docs/reference-manual/functions.rst

   1 .. _ff:
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   3 Interaction function and force fields
   4 =====================================
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   6 To accommodate the potential functions used in some popular force fields
   7 (see :ref:`ff`), |Gromacs| offers a choice of functions, both for
   8 non-bonded interaction and for dihedral interactions. They are described
   9 in the appropriate subsections.
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  11 The potential functions can be subdivided into three parts
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  13 #. *Non-bonded*: Lennard-Jones or Buckingham, and Coulomb or modified
  14    Coulomb. The non-bonded interactions are computed on the basis of a
  15    neighbor list (a list of non-bonded atoms within a certain radius),
  16    in which exclusions are already removed.
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  18 #. *Bonded*: covalent bond-stretching, angle-bending, improper
  19    dihedrals, and proper dihedrals. These are computed on the basis of
  20    fixed lists.
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  22 #. *Restraints*: position restraints, angle restraints, distance
  23    restraints, orientation restraints and dihedral restraints, all based
  24    on fixed lists.
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  26 #. *Applied Forces*: externally applied forces, see
  27    chapter :ref:`special`.
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  30 .. toctree::
  31    :maxdepth: 2
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  33    functions/nonbonded-interactions
  34    functions/bonded-interactions
  35    functions/restraints
  36    functions/polarization
  37    functions/free-energy-interactions
  38    functions/interaction-methods
  39    functions/long-range-electrostatics
  40    functions/long-range-vdw
  41    functions/force-field
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