign function))
764 AC_SEARCH_LIBS(memalign, c, AC_DEFINE(HAVE_MEMALIGN, 1, Define to 1 if you have the memalign function))
765 AC_CHECK_FUNCS(_aligned_malloc)
766 #AC_SEARCH_LIBS(_aligned_malloc, c, AC_DEFINE(HAVE__ALIGNED_MALLOC, 1, Define to 1 if you have the _aligned_malloc function))
773 #############
774 # Check integer sizes, set to zero if e.g. long long is not supported.
775 # (Note: this must come *after* type checks for the corresponding types!)
776 #############
777 AC_CHECK_SIZEOF(int)
778 AC_CHECK_SIZEOF(long int)
779 AC_CHECK_SIZEOF(long long int)
780 AC_CHECK_SIZEOF(off_t)
781 AC_CHECK_SIZEOF(void*)
785 # Apple OS X is a bit strange/braindead in that it always reports itself as i386, both for
786 # 32 and 64 bit builds (even with the 64 bit kernel!).
788 # To get the SSE support right we check for the size of void * that we detected above...
789 case "${host_vendor}-${host_os}" in
790   apple-darwin*)
791   if test $ac_cv_sizeof_voidp = 8; then
792      enable_ia32_sse=no;
793   else
794      enable_x86_64_sse=no;
795   fi
796   ;;
797   *) ;;
798 esac
803 #####
804 # Look for X
805 AC_PATH_XTRA
806 if test "$no_x" != "yes"; then
807   AM_CONDITIONAL(USE_X11,true)
808 else
809   AM_CONDITIONAL(USE_X11,false)
812 # GNU Scientific Library or not
813 AC_ARG_WITH(gsl,
814  [AC_HELP_STRING([--with-gsl],[Link to the GNU scientific library, ]
815                  [enables extra functions in analysis])],,with_gsl=no)
817 ######
818 if test "$with_gsl" = "yes"; then
819   ac_save_LDFLAGS="$LDFLAGS"
820   AC_CHECK_HEADERS([gsl/gsl_version.h],[
821 # header found, check for libraries 
822   AC_CHECK_LIB(gslcblas,main,[
823   LDFLAGS="$ac_save_LDFLAGS -lgslcblas"
824 # gslcblas library found, check main lib
825   AC_CHECK_LIB(gsl,main)])])
826   PKG_GSL="gsl"
827   AC_SUBST(PKG_GSL)
831 ######
832 # Use OpenMM libraries
833 ######
834 AC_ARG_WITH(openmm,
835  [  --with-openmm                 Use the OpenMM libraries to run on GPUs],,with_openmm=no)
837 if test "$with_openmm" = "yes"; then
839   AC_PROG_CXX
840   CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I$OPENMM_INSTALL_DIR/include"
841   INCLUDES="$INCLUDES -I$OPENMM_INSTALL_DIR/include"
842   LDFLAGS="$LDFLAGS -L$OPENMM_INSTALL_DIR/lib -lOpenMM"
843   #AC_CHECK_HEADERS([OpenMM.h],AC_CHECK_LIB(OpenMM,main))
844   #AC_CHECK_HEADERS([OpenMM.h],,AC_MSG_ERROR([Cannot find OpenMM.h file. Please set OPENMM_INSTALL_DIR.]))
845   AC_DEFINE([USE_OPENMM],,[Use OpenMM libraries to run on GPUs])
847 #  AS_CASE([${host_cpu}-${host_os}-${host_vendor}],
848 #    [i?86-linux*], [OPENMM_HOST=linux32],
849 #    [x86_64-linux*], [OPENMM_HOST=linux64],
850 #    [amd64-linux*], [OPENMM_HOST=linux64],
851 #    [i?86-darwin*-apple], [OPENMM_HOST=apple],
852 #    [OPENMM_HOST=""])
853 #  AC_SUBST([OPENMM_HOST])
856 AM_CONDITIONAL([USE_OPENMM],[test "$with_openmm" = "yes"])
859 AC_ARG_WITH(xml,
860  [AC_HELP_STRING([--without-xml],[do not link to the xml2 library,] 
861                  [disallows the use of certain file formats])],,with_xml=yes)
863 #########
864 # Check for libxml2, but it is optional, so dont stop
865 # if it isnt there.
866 if test "$with_xml" = "yes"; then
867    ac_save_CPPFLAGS="$CPPFLAGS"
868    CPPFLAGS="$ac_save_CPPFLAGS -I/usr/include/libxml2"
869    AC_CHECK_HEADERS([libxml/parser.h],AC_CHECK_LIB(xml2,main))
870    if test "$ac_cv_lib_xml2_main" = "yes"; then
871      INCLUDES="$INCLUDES -I/usr/include/libxml2"
872      PKG_XML2="libxml-2.0"
873      AC_SUBST(PKG_XML2)
874      if test "$enable_all_static" = "yes"; then
875        LDFLAGS_RET=$LDFLAGS
876        LDFLAGS="-static $LDFLAGS"
877        LIBS_RET="$LIBS"
878        LIBS="$LIBS -lz"
879        AC_MSG_CHECKING(for broken libxml2)
880        AC_TRY_RUN([
881 #include <libxml/parser.h>
882 main() {
883   xmlInitParser();
884   return 0;
886        AC_MSG_RESULT([no]),[AC_MSG_RESULT([yes])
887        AC_MSG_ERROR([Your libxml2 is broken for static linking, recompile it without threads or build gromacs without libxml])],[-lz])
888        LDFLAGS=$LDFLAGS_RET
889        LIBS="$LIBS_RET"
890      fi
891    fi
892 # restore CPPFLAGS
893    CPPFLAGS="$ac_save_CPPFLAGS"
896 #### 
897 # And collect the f77 libs to the linker - on Solaris, f77 stuff must go first,
898 # and we need -L/usr/ucblib to find libucb... (stupid OS)
899 # On e.g. ibm the mass libraries must come before -lm... 
900 case "${host_cpu}-${host_os}" in
901   *-solaris*) 
902     LIBS="$FLIBS $LIBS" 
903     LDFLAGS="$LDFLAGS -L/usr/ucblib"
904     ;;
905   *) LIBS="$LIBS $FLIBS" ;;
906 esac
909 # add the Accelerate framework if enabled above.
910 # LDFLAGS might have been set in the CPU optimization, so we cant assign it directly before that.
911 LDFLAGS="$LDFLAGS $extra_LDFLAGS"
918 #####
919 # Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
920 AC_C_CONST
921 AC_TYPE_SIZE_T
922 AC_STRUCT_TM
923 AC_C_INLINE
925 # AC_TYPE_UID_T is broken on Mac OS X, so use generic tests instead
926 AC_CHECK_TYPES([uid_t],[],[AC_DEFINE(uid_t, int, [Define to `int' if <sys/types.h> doesn't define.])],[[#include <sys/types.h>]])
927 AC_CHECK_TYPES([gid_t],[],[AC_DEFINE(gid_t, int, [Define to `int' if <sys/types.h> doesn't define.])],[[#include <sys/types.h>]])
929 AC_CHECK_TYPES([sig_atomic_t],[],[AC_DEFINE(sig_atomic_t, int, [Define to `int' (and hope it's atomic) if <signal.h> doesn't define it.])],[[#include <signal.h>]])
931     
934 # Test stuff for ia32 and x86_64 assembly, and add objects/libraries.
935 if test "$enable_ia32_sse" = "yes" -o "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
936   AC_MSG_CHECKING([whether your compiler can handle assembly files (*.s)])
938 # Use 64-bit registers (rsp/rbp) on x86_64
940 if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
941 cat > conftestasm.s << EOF
942 checkasm:
943         mov     %rsp, %rbp
944         ret
946 else
947 cat > conftestasm.s << EOF
948 checkasm:
949         movl    %esp, %ebp
950         ret
953   if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftestasm.s); then
954     if test -f conftestasm.o; then
955       AC_MSG_RESULT([yes])
956     else
957       AC_MSG_RESULT([no])
958       AC_MSG_ERROR([Upgrade your compiler (or disable assembly loops).])
959     fi
960   else
961     AC_MSG_RESULT([no])
962     AC_MSG_ERROR([Upgrade your compiler (or disable assembly loops).])
963   fi
965 # ok, cc understands assembly.
967 # If we are using double precision we need SSE2
968   if test "$enable_float" = "no"; then
969 #   test SSE2 on ia32:
970     if test "$enable_ia32_sse" = "yes"; then
971       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports ia32 SSE2])
972 cat > conftest.s << EOF
973 checkasm:
974         emms
975         movapd 32(%esi,%edx,8),%xmm4
976         emms
977         ret
979       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
980         AC_MSG_RESULT([yes])
981       else
982         AC_MSG_RESULT([no])
983         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
984       fi
985       AC_DEFINE([GMX_IA32_SSE2],,[Double-precision SSE2 instructions on ia32])
986     fi
987 #   test SSE2 on X86_64:
988     if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
989       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports X86_64 SSE2])
990 cat > conftest.s << EOF
991 checkasm:
992         emms
993         movapd 32(%rsi,%rdx,8),%xmm4
994         emms
995         ret
997       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
998         AC_MSG_RESULT([yes])
999       else
1000         AC_MSG_RESULT([no])
1001         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
1002       fi
1003       AC_DEFINE([GMX_X86_64_SSE2],,[Double-precision SSE2 instructions on X86_64])
1004     fi
1005   else
1006 # end of double precision testing, now do single.
1007     if test "$enable_ia32_sse" = "yes"; then
1008       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports ia32 SSE])
1009 cat > conftest.s << EOF
1010 checkasm:
1011         emms
1012         movaps 32(%esi,%edx,8),%xmm4
1013         emms
1014         ret
1016       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
1017         AC_MSG_RESULT([yes])
1018       else
1019         AC_MSG_RESULT([no])
1020         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
1021       fi
1022       AC_DEFINE([GMX_IA32_SSE],,[Single-precision SSE instructions on ia32])
1023     fi
1024 #   test SSE2 on X86_64:
1025     if test "$enable_x86_64_sse" = "yes"; then
1026       AC_MSG_CHECKING([whether as fully supports X86_64 SSE instructions])
1027 cat > conftest.s << EOF
1028 checkasm:
1029         emms
1030         movaps 32(%rsi,%rdx,8),%xmm4
1031         emms
1032         ret
1034       if AC_TRY_COMMAND($CC $CFLAGS -c conftest.s); then
1035         AC_MSG_RESULT([yes])
1036       else
1037         AC_MSG_RESULT([no])
1038         AC_MSG_ERROR([Upgrade to a more recent binutils (or disable assembly loops).])
1039       fi
1040       AC_DEFINE([GMX_X86_64_SSE],,[Single-precision SSE instructions on X86_64])
1041     fi
1042   fi
1046 # Test stuff for ia64 assembly
1048 # Nothing to test right now.
1051   
1054 # Test altivec support.
1056 if test "$enable_ppc_altivec" = "yes"; then
1057   if test "$enable_float" = "no"; then
1058     AC_MSG_WARN([PowerPC Altivec loops can only be used in single precision - disabling])
1059     enable_ppc_altivec=no
1060   else 
1061     # On FSF (vanilla) GCC we must include altivec.h, and on apple we 
1062     # should NOT do it after using -faltivec. Go figure...
1063     case "${host_os}" in
1064     darwin*)                            
1065         # do nothing on Apple systems
1066        ;;
1067     *)
1068         AC_CHECK_HEADERS([altivec.h])
1069        ;;
1070     esac
1072     AC_MSG_CHECKING([whether the compiler supports altivec extensions])
1073     AC_TRY_COMPILE([],[
1074 #ifndef __VEC__
1075 choke_me
1076 #endif
1078     AC_MSG_RESULT([yes])
1079     AC_DEFINE([GMX_PPC_ALTIVEC],,[Use PowerPC Altivec inner loops])],[
1080       AC_MSG_RESULT([no])
1081       AC_MSG_WARN([no altivec support found - On recent PowerPC CPUs]
1082 [you can get a huge performance gain by using an altivec-enabled compiler.]
1083 [On OS X, you need GCC>=3.3, or the IBM compilers. If you are using standard]
1084 [GCC, you need at least version 4.0])
1085       enable_ppc_altivec=no])
1086   fi  
1089 if test "$enable_ia64_asm" = "yes"; then
1090   AC_DEFINE(GMX_IA64_ASM,,[Use ia64 assembly tuned for Itanium2])
1091   AC_DEFINE(DISABLE_WATER_NLIST,,[Turn off all water neighborlist optimization])
1092   AC_DEFINE(DISABLE_WATERWATER_NLIST,,[Turn off water-water neighborlist optimization only])
1095 if test "$enable_bluegene" = "yes"; then
1096   AC_DEFINE(GMX_BLUEGENE,,[Use assembly intrinsics kernels for BlueGene])
1100 # Add the appropriate assembly loops 
1102 AM_CONDITIONAL([GMX_IA32_SSE],[test "$enable_ia32_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1103 AM_CONDITIONAL([GMX_IA32_SSE2],[test "$enable_ia32_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "no"])
1104 AM_CONDITIONAL([GMX_X86_64_SSE],[test "$enable_x86_64_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1105 AM_CONDITIONAL([GMX_X86_64_SSE2],[test "$enable_x86_64_sse" = "yes" -a "$enable_float" = "no"])
1106 AM_CONDITIONAL([GMX_FORTRAN],[test "$enable_fortran" = "yes"])
1107 AM_CONDITIONAL([GMX_PPC_ALTIVEC],[test "$enable_ppc_altivec" = "yes" -a "$enable_float" = "yes"])
1108 AM_CONDITIONAL([GMX_IA64_ASM],[test "$enable_ia64_asm" = "yes"])
1109 AM_CONDITIONAL([GMX_BLUEGENE],[test "$enable_bluegene" = "yes"])
1110 AM_CONDITIONAL([GMX_POWER6],[test "$enable_power6" = "yes"])
1113 #############
1114 # Check integer endian
1115 #############
1116 AC_C_BIGENDIAN([AC_DEFINE([GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN],,[Integer byte order is big endian.])],[],[
1117 AC_MSG_ERROR([Cannot determine endian in compiled output])])
1118 # Little endian implied if GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN not defined in source.
1122 case "${host_cpu}" in
1123    i?86) 
1124          # Check if inline assembly works
1125          AC_MSG_CHECKING(if the compiler supports gcc inline assembly)
1126       AC_TRY_LINK([],[float f;int i; asm("fld %1\nfistpl %0\n" : "=m" (*&i) : "f" (f));],[AC_MSG_RESULT(yes)
1127 AC_DEFINE(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM,,[Enable x86 gcc inline assembly])],[AC_MSG_RESULT(no)])
1128          # Check for MSVC inline assembly
1129      AC_MSG_CHECKING(if the compiler supports MSVC inline assembly)
1130       AC_TRY_LINK([],[float f;int i; _asm { fld f } ; _asm { fistpl i };],[AC_MSG_RESULT(yes)
1131 AC_DEFINE(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM,,[Enable x86 MSVC inline assembly])],[AC_MSG_RESULT(no)])
1132         ;;              
1133    *) ;;
1134 esac
1137 ############
1138 # Check dlopen
1139 ###########
1140 if test "$with_dlopen" = "yes"; then
1141       AC_MSG_CHECKING(if dlopen supported)
1142       CFLAGS_RET=$CFLAGS
1143       #LDFLAGS="$lt_cv_dlopen_libs $LDFLAGS" #can't make the macro, which is getting lt_cv_dlopen_libs, to work
1144       LDFLAGS_RET=$LDFLAGS
1145       if test "$enable_all_static" = "yes"; then  #make sure we test also whether it works static
1146          LDFLAGS="$LDFLAGS -static"
1147       fi
1148       CFLAGS="-I$srcdir/include -DGMX_DLOPEN $CFLAGS"
1149       AC_TRY_LINK([#include "$srcdir/src/gmxlib/vmddlopen.c"],,[AC_MSG_RESULT([yes])\
1150         AC_DEFINE(GMX_DLOPEN,,[Compile with dlopen])],AC_MSG_RESULT([no]))
1151       CFLAGS=$CFLAGS_RET
1152       LDFLAGS=$LDFLAGS_RET
1158 ########################################################################
1159 # Final output stage
1160 ########################################################################
1161 AS="$CC"
1162 AC_SUBST(ASFLAGS)
1163 AC_SUBST(AS)
1164 AC_SUBST(INCLUDES)          # should be automatic, but doesnt seem to be?
1166 # To tell libraries apart, we use four versions of the name. For instance, libgmx:
1167 # libgmx                single prec, no mpi.
1168 # libgmx_d              double prec, no mpi.
1169 # libgmx_mpi            single prec, mpi.
1170 # libgmx_mpi_d          double prec, mpi.
1171 # However, the non-suffixed names are linked to the _mpi and/or _d suffixed
1172 # ones upon installation if that is the only version available.
1174 if test "$enable_mpi" = "yes"; then
1175   LIBSUFFIX="_mpi"
1177 if test "$enable_float" = "no"; then
1178   LIBSUFFIX="${LIBSUFFIX}_d"
1180 AC_SUBST(LIBSUFFIX) 
1182 # Unless the user has explicitly requested a prefix/suffix/transform, we
1183 # use _d on double precision files. Don't add anything for mpi, but at the
1184 # end we tell the user it is possible and smart to do in some cases!
1185 if test "$program_transform_name" = "s,x,x,"; then
1186   name_transform_provided=no;
1187   if test "$enable_float" = "no"; then
1188     program_transform_name="s,\$\$,_d,"
1189   fi
1190 else
1191   name_transform_provided=yes;
1195 # Use a variable for RPM - this way it can be 
1196 # overridden with make RPM=rpm3 rpm
1197 RPM=rpm
1198 AC_SUBST(RPM)
1200 if test "$enable_fahcore" = "yes"; then  
1201   CPPFLAGS="$CPPFLAGS -I\$(top_srcdir)/../corewrap -include swindirect.h -DFULLINDIRECT -DUSE_FAH_XDR"  
1202   if test "$enable_mpi" = "yes"; then 
1203     CFLAGS="$CFLAGS -DMPI"  
1204   fi
1206 AM_CONDITIONAL([GMX_FAHCORE],[test "$enable_fahcore" = "yes"])
1209 if test "$enable_all_static" = "yes"; then
1210   LDFLAGS="$LDFLAGS -all-static"
1213 # we have asm source, so this is necessary for automake 1.6
1214 CCAS=$CC
1215 CCASFLAGS=$CFLAGS
1217 AC_SUBST(CCAS)
1218 AC_SUBST(CCASFLAGS)
1220 AC_CONFIG_FILES([ Makefile ])
1221 AC_CONFIG_FILES([ src/Makefile ])
1222 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/Makefile ])
1223 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/libgmx${LIBSUFFIX}.pc:src/gmxlib/libgmx.pc.in ])
1224 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/gmx_blas/Makefile ])
1225 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/gmx_lapack/Makefile ])
1226 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/selection/Makefile ])
1227 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/statistics/Makefile ])
1228 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/trajana/Makefile ])
1229 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/thread_mpi/Makefile ])
1230 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/Makefile ])
1231 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c/Makefile ])
1232 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia32_sse/Makefile ])
1233 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia32_sse2/Makefile ])
1234 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse/Makefile ])
1235 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_x86_64_sse2/Makefile ])
1236 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ppc_altivec/Makefile ])
1237 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia64_single/Makefile ])
1238 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_ia64_double/Makefile ])
1239 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_bluegene/Makefile ])
1240 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_power6/Makefile ])
1241 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_f77_single/Makefile ])
1242 AC_CONFIG_FILES([ src/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_f77_double/Makefile ])
1243 AC_CONFIG_FILES([ include/Makefile ])
1244 AC_CONFIG_FILES([ include/types/Makefile ])
1245 AC_CONFIG_FILES([ include/thread_mpi/Makefile ])
1246 AC_CONFIG_FILES([ include/thread_mpi/atomic/Makefile ])
1247 AC_CONFIG_FILES([ src/mdlib/Makefile ])
1248 AC_CONFIG_FILES([ src/mdlib/libmd${LIBSUFFIX}.pc:src/mdlib/libmd.pc.in ])
1249 AC_CONFIG_FILES([ src/kernel/Makefile ])
1250 AC_CONFIG_FILES([ src/kernel/libgmxpreprocess${LIBSUFFIX}.pc:src/kernel/libgmxpreprocess.pc.in ])
1251 AC_CONFIG_FILES([ src/tools/Makefile ])
1252 AC_CONFIG_FILES([ src/tools/libgmxana${LIBSUFFIX}.pc:src/tools/libgmxana.pc.in ])
1253 AC_CONFIG_FILES([ src/ngmx/Makefile ])
1254 AC_CONFIG_FILES([ src/contrib/Makefile ])
1255 AC_CONFIG_FILES([ scripts/Makefile ])
1256 AC_CONFIG_FILES([ admin/Makefile ])
1257 AC_CONFIG_FILES([ share/Makefile ])
1258 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/Makefile ])
1259 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/gmxdemo/Makefile ])
1260 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/nmr1/Makefile ])
1261 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/nmr2/Makefile ])
1262 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/water/Makefile ])
1263 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/mixed/Makefile ])
1264 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/methanol/Makefile ])
1265 AC_CONFIG_FILES([ share/tutor/speptide/Makefile ])
1266 AC_CONFIG_FILES([ share/template/Makefile ])
1267 AC_CONFIG_FILES([ share/top/Makefile ])
1268 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gmx.ff/Makefile ])
1269 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gmx2.ff/Makefile ])
1270 AC_CONFIG_FILES([ share/top/encadv.ff/Makefile ])
1271 AC_CONFIG_FILES([ share/top/encads.ff/Makefile ])
1272 AC_CONFIG_FILES([ share/top/oplsaa.ff/Makefile ])
1273 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos43a1.ff/Makefile ])
1274 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos43a2.ff/Makefile ])
1275 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos45a3.ff/Makefile ])
1276 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos53a5.ff/Makefile ])
1277 AC_CONFIG_FILES([ share/top/gromos53a6.ff/Makefile ])
1278 AC_CONFIG_FILES([ share/top/charmm27.ff/Makefile ])
1279 AC_CONFIG_FILES([ share/html/Makefile ])
1280 AC_CONFIG_FILES([ share/html/images/Makefile ])
1281 AC_CONFIG_FILES([ share/html/online/Makefile ])
1282 AC_CONFIG_FILES([ man/Makefile man/man1/Makefile man/man7/Makefile ])
1283 AC_CONFIG_FILES([ Doxyfile ])
1284 AC_OUTPUT
1292 #########################################################
1293 # Echo some important info, to avoid stupid mistakes
1296 if test "$enable_float" = "no" -a "$name_transform_provided" = "no"; then
1297   echo ""
1298   echo "* You are compiling a double precision version of Gromacs -"
1299   echo "  program names will be suffixed with _d to avoid overwriting single"
1300   echo "  precision files. You can override it with --program-suffix"
1303 if test "$name_transform_provided" = "no" -a "$enable_mpi" = "yes"; then
1304   echo ""
1305   echo "* Seems you are compiling with MPI support. You can install the MPI-"
1306   echo "  enabled programs with suffixed names to have both MPI and non-MPI"
1307   echo "  versions. This is useful e.g. on supercomputers where you usually"
1308   echo "  cannot run MPI-linked programs on the login node."
1309   echo "  Set a suffix with e.g. --program-suffix=_mpi (or _mpi_d for double)."
1310   echo "  You only need MPI for mdrun, so if you already have non-MPI stuff"
1311   echo "  installed you can issue make mdrun; make install-mdrun."
1314 if test "$enable_shared" = "no"; then
1315   echo ""
1316   echo "* On most platforms you can save 10X space with dynamic libraries, although"
1317   echo "  the binaries might be less portable. Why not try --enable-shared ?"
1318 fi  
1321 if test "$tmpi_atomics" = "no"; then
1322   echo ""
1323   echo "* This compiler+CPU combination doesn't have working atomic operations."
1324   echo "  Thread support will be unbearably slow: the default number of threads"
1325   echo "  is set to 1."
1326   echo "  Atomics should work on all but the most obscure CPU+compiler"
1327   echo "  combinations; if your system is not obscure (like, for example, x86"
1328   echo "  with gcc) please contact the developers."
1329   echo ""