README

   1
   2                Welcome to the official version of GROMACS!
   3
   4 Starting with version 3.0, a lot of things have changed. Not only is the
   5 code significantly faster, but we also have a completely new installation
   6 process and license the package under the GPL (see the COPYING file).
   7
   8 If you are familiar with unix, it should be fairly trivial to compile and
   9 install GROMACS. Installation instructions are available in the INSTALL file,
  10 and a more extended step-by-step guide can be found on http://www.gromacs.org .
  11
  12 Of course we will do our utmost to help you with any problems, but PLEASE
  13 READ THE INSTALLATION INSTRUCTIONS BEFORE CONTACTING US!
  14
  15 There are also several other online resources available from the homepage,
  16 and special information for developers. We recommend all users to subscribe
  17 at least to the gmx-announce list - there is almost no traffic at all, but
  18 you get notice of new versions or severe bugs, and it gives us a possibility
  19 to keep track of the number of users since no signature is required anymore.
  20
  21 If you are a developer, or change the source for any other reason, check
  22 out http://www.gromacs.org/developer for details on using automake & autoconf!
  23
  24                                * * * * *
  25
  26 GROMACS is free software, distributed under the GNU General Public License.
  27 However, scientific software is a little special compared to most other
  28 programs. Both you, we, and all other GROMACS users depend on the quality
  29 of the code, and when we find bugs (every piece of software has them) it
  30 is crucial that we can correct it and say that it was fixed in version X of
  31 the file or package release. For the same reason, it is important that you
  32 can reproduce other people's result from a certain GROMACS version.
  33
  34 The easiest way to avoid this kind of problems is to get your modifications
  35 included in the main distribution. We'll be happy to consider any decent
  36 code. If it's a separate program it can probably be included in the contrib
  37 directory straight away (not supported by us), but for major changes in the
  38 main code we appreciate if you first test that it works with MPI,
  39 double precision, fortran code, etc.
  40
  41 If you still want to distribute a modified version or use part of GROMACS
  42 in your own program, remember that the entire modified must be licensed
  43 under GPL, and that it must clearly be labeled as derived work. It should
  44 not use the name "official GROMACS", and make sure support questions are
  45 directed to you instead of the GROMACS developers.
  46 Sorry for the hard wording, but it is meant to protect YOUR reseach results!
  47
  48                                * * * * *
  49
  50 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
  51 To help us fund development, we humbly ask that you cite the GROMACS papers:
  52
  53 * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  54   H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  55   Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  56
  57 * GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis
  58   Erik Lindahl, Berk Hess and David van der Spoel
  59   J. Mol. Mod. 7, 306-317 (2001)
  60
  61 There are a lot of cool features we'd like to include in future versions,
  62 but our resources are limited. All kinds of donations are welcome, both in
  63 form of code, hardware and funding! Industrial users who choose to pay
  64 for a license pro bono (it is still GPL and can be redistributed freely) or
  65 contribute in other ways are listed as GROMACS supporters on our webpages.
  66 Don't hesitate to contact us at gromacs@gromacs.org if you are interested.
  67
  68
  69                        Good luck with your simulations!
  70
  71                               The GROMACS Crew
  72
  73
  74
  75
  76
  77
  78
  79