Fix cpuinfo on clang + non-x86
[gromacs.git] / COPYING
blobe0c7976a5c95e9a2463ac236723a903f35e1c37f
1 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
2 Public License (LGPL) Version 2.1 or (at your option) any later
3 version. See section 1 for details. GROMACS includes optional code
4 covered by several different licences as described below.  The
5 GROMACS package in its entirety may be copied, modified or
6 distributed according to the conditions described in section 1.
7 However, in the interests of clarity and completeness, some
8 individual parts of GROMACS that can be used under their respective
9 licenses are also noted here.
11 This file contains the licenses for the following bodies of code:
12 1. GROMACS
13 2. Trajectory file reading using VMD plugins
14 3. Internal FFT (fftpack)
15 4. thread_mpi
16 5. Blas
17 6. Lapack
18 7. Parts of Boost C++ library
19 8. Google Test and Google Mock
20 9. Sun XDR implementation (External Data Representation)
21 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
22 11. ThreeFry Random Engine
23 12. Gamma distribution from libc++
24 13. md5
25 14. lmfit
27 Our chosen method for packaging distributions (CPack) only permits a
28 package to have a single license file, so we are unfortunately forced
29 to combine all of this information into a single license file. Sorry
30 about that.
32 ============================================
34 1. GROMACS
35 ==========
37 As our use of the LGPL conveys upon a licensee the option to
38 redistribute the library under the terms of the plain GPL, we must
39 include a copy of that GPL for their reference. The applicable GPL
40 license comes after the applicable LGPL license in this file.
42 ============================================
44                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
45                        Version 2.1, February 1999
47  Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
48  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
49  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
50  of this license document, but changing it is not allowed.
52 [This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
53  as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
54  the version number 2.1.]
56                             Preamble
58   The licenses for most software are designed to take away your
59 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
60 Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
61 free software--to make sure the software is free for all its users.
63   This license, the Lesser General Public License, applies to some
64 specially designated software packages--typically libraries--of the
65 Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
66 can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
67 this license or the ordinary General Public License is the better
68 strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
70   When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
71 not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
72 you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
73 for this service if you wish); that you receive source code or can get
74 it if you want it; that you can change the software and use pieces of
75 it in new free programs; and that you are informed that you can do
76 these things.
78   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
79 distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
80 rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
81 you if you distribute copies of the library or if you modify it.
83   For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
84 or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
85 you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
86 code.  If you link other code with the library, you must provide
87 complete object files to the recipients, so that they can relink them
88 with the library after making changes to the library and recompiling
89 it.  And you must show them these terms so they know their rights.
91   We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
92 library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
93 permission to copy, distribute and/or modify the library.
95   To protect each distributor, we want to make it very clear that
96 there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
97 modified by someone else and passed on, the recipients should know
98 that what they have is not the original version, so that the original
99 author's reputation will not be affected by problems that might be
100 introduced by others.
102   Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
103 any free program.  We wish to make sure that a company cannot
104 effectively restrict the users of a free program by obtaining a
105 restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
106 any patent license obtained for a version of the library must be
107 consistent with the full freedom of use specified in this license.
109   Most GNU software, including some libraries, is covered by the
110 ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
111 General Public License, applies to certain designated libraries, and
112 is quite different from the ordinary General Public License.  We use
113 this license for certain libraries in order to permit linking those
114 libraries into non-free programs.
116   When a program is linked with a library, whether statically or using
117 a shared library, the combination of the two is legally speaking a
118 combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
119 General Public License therefore permits such linking only if the
120 entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
121 Public License permits more lax criteria for linking other code with
122 the library.
124   We call this license the "Lesser" General Public License because it
125 does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
126 Public License.  It also provides other free software developers Less
127 of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
128 are the reason we use the ordinary General Public License for many
129 libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
130 special circumstances.
132   For example, on rare occasions, there may be a special need to
133 encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
134 a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
135 allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
136 library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
137 case, there is little to gain by limiting the free library to free
138 software only, so we use the Lesser General Public License.
140   In other cases, permission to use a particular library in non-free
141 programs enables a greater number of people to use a large body of
142 free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
143 non-free programs enables many more people to use the whole GNU
144 operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
145 system.
147   Although the Lesser General Public License is Less protective of the
148 users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
149 linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
150 that program using a modified version of the Library.
152   The precise terms and conditions for copying, distribution and
153 modification follow.  Pay close attention to the difference between a
154 "work based on the library" and a "work that uses the library".  The
155 former contains code derived from the library, whereas the latter must
156 be combined with the library in order to run.
158                   GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
159    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
161   0. This License Agreement applies to any software library or other
162 program which contains a notice placed by the copyright holder or
163 other authorized party saying it may be distributed under the terms of
164 this Lesser General Public License (also called "this License").
165 Each licensee is addressed as "you".
167   A "library" means a collection of software functions and/or data
168 prepared so as to be conveniently linked with application programs
169 (which use some of those functions and data) to form executables.
171   The "Library", below, refers to any such software library or work
172 which has been distributed under these terms.  A "work based on the
173 Library" means either the Library or any derivative work under
174 copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
175 portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
176 straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
177 included without limitation in the term "modification".)
179   "Source code" for a work means the preferred form of the work for
180 making modifications to it.  For a library, complete source code means
181 all the source code for all modules it contains, plus any associated
182 interface definition files, plus the scripts used to control compilation
183 and installation of the library.
185   Activities other than copying, distribution and modification are not
186 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
187 running a program using the Library is not restricted, and output from
188 such a program is covered only if its contents constitute a work based
189 on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
190 writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
191 and what the program that uses the Library does.
193   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
194 complete source code as you receive it, in any medium, provided that
195 you conspicuously and appropriately publish on each copy an
196 appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
197 all the notices that refer to this License and to the absence of any
198 warranty; and distribute a copy of this License along with the
199 Library.
201   You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
202 and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
203 fee.
205   2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
206 of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
207 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
208 above, provided that you also meet all of these conditions:
210     a) The modified work must itself be a software library.
212     b) You must cause the files modified to carry prominent notices
213     stating that you changed the files and the date of any change.
215     c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
216     charge to all third parties under the terms of this License.
218     d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
219     table of data to be supplied by an application program that uses
220     the facility, other than as an argument passed when the facility
221     is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
222     in the event an application does not supply such function or
223     table, the facility still operates, and performs whatever part of
224     its purpose remains meaningful.
226     (For example, a function in a library to compute square roots has
227     a purpose that is entirely well-defined independent of the
228     application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
229     application-supplied function or table used by this function must
230     be optional: if the application does not supply it, the square
231     root function must still compute square roots.)
233 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
234 identifiable sections of that work are not derived from the Library,
235 and can be reasonably considered independent and separate works in
236 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
237 sections when you distribute them as separate works.  But when you
238 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
239 on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
240 this License, whose permissions for other licensees extend to the
241 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
244 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
245 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
246 exercise the right to control the distribution of derivative or
247 collective works based on the Library.
249 In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
250 with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
251 a storage or distribution medium does not bring the other work under
252 the scope of this License.
254   3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
255 License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
256 this, you must alter all the notices that refer to this License, so
257 that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
258 instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
259 ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
260 that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
261 these notices.
263   Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
264 that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
265 subsequent copies and derivative works made from that copy.
267   This option is useful when you wish to copy part of the code of
268 the Library into a program that is not a library.
270   4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
271 derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
272 under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
273 it with the complete corresponding machine-readable source code, which
274 must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
275 medium customarily used for software interchange.
277   If distribution of object code is made by offering access to copy
278 from a designated place, then offering equivalent access to copy the
279 source code from the same place satisfies the requirement to
280 distribute the source code, even though third parties are not
281 compelled to copy the source along with the object code.
283   5. A program that contains no derivative of any portion of the
284 Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
285 linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
286 work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
287 therefore falls outside the scope of this License.
289   However, linking a "work that uses the Library" with the Library
290 creates an executable that is a derivative of the Library (because it
291 contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
292 library".  The executable is therefore covered by this License.
293 Section 6 states terms for distribution of such executables.
295   When a "work that uses the Library" uses material from a header file
296 that is part of the Library, the object code for the work may be a
297 derivative work of the Library even though the source code is not.
298 Whether this is true is especially significant if the work can be
299 linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
300 threshold for this to be true is not precisely defined by law.
302   If such an object file uses only numerical parameters, data
303 structure layouts and accessors, and small macros and small inline
304 functions (ten lines or less in length), then the use of the object
305 file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
306 work.  (Executables containing this object code plus portions of the
307 Library will still fall under Section 6.)
309   Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
310 distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
311 Any executables containing that work also fall under Section 6,
312 whether or not they are linked directly with the Library itself.
314   6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
315 link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
316 work containing portions of the Library, and distribute that work
317 under terms of your choice, provided that the terms permit
318 modification of the work for the customer's own use and reverse
319 engineering for debugging such modifications.
321   You must give prominent notice with each copy of the work that the
322 Library is used in it and that the Library and its use are covered by
323 this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
324 during execution displays copyright notices, you must include the
325 copyright notice for the Library among them, as well as a reference
326 directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
327 of these things:
329     a) Accompany the work with the complete corresponding
330     machine-readable source code for the Library including whatever
331     changes were used in the work (which must be distributed under
332     Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
333     with the Library, with the complete machine-readable "work that
334     uses the Library", as object code and/or source code, so that the
335     user can modify the Library and then relink to produce a modified
336     executable containing the modified Library.  (It is understood
337     that the user who changes the contents of definitions files in the
338     Library will not necessarily be able to recompile the application
339     to use the modified definitions.)
341     b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
342     Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
343     copy of the library already present on the user's computer system,
344     rather than copying library functions into the executable, and (2)
345     will operate properly with a modified version of the library, if
346     the user installs one, as long as the modified version is
347     interface-compatible with the version that the work was made with.
349     c) Accompany the work with a written offer, valid for at
350     least three years, to give the same user the materials
351     specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
352     than the cost of performing this distribution.
354     d) If distribution of the work is made by offering access to copy
355     from a designated place, offer equivalent access to copy the above
356     specified materials from the same place.
358     e) Verify that the user has already received a copy of these
359     materials or that you have already sent this user a copy.
361   For an executable, the required form of the "work that uses the
362 Library" must include any data and utility programs needed for
363 reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
364 the materials to be distributed need not include anything that is
365 normally distributed (in either source or binary form) with the major
366 components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
367 which the executable runs, unless that component itself accompanies
368 the executable.
370   It may happen that this requirement contradicts the license
371 restrictions of other proprietary libraries that do not normally
372 accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
373 use both them and the Library together in an executable that you
374 distribute.
376   7. You may place library facilities that are a work based on the
377 Library side-by-side in a single library together with other library
378 facilities not covered by this License, and distribute such a combined
379 library, provided that the separate distribution of the work based on
380 the Library and of the other library facilities is otherwise
381 permitted, and provided that you do these two things:
383     a) Accompany the combined library with a copy of the same work
384     based on the Library, uncombined with any other library
385     facilities.  This must be distributed under the terms of the
386     Sections above.
388     b) Give prominent notice with the combined library of the fact
389     that part of it is a work based on the Library, and explaining
390     where to find the accompanying uncombined form of the same work.
392   8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
393 the Library except as expressly provided under this License.  Any
394 attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
395 distribute the Library is void, and will automatically terminate your
396 rights under this License.  However, parties who have received copies,
397 or rights, from you under this License will not have their licenses
398 terminated so long as such parties remain in full compliance.
400   9. You are not required to accept this License, since you have not
401 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
402 distribute the Library or its derivative works.  These actions are
403 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
404 modifying or distributing the Library (or any work based on the
405 Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
406 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
407 the Library or works based on it.
409   10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
410 Library), the recipient automatically receives a license from the
411 original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
412 subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
413 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
414 You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
415 this License.
417   11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
418 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
419 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
420 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
421 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
422 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
423 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
424 may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
425 license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
426 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
427 the only way you could satisfy both it and this License would be to
428 refrain entirely from distribution of the Library.
430 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
431 particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
432 and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
434 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
435 patents or other property right claims or to contest validity of any
436 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
437 integrity of the free software distribution system which is
438 implemented by public license practices.  Many people have made
439 generous contributions to the wide range of software distributed
440 through that system in reliance on consistent application of that
441 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
442 to distribute software through any other system and a licensee cannot
443 impose that choice.
445 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
446 be a consequence of the rest of this License.
448   12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
449 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
450 original copyright holder who places the Library under this License may add
451 an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
452 so that distribution is permitted only in or among countries not thus
453 excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
454 written in the body of this License.
456   13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
457 versions of the Lesser General Public License from time to time.
458 Such new versions will be similar in spirit to the present version,
459 but may differ in detail to address new problems or concerns.
461 Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
462 specifies a version number of this License which applies to it and
463 "any later version", you have the option of following the terms and
464 conditions either of that version or of any later version published by
465 the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
466 license version number, you may choose any version ever published by
467 the Free Software Foundation.
469   14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
470 programs whose distribution conditions are incompatible with these,
471 write to the author to ask for permission.  For software which is
472 copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
473 Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
474 decision will be guided by the two goals of preserving the free status
475 of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
476 and reuse of software generally.
478                             NO WARRANTY
480   15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
481 WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
482 EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
483 OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
484 KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
485 IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
486 PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
487 LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
488 THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
490   16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
491 WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
492 AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
493 FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
494 CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
495 LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
496 RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
497 FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
498 SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
499 DAMAGES.
501                      END OF TERMS AND CONDITIONS
503            How to Apply These Terms to Your New Libraries
505   If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
506 possible use to the public, we recommend making it free software that
507 everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
508 redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
509 ordinary General Public License).
511   To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
512 safest to attach them to the start of each source file to most effectively
513 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
514 "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
516     <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
517     Copyright (C) <year>  <name of author>
519     This library is free software; you can redistribute it and/or
520     modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
521     License as published by the Free Software Foundation; either
522     version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
524     This library is distributed in the hope that it will be useful,
525     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
526     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
527     Lesser General Public License for more details.
529     You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
530     License along with this library; if not, write to the Free Software
531     Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
533 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
535 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
536 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
537 necessary.  Here is a sample; alter the names:
539   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
540   library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
542   <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
543   Ty Coon, President of Vice
545 That's all there is to it!
547 ============================================
549                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
550                        Version 2, June 1991
552  Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc.,
553  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
554  Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
555  of this license document, but changing it is not allowed.
557                             Preamble
559   The licenses for most software are designed to take away your
560 freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
561 License is intended to guarantee your freedom to share and change free
562 software--to make sure the software is free for all its users.  This
563 General Public License applies to most of the Free Software
564 Foundation's software and to any other program whose authors commit to
565 using it.  (Some other Free Software Foundation software is covered by
566 the GNU Lesser General Public License instead.)  You can apply it to
567 your programs, too.
569   When we speak of free software, we are referring to freedom, not
570 price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you
571 have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
572 this service if you wish), that you receive source code or can get it
573 if you want it, that you can change the software or use pieces of it
574 in new free programs; and that you know you can do these things.
576   To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
577 anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights.
578 These restrictions translate to certain responsibilities for you if you
579 distribute copies of the software, or if you modify it.
581   For example, if you distribute copies of such a program, whether
582 gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that
583 you have.  You must make sure that they, too, receive or can get the
584 source code.  And you must show them these terms so they know their
585 rights.
587   We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and
588 (2) offer you this license which gives you legal permission to copy,
589 distribute and/or modify the software.
591   Also, for each author's protection and ours, we want to make certain
592 that everyone understands that there is no warranty for this free
593 software.  If the software is modified by someone else and passed on, we
594 want its recipients to know that what they have is not the original, so
595 that any problems introduced by others will not reflect on the original
596 authors' reputations.
598   Finally, any free program is threatened constantly by software
599 patents.  We wish to avoid the danger that redistributors of a free
600 program will individually obtain patent licenses, in effect making the
601 program proprietary.  To prevent this, we have made it clear that any
602 patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all.
604   The precise terms and conditions for copying, distribution and
605 modification follow.
607                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
608    TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
610   0. This License applies to any program or other work which contains
611 a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed
612 under the terms of this General Public License.  The "Program", below,
613 refers to any such program or work, and a "work based on the Program"
614 means either the Program or any derivative work under copyright law:
615 that is to say, a work containing the Program or a portion of it,
616 either verbatim or with modifications and/or translated into another
617 language.  (Hereinafter, translation is included without limitation in
618 the term "modification".)  Each licensee is addressed as "you".
620 Activities other than copying, distribution and modification are not
621 covered by this License; they are outside its scope.  The act of
622 running the Program is not restricted, and the output from the Program
623 is covered only if its contents constitute a work based on the
624 Program (independent of having been made by running the Program).
625 Whether that is true depends on what the Program does.
627   1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's
628 source code as you receive it, in any medium, provided that you
629 conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate
630 copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the
631 notices that refer to this License and to the absence of any warranty;
632 and give any other recipients of the Program a copy of this License
633 along with the Program.
635 You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and
636 you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee.
638   2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion
639 of it, thus forming a work based on the Program, and copy and
640 distribute such modifications or work under the terms of Section 1
641 above, provided that you also meet all of these conditions:
643     a) You must cause the modified files to carry prominent notices
644     stating that you changed the files and the date of any change.
646     b) You must cause any work that you distribute or publish, that in
647     whole or in part contains or is derived from the Program or any
648     part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third
649     parties under the terms of this License.
651     c) If the modified program normally reads commands interactively
652     when run, you must cause it, when started running for such
653     interactive use in the most ordinary way, to print or display an
654     announcement including an appropriate copyright notice and a
655     notice that there is no warranty (or else, saying that you provide
656     a warranty) and that users may redistribute the program under
657     these conditions, and telling the user how to view a copy of this
658     License.  (Exception: if the Program itself is interactive but
659     does not normally print such an announcement, your work based on
660     the Program is not required to print an announcement.)
662 These requirements apply to the modified work as a whole.  If
663 identifiable sections of that work are not derived from the Program,
664 and can be reasonably considered independent and separate works in
665 themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
666 sections when you distribute them as separate works.  But when you
667 distribute the same sections as part of a whole which is a work based
668 on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of
669 this License, whose permissions for other licensees extend to the
670 entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it.
672 Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
673 your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
674 exercise the right to control the distribution of derivative or
675 collective works based on the Program.
677 In addition, mere aggregation of another work not based on the Program
678 with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of
679 a storage or distribution medium does not bring the other work under
680 the scope of this License.
682   3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it,
683 under Section 2) in object code or executable form under the terms of
684 Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following:
686     a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable
687     source code, which must be distributed under the terms of Sections
688     1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or,
690     b) Accompany it with a written offer, valid for at least three
691     years, to give any third party, for a charge no more than your
692     cost of physically performing source distribution, a complete
693     machine-readable copy of the corresponding source code, to be
694     distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium
695     customarily used for software interchange; or,
697     c) Accompany it with the information you received as to the offer
698     to distribute corresponding source code.  (This alternative is
699     allowed only for noncommercial distribution and only if you
700     received the program in object code or executable form with such
701     an offer, in accord with Subsection b above.)
703 The source code for a work means the preferred form of the work for
704 making modifications to it.  For an executable work, complete source
705 code means all the source code for all modules it contains, plus any
706 associated interface definition files, plus the scripts used to
707 control compilation and installation of the executable.  However, as a
708 special exception, the source code distributed need not include
709 anything that is normally distributed (in either source or binary
710 form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the
711 operating system on which the executable runs, unless that component
712 itself accompanies the executable.
714 If distribution of executable or object code is made by offering
715 access to copy from a designated place, then offering equivalent
716 access to copy the source code from the same place counts as
717 distribution of the source code, even though third parties are not
718 compelled to copy the source along with the object code.
720   4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program
721 except as expressly provided under this License.  Any attempt
722 otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is
723 void, and will automatically terminate your rights under this License.
724 However, parties who have received copies, or rights, from you under
725 this License will not have their licenses terminated so long as such
726 parties remain in full compliance.
728   5. You are not required to accept this License, since you have not
729 signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
730 distribute the Program or its derivative works.  These actions are
731 prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
732 modifying or distributing the Program (or any work based on the
733 Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and
734 all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
735 the Program or works based on it.
737   6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the
738 Program), the recipient automatically receives a license from the
739 original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to
740 these terms and conditions.  You may not impose any further
741 restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
742 You are not responsible for enforcing compliance by third parties to
743 this License.
745   7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
746 infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
747 conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
748 otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
749 excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
750 distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
751 License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
752 may not distribute the Program at all.  For example, if a patent
753 license would not permit royalty-free redistribution of the Program by
754 all those who receive copies directly or indirectly through you, then
755 the only way you could satisfy both it and this License would be to
756 refrain entirely from distribution of the Program.
758 If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
759 any particular circumstance, the balance of the section is intended to
760 apply and the section as a whole is intended to apply in other
761 circumstances.
763 It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
764 patents or other property right claims or to contest validity of any
765 such claims; this section has the sole purpose of protecting the
766 integrity of the free software distribution system, which is
767 implemented by public license practices.  Many people have made
768 generous contributions to the wide range of software distributed
769 through that system in reliance on consistent application of that
770 system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
771 to distribute software through any other system and a licensee cannot
772 impose that choice.
774 This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
775 be a consequence of the rest of this License.
777   8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in
778 certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
779 original copyright holder who places the Program under this License
780 may add an explicit geographical distribution limitation excluding
781 those countries, so that distribution is permitted only in or among
782 countries not thus excluded.  In such case, this License incorporates
783 the limitation as if written in the body of this License.
785   9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions
786 of the General Public License from time to time.  Such new versions will
787 be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
788 address new problems or concerns.
790 Each version is given a distinguishing version number.  If the Program
791 specifies a version number of this License which applies to it and "any
792 later version", you have the option of following the terms and conditions
793 either of that version or of any later version published by the Free
794 Software Foundation.  If the Program does not specify a version number of
795 this License, you may choose any version ever published by the Free Software
796 Foundation.
798   10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free
799 programs whose distribution conditions are different, write to the author
800 to ask for permission.  For software which is copyrighted by the Free
801 Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes
802 make exceptions for this.  Our decision will be guided by the two goals
803 of preserving the free status of all derivatives of our free software and
804 of promoting the sharing and reuse of software generally.
806                             NO WARRANTY
808   11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY
809 FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.  EXCEPT WHEN
810 OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES
811 PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED
812 OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF
813 MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS
814 TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU.  SHOULD THE
815 PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING,
816 REPAIR OR CORRECTION.
818   12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
819 WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR
820 REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES,
821 INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING
822 OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED
823 TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY
824 YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER
825 PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE
826 POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES.
828                      END OF TERMS AND CONDITIONS
830             How to Apply These Terms to Your New Programs
832   If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
833 possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
834 free software which everyone can redistribute and change under these terms.
836   To do so, attach the following notices to the program.  It is safest
837 to attach them to the start of each source file to most effectively
838 convey the exclusion of warranty; and each file should have at least
839 the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
841     <one line to give the program's name and a brief idea of what it does.>
842     Copyright (C) <year>  <name of author>
844     This program is free software; you can redistribute it and/or modify
845     it under the terms of the GNU General Public License as published by
846     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
847     (at your option) any later version.
849     This program is distributed in the hope that it will be useful,
850     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
851     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
852     GNU General Public License for more details.
854     You should have received a copy of the GNU General Public License along
855     with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
856     51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
858 Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
860 If the program is interactive, make it output a short notice like this
861 when it starts in an interactive mode:
863     Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author
864     Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
865     This is free software, and you are welcome to redistribute it
866     under certain conditions; type `show c' for details.
868 The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
869 parts of the General Public License.  Of course, the commands you use may
870 be called something other than `show w' and `show c'; they could even be
871 mouse-clicks or menu items--whatever suits your program.
873 You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
874 school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if
875 necessary.  Here is a sample; alter the names:
877   Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program
878   `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker.
880   <signature of Ty Coon>, 1 April 1989
881   Ty Coon, President of Vice
883 This General Public License does not permit incorporating your program into
884 proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you may
885 consider it more useful to permit linking proprietary applications with the
886 library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
887 Public License instead of this License.
889 2. Trajectory file reading using VMD plugins
890 ============================================
892    Files: src/external/vmd_molfile/
893           src/gromacs/fileio/vmdio.c
895                 (C) Copyright 1995-2009 The Board of Trustees of the
896                             University of Illinois
897                              All Rights Reserved
899 Developed by:           Theoretical and Computational Biophysics Group
900                         University of Illinois at Urbana-Champaign
901                         http://www.ks.uiuc.edu/
903 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of
904 this software and associated documentation files (the Software), to deal with
905 the Software without restriction, including without limitation the rights to
906 use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies
907 of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to
908 do so, subject to the following conditions:
910 Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
911 this list of conditions and the following disclaimers.
913 Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
914 this list of conditions and the following disclaimers in the documentation
915 and/or other materials provided with the distribution.
917 Neither the names of Theoretical and Computational Biophysics Group,
918 University of Illinois at Urbana-Champaign, nor the names of its contributors
919 may be used to endorse or promote products derived from this Software without
920 specific prior written permission.
922 THE SOFTWARE IS PROVIDED AS IS, WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
923 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
924 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT.  IN NO EVENT SHALL
925 THE CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
926 OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
927 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR
928 OTHER DEALINGS WITH THE SOFTWARE.
930 3. Internal FFT (ffpack)
931 ========================
933    Files: src/external/fftpack/fftpack.c
935 Copyright (c) 2005-2011, NumPy Developers.
936 All rights reserved.
938 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
939 modification, are permitted provided that the following conditions are
940 met:
942     * Redistributions of source code must retain the above copyright
943        notice, this list of conditions and the following disclaimer.
945     * Redistributions in binary form must reproduce the above
946        copyright notice, this list of conditions and the following
947        disclaimer in the documentation and/or other materials provided
948        with the distribution.
950     * Neither the name of the NumPy Developers nor the names of any
951        contributors may be used to endorse or promote products derived
952        from this software without specific prior written permission.
954 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
955 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
956 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
957 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
958 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
959 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
960 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
961 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
962 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
963 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
964 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
966 fftpack.c : A set of FFT routines in C.
967 Algorithmically based on Fortran-77 FFTPACK by Paul N. Swarztrauber (Version 4, 1985).
969 4. thread_mpi
970 =============
972    Files: src/external/thread_mpi/
974 Copyright (c) 2009-2012, Sander Pronk & Erik Lindahl.
975 All rights reserved.
977 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
978 modification, are permitted provided that the following conditions are met:
979 1) Redistributions of source code must retain the above copyright
980    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
981 2) Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
982    notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
983    documentation and/or other materials provided with the distribution.
984 3) Neither the name of the <organization> nor the
985    names of its contributors may be used to endorse or promote products
986    derived from this software without specific prior written permission.
988 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY US ''AS IS'' AND ANY
989 EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
990 WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
991 DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL <copyright holder> BE LIABLE FOR ANY
992 DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
993 (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
994 LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND
995 ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
996 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
997 SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
999 If you want to redistribute modifications, please consider that
1000 scientific software is very special. Version control is crucial -
1001 bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
1002 inclusion in the official distribution, but derived work should not
1003 be called official thread_mpi.
1005 5. Blas
1006 =======
1008 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib BLAS library.
1009 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1010 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1011 not the reference BLAS implementation.
1013 The reference BLAS implementation is available from http://www.netlib.org/blas
1015 BLAS does not come with a formal named "license", but a general statement that
1017 "The reference BLAS is a freely-available software package. It is available from netlib
1018 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1019 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1021 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1022 our modified BLAS files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1023 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1024 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1025 better idea to use the full reference implementation.
1027 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1029 6. Lapack
1030 =========
1032 These files are semi-automatic translations by f2c from the original netlib LAPACK library.
1033 The source has been modified to (mostly) use modern C formatting, and to get rid of
1034 compiler warnings. Any errors in doing this should be blamed on the GROMACS developers, and
1035 not the reference LAPACK implementation.
1037 The reference LAPACK implementation is available from http://www.netlib.org/lapack
1039 LAPACK does not come with a formal named "license", but a general statement saying:
1041 "The reference LAPACK is a freely-available software package. It is available from netlib
1042 via anonymous ftp and the World Wide Web. Thus, it can be included in commercial software
1043 packages (and has been). We only ask that proper credit be given to the authors."
1045 While the rest of GROMACS is LGPL, we think it's only fair to give you the same rights to
1046 our modified LAPACK files as the original netlib versions, so do what you want with them.
1048 However, be warned that we have only tested that they do the right thing in the cases used
1049 in GROMACS (primarily full & sparse matrix diagonalization), so in most cases it is a much
1050 better idea to use the full reference implementation.
1052 Erik Lindahl, 2008-10-07.
1054 7. Parts of Boost C++ library
1055 =============================
1057    Files: src/gromacs/utility/current_function.h
1058           src/gromacs/utility/path.cpp
1060 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1062 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1063 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1064 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1065 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1066 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1067 do so, all subject to the following:
1069 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1070 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1071 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1072 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1073 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1074 a source language processor.
1076 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1077 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1078 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1079 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1080 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1081 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1082 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1084 8. Google Test and Google Mock
1085 ===============================
1087    Files: src/external/gmock-1.7.0/*
1089 Copyright 2008, Google Inc.
1090 All rights reserved.
1092 Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1093 modification, are permitted provided that the following conditions are
1094 met:
1096     * Redistributions of source code must retain the above copyright
1097 notice, this list of conditions and the following disclaimer.
1098     * Redistributions in binary form must reproduce the above
1099 copyright notice, this list of conditions and the following disclaimer
1100 in the documentation and/or other materials provided with the
1101 distribution.
1102     * Neither the name of Google Inc. nor the names of its
1103 contributors may be used to endorse or promote products derived from
1104 this software without specific prior written permission.
1106 THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
1107 "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
1108 LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR
1109 A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT
1110 OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL,
1111 SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT
1112 LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE,
1113 DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON ANY
1114 THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
1115 (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
1116 OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
1119 9. Sun Extensible Data Representation routines (XDR)
1120 =====================================================
1122     Files: src/gromacs/fileio/gmx_system_xdr.c
1124 Sun RPC is a product of Sun Microsystems, Inc. and is provided for
1125 unrestricted use provided that this legend is included on all tape
1126 media and as a part of the software program in whole or part.  Users
1127 may copy or modify Sun RPC without charge, but are not authorized
1128 to license or distribute it to anyone else except as part of a product or
1129 program developed by the user.
1131 SUN RPC IS PROVIDED AS IS WITH NO WARRANTIES OF ANY KIND INCLUDING THE
1132 WARRANTIES OF DESIGN, MERCHANTIBILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
1133 PURPOSE, OR ARISING FROM A COURSE OF DEALING, USAGE OR TRADE PRACTICE.
1135 Sun RPC is provided with no support and without any obligation on the
1136 part of Sun Microsystems, Inc. to assist in its use, correction,
1137 modification or enhancement.
1139 SUN MICROSYSTEMS, INC. SHALL HAVE NO LIABILITY WITH RESPECT TO THE
1140 INFRINGEMENT OF COPYRIGHTS, TRADE SECRETS OR ANY PATENTS BY SUN RPC
1141 OR ANY PART THEREOF.
1143 In no event will Sun Microsystems, Inc. be liable for any lost revenue
1144 or profits or other special, indirect and consequential damages, even if
1145 Sun has been advised of the possibility of such damages.
1147 Sun Microsystems, Inc.
1148 2550 Garcia Avenue
1149 Mountain View, California  94043
1152 10. Sun FDLIBM (Freely Distributable Maths Library)
1153 ===================================================
1155     Files: src/gromacs/math/utilities.c
1157 Copyright (C) 1993 by Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
1159 Developed at SunSoft, a Sun Microsystems, Inc. business.
1160 Permission to use, copy, modify, and distribute this
1161 software is freely granted, provided that this notice
1162 is preserved.
1165 11. ThreeFry Random Engine
1166 ============================================
1168 Based on proposed Boost implementations by
1169 a) John Salmon, Copyright 2010-2014 by D. E. Shaw Research
1170 b) Thijs van den Berg, Copyright (c) 2014 M.A. (Thijs) van den Berg
1172 Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003
1174 Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization
1175 obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by
1176 this license (the "Software") to use, reproduce, display, distribute,
1177 execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the
1178 Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to
1179 do so, all subject to the following:
1181 The copyright notices in the Software and this entire statement, including
1182 the above license grant, this restriction and the following disclaimer,
1183 must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and
1184 all derivative works of the Software, unless such copies or derivative
1185 works are solely in the form of machine-executable object code generated by
1186 a source language processor.
1188 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1189 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1190 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT
1191 SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE
1192 FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
1193 ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
1194 DEALINGS IN THE SOFTWARE.
1196 12. Gamma distribution from libc++
1197 ============================================
1199 Copyright (c) The LLVM compiler infrastructure
1201 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
1202 of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
1203 in the Software without restriction, including without limitation the rights
1204 to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
1205 copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
1206 furnished to do so, subject to the following conditions:
1208 The above copyright notice and this permission notice shall be included in
1209 all copies or substantial portions of the Software.
1211 THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
1212 IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
1213 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
1214 AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
1215 LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
1216 OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
1217 THE SOFTWARE.
1220 13. md5
1221 ============================================
1223 Copyright (C) 1999, 2002 Aladdin Enterprises.  All rights reserved.
1225 This software is provided 'as-is', without any express or implied
1226 warranty.  In no event will the authors be held liable for any damages
1227 arising from the use of this software.
1229 Permission is granted to anyone to use this software for any purpose,
1230 including commercial applications, and to alter it and redistribute it
1231 freely, subject to the following restrictions:
1233 1. The origin of this software must not be misrepresented; you must not
1234   claim that you wrote the original software. If you use this software
1235   in a product, an acknowledgment in the product documentation would be
1236   appreciated but is not required.
1237 2. Altered source versions must be plainly marked as such, and must not be
1238   misrepresented as being the original software.
1239 3. This notice may not be removed or altered from any source distribution.
1241 L. Peter Deutsch
1242 ghost@aladdin.com
1244 14. lmfit
1245 ============================================
1246 The package lmfit is distributed under the FreeBSD License:
1249   Copyright (c) 1980-1999 University of Chicago,
1250                           as operator of Argonne National Laboratory
1251   Copyright (c) 2004-2013 Joachim Wuttke, Forschungszentrum Juelich GmbH
1253   All rights reserved.
1255   Redistribution and use in source and binary forms, with or without
1256   modification, are permitted provided that the following conditions are met:
1258   - Redistributions of source code must retain the above copyright notice,
1259     this list of conditions and the following disclaimer.
1260   - Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
1261     this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
1262     and/or other materials provided with the distribution.
1264   This software is provided by the copyright holders and contributors "as is"
1265   and any express or implied warranties, including, but not limited to, the
1266   implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose
1267   are disclaimed. In no event shall the copyright holder or contributors
1268   be liable for any direct, indirect, incidental, special, exemplary, or
1269   consequential damages (including, but not limited to, procurement of
1270   substitute goods or services; loss of use, data, or profits; or business
1271   interruption) however caused and on any theory of liability, whether in
1272   contract, strict liability, or tort (including negligence or otherwise)
1273   arising in any way out of the use of this software, even if advised of the
1274   possibility of such damage.