Minor refactoring in bonded threading
[gromacs.git] / CMakeLists.txt
blobd06b9416acb8e88f9b71d9f3593132dc87fa453b
2 # This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
4 # Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
5 # Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
6 # and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
7 # top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
9 # GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
10 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
11 # as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
12 # of the License, or (at your option) any later version.
14 # GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
15 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
17 # Lesser General Public License for more details.
19 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20 # License along with GROMACS; if not, see
21 # http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
22 # Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
24 # If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
25 # consider that scientific software is very special. Version
26 # control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
27 # consider code for inclusion in the official distribution, but
28 # derived work must not be called official GROMACS. Details are found
29 # in the README & COPYING files - if they are missing, get the
30 # official version at http://www.gromacs.org.
32 # To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
33 # the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
35 cmake_minimum_required(VERSION 3.4.3)
37 # CMake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
38 # This needs to be set before project() in order to pick up toolchain files
39 list(APPEND CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/Platform)
41 project(Gromacs)
43 # Use ccache if available to wrap CMAKE_C_COMPILER and CMAKE_CXX_COMPILER.
44 # Reference https://ccache.samba.org
45 option(ENABLE_CCACHE "Allow CMake to use ccache compiler wrappers if available." ON)
46 # CMAKE_C_COMPILER and CMAKE_CXX_COMPILER do not change after this line.
47 if(ENABLE_CCACHE)
48     include(gmxCcache)
49 endif()
51 set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
52 set(CMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/lib)
53 set(CMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin)
55 # Set up common version variables, as well as general information about
56 # the build tree (whether the build is from a source package or from a git
57 # repository).  Also declares a few functions that will be used for generating
58 # version info files later.
59 include(gmxBuildTreeInfo)
60 include(gmxVersionInfo)
62 if(CMAKE_INSTALL_PREFIX_INITIALIZED_TO_DEFAULT AND UNIX)
63     set(CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gromacs" CACHE STRING "Installation prefix (installation will need write permissions here)" FORCE)
64 endif()
65 if("${CMAKE_INSTALL_PREFIX}" STREQUAL "${CMAKE_BINARY_DIR}")
66     message(FATAL_ERROR "GROMACS cannot be installed into the build tree, choose a different location for CMAKE_INSTALL_PREFIX")
67 endif()
69 include(gmxBuildTypeReference)
70 include(gmxBuildTypeProfile)
71 include(gmxBuildTypeTSAN)
72 include(gmxBuildTypeASAN)
73 include(gmxBuildTypeMSAN)
74 include(gmxBuildTypeReleaseWithAssert)
76 if(NOT CMAKE_BUILD_TYPE)
77     set(CMAKE_BUILD_TYPE "Release" CACHE STRING "Choose the type of build, options are: Debug Release RelWithDebInfo MinSizeRel Reference RelWithAssert Profile TSAN ASAN MSAN." FORCE)
78     # Set the possible values of build type for cmake-gui
79     set_property(CACHE CMAKE_BUILD_TYPE PROPERTY STRINGS "Debug" "Release"
80         "MinSizeRel" "RelWithDebInfo" "Reference" "RelWithAssert" "Profile" "TSAN" "ASAN" "MSAN")
81 endif()
82 if(CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
83     # Add appropriate GROMACS-specific build types for the Visual
84     # Studio generator (Debug, Release, MinSizeRel and RelWithDebInfo
85     # are already present by default).
86     list(APPEND CMAKE_CONFIGURATION_TYPES "RelWithAssert" "Reference")
87     list(REMOVE_DUPLICATES CMAKE_CONFIGURATION_TYPES)
88     set(CMAKE_CONFIGURATION_TYPES "${CMAKE_CONFIGURATION_TYPES}" CACHE STRING
89         "List of configuration types"
90         FORCE)
91 endif()
92 set(build_types_with_explicit_flags RELEASE DEBUG RELWITHDEBINFO RELWITHASSERT MINSIZEREL PROFILE)
94 set_property(GLOBAL PROPERTY FIND_LIBRARY_USE_LIB64_PATHS ON)
96 include(gmxCTestUtilities)
97 gmx_ctest_init()
99 include(gmxCPackUtilities)
100 gmx_cpack_init()
102 # Variables that accumulate stuff influencing the installed headers
103 set(INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS "")
104 set(INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "")
106 ########################################################################
107 # Global non-cache variables for implementing the build system
108 ########################################################################
110 # These variables collect libraries that GROMACS requires for
111 # linking. They should be appended to with list(APPEND ${name}
112 # new-library) calls. They are:
113 #  - Libraries that are required for libgromacs (only)
114 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES "")
115 #  - Libraries that are required for all code in the repository
116 set(GMX_COMMON_LIBRARIES "")
117 #  - Libraries that all code linked against libgromacs needs
118 #    (i.e., something that is exposed in installed headers).
119 set(GMX_PUBLIC_LIBRARIES "")
121 ########################################################################
122 # Check and warn if cache generated on a different host is being reused
123 ########################################################################
124 if(CMAKE_HOST_UNIX)
125     execute_process(COMMAND hostname
126                     OUTPUT_VARIABLE TMP_HOSTNAME
127                     OUTPUT_STRIP_TRAILING_WHITESPACE)
128     if(GMX_BUILD_HOSTNAME AND NOT "${GMX_BUILD_HOSTNAME}" STREQUAL "${TMP_HOSTNAME}")
129         message(WARNING "
130             The CMake cache, probably generated on a different host (${GMX_BUILD_HOSTNAME}),
131             is being reused! This could lead to inconsistencies; therefore, it is
132             recommended to regenerate the cache!")
133     endif()
134     set(GMX_BUILD_HOSTNAME "${TMP_HOSTNAME}" CACHE INTERNAL
135             "Hostname of the machine where the cache was generated.")
136 endif()
138 ########################################################################
139 # Detect architecture before setting options so we can alter defaults
140 ########################################################################
141 # Detect the architecture the compiler is targetting, detect
142 # SIMD instructions possibilities on that hardware, suggest SIMD instruction set
143 # to use if none is specified, and populate the cache option for CPU
144 # SIMD.
145 include(gmxDetectTargetArchitecture)
146 gmx_detect_target_architecture()
148 # Permit the user to specify a particular standard library, e.g. compiling
149 # with "-stdlib=libc++" and linking with "-lc++abi -lc++" to get clang's libcxx.
150 set(GMX_STDLIB_CXX_FLAGS "" CACHE STRING "Compiler flag for a C++ standard library flavour")
151 set(GMX_STDLIB_LIBRARIES "" CACHE STRING "Linker libraries for a particular C++ standard library")
152 mark_as_advanced(GMX_STDLIB_CXX_FLAGS)
153 mark_as_advanced(GMX_STDLIB_LIBRARIES)
155 ########################################################################
156 # Detect CXX11 support and flags
157 ########################################################################
158 # The cmake/Check{C,CXX}CompilerFlag.cmake files in the GROMACS distribution
159 # are used with permission from CMake v3.0.0 so that GROMACS can detect
160 # invalid options with the Intel Compilers, and we have added a line
161 # to detect warnings with the Fujitsu compilers on K computer and ICC.
162 # CMake-3.0 also has a bug where the FAIL_REGEX pattern for AIX contains
163 # a semicolon. Since this is also used as a separator in lists inside CMake,
164 # that string ends up being split into two separate patterns, and the last
165 # part is just a single word that also matches other messages. We solved this
166 # by replacing the semicolon with a period that matches any character.
168 # These files should be removed from the source tree when a CMake version that
169 # includes the features in question becomes required for building GROMACS.
170 include(CheckCCompilerFlag)
171 include(CheckCXXCompilerFlag)
173 # This must come early, since some of our configuration flag tests
174 # depend on being able to compile C++11 source files.
175 include(gmxTestCXX11)
176 gmx_test_cxx11(GMX_CXX11_FLAGS GMX_STDLIB_CXX_FLAGS GMX_STDLIB_LIBRARIES)
178 # Make sure all C++ code will be compiled in C++11 mode, with the
179 # expected standard library.
180 set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} ${GMX_CXX11_FLAGS} ${GMX_STDLIB_CXX_FLAGS}")
182 ########################################################################
183 # User input options                                                   #
184 ########################################################################
185 include(gmxOptionUtilities)
187 set(CMAKE_PREFIX_PATH "" CACHE STRING "Extra locations to search for external libraries and tools (give directory without lib, bin, or include)")
189 # Fujitsu only has SIMD in double precision, so this will be faster
190 gmx_set_boolean(GMX_DOUBLE_DEFAULT GMX_TARGET_FUJITSU_SPARC64)
191 option(GMX_DOUBLE "Use double precision (much slower, use only if you really need it)" ${GMX_DOUBLE_DEFAULT})
192 option(GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION "Accept single precision 1/sqrt(x) when using Fujitsu HPC-ACE SIMD" OFF)
193 mark_as_advanced(GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION)
195 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
196 option(GMX_THREAD_MPI  "Build a thread-MPI-based multithreaded version of GROMACS (not compatible with MPI)" ON)
197 gmx_dependent_option(
198     GMX_MPI_IN_PLACE
199     "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined"
200     ON
201     GMX_MPI)
202 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
204 option(GMX_MIMIC "Enable MiMiC QM/MM interface (CPMD is required)" OFF)
206 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
207 mark_as_advanced(GMX_FAHCORE)
209 option(GMX_COOL_QUOTES "Enable GROMACS cool quotes" ON)
210 mark_as_advanced(GMX_COOL_QUOTES)
211 gmx_add_cache_dependency(GMX_COOL_QUOTES BOOL "NOT GMX_FAHCORE" OFF)
213 option(GMX_USE_OPENCL "Enable OpenCL acceleration" OFF)
215 # Decide on GPU settings based on user-settings and GPU/CUDA
216 # detection. VS2017 requires CUDA 9.0, for the other arch/compilers
217 # rest we require CUDA 7.0 or later (including for clang-CUDA).
218 if(MSVC)
219     set(REQUIRED_CUDA_VERSION 9.0)
220 else()
221     set(REQUIRED_CUDA_VERSION 7.0)
222 endif()
223 set(REQUIRED_CUDA_COMPUTE_CAPABILITY 2.0)
225 # OpenCL required version: 1.2 or newer
226 set(REQUIRED_OPENCL_MIN_VERSION 1.2)
228 if(NOT GMX_USE_OPENCL)
229     # CUDA detection is done only if GMX_USE_OPENCL is OFF.
230     include(gmxManageGPU)
231     set(GMX_USE_CUDA ${GMX_GPU})
232     if(GMX_GPU)
233         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_CUDA")
234     else()
235         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_NONE")
236     endif()
237 else()
238     #Now the OpenCL path (for both AMD and NVIDIA)
239     if(GMX_GPU)
240         include(gmxManageOpenCL)
241         set(GMX_GPU_ACCELERATION_FRAMEWORK "GMX_GPU_OPENCL")
242     else()
243         message(FATAL_ERROR "OpenCL requested but GPU option is not enabled (try -DGMX_GPU=on) ")
244     endif()
245 endif()
247 gmx_option_multichoice(
248     GMX_SIMD
249     "SIMD instruction set for CPU kernels and compiler optimization"
250     "AUTO"
251     AUTO None SSE2 SSE4.1 AVX_128_FMA AVX_256 AVX2_256 AVX2_128 AVX_512 AVX_512_KNL MIC ARM_NEON ARM_NEON_ASIMD IBM_VMX IBM_VSX Sparc64_HPC_ACE Reference)
253 if(GMX_TARGET_MIC)
254     set(GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT "mkl")
255 else()
256     set(GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT "fftw3")
257 endif()
259 gmx_option_multichoice(
260     GMX_FFT_LIBRARY
261     "FFT library"
262     "${GMX_FFT_LIBRARY_DEFAULT}"
263     fftw3 mkl "fftpack[built-in]")
264 gmx_dependent_option(
265     GMX_BUILD_OWN_FFTW
266     "Download and build FFTW 3 during the GROMACS build process, rather than fall back on the really slow fftpack."
267     OFF
268     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
269 gmx_dependent_option(
270     GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
271     "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)"
272     OFF
273     "GMX_FFT_LIBRARY STREQUAL FFTW3")
274 mark_as_advanced(GMX_BUILD_OWN_FFTW)
275 mark_as_advanced(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE)
277 gmx_option_multichoice(
278     GMX_QMMM_PROGRAM
279     "QM package for QM/MM"
280     None
281     none gaussian mopac gamess orca)
283 gmx_dependent_cache_variable(GMX_SIMD_REF_FLOAT_WIDTH  "Reference SIMD single precision width" STRING "4" "GMX_SIMD STREQUAL REFERENCE")
284 gmx_dependent_cache_variable(GMX_SIMD_REF_DOUBLE_WIDTH "Reference SIMD double precision width" STRING "2" "GMX_SIMD STREQUAL REFERENCE")
286 # This should be moved to a separate NBNXN cmake module when that code is cleaned up and modularized
288 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
289 mark_as_advanced(GMX_BROKEN_CALLOC)
291 option(GMX_OPENMP "Enable OpenMP-based multithreading" ON)
293 option(GMX_USE_TNG "Use the TNG library for trajectory I/O" ON)
295 option(GMX_BUILD_MDRUN_ONLY "Build and install only the mdrun binary" OFF)
297 option(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS "Enable cycle subcounters to get a more detailed cycle timings" OFF)
298 mark_as_advanced(GMX_CYCLE_SUBCOUNTERS)
300 option(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS "Don't automatically add suggested/required Compiler flags." OFF)
301 mark_as_advanced(GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
303 option(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE
304        "Tune build for better code coverage metrics (e.g., disable asserts)"
305        OFF)
306 mark_as_advanced(GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
308 option(GMX_DEVELOPER_BUILD
309     "Enable Developer convenience features: always build unit-tests"
310     OFF)
311 mark_as_advanced(GMX_DEVELOPER_BUILD)
313 gmx_set_boolean(GMX_COMPILER_WARNINGS_DEFAULT "NOT SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION")
314 option(GMX_COMPILER_WARNINGS
315     "Enable a default set of compiler warnings"
316     ${GMX_COMPILER_WARNINGS_DEFAULT})
317 mark_as_advanced(GMX_COMPILER_WARNINGS)
318 # Always turn on compiler warnings with a developer build.
319 gmx_add_cache_dependency(GMX_COMPILER_WARNINGS BOOL "NOT GMX_DEVELOPER_BUILD" ON)
321 option(GMX_BUILD_SHARED_EXE
322     "Build exectuables as shared binaries. If not set, this disables rpath and dynamic linker flags in an attempt to build a static binary, but this may require setting up the toolchain properly and making appropriate libraries available."
323     ON)
324 mark_as_advanced(GMX_BUILD_SHARED_EXE)
326 option(GMX_PHYSICAL_VALIDATION
327        "Include physical validation tests in ctest environment. These can then be called using 'make check-phys' or
328        'make check-all'. Warning: Running the physical validation tests takes significantly more time than other tests!"
329        OFF)
330 mark_as_advanced(GMX_PHYSICAL_VALIDATION)
332 ######################################################################
333 # Detect OpenMP support
334 ######################################################################
335 # The OpenMP detection _must_ come before tests for other CFLAGS.
336 include(gmxManageOpenMP)
340 ######################################################################
341 # Compiler tests
342 # These need to be done early (before further tests).
343 #####################################################################
345 include(gmxCFlags)
346 gmx_c_flags()
348 # This variable should be used for additional compiler flags which are not
349 # generated in gmxCFlags nor are SIMD or MPI related.
351 # TODO These variables should be consolidated into
352 # EXTRA_COMPILER_FLAGS so that we we don't perpetrate bugs where
353 # things that work in C compilation (e.g. merging from old branches)
354 # also work for C++ compilation.
355 set(EXTRA_C_FLAGS "")
356 set(EXTRA_CXX_FLAGS "")
358 # Run through a number of tests for buggy compilers and other issues
359 include(gmxTestCompilerProblems)
360 gmx_test_compiler_problems()
362 # Implement double-precision option. This is complicated because we
363 # need installed headers to use the precision mode of the build that
364 # produced the library, but cannot use config.h in that case. We also
365 # want such variables to always have a definition, because #if is more
366 # robust than #ifdef. So, we put this value on the compiler command
367 # line in all cases.
369 # GMX_RELAXED_DOUBLE_PRECISION does not need to be handled here,
370 # because no installed header needs it
371 if(GMX_DOUBLE)
372     set(GMX_DOUBLE_VALUE 1)
373 else()
374     set(GMX_DOUBLE_VALUE 0)
375 endif()
376 add_definitions(-DGMX_DOUBLE=${GMX_DOUBLE_VALUE})
377 list(APPEND INSTALLED_HEADER_DEFINITIONS "-DGMX_DOUBLE=${GMX_DOUBLE_VALUE}")
379 if(WIN32)
380     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES "wsock32")
381     add_definitions(-DGMX_HAVE_WINSOCK)
382 endif()
386 ########################################################################
387 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
388 ########################################################################
389 include(CheckIncludeFiles)
390 include(CheckIncludeFileCXX)
391 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
392 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
393 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
394 check_include_files(time.h       HAVE_TIME_H)
395 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
396 check_include_files(io.h         HAVE_IO_H)
397 check_include_files(sched.h      HAVE_SCHED_H)
399 check_include_files(regex.h      HAVE_POSIX_REGEX)
400 # TODO: It could be nice to inform the user if no regex support is found,
401 # as selections won't be fully functional.
403 include(CheckCXXSymbolExists)
404 check_cxx_symbol_exists(gettimeofday      sys/time.h   HAVE_GETTIMEOFDAY)
405 check_cxx_symbol_exists(sysconf           unistd.h     HAVE_SYSCONF)
406 check_cxx_symbol_exists(nice              unistd.h     HAVE_NICE)
407 check_cxx_symbol_exists(fsync             unistd.h     HAVE_FSYNC)
408 check_cxx_symbol_exists(_fileno           stdio.h      HAVE__FILENO)
409 check_cxx_symbol_exists(fileno            stdio.h      HAVE_FILENO)
410 check_cxx_symbol_exists(_commit           io.h         HAVE__COMMIT)
411 check_cxx_symbol_exists(sigaction         signal.h     HAVE_SIGACTION)
413 # We cannot check for the __builtins as symbols, but check if code compiles
414 check_cxx_source_compiles("int main(){ return __builtin_clz(1);}"   HAVE_BUILTIN_CLZ)
415 check_cxx_source_compiles("int main(){ return __builtin_clzll(1);}" HAVE_BUILTIN_CLZLL)
416 if(MSVC)
417     check_cxx_source_compiles("#include <intrin.h>\n int main(){unsigned long r;unsigned long i=1;_BitScanReverse(&r,i);return r;}" HAVE_BITSCANREVERSE)
418     check_cxx_source_compiles("#include <intrin.h>\n int main(){unsigned long r;unsigned __int64 i=1;_BitScanReverse(&r,i);return r;}" HAVE_BITSCANREVERSE64)
419 elseif(CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "XL")
420     check_cxx_source_compiles("int main(){ return __cntlz4(1);}" HAVE_CNTLZ4)
421     check_cxx_source_compiles("int main(){ return __cntlz8(1);}" HAVE_CNTLZ8)
422 endif()
424 include(CheckLibraryExists)
425 find_library(HAVE_LIBM m)
426 mark_as_advanced(HAVE_LIBM)
427 check_library_exists(rt clock_gettime "" HAVE_CLOCK_GETTIME)
428 check_library_exists(m feenableexcept "" HAVE_FEENABLEEXCEPT)
429 check_library_exists(m fedisableexcept "" HAVE_FEDISABLEEXCEPT)
431 include(TestSchedAffinity)
432 test_sched_affinity(HAVE_SCHED_AFFINITY)
434 # Aligned memory allocation. We need to check for both mm_malloc(),
435 # posix_memalign(), memalign(), and on windows also _aligned_malloc()
436 include(gmxTestMMMalloc)
437 gmx_test_mm_malloc(HAVE__MM_MALLOC)
438 check_cxx_symbol_exists(posix_memalign    stdlib.h     HAVE_POSIX_MEMALIGN)
439 check_cxx_symbol_exists(memalign          stdlib.h     HAVE_MEMALIGN)
440 if(MSVC)
441     # No need to waste time on this test on platforms where it will never be true
442     check_cxx_symbol_exists(_aligned_malloc   stdlib.h     HAVE__ALIGNED_MALLOC)
443 endif()
445 include(TestBigEndian)
446 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
448 gmx_set_boolean(GMX_USE_NICE "HAVE_UNISTD_H AND HAVE_NICE")
450 # Management of GROMACS options for specific toolchains should go
451 # here. Because the initial settings for some of the main options have
452 # already happened, but things like library detection and MPI compiler
453 # feature detection have not, the docstrings for any over-rides of
454 # GROMACS defaults or user settings will make sense. Also, any
455 # toolchain-related reasons for choosing whether to detect various
456 # things can be sorted out now, before the detection takes place.
457 if(GMX_TARGET_FUJITSU_SPARC64)
458     include(gmxManageFujitsuSparc64)
459 endif()
461 ########################################################################
462 #Process MPI settings
463 ########################################################################
464 include(gmxManageMPI)
467 ########################################################################
468 #Process shared/static library settings
469 ########################################################################
470 include(gmxManageSharedLibraries)
473 ########################################################################
474 # Find external packages                                               #
475 ########################################################################
477 # Unconditionally find the package, as it is also required for unit
478 # tests. This exports LIBXML2_FOUND, which we should not use because
479 # it does not tell us that linking will succeed. Instead, we test that
480 # next.
481 #if(DEFINED LIBXML2_LIBRARIES)
482 #  set(LibXml2_FIND_QUIETLY TRUE)
483 #endif()
484 #find_package(LibXml2)
485 #include(gmxTestLibXml2)
486 #gmx_test_libxml2(HAVE_LIBXML2)
487 #option(GMX_XML "Use libxml2 to parse xml files (currently has no effect)" ${HAVE_LIBXML2})
488 #set(PKG_XML "")
489 #mark_as_advanced(GMX_XML)
490 # Don't actually do anything, since libxml2 is currently not used by libgromacs
491 #if(GMX_XML AND NOT HAVE_LIBXML2)
492 #    message(FATAL_ERROR "libxml2 not found. Set GMX_XML=OFF to compile without XML support")
493 #endif()
494 #if(GMX_XML)
495 #    include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
496 #    set(PKG_XML libxml-2.0)
497 #    set(XML_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
498 #endif()
500 gmx_option_trivalue(
501     GMX_HWLOC
502     "Use hwloc portable hardware locality library"
503     "AUTO")
505 if (GMX_HWLOC)
506     # Find quietly the second time.
507     if(DEFINED HWLOC_LIBRARIES)
508         set(Hwloc_FIND_QUIETLY TRUE)
509     endif()
510     find_package(Hwloc 1.5)
512     if (HWLOC_FOUND)
513         if (HWLOC_LIBRARIES MATCHES ".a$")
514             set(_STATIC_HWLOC TRUE)
515         endif()
517         gmx_check_if_changed(HWLOC_FOUND_CHANGED HWLOC_FOUND)
518         if (_STATIC_HWLOC AND HWLOC_FOUND_CHANGED)
519             message(STATUS "Static hwloc library found, will not attempt using it as it could lead to link-time errors. To use the detected library, manually set GMX_HWLOC=ON and you will likely have to pass appropriate linker flags too to satisfy the link-time dependencies of your hwloc library. Try \"pkg-config --libs --static hwloc\" for suggestions on what you will need.")
520             set(GMX_USE_HWLOC OFF)
521         else()
522             set(GMX_USE_HWLOC ON)
523         endif()
525         if (GMX_USE_HWLOC)
526             include_directories(SYSTEM ${HWLOC_INCLUDE_DIRS})
527             list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${HWLOC_LIBRARIES})
528         endif()
529     elseif(GMX_HWLOC_FORCE)
530         message(FATAL_ERROR "Hwloc package support required, but not found.")
531     endif()
532 endif()
534 option(GMX_EXTERNAL_TINYXML2 "Use external TinyXML-2 instead of compiling the version bundled with GROMACS." OFF)
535 mark_as_advanced(GMX_EXTERNAL_TINYXML2)
536 if(GMX_EXTERNAL_TINYXML2)
537     # Find an external TinyXML-2 library.
538     find_package(TinyXML-2 3.0.0)
539     set(HAVE_TINYXML2 ${TinyXML2_FOUND})
540     if(NOT HAVE_TINYXML2)
541         message(FATAL_ERROR "External TinyXML-2 could not be found, please adjust your search paths")
542     endif()
543 endif()
545 option(GMX_EXTRAE "Add support for tracing using EXTRAE" OFF)
546 mark_as_advanced(GMX_EXTRAE)
548 if (GMX_EXTRAE)
549   find_package(EXTRAE)
550   if(EXTRAE_FOUND)
551     include_directories(SYSTEM ${EXTRAE_INCLUDE_DIR})
552     set(HAVE_EXTRAE 1)
553   else()
554     message(FATAL_ERROR "EXTRAE library was not found. Please add the correct path to CMAKE_PREFIX_PATH")
555   endif()
556 endif()
558 option(GMX_X11 "Use X window system" OFF)
559 if (GMX_X11)
560     find_package(X11)
561     # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
562     if(NOT X11_FOUND)
563         message(FATAL_ERROR
564                 "X11 include files and/or libraries were not found. "
565                 "Set GMX_X11=OFF to compile without X11 support. "
566                 "gmx view will not be available.")
567     endif()
568     include_directories(SYSTEM ${X11_INCLUDE_DIR})
569 endif()
571 include(ThreadMPI)
572 # Enable core threading facilities
573 tmpi_enable_core("${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/thread_mpi/include")
574 if(GMX_THREAD_MPI)
575     # enable MPI functions
576     tmpi_enable()
577     set(MPI_IN_PLACE_EXISTS 1)
578 endif()
579 # If atomics are manually disabled a define is needed because atomics.h doesn't depend on config.h
580 if (TMPI_ATOMICS_DISABLED)
581    add_definitions(-DTMPI_ATOMICS_DISABLED)
582 endif()
584 include(gmxManageTNG)
586 include(gmxManageLmfit)
588 if(GMX_GPU)
589     # now that we have detected the dependencies, do the second configure pass
590     gmx_gpu_setup()
591     if (GMX_CLANG_CUDA)
592         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${GMX_CUDA_CLANG_LINK_LIBS})
593         link_directories("${GMX_CUDA_CLANG_LINK_DIRS}")
594     endif()
595 endif()
597 if(CYGWIN)
598     set(GMX_CYGWIN 1)
599 endif()
601 if(WIN32)
602     set(GMX_NATIVE_WINDOWS 1)
603     # This makes windows.h not declare min/max as macros that would break
604     # C++ code using std::min/std::max.
605     add_definitions(-DNOMINMAX)
606 endif()
608 if(CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin") #Work-around for cmake bug #10837
609     if (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCC OR CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Intel" OR CMAKE_C_COMPILER_ID MATCHES "Clang")
610         set(CMAKE_INCLUDE_SYSTEM_FLAG_C "-isystem ")
611     endif()
612     if (CMAKE_COMPILER_IS_GNUCXX OR CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Intel" OR CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "Clang")
613         set(CMAKE_INCLUDE_SYSTEM_FLAG_CXX "-isystem ")
614     endif()
615 endif()
617 option(GMX_BUILD_UNITTESTS "Build unit tests with BUILD_TESTING" ON)
618 mark_as_advanced(GMX_BUILD_UNITTESTS)
619 gmx_add_cache_dependency(GMX_BUILD_UNITTESTS BOOL BUILD_TESTING OFF)
621 ########################################################################
622 # Our own GROMACS tests
623 ########################################################################
625 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
626 include_directories(BEFORE ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src)
627 # TODO required at high level because both libgromacs and progs/mdrun
628 # require it, both for thread-MPI and its atomics and mutexes.
629 include_directories(BEFORE SYSTEM ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/external/thread_mpi/include)
630 # Required for config.h, maybe should only be set in src/CMakeLists.txt
631 include_directories(BEFORE ${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
633 include(gmxTestInlineASM)
634 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
636 include(gmxSetBuildInformation)
637 gmx_set_build_information()
639 gmx_option_multichoice(
640     GMX_USE_RDTSCP
641     "Use low-latency RDTSCP instruction for CPU-based timers for mdrun execution; might need to be off when compiling for heterogeneous environments)"
642     "AUTO"
643     OFF ON AUTO DETECT)
644 mark_as_advanced(GMX_USE_RDTSCP)
646 macro(gmx_check_rdtscp)
647     if (CPU_DETECTION_FEATURES MATCHES "rdtscp")
648         set(HAVE_RDTSCP 1)
649         set(RDTSCP_DETECTION_MESSAGE " - detected on the build host")
650     else()
651         set(RDTSCP_DETECTION_MESSAGE " - not detected on the build host")
652     endif()
653 endmacro()
655 set(HAVE_RDTSCP 0)
656 if (GMX_USE_RDTSCP STREQUAL "ON")
657     set(HAVE_RDTSCP 1)
658 elseif(GMX_USE_RDTSCP STREQUAL "DETECT")
659     gmx_check_rdtscp()
660 elseif(GMX_USE_RDTSCP STREQUAL "AUTO")
661     # If the user specified automated SIMD selection, that the choice
662     # is made based on detection on the build host. If so, then RDTSCP
663     # should be chosen the same way.
664     #
665     # If the user specified an AVX SIMD level (e.g. when
666     # cross-compiling GROMACS) then they will get our best guess, ie
667     # that in practice AVX mostly correlates with rdtscp (and anyway
668     # is only relevant in rather old x86 hardware).
669     if (GMX_SIMD STREQUAL "AUTO")
670         gmx_check_rdtscp()
671     elseif (GMX_SIMD MATCHES "AVX")
672         set(HAVE_RDTSCP 1)
673     endif()
674 endif()
675 gmx_check_if_changed(HAVE_RDTSCP_CHANGED HAVE_RDTSCP)
676 if (HAVE_RDTSCP_CHANGED)
677     if (HAVE_RDTSCP)
678         message(STATUS "Enabling RDTSCP support${RDTSCP_DETECTION_MESSAGE}")
679     else()
680         message(STATUS "Disabling RDTSCP support${RDTSCP_DETECTION_MESSAGE}")
681     endif()
682 endif()
684 include(gmxTestLargeFiles)
685 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
687 include(gmxTestSignal)
688 gmx_test_sigusr1(HAVE_SIGUSR1)
690 include(gmxTestPipes)
691 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
693 check_include_file_cxx(regex     HAVE_CXX11_REGEX)
695 include(gmxTestXDR)
696 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
697 # Darwin has system XDR, but it uses a three-argument flavour of
698 # xdrproc_t that it guarantees will still work if you pass the normal
699 # two-argument xdr filters, but gcc 8 warns about the cast necessary
700 # to do that, so it's simpler to just use our own XDR library.
702 # TODO It would be better to craft a cmake test which fails if such
703 # XDR operations cause warnings, and succeeds otherwise, because it is
704 # generally preferable to use system libraries where possible.
705 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR OR CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin")
706     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
707 endif()
710 ##################################################
711 # Process SIMD instruction settings
712 ##################################################
713 # This checks what flags to add in order to
714 # support the SIMD instructions we need, it sets
715 # correct defines for the SIMD instructions supported,
716 # and adds advanced options to control accuracy
717 # for SIMD math operations.
718 include(gmxManageSimd)
719 gmx_manage_simd()
721 include(gmxManageCycleCounters)
722 gmx_manage_cycle_counters()
724 # Process QM/MM Settings
725 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
726     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
727 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
728     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
729 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
730     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
731 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "ORCA")
732     set(GMX_QMMM_ORCA 1)
733 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
734     # nothing to do
735 else()
736     gmx_invalid_option_value(GMX_QMMM_PROGRAM)
737 endif()
740 ##################################################
741 # Process FFT library settings
742 ##################################################
743 include(gmxManageFFTLibraries)
746 include(gmxManageLinearAlgebraLibraries)
748 include(gmxManagePluginSupport)
750 if (GMX_USE_PLUGINS)
751     if(NOT GMX_VMD_PLUGIN_PATH)
752         find_package(VMD)
753     endif()
754 endif()
756 # Link real-time library for POSIX timers. The check for clock_gettime
757 # confirms the linkability of rt.
758 if(HAVE_TIME_H AND HAVE_UNISTD_H AND HAVE_CLOCK_GETTIME)
759     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES rt)
760 endif()
762 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
763 if (HAVE_LIBM)
764     list(APPEND GMX_PUBLIC_LIBRARIES m)
765 endif()
767 option(GMX_NACL "Configure for Native Client builds" OFF)
768 if (GMX_NACL)
769   list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES nosys)
770   set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS "${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS} -lnosys")
771   # TODO: Is this still necessary with the check for its presence?
772   set(GMX_USE_NICE 0)
773   set(GMX_NO_RENAME 1)
774 endif()
775 mark_as_advanced(GMX_NACL)
777 if(GMX_FAHCORE)
778   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
779       "Path to swindirect.h")
780   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
781 endif()
783 # Value of GMX_BUILD_HELP=AUTO tries to generate things, but will only
784 # produce warnings if that fails.
785 set(build_help_default AUTO)
786 if (SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION OR CMAKE_CROSSCOMPILING)
787     set(build_help_default OFF)
788 endif()
789 gmx_option_trivalue(GMX_BUILD_HELP "Build completions automatically (requires that compiled binaries can be executed on the build host) and install man pages if built (requires building the 'man' target manually)" ${build_help_default})
790 mark_as_advanced(GMX_BUILD_HELP)
791 if (GMX_BUILD_HELP AND SOURCE_IS_SOURCE_DISTRIBUTION AND BUILD_IS_INSOURCE)
792     message(FATAL_ERROR
793         "Rebuilding shell completions or man pages is not supported for "
794         "in-source builds from a source distribution. "
795         "Set GMX_BUILD_HELP=OFF or do an out-of-source build to proceed.")
796 endif()
798 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
799 # these are set after everything else
800 if (NOT GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS)
801     set(CMAKE_C_FLAGS "${SIMD_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${CMAKE_C_FLAGS}")
802     set(CMAKE_CXX_FLAGS "${SIMD_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${CMAKE_CXX_FLAGS}")
803     set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS}")
804     set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS "${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS} ${CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS}")
805 else()
806     message("Recommended flags which are not added because GMX_SKIP_DEFAULT_CFLAGS=yes:")
807     message("CMAKE_C_FLAGS: ${SIMD_C_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_C_FLAGS} ${GMXC_CFLAGS}")
808     message("CMAKE_C_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CFLAGS_RELEASE}")
809     message("CMAKE_C_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CFLAGS_DEBUG}")
810     message("CMAKE_CXX_FLAGS: ${SIMD_CXX_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS} ${EXTRA_CXX_FLAGS} ${GMXC_CXXFLAGS}")
811     message("CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE: ${GMXC_CXXFLAGS_RELEASE}")
812     message("CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG: ${GMXC_CXXFLAGS_DEBUG}")
813     message("CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
814     message("CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS: ${FFT_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINKER_FLAGS}")
815 endif()
817 if(NOT GMX_OPENMP)
818     #Unset all OpenMP flags in case OpenMP was disabled either by the user
819     #or because it was only partially detected (e.g. only for C but not C++ compiler)
820     unset(OpenMP_C_FLAGS CACHE)
821     unset(OpenMP_CXX_FLAGS CACHE)
822 else()
823     set(GMX_EXE_LINKER_FLAGS ${GMX_EXE_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_LINKER_FLAGS})
824     set(GMX_SHARED_LINKER_FLAGS ${GMX_SHARED_LINKER_FLAGS} ${OpenMP_SHARED_LINKER_FLAGS})
825 endif()
828 ########################################################################
829 # Specify install locations
830 ########################################################################
831 # Use GNUInstallDirs to set paths on multiarch systems.
832 include(GNUInstallDirs)
834 set(GMX_INSTALL_DATASUBDIR "gromacs" CACHE STRING "Subdirectory for GROMACS data under CMAKE_INSTALL_DATADIR")
835 mark_as_advanced(GMX_INSTALL_DATASUBDIR)
837 # Internal convenience so we do not have to join two path segments in the code
838 set(GMX_INSTALL_GMXDATADIR ${CMAKE_INSTALL_DATADIR}/${GMX_INSTALL_DATASUBDIR})
840 # If the nesting level wrt. the installation root is changed,
841 # gromacs-config.cmake.cmakein needs to be adapted.
842 set(GMX_INSTALL_CMAKEDIR  ${CMAKE_INSTALL_DATAROOTDIR}/cmake)
844 # TODO: Make GMXRC adapt if this is changed
845 set(GMX_INSTALL_PKGCONFIGDIR ${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}/pkgconfig)
846 set(GMX_INSTALL_OCLDIR       ${GMX_INSTALL_GMXDATADIR}/opencl)
848 list(APPEND INSTALLED_HEADER_INCLUDE_DIRS ${CMAKE_INSTALL_INCLUDEDIR})
850 # Binary and library suffix options
851 include(gmxManageSuffixes)
853 ################################################################
854 # Shared library load path settings
855 ################################################################
856 if(NOT GMX_BUILD_SHARED_EXE)
857     # No rpath
858     set(CMAKE_SKIP_RPATH TRUE)
859     set(CMAKE_EXE_LINK_DYNAMIC_C_FLAGS) # remove -Wl,-Bdynamic
860     set(CMAKE_EXE_LINK_DYNAMIC_CXX_FLAGS)
861 else()
862     # The build folder always has bin/ and lib/; if we are also going to
863     # install to lib/, then the installation RPATH works also in the build
864     # tree.  This makes installation slightly faster (no need to rewrite the
865     # RPATHs), and makes the binaries in the build tree relocatable.
866     if(CMAKE_INSTALL_LIBDIR STREQUAL "lib")
867         set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_RPATH TRUE)
868         if(POLICY CMP0068)
869             cmake_policy(SET CMP0068 NEW) # From CMake-3.9
870             set(CMAKE_BUILD_WITH_INSTALL_NAME_DIR TRUE)
871         endif()
872     endif()
873     # Set the RPATH as relative to the executable location to make the
874     # binaries relocatable.
875     if(CMAKE_SYSTEM_NAME STREQUAL "Darwin") #Assume OS X >=10.5
876         set(CMAKE_INSTALL_RPATH "@loader_path/../${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}")
877         set(CMAKE_INSTALL_NAME_DIR ${CMAKE_INSTALL_RPATH})
878     else()
879         set(CMAKE_INSTALL_RPATH "\$ORIGIN/../${CMAKE_INSTALL_LIBDIR}")
880     endif()
881     set(CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH TRUE)
882     set(CMAKE_MACOSX_RPATH 1)
883 endif()
885 #COPYING file: Only necessary for binary distributions.
886 #Simpler to always install.
887 install(FILES COPYING DESTINATION ${GMX_INSTALL_GMXDATADIR} COMPONENT data)
889 if (GMX_BUILD_FOR_COVERAGE)
890     # Code heavy with asserts makes conditional coverage close to useless metric,
891     # as by design most of the false branches are impossible to trigger in
892     # correctly functioning code.  And the benefit of testing those that could
893     # be triggered by using an API against its specification isn't usually
894     # worth the effort.
895     add_definitions(-DNDEBUG -DGMX_DISABLE_ASSERTS)
896 endif()
898 if (BUILD_TESTING)
899     include(tests/CheckTarget.cmake)
900 endif()
902 if (NOT GMX_BUILD_MDRUN_ONLY)
903     add_subdirectory(docs)
904     add_subdirectory(share)
905     add_subdirectory(scripts)
906 endif()
907 add_subdirectory(src)
909 if (BUILD_TESTING)
910     add_subdirectory(tests)
911 endif()
913 gmx_cpack_write_config()
915 # Issue a warning if NVIDIA GPUs were detected, but CUDA was not found.
916 # Don't bother the user after the first configure pass.
917 if ((CUDA_NOTFOUND_AUTO AND GMX_DETECT_GPU_AVAILABLE) AND NOT GMX_GPU_DETECTION_DONE)
918     message(WARNING "${CUDA_NOTFOUND_MESSAGE}")
919 endif()
920 set(GMX_GPU_DETECTION_DONE TRUE CACHE INTERNAL "Whether GPU detection has already been done")
922 #######################
923 ## uninstall target
924 #######################
925 CONFIGURE_FILE(   "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake.in"
926                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake"
927                   IMMEDIATE @ONLY)
928 ###########################
929 ADD_CUSTOM_TARGET(uninstall
930                   "${CMAKE_COMMAND}" -P
931                   "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cmake/cmake_uninstall.cmake")
932 ###########################
933 set_directory_properties(PROPERTIES
934             ADDITIONAL_MAKE_CLEAN_FILES "install_manifest.txt")