renamed amber LYP to LYS and changed names for water models in the rtp files
[gromacs.git] / share / top / amber99sb-ildn.ff / aminoacids.rtp
blob6fd391b0a4cdcc8e04484496cde15dd458c8ad61
1 [ bondedtypes ]
2 ; Col 1: Type of bond
3 ; Col 2: Type of angles
4 ; Col 3: Type of proper dihedrals
5 ; Col 4: Type of improper dihedrals
6 ; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.
7 ; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded interactions
8 ; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens if 1
9 ; Col 8: Remove impropers over the same bond as a proper if it is 1
10 ; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
11      1       1          9          4        1         3      1     0
13 ; now: water, ions, urea, terminal caps, AA's and terminal AA's
15 ; tip3p
16 [ HOH ]
17  [ atoms ]
18     OW   OW           -0.834    0
19    HW1   HW            0.417    0
20    HW2   HW            0.417    0
21  [ bonds ]
22     OW   HW1
23     OW   HW2
25 ; tip4p
26 [ HO4 ]
27  [ atoms ]
28     OW   OW_tip4p      0.00     0
29    HW1   HW            0.52     0
30    HW2   HW            0.52     0
31     MW   MW           -1.04     0
32  [ bonds ]
33     OW   HW1
34     OW   HW2
36 [ IB+ ] ; big positive ion
37  [ atoms ]
38    IB     IB           1.00000     1
40 [ Ca+ ]
41  [ atoms ]
42    Ca     C0           2.00000     1
44 [ Cl- ]
45  [ atoms ]
46    Cl     Cl          -1.00000     1
48 [ Na+ ]
49  [ atoms ]
50    Na     Na           1.00000     1
52 [ Mg+ ]
53  [ atoms ]
54    Mg     MG           2.00000     1
56 [ K+ ]
57  [ atoms ]
58    K      K            1.00000     1
60 [ Rb+ ]
61  [ atoms ]
62    Rb     Rb           1.00000     1
64 [ Cs+ ]
65  [ atoms ]
66    CS     Cs           1.00000     1
68 [ Li+ ]
69  [ atoms ]
70    Li     Li           1.00000     1 
72 [ Zn+ ]
73  [ atoms ]
74    Zn     Zn           2.00000     1
76 [ URE ] ; urea added in by EJS, resp charges by Jim Caldwell
77  [ atoms ]
78     C      C            0.880229        1       
79     O      O           -0.613359        2       
80    N1      N           -0.923545        3       
81   H11      H            0.395055        4       
82   H12      H            0.395055        5       
83    N2      N           -0.923545        6       
84   H21      H            0.395055        7       
85   H22      H            0.395055        8       
86  [ bonds ]
87     C     N1
88     C     N2
89     C      O
90    N1    H11
91    N1    H12
92    N2    H21
93    N2    H22
94  [ impropers ]
95     N1    N2     C     O
96      C   H11    N1   H12
97      C   H21    N2   H22        
99 [ ACE ]
100  [ atoms ]
101   HH31    HC           0.11230     1
102    CH3    CT          -0.36620     2
103   HH32    HC           0.11230     3
104   HH33    HC           0.11230     4
105      C    C            0.59720     5
106      O    O           -0.56790     6
107  [ bonds ]
108   HH31   CH3
109    CH3  HH32
110    CH3  HH33
111    CH3     C
112      C     O
113  [ impropers ]
114    CH3    +N     C     O
115                         
116 [ NME ] 
117  [ atoms ]
118      N    N           -0.41570     1
119      H    H            0.27190     2
120    CH3    CT          -0.14900     3
121   HH31    H1           0.09760     4
122   HH32    H1           0.09760     5
123   HH33    H1           0.09760     6
124  [ bonds ]
125      N     H
126      N   CH3
127    CH3  HH31
128    CH3  HH32
129    CH3  HH33
130     -C     N
131  [ impropers ]
132     -C   CH3     N     H
133                         
134 [ NHE ]
135  [ atoms ]
136      N    N           -0.46300     1
137     H1    H            0.23150     2
138     H2    H            0.23150     3
139  [ bonds ]
140      N    H1
141      N    H2
142     -C     N
143  [ impropers ]
144     -C    H1     N    H2
146 [ NH2 ]
147  [ atoms ]
148      N    N           -0.46300     1
149     H1    H            0.23150     2
150     H2    H            0.23150     3
151  [ bonds ]
152      N    H1
153      N    H2
154     -C     N
155  [ impropers ]
156     -C    H1     N    H2
158 ; Next are non-terminal AA's
160 [ ALA ]
161  [ atoms ]
162      N    N           -0.41570     1
163      H    H            0.27190     2
164     CA    CT           0.03370     3
165     HA    H1           0.08230     4
166     CB    CT          -0.18250     5
167    HB1    HC           0.06030     6
168    HB2    HC           0.06030     7
169    HB3    HC           0.06030     8
170      C    C            0.59730     9
171      O    O           -0.56790    10
172  [ bonds ]
173      N     H
174      N    CA
175     CA    HA
176     CA    CB
177     CA     C
178     CB   HB1
179     CB   HB2
180     CB   HB3
181      C     O
182     -C     N
183  [ impropers ]
184     -C    CA     N     H
185     CA    +N     C     O
186                         
187 [ GLY ]
188  [ atoms ]
189      N    N           -0.41570     1
190      H    H            0.27190     2
191     CA    CT          -0.02520     3
192    HA1    H1           0.06980     4
193    HA2    H1           0.06980     5
194      C    C            0.59730     6
195      O    O           -0.56790     7
196  [ bonds ]
197      N     H
198      N    CA
199     CA   HA1
200     CA   HA2
201     CA     C
202      C     O
203     -C     N
204  [ impropers ]
205     -C    CA     N     H
206     CA    +N     C     O
207                         
208 [ SER ]
209  [ atoms ]
210      N    N           -0.41570     1
211      H    H            0.27190     2
212     CA    CT          -0.02490     3
213     HA    H1           0.08430     4
214     CB    CT           0.21170     5
215    HB1    H1           0.03520     6
216    HB2    H1           0.03520     7
217     OG    OH          -0.65460     8
218     HG    HO           0.42750     9
219      C    C            0.59730    10
220      O    O           -0.56790    11
221  [ bonds ]
222      N     H
223      N    CA
224     CA    HA
225     CA    CB
226     CA     C
227     CB   HB1
228     CB   HB2
229     CB    OG
230     OG    HG
231      C     O
232     -C     N
233  [ impropers ]
234     -C    CA     N     H
235     CA    +N     C     O
236                         
237 [ THR ]
238  [ atoms ]
239      N    N           -0.41570     1
240      H    H            0.27190     2
241     CA    CT          -0.03890     3
242     HA    H1           0.10070     4
243     CB    CT           0.36540     5
244     HB    H1           0.00430     6
245    CG2    CT          -0.24380     7
246   HG21    HC           0.06420     8
247   HG22    HC           0.06420     9
248   HG23    HC           0.06420    10
249    OG1    OH          -0.67610    11
250    HG1    HO           0.41020    12
251      C    C            0.59730    13
252      O    O           -0.56790    14
253  [ bonds ]
254      N     H
255      N    CA
256     CA    HA
257     CA    CB
258     CA     C
259     CB    HB
260     CB   CG2
261     CB   OG1
262    CG2  HG21
263    CG2  HG22
264    CG2  HG23
265    OG1   HG1
266      C     O
267     -C     N
268  [ impropers ]
269     -C    CA     N     H
270     CA    +N     C     O
271                         
272 [ LEU ]
273  [ atoms ]
274      N    N           -0.41570     1
275      H    H            0.27190     2
276     CA    CT          -0.05180     3
277     HA    H1           0.09220     4
278     CB    CT          -0.11020     5
279    HB1    HC           0.04570     6
280    HB2    HC           0.04570     7
281     CG    CT           0.35310     8
282     HG    HC          -0.03610     9
283    CD1    CT          -0.41210    10
284   HD11    HC           0.10000    11
285   HD12    HC           0.10000    12
286   HD13    HC           0.10000    13
287    CD2    CT          -0.41210    14
288   HD21    HC           0.10000    15
289   HD22    HC           0.10000    16
290   HD23    HC           0.10000    17
291      C    C            0.59730    18
292      O    O           -0.56790    19
293  [ bonds ]
294      N     H
295      N    CA
296     CA    HA
297     CA    CB
298     CA     C
299     CB   HB1
300     CB   HB2
301     CB    CG
302     CG    HG
303     CG   CD1
304     CG   CD2
305    CD1  HD11
306    CD1  HD12
307    CD1  HD13
308    CD2  HD21
309    CD2  HD22
310    CD2  HD23
311      C     O
312     -C     N
313  [ dihedrals ]
314      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult1
315      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult2
316      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult3
317  [ impropers ]
318     -C    CA     N     H
319     CA    +N     C     O
320                         
321 [ ILE ]
322  [ atoms ]
323      N    N           -0.41570     1
324      H    H            0.27190     2
325     CA    CT          -0.05970     3
326     HA    H1           0.08690     4
327     CB    CT           0.13030     5
328     HB    HC           0.01870     6
329    CG2    CT          -0.32040     7
330   HG21    HC           0.08820     8
331   HG22    HC           0.08820     9
332   HG23    HC           0.08820    10
333    CG1    CT          -0.04300    11
334   HG11    HC           0.02360    12
335   HG12    HC           0.02360    13
336     CD    CT          -0.06600    14
337    HD1    HC           0.01860    15
338    HD2    HC           0.01860    16
339    HD3    HC           0.01860    17
340      C    C            0.59730    18
341      O    O           -0.56790    19
342  [ bonds ]
343      N     H
344      N    CA
345     CA    HA
346     CA    CB
347     CA     C
348     CB    HB
349     CB   CG2
350     CB   CG1
351    CG2  HG21
352    CG2  HG22
353    CG2  HG23
354    CG1  HG11
355    CG1  HG12
356    CG1    CD
357     CD   HD1
358     CD   HD2
359     CD   HD3
360      C     O
361     -C     N
362  [ dihedrals ]
363      N    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult1
364      N    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult2
365  [ impropers ]
366     -C    CA     N     H
367     CA    +N     C     O
368                         
369 [ VAL ]
370  [ atoms ]
371      N    N           -0.41570     1
372      H    H            0.27190     2
373     CA    CT          -0.08750     3
374     HA    H1           0.09690     4
375     CB    CT           0.29850     5
376     HB    HC          -0.02970     6
377    CG1    CT          -0.31920     7
378   HG11    HC           0.07910     8
379   HG12    HC           0.07910     9
380   HG13    HC           0.07910    10
381    CG2    CT          -0.31920    11
382   HG21    HC           0.07910    12
383   HG22    HC           0.07910    13
384   HG23    HC           0.07910    14
385      C    C            0.59730    15
386      O    O           -0.56790    16
387  [ bonds ]
388      N     H
389      N    CA
390     CA    HA
391     CA    CB
392     CA     C
393     CB    HB
394     CB   CG1
395     CB   CG2
396    CG1  HG11
397    CG1  HG12
398    CG1  HG13
399    CG2  HG21
400    CG2  HG22
401    CG2  HG23
402      C     O
403     -C     N
404  [ impropers ]
405     -C    CA     N     H
406     CA    +N     C     O
407                         
408 [ ASN ]
409  [ atoms ]
410      N    N           -0.41570     1
411      H    H            0.27190     2
412     CA    CT           0.01430     3
413     HA    H1           0.10480     4
414     CB    CT          -0.20410     5
415    HB1    HC           0.07970     6
416    HB2    HC           0.07970     7
417     CG    C            0.71300     8
418    OD1    O           -0.59310     9
419    ND2    N           -0.91910    10
420   HD21    H            0.41960    11
421   HD22    H            0.41960    12
422      C    C            0.59730    13
423      O    O           -0.56790    14
424  [ bonds ]
425      N     H
426      N    CA
427     CA    HA
428     CA    CB
429     CA     C
430     CB   HB1
431     CB   HB2
432     CB    CG
433     CG   OD1
434     CG   ND2
435    ND2  HD21
436    ND2  HD22
437      C     O
438     -C     N
439  [ dihedrals ]
440      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult1
441      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult2
442      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult3
443      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult4
444      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult5
445      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult6
446     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult1
447     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult2
448     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult3
449     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult4
450     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult5
451     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult6
452  [ impropers ]
453     -C    CA     N     H
454     CA    +N     C     O
455     CB   ND2    CG   OD1
456     CG  HD21   ND2  HD22
457                         
458 [ GLN ]
459  [ atoms ]
460      N    N           -0.41570     1
461      H    H            0.27190     2
462     CA    CT          -0.00310     3
463     HA    H1           0.08500     4
464     CB    CT          -0.00360     5
465    HB1    HC           0.01710     6
466    HB2    HC           0.01710     7
467     CG    CT          -0.06450     8
468    HG1    HC           0.03520     9
469    HG2    HC           0.03520    10
470     CD    C            0.69510    11
471    OE1    O           -0.60860    12
472    NE2    N           -0.94070    13
473   HE21    H            0.42510    14
474   HE22    H            0.42510    15
475      C    C            0.59730    16
476      O    O           -0.56790    17
477  [ bonds ]
478      N     H
479      N    CA
480     CA    HA
481     CA    CB
482     CA     C
483     CB   HB1
484     CB   HB2
485     CB    CG
486     CG   HG1
487     CG   HG2
488     CG    CD
489     CD   OE1
490     CD   NE2
491    NE2  HE21
492    NE2  HE22
493      C     O
494     -C     N
495  [ impropers ]
496     -C    CA     N     H
497     CA    +N     C     O
498     CG   NE2    CD   OE1
499     CD  HE21   NE2  HE22
500                         
501 [ ARG ]
502  [ atoms ]
503      N    N           -0.34790     1
504      H    H            0.27470     2
505     CA    CT          -0.26370     3
506     HA    H1           0.15600     4
507     CB    CT          -0.00070     5
508    HB1    HC           0.03270     6
509    HB2    HC           0.03270     7
510     CG    CT           0.03900     8
511    HG1    HC           0.02850     9
512    HG2    HC           0.02850    10
513     CD    CT           0.04860    11
514    HD1    H1           0.06870    12
515    HD2    H1           0.06870    13
516     NE    N2          -0.52950    14
517     HE    H            0.34560    15
518     CZ    CA           0.80760    16
519    NH1    N2          -0.86270    17
520   HH11    H            0.44780    18
521   HH12    H            0.44780    19
522    NH2    N2          -0.86270    20
523   HH21    H            0.44780    21
524   HH22    H            0.44780    22
525      C    C            0.73410    23
526      O    O           -0.58940    24
527  [ bonds ]
528      N     H
529      N    CA
530     CA    HA
531     CA    CB
532     CA     C
533     CB   HB1
534     CB   HB2
535     CB    CG
536     CG   HG1
537     CG   HG2
538     CG    CD
539     CD   HD1
540     CD   HD2
541     CD    NE
542     NE    HE
543     NE    CZ
544     CZ   NH1
545     CZ   NH2
546    NH1  HH11
547    NH1  HH12
548    NH2  HH21
549    NH2  HH22
550      C     O
551     -C     N
552  [ impropers ]
553     -C    CA     N     H
554     CA    +N     C     O
555     NE   NH1    CZ   NH2
556     CD    CZ    NE    HE
557     CZ  HH11   NH1  HH12
558     CZ  HH21   NH2  HH22
559                
560 [ HID ]
561  [ atoms ]
562      N    N           -0.41570     1
563      H    H            0.27190     2
564     CA    CT           0.01880     3
565     HA    H1           0.08810     4
566     CB    CT          -0.04620     5
567    HB1    HC           0.04020     6
568    HB2    HC           0.04020     7
569     CG    CC          -0.02660     8
570    ND1    NA          -0.38110     9
571    HD1    H            0.36490    10
572    CE1    CR           0.20570    11
573    HE1    H5           0.13920    12
574    NE2    NB          -0.57270    13
575    CD2    CV           0.12920    14
576    HD2    H4           0.11470    15
577      C    C            0.59730    16
578      O    O           -0.56790    17
579  [ bonds ]
580      N     H
581      N    CA
582     CA    HA
583     CA    CB
584     CA     C
585     CB   HB1
586     CB   HB2
587     CB    CG
588     CG   ND1
589     CG   CD2
590    ND1   HD1
591    ND1   CE1
592    CE1   HE1
593    CE1   NE2
594    NE2   CD2
595    CD2   HD2
596      C     O
597     -C     N
598  [ impropers ]
599     -C    CA     N     H
600     CA    +N     C     O
601     CG   CE1   ND1   HD1
602     CG   NE2   CD2   HD2
603    ND1   NE2   CE1   HE1
604    ND1   CD2    CG    CB
605                         
606 [ HIE ]
607  [ atoms ]
608      N    N           -0.41570     1
609      H    H            0.27190     2
610     CA    CT          -0.05810     3
611     HA    H1           0.13600     4
612     CB    CT          -0.00740     5
613    HB1    HC           0.03670     6
614    HB2    HC           0.03670     7
615     CG    CC           0.18680     8
616    ND1    NB          -0.54320     9
617    CE1    CR           0.16350    10
618    HE1    H5           0.14350    11
619    NE2    NA          -0.27950    12
620    HE2    H            0.33390    13
621    CD2    CW          -0.22070    14
622    HD2    H4           0.18620    15
623      C    C            0.59730    16
624      O    O           -0.56790    17
625  [ bonds ]
626      N     H
627      N    CA
628     CA    HA
629     CA    CB
630     CA     C
631     CB   HB2
632     CB   HB1
633     CB    CG
634     CG   ND1
635     CG   CD2
636    ND1   CE1
637    CE1   HE1
638    CE1   NE2
639    NE2   HE2
640    NE2   CD2
641    CD2   HD2
642      C     O
643     -C     N
644  [ impropers ]
645     -C    CA     N     H
646     CA    +N     C     O
647    CE1   CD2   NE2   HE2
648     CG   NE2   CD2   HD2
649    ND1   NE2   CE1   HE1
650    ND1   CD2    CG    CB
651                         
652 [ HIP ]
653  [ atoms ]
654      N    N           -0.34790     1
655      H    H            0.27470     2
656     CA    CT          -0.13540     3
657     HA    H1           0.12120     4
658     CB    CT          -0.04140     5
659    HB1    HC           0.08100     6
660    HB2    HC           0.08100     7
661     CG    CC          -0.00120     8
662    ND1    NA          -0.15130     9
663    HD1    H            0.38660    10
664    CE1    CR          -0.01700    11
665    HE1    H5           0.26810    12
666    NE2    NA          -0.17180    13
667    HE2    H            0.39110    14
668    CD2    CW          -0.11410    15
669    HD2    H4           0.23170    16
670      C    C            0.73410    17
671      O    O           -0.58940    18
672  [ bonds ]
673      N     H
674      N    CA
675     CA    HA
676     CA    CB
677     CA     C
678     CB   HB1
679     CB   HB2
680     CB    CG
681     CG   ND1
682     CG   CD2
683    ND1   HD1
684    ND1   CE1
685    CE1   HE1
686    CE1   NE2
687    NE2   HE2
688    NE2   CD2
689    CD2   HD2
690      C     O
691     -C     N
692  [ impropers ]
693     -C    CA     N     H
694     CA    +N     C     O
695     CG   CE1   ND1   HD1
696    CE1   CD2   NE2   HE2
697     CG   NE2   CD2   HD2
698    ND1   NE2   CE1   HE1
699    ND1   CD2    CG    CB
700                         
701 [ TRP ]
702  [ atoms ]
703      N    N           -0.41570     1
704      H    H            0.27190     2
705     CA    CT          -0.02750     3
706     HA    H1           0.11230     4
707     CB    CT          -0.00500     5
708    HB1    HC           0.03390     6
709    HB2    HC           0.03390     7
710     CG    C*          -0.14150     8
711    CD1    CW          -0.16380     9
712    HD1    H4           0.20620    10
713    NE1    NA          -0.34180    11
714    HE1    H            0.34120    12
715    CE2    CN           0.13800    13
716    CZ2    CA          -0.26010    14
717    HZ2    HA           0.15720    15
718    CH2    CA          -0.11340    16
719    HH2    HA           0.14170    17
720    CZ3    CA          -0.19720    18
721    HZ3    HA           0.14470    19
722    CE3    CA          -0.23870    20
723    HE3    HA           0.17000    21
724    CD2    CB           0.12430    22
725      C    C            0.59730    23
726      O    O           -0.56790    24
727  [ bonds ]
728      N     H
729      N    CA
730     CA    HA
731     CA    CB
732     CA     C
733     CB   HB1
734     CB   HB2
735     CB    CG
736     CG   CD1
737     CG   CD2
738    CD1   HD1
739    CD1   NE1
740    NE1   HE1
741    NE1   CE2
742    CE2   CZ2
743    CE2   CD2
744    CZ2   HZ2
745    CZ2   CH2
746    CH2   HH2
747    CH2   CZ3
748    CZ3   HZ3
749    CZ3   CE3
750    CE3   HE3
751    CE3   CD2
752      C     O
753     -C     N
754  [ impropers ]
755     -C    CA     N     H
756     CA    +N     C     O
757    CD1   CE2   NE1   HE1
758    CE2   CH2   CZ2   HZ2
759    CZ2   CZ3   CH2   HH2
760    CH2   CE3   CZ3   HZ3
761    CZ3   CD2   CE3   HE3
762     CG   NE1   CD1   HD1
763    CD1   CD2    CG    CB
764                         
765 [ PHE ]
766  [ atoms ]
767      N    N           -0.41570     1
768      H    H            0.27190     2
769     CA    CT          -0.00240     3
770     HA    H1           0.09780     4
771     CB    CT          -0.03430     5
772    HB1    HC           0.02950     6
773    HB2    HC           0.02950     7
774     CG    CA           0.01180     8
775    CD1    CA          -0.12560     9
776    HD1    HA           0.13300    10
777    CE1    CA          -0.17040    11
778    HE1    HA           0.14300    12
779     CZ    CA          -0.10720    13
780     HZ    HA           0.12970    14
781    CE2    CA          -0.17040    15
782    HE2    HA           0.14300    16
783    CD2    CA          -0.12560    17
784    HD2    HA           0.13300    18
785      C    C            0.59730    19
786      O    O           -0.56790    20
787  [ bonds ]
788      N     H
789      N    CA
790     CA    HA
791     CA    CB
792     CA     C
793     CB   HB1
794     CB   HB2
795     CB    CG
796     CG   CD1
797     CG   CD2
798    CD1   HD1
799    CD1   CE1
800    CE1   HE1
801    CE1    CZ
802     CZ    HZ
803     CZ   CE2
804    CE2   HE2
805    CE2   CD2
806    CD2   HD2
807      C     O
808     -C     N
809  [ impropers ]
810     -C    CA     N     H
811     CA    +N     C     O
812     CG   CE2   CD2   HD2
813     CZ   CD2   CE2   HE2
814    CE1   CE2    CZ    HZ
815    CD1    CZ   CE1   HE1
816     CG   CE1   CD1   HD1
817    CD1   CD2    CG    CB
818                        
819 [ TYR ]
820  [ atoms ]
821      N    N           -0.41570     1
822      H    H            0.27190     2
823     CA    CT          -0.00140     3
824     HA    H1           0.08760     4
825     CB    CT          -0.01520     5
826    HB1    HC           0.02950     6
827    HB2    HC           0.02950     7
828     CG    CA          -0.00110     8
829    CD1    CA          -0.19060     9
830    HD1    HA           0.16990    10
831    CE1    CA          -0.23410    11
832    HE1    HA           0.16560    12
833     CZ    C            0.32260    13
834     OH    OH          -0.55790    14
835     HH    HO           0.39920    15
836    CE2    CA          -0.23410    16
837    HE2    HA           0.16560    17
838    CD2    CA          -0.19060    18
839    HD2    HA           0.16990    19
840      C    C            0.59730    20
841      O    O           -0.56790    21
842  [ bonds ]
843      N     H
844      N    CA
845     CA    HA
846     CA    CB
847     CA     C
848     CB   HB1
849     CB   HB2
850     CB    CG
851     CG   CD1
852     CG   CD2
853    CD1   HD1
854    CD1   CE1
855    CE1   HE1
856    CE1    CZ
857     CZ    OH
858     CZ   CE2
859     OH    HH
860    CE2   HE2
861    CE2   CD2
862    CD2   HD2
863      C     O
864     -C     N
865  [ impropers ]
866     -C    CA     N     H
867     CA    +N     C     O
868     CG   CE2   CD2   HD2
869     CZ   CD2   CE2   HE2
870    CD1    CZ   CE1   HE1
871     CG   CE1   CD1   HD1
872    CD1   CD2    CG    CB
873    CE1   CE2    CZ    OH
874                         
875 [ GLU ]
876  [ atoms ]
877      N    N           -0.51630     1
878      H    H            0.29360     2
879     CA    CT           0.03970     3
880     HA    H1           0.11050     4
881     CB    CT           0.05600     5
882    HB1    HC          -0.01730     6
883    HB2    HC          -0.01730     7
884     CG    CT           0.01360     8
885    HG1    HC          -0.04250     9
886    HG2    HC          -0.04250    10
887     CD    C            0.80540    11
888    OE1    O2          -0.81880    12
889    OE2    O2          -0.81880    13
890      C    C            0.53660    14
891      O    O           -0.58190    15
892  [ bonds ]
893      N     H
894      N    CA
895     CA    HA
896     CA    CB
897     CA     C
898     CB   HB1
899     CB   HB2
900     CB    CG
901     CG   HG1
902     CG   HG2
903     CG    CD
904     CD   OE1
905     CD   OE2
906      C     O
907     -C     N
908  [ impropers ]
909     -C    CA     N     H
910     CA    +N     C     O
911     CG   OE1    CD   OE2
912                         
913 [ ASP ]
914  [ atoms ]
915      N    N           -0.51630     1
916      H    H            0.29360     2
917     CA    CT           0.03810     3
918     HA    H1           0.08800     4
919     CB    CT          -0.03030     5
920    HB1    HC          -0.01220     6
921    HB2    HC          -0.01220     7
922     CG    C            0.79940     8
923    OD1    O2          -0.80140     9
924    OD2    O2          -0.80140    10
925      C    C            0.53660    11
926      O    O           -0.58190    12
927  [ bonds ]
928      N     H
929      N    CA
930     CA    HA
931     CA    CB
932     CA     C
933     CB   HB1
934     CB   HB2
935     CB    CG
936     CG   OD1
937     CG   OD2
938      C     O
939     -C     N
940  [ dihedrals ]
941      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult1
942      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult2
943      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult3
944      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult4
945      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult5
946      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult6
947     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
948     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
949     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
950     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
951     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
952     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
953     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
954     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
955     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
956     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
957     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
958     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
959  [ impropers ]
960     -C    CA     N     H
961     CA    +N     C     O
962     CB   OD1    CG   OD2
963                         
964 [ LYS ]
965  [ atoms ]
966      N    N           -0.34790     1
967      H    H            0.27470     2
968     CA    CT          -0.24000     3
969     HA    H1           0.14260     4
970     CB    CT          -0.00940     5
971    HB1    HC           0.03620     6
972    HB2    HC           0.03620     7
973     CG    CT           0.01870     8
974    HG1    HC           0.01030     9
975    HG2    HC           0.01030    10
976     CD    CT          -0.04790    11
977    HD1    HC           0.06210    12
978    HD2    HC           0.06210    13
979     CE    CT          -0.01430    14
980    HE1    HP           0.11350    15
981    HE2    HP           0.11350    16
982     NZ    N3          -0.38540    17
983    HZ1    H            0.34000    18
984    HZ2    H            0.34000    19
985    HZ3    H            0.34000    20
986      C    C            0.73410    21
987      O    O           -0.58940    22
988  [ bonds ]
989      N     H
990      N    CA
991     CA    HA
992     CA    CB
993     CA     C
994     CB   HB1
995     CB   HB2
996     CB    CG
997     CG   HG1
998     CG   HG2
999     CG    CD
1000     CD   HD1
1001     CD   HD2
1002     CD    CE
1003     CE   HE1
1004     CE   HE2
1005     CE    NZ
1006     NZ   HZ1
1007     NZ   HZ2
1008     NZ   HZ3
1009      C     O
1010     -C     N
1011  [ impropers ]
1012     -C    CA     N     H
1013     CA    +N     C     O
1015 [ ORN ] ; charges taken from amber99.prm of tinker 4.0
1016  [ atoms ]
1017      N    N           -0.34790     1
1018      H    H            0.27470     2
1019     CA    CT          -0.24000     3
1020     HA    H1           0.14260     4
1021     CB    CT           0.00990     5
1022    HB1    HC           0.03620     6
1023    HB2    HC           0.03620     7
1024     CG    CT          -0.02790     8
1025    HG1    HC           0.06210     9
1026    HG2    HC           0.06210    10
1027     CD    CT          -0.01430    11
1028    HD1    HP           0.11350    12
1029    HD2    HP           0.11350    13
1030     NE    N3          -0.38540    14
1031    HE1    H            0.34000    15
1032    HE2    H            0.34000    16
1033    HE3    H            0.34000    17
1034      C    C            0.73410    18
1035      O    O           -0.58940    19
1036  [ bonds ]
1037      N     H
1038      N    CA
1039     CA    HA
1040     CA    CB
1041     CA     C
1042     CB   HB1
1043     CB   HB2
1044     CB    CG
1045     CG   HG1
1046     CG   HG2
1047     CG    CD
1048     CD   HD1
1049     CD   HD2
1050     CD    NE
1051     NE   HE1
1052     NE   HE2
1053     NE   HE3
1054      C     O
1055     -C     N
1056  [ impropers ]
1057     -C    CA     N     H
1058     CA    +N     C     O
1060 [ DAB ] ; sidechain charges fit to maintain heavy atom charge group trend LYS -> ORN -> DAB
1061  [ atoms ]
1062      N    N           -0.34790     1
1063      H    H            0.27470     2
1064     CA    CT          -0.24000     3
1065     HA    H1           0.14260     4
1066     CB    CT           0.02920     5
1067    HB1    HC           0.07470     6
1068    HB2    HC           0.07470     7
1069     CG    CT          -0.01430     8
1070    HG1    HP           0.11350     9
1071    HG2    HP           0.11350    10
1072     ND    N3          -0.38540    11
1073    HD1    H            0.34000    12
1074    HD2    H            0.34000    13
1075    HD3    H            0.34000    14
1076      C    C            0.73410    15
1077      O    O           -0.58940    16
1078  [ bonds ]
1079      N     H
1080      N    CA
1081     CA    HA
1082     CA    CB
1083     CA     C
1084     CB   HB1
1085     CB   HB2
1086     CB    CG
1087     CG   HG1
1088     CG   HG2
1089     CG    ND
1090     ND   HD1
1091     ND   HD2
1092     ND   HD3
1093      C     O
1094     -C     N
1095  [ impropers ]
1096     -C    CA     N     H
1097     CA    +N     C     O
1099 [ LYN ]
1100  [ atoms ]
1101      N    N           -0.41570     1
1102      H    H            0.27190     2
1103     CA    CT          -0.07206     3
1104     HA    H1           0.09940     4
1105     CB    CT          -0.04845     5
1106    HB1    HC           0.03400     6
1107    HB2    HC           0.03400     7
1108     CG    CT           0.06612     8
1109    HG1    HC           0.01041     9
1110    HG2    HC           0.01041    10
1111     CD    CT          -0.03768    11
1112    HD1    HC           0.01155    12
1113    HD2    HC           0.01155    13
1114     CE    CT           0.32604    14
1115    HE1    HP          -0.03358    15
1116    HE2    HP          -0.03358    16
1117     NZ    N3          -1.03581    17
1118    HZ1    H            0.38604    18
1119    HZ2    H            0.38604    19
1120      C    C            0.59730    20
1121      O    O           -0.56790    21
1122  [ bonds ]
1123      N     H
1124      N    CA
1125     CA    HA
1126     CA    CB
1127     CA     C
1128     CB   HB1
1129     CB   HB2
1130     CB    CG
1131     CG   HG1
1132     CG   HG2
1133     CG    CD
1134     CD   HD1
1135     CD   HD2
1136     CD    CE
1137     CE   HE1
1138     CE   HE2
1139     CE    NZ
1140     NZ   HZ1
1141     NZ   HZ2
1142      C     O
1143     -C     N
1144  [ impropers ]
1145     -C    CA     N     H
1146     CA    +N     C     O
1147                         
1148 [ PRO ]
1149  [ atoms ]
1150      N    N           -0.25480     1
1151     CD    CT           0.01920     2
1152    HD1    H1           0.03910     3
1153    HD2    H1           0.03910     4
1154     CG    CT           0.01890     5
1155    HG1    HC           0.02130     6
1156    HG2    HC           0.02130     7
1157     CB    CT          -0.00700     8
1158    HB1    HC           0.02530     9
1159    HB2    HC           0.02530    10
1160     CA    CT          -0.02660    11
1161     HA    H1           0.06410    12
1162      C    C            0.58960    13
1163      O    O           -0.57480    14
1164  [ bonds ]
1165      N    CD
1166      N    CA
1167     CD   HD1
1168     CD   HD2
1169     CD    CG
1170     CG   HG1
1171     CG   HG2
1172     CG    CB
1173     CB   HB1
1174     CB   HB2
1175     CB    CA
1176     CA    HA
1177     CA     C
1178      C     O
1179     -C     N
1180  [ impropers ]
1181     CA    +N     C     O
1182     -C    CD     N    CA        
1184 [ HYP ] ; S Park, R J Radmer, T E Klein & V S Pande (submitted).
1185  [ atoms ] 
1186      N    N           -0.25480     1
1187    CD2    CT           0.05950     2
1188   HD21    H1           0.07000     3
1189   HD22    H1           0.07000     4
1190     CG    CT           0.04000     5
1191     HG    H1           0.04160     6
1192    OD1    OH          -0.61340     7
1193    HD1    HO           0.38510     8
1194     CB    CT           0.02030     9
1195    HB1    HC           0.04260    10
1196    HB2    HC           0.04260    11
1197     CA    CT           0.00470    12
1198     HA    H1           0.07700    13
1199      C    C            0.58960    14
1200      O    O           -0.57480    15
1201  [ bonds ]
1202      N   CD2
1203      N    CA
1204    CD2  HD21
1205    CD2  HD22
1206    CD2    CG
1207     CG    HG
1208     CG   OD1
1209     CG    CB
1210    OD1   HD1
1211     CB   HB1
1212     CB   HB2
1213     CB    CA
1214     CA    HA
1215     CA     C
1216      C     O
1217     -C     N
1218  [ impropers ]
1219     CA    +N     C     O
1220     -C   CD2     N    CA
1221                         
1222 [ CYN ]
1223  [ atoms ]
1224      N    N           -0.41570     1
1225      H    H            0.27190     2
1226     CA    CT           0.02130     3
1227     HA    H1           0.11240     4
1228     CB    CT          -0.12310     5
1229    HB1    H1           0.11120     6
1230    HB2    H1           0.11120     7
1231     SG    SH          -0.31190     8
1232     HG    HS           0.19330     9
1233      C    C            0.59730    10
1234      O    O           -0.56790    11
1235  [ bonds ]
1236      N     H
1237      N    CA
1238     CA    HA
1239     CA    CB
1240     CA     C
1241     CB   HB1
1242     CB   HB2
1243     CB    SG
1244     SG    HG
1245      C     O
1246     -C     N
1247  [ impropers ]
1248     -C    CA     N     H
1249     CA    +N     C     O
1250                         
1251 [ CYM ]
1252  [ atoms ]
1253      N    N           -0.41570     1
1254      H    H            0.27190     2
1255     CA    CT          -0.03510     3
1256     HA    H1           0.05080     4
1257     CB    CT          -0.24130     5
1258    HB1    H1           0.11220     6
1259    HB2    H1           0.11220     7
1260     SG    SH          -0.88440     8
1261      C    C            0.59730     9
1262      O    O           -0.56790    10
1263  [ bonds ]
1264      N     H
1265      N    CA
1266     CA    HA
1267     CA    CB
1268     CA     C
1269     CB   HB1
1270     CB   HB2
1271     CB    SG
1272      C     O
1273     -C     N
1274  [ impropers ]
1275     -C    CA     N     H
1276     CA    +N     C     O
1277                         
1278 [ CYX ]
1279  [ atoms ]
1280      N    N           -0.41570     1
1281      H    H            0.27190     2
1282     CA    CT           0.04290     3
1283     HA    H1           0.07660     4
1284     CB    CT          -0.07900     5
1285    HB1    H1           0.09100     6
1286    HB2    H1           0.09100     7
1287     SG    S           -0.10810     8
1288      C    C            0.59730     9
1289      O    O           -0.56790    10
1290  [ bonds ]
1291      N     H
1292      N    CA
1293     CA    HA
1294     CA    CB
1295     CA     C
1296     CB   HB1
1297     CB   HB2
1298     CB    SG
1299      C     O
1300     -C     N
1301  [ impropers ]
1302     -C    CA     N     H
1303     CA    +N     C     O
1305 [ CYS2 ]
1306  [ atoms ]
1307      N    N           -0.41570     1
1308      H    H            0.27190     2
1309     CA    CT           0.04290     3
1310     HA    H1           0.07660     4
1311     CB    CT          -0.07900     5
1312    HB1    H1           0.09100     6
1313    HB2    H1           0.09100     7
1314     SG    S           -0.10810     8
1315      C    C            0.59730     9
1316      O    O           -0.56790    10
1317  [ bonds ]
1318      N     H
1319      N    CA
1320     CA    HA
1321     CA    CB
1322     CA     C
1323     CB   HB1
1324     CB   HB2
1325     CB    SG
1326      C     O
1327     -C     N
1328  [ impropers ]
1329     -C    CA     N     H
1330     CA    +N     C     O
1331                         
1332 [ MET ]
1333  [ atoms ]
1334      N    N           -0.41570     1
1335      H    H            0.27190     2
1336     CA    CT          -0.02370     3
1337     HA    H1           0.08800     4
1338     CB    CT           0.03420     5
1339    HB1    HC           0.02410     6
1340    HB2    HC           0.02410     7
1341     CG    CT           0.00180     8
1342    HG1    H1           0.04400     9
1343    HG2    H1           0.04400    10
1344     SD    S           -0.27370    11
1345     CE    CT          -0.05360    12
1346    HE1    H1           0.06840    13
1347    HE2    H1           0.06840    14
1348    HE3    H1           0.06840    15
1349      C    C            0.59730    16
1350      O    O           -0.56790    17
1351  [ bonds ]
1352      N     H
1353      N    CA
1354     CA    HA
1355     CA    CB
1356     CA     C
1357     CB   HB1
1358     CB   HB2
1359     CB    CG
1360     CG   HG1
1361     CG   HG2
1362     CG    SD
1363     SD    CE
1364     CE   HE1
1365     CE   HE2
1366     CE   HE3
1367      C     O
1368     -C     N
1369  [ impropers ]
1370     -C    CA     N     H
1371     CA    +N     C     O
1372                         
1373 ; non-terminal acidic AA's
1374        
1375 [ ASH ]
1376  [ atoms ]
1377      N    N           -0.41570     1
1378      H    H            0.27190     2
1379     CA    CT           0.03410     3
1380     HA    H1           0.08640     4
1381     CB    CT          -0.03160     5
1382    HB1    HC           0.04880     6
1383    HB2    HC           0.04880     7
1384     CG    C            0.64620     8
1385    OD1    O           -0.55540     9
1386    OD2    OH          -0.63760    10
1387    HD2    HO           0.47470    11
1388      C    C            0.59730    12
1389      O    O           -0.56790    13
1390  [ bonds ]
1391      N     H
1392      N    CA
1393     CA    HA
1394     CA    CB
1395     CA     C
1396     CB   HB1
1397     CB   HB2
1398     CB    CG
1399     CG   OD1
1400     CG   OD2
1401    OD2   HD2
1402      C     O
1403     -C     N
1404  [ impropers ]
1405     -C    CA     N     H
1406     CA    +N     C     O
1407     CB   OD1    CG   OD2
1408                    
1410 [ GLH ]
1411  [ atoms ]
1412      N    N           -0.41570     1
1413      H    H            0.27190     2
1414     CA    CT           0.01450     3
1415     HA    H1           0.07790     4
1416     CB    CT          -0.00710     5
1417    HB1    HC           0.02560     6
1418    HB2    HC           0.02560     7
1419     CG    CT          -0.01740     8
1420    HG1    HC           0.04300     9
1421    HG2    HC           0.04300    10
1422     CD    C            0.68010    11
1423    OE1    O           -0.58380    12
1424    OE2    OH          -0.65110    13
1425    HE2    HO           0.46410    14
1426      C    C            0.59730    15
1427      O    O           -0.56790    16
1428  [ bonds ]
1429      N     H
1430      N    CA
1431     CA    HA
1432     CA    CB
1433     CA     C
1434     CB   HB1
1435     CB   HB2
1436     CB    CG
1437     CG   HG1
1438     CG   HG2
1439     CG    CD
1440     CD   OE1
1441     CD   OE2
1442    OE2   HE2
1443      C     O
1444     -C     N
1445  [ impropers ]
1446     -C    CA     N     H
1447     CA    +N     C     O
1448     CG   OE1    CD   OE2
1450 ; C-terminal AA's
1451                         
1452 [ CALA ]
1453  [ atoms ]
1454      N    N           -0.38210     1
1455      H    H            0.26810     2
1456     CA    CT          -0.17470     3
1457     HA    H1           0.10670     4
1458     CB    CT          -0.20930     5
1459    HB1    HC           0.07640     6
1460    HB2    HC           0.07640     7
1461    HB3    HC           0.07640     8
1462      C    C            0.77310     9
1463    OC1    O2          -0.80550    10
1464    OC2    O2          -0.80550    11
1465  [ bonds ]
1466      N     H
1467      N    CA
1468     CA    HA
1469     CA    CB
1470     CA     C
1471     CB   HB1
1472     CB   HB2
1473     CB   HB3
1474      C   OC1
1475      C   OC2
1476     -C     N
1477  [ impropers ]
1478     -C    CA     N     H    
1479     CA   OC1     C   OC2    
1480                         
1481 [ CGLY ]
1482  [ atoms ]
1483      N    N           -0.38210     1
1484      H    H            0.26810     2
1485     CA    CT          -0.24930     3
1486    HA1    H1           0.10560     4
1487    HA2    H1           0.10560     5
1488      C    C            0.72310     6
1489    OC1    O2          -0.78550     7
1490    OC2    O2          -0.78550     8
1491  [ bonds ]
1492      N     H
1493      N    CA
1494     CA   HA1
1495     CA   HA2
1496     CA     C
1497      C   OC1
1498      C   OC2
1499     -C     N
1500  [ impropers ]
1501     -C    CA     N     H    
1502     CA   OC1     C   OC2    
1503                         
1504 [ CSER ]
1505  [ atoms ]
1506      N    N           -0.38210     1
1507      H    H            0.26810     2
1508     CA    CT          -0.27220     3
1509     HA    H1           0.13040     4
1510     CB    CT           0.11230     5
1511    HB1    H1           0.08130     6
1512    HB2    H1           0.08130     7
1513     OG    OH          -0.65140     8
1514     HG    HO           0.44740     9
1515      C    C            0.81130    10
1516    OC1    O2          -0.81320    11
1517    OC2    O2          -0.81320    12
1518  [ bonds ]
1519      N     H
1520      N    CA
1521     CA    HA
1522     CA    CB
1523     CA     C
1524     CB   HB1
1525     CB   HB2
1526     CB    OG
1527     OG    HG
1528      C   OC1
1529      C   OC2
1530     -C     N
1531  [ impropers ]
1532     -C    CA     N     H    
1533     CA   OC1     C   OC2    
1534                         
1535 [ CTHR ]
1536  [ atoms ]
1537      N    N           -0.38210     1
1538      H    H            0.26810     2
1539     CA    CT          -0.24200     3
1540     HA    H1           0.12070     4
1541     CB    CT           0.30250     5
1542     HB    H1           0.00780     6
1543    CG2    CT          -0.18530     7
1544   HG21    HC           0.05860     8
1545   HG22    HC           0.05860     9
1546   HG23    HC           0.05860    10
1547    OG1    OH          -0.64960    11
1548    HG1    HO           0.41190    12
1549      C    C            0.78100    13
1550    OC1    O2          -0.80440    14
1551    OC2    O2          -0.80440    15
1552  [ bonds ]
1553      N     H
1554      N    CA
1555     CA    HA
1556     CA    CB
1557     CA     C
1558     CB    HB
1559     CB   CG2
1560     CB   OG1
1561    CG2  HG21
1562    CG2  HG22
1563    CG2  HG23
1564    OG1   HG1
1565      C   OC1
1566      C   OC2
1567     -C     N
1568  [ impropers ]
1569     -C    CA     N     H    
1570     CA   OC1     C   OC2    
1571                         
1572 [ CLEU ]
1573  [ atoms ]
1574      N    N           -0.38210     1
1575      H    H            0.26810     2
1576     CA    CT          -0.28470     3
1577     HA    H1           0.13460     4
1578     CB    CT          -0.24690     5
1579    HB1    HC           0.09740     6
1580    HB2    HC           0.09740     7
1581     CG    CT           0.37060     8
1582     HG    HC          -0.03740     9
1583    CD1    CT          -0.41630    10
1584   HD11    HC           0.10380    11
1585   HD12    HC           0.10380    12
1586   HD13    HC           0.10380    13
1587    CD2    CT          -0.41630    14
1588   HD21    HC           0.10380    15
1589   HD22    HC           0.10380    16
1590   HD23    HC           0.10380    17
1591      C    C            0.83260    18
1592    OC1    O2          -0.81990    19
1593    OC2    O2          -0.81990    20
1594  [ bonds ]
1595      N     H
1596      N    CA
1597     CA    HA
1598     CA    CB
1599     CA     C
1600     CB   HB1
1601     CB   HB2
1602     CB    CG
1603     CG    HG
1604     CG   CD1
1605     CG   CD2
1606    CD1  HD11
1607    CD1  HD12
1608    CD1  HD13
1609    CD2  HD21
1610    CD2  HD22
1611    CD2  HD23
1612      C   OC1
1613      C   OC2
1614     -C     N
1615  [ dihedrals ]
1616      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult1
1617      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult2
1618      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult3
1619  [ impropers ]
1620     -C    CA     N     H    
1621     CA   OC1     C   OC2    
1622                         
1623 [ CILE ]
1624  [ atoms ]
1625      N    N           -0.38210     1
1626      H    H            0.26810     2
1627     CA    CT          -0.31000     3
1628     HA    H1           0.13750     4
1629     CB    CT           0.03630     5
1630     HB    HC           0.07660     6
1631    CG2    CT          -0.34980     7
1632   HG21    HC           0.10210     8
1633   HG22    HC           0.10210     9
1634   HG23    HC           0.10210    10
1635    CG1    CT          -0.03230    11
1636   HG11    HC           0.03210    12
1637   HG12    HC           0.03210    13
1638     CD    CT          -0.06990    14
1639    HD1    HC           0.01960    15
1640    HD2    HC           0.01960    16
1641    HD3    HC           0.01960    17
1642      C    C            0.83430    18
1643    OC1    O2          -0.81900    19
1644    OC2    O2          -0.81900    20
1645  [ bonds ]
1646      N     H
1647      N    CA
1648     CA    HA
1649     CA    CB
1650     CA     C
1651     CB    HB
1652     CB   CG2
1653     CB   CG1
1654    CG2  HG21
1655    CG2  HG22
1656    CG2  HG23
1657    CG1  HG11
1658    CG1  HG12
1659    CG1    CD
1660     CD   HD1
1661     CD   HD2
1662     CD   HD3
1663      C   OC1
1664      C   OC2
1665     -C     N
1666  [ dihedrals ]
1667      N    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult1
1668      B    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult2
1669  [ impropers ]
1670     -C    CA     N     H    
1671     CA   OC1     C   OC2    
1672                         
1673 [ CVAL ]
1674  [ atoms ]
1675      N    N           -0.38210     1
1676      H    H            0.26810     2
1677     CA    CT          -0.34380     3
1678     HA    H1           0.14380     4
1679     CB    CT           0.19400     5
1680     HB    HC           0.03080     6
1681    CG1    CT          -0.30640     7
1682   HG11    HC           0.08360     8
1683   HG12    HC           0.08360     9
1684   HG13    HC           0.08360    10
1685    CG2    CT          -0.30640    11
1686   HG21    HC           0.08360    12
1687   HG22    HC           0.08360    13
1688   HG23    HC           0.08360    14
1689      C    C            0.83500    15
1690    OC1    O2          -0.81730    16
1691    OC2    O2          -0.81730    17
1692  [ bonds ]
1693      N     H
1694      N    CA
1695     CA    HA
1696     CA    CB
1697     CA     C
1698     CB    HB
1699     CB   CG1
1700     CB   CG2
1701    CG1  HG11
1702    CG1  HG12
1703    CG1  HG13
1704    CG2  HG21
1705    CG2  HG22
1706    CG2  HG23
1707      C   OC1
1708      C   OC2
1709     -C     N
1710  [ impropers ]
1711     -C    CA     N     H    
1712     CA   OC1     C   OC2    
1713                         
1714 [ CASN ]
1715  [ atoms ]
1716      N    N           -0.38210     1
1717      H    H            0.26810     2
1718     CA    CT          -0.20800     3
1719     HA    H1           0.13580     4
1720     CB    CT          -0.22990     5
1721    HB1    HC           0.10230     6
1722    HB2    HC           0.10230     7
1723     CG    C            0.71530     8
1724    OD1    O           -0.60100     9
1725    ND2    N           -0.90840    10
1726   HD21    H            0.41500    11
1727   HD22    H            0.41500    12
1728      C    C            0.80500    13
1729    OC1    O2          -0.81470    14
1730    OC2    O2          -0.81470    15
1731  [ bonds ]
1732      N     H
1733      N    CA
1734     CA    HA
1735     CA    CB
1736     CA     C
1737     CB   HB1
1738     CB   HB2
1739     CB    CG
1740     CG   OD1
1741     CG   ND2
1742    ND2  HD21
1743    ND2  HD22
1744      C   OC1
1745      C   OC2
1746     -C     N
1747  [ dihedrals ]
1748      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult1
1749      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult2
1750      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult3
1751      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult4
1752      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult5
1753      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult6
1754     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult1
1755     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult2
1756     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult3
1757     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult4
1758     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult5
1759     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult6
1760  [ impropers ]
1761     -C    CA     N     H    
1762     CA   OC1     C   OC2    
1763     CB   ND2    CG   OD1    
1764     CG  HD21   ND2  HD22    
1765                         
1766 [ CGLN ]
1767  [ atoms ]
1768      N    N           -0.38210     1
1769      H    H            0.26810     2
1770     CA    CT          -0.22480     3
1771     HA    H1           0.12320     4
1772     CB    CT          -0.06640     5
1773    HB1    HC           0.04520     6
1774    HB2    HC           0.04520     7
1775     CG    CT          -0.02100     8
1776    HG1    HC           0.02030     9
1777    HG2    HC           0.02030    10
1778     CD    C            0.70930    11
1779    OE1    O           -0.60980    12
1780    NE2    N           -0.95740    13
1781   HE21    H            0.43040    14
1782   HE22    H            0.43040    15
1783      C    C            0.77750    16
1784    OC1    O2          -0.80420    17
1785    OC2    O2          -0.80420    18
1786  [ bonds ]
1787      N     H
1788      N    CA
1789     CA    HA
1790     CA    CB
1791     CA     C
1792     CB   HB1
1793     CB   HB2
1794     CB    CG
1795     CG   HG1
1796     CG   HG2
1797     CG    CD
1798     CD   OE1
1799     CD   NE2
1800    NE2  HE21
1801    NE2  HE22
1802      C   OC1
1803      C   OC2
1804     -C     N
1805  [ impropers ]
1806     -C    CA     N     H    
1807     CA   OC1     C   OC2    
1808     CG   NE2    CD   OE1    
1809     CD  HE21   NE2  HE22    
1810                         
1811 [ CARG ]
1812  [ atoms ]
1813      N    N           -0.34810     1
1814      H    H            0.27640     2
1815     CA    CT          -0.30680     3
1816     HA    H1           0.14470     4
1817     CB    CT          -0.03740     5
1818    HB1    HC           0.03710     6
1819    HB2    HC           0.03710     7
1820     CG    CT           0.07440     8
1821    HG1    HC           0.01850     9
1822    HG2    HC           0.01850    10
1823     CD    CT           0.11140    11
1824    HD1    H1           0.04680    12
1825    HD2    H1           0.04680    13
1826     NE    N2          -0.55640    14
1827     HE    H            0.34790    15
1828     CZ    CA           0.83680    16
1829    NH1    N2          -0.87370    17
1830   HH11    H            0.44930    18
1831   HH12    H            0.44930    19
1832    NH2    N2          -0.87370    20
1833   HH21    H            0.44930    21
1834   HH22    H            0.44930    22
1835      C    C            0.85570    23
1836    OC1    O2          -0.82660    24
1837    OC2    O2          -0.82660    25
1838  [ bonds ]
1839      N     H
1840      N    CA
1841     CA    HA
1842     CA    CB
1843     CA     C
1844     CB   HB1
1845     CB   HB2
1846     CB    CG
1847     CG   HG1
1848     CG   HG2
1849     CG    CD
1850     CD   HD1
1851     CD   HD2
1852     CD    NE
1853     NE    HE
1854     NE    CZ
1855     CZ   NH1
1856     CZ   NH2
1857    NH1  HH11
1858    NH1  HH12
1859    NH2  HH21
1860    NH2  HH22
1861      C   OC1
1862      C   OC2
1863     -C     N
1864  [ impropers ]
1865     -C    CA     N     H    
1866     CA   OC1     C   OC2    
1867     NE   NH1    CZ   NH2    
1868     CD    CZ    NE    HE    
1869     CZ  HH11   NH1  HH12    
1870     CZ  HH21   NH2  HH22    
1871                         
1872 [ CHID ]
1873  [ atoms ]
1874      N    N           -0.38210     1
1875      H    H            0.26810     2
1876     CA    CT          -0.17390     3
1877     HA    H1           0.11000     4
1878     CB    CT          -0.10460     5
1879    HB1    HC           0.05650     6
1880    HB2    HC           0.05650     7
1881     CG    CC           0.02930     8
1882    ND1    NA          -0.38920     9
1883    HD1    H            0.37550    10
1884    CE1    CR           0.19250    11
1885    HE1    H5           0.14180    12
1886    NE2    NB          -0.56290    13
1887    CD2    CV           0.10010    14
1888    HD2    H4           0.12410    15
1889      C    C            0.76150    16
1890    OC1    O2          -0.80160    17
1891    OC2    O2          -0.80160    18
1892  [ bonds ]
1893      N     H
1894      N    CA
1895     CA    HA
1896     CA    CB
1897     CA     C
1898     CB   HB1
1899     CB   HB2
1900     CB    CG
1901     CG   ND1
1902     CG   CD2
1903    ND1   HD1
1904    ND1   CE1
1905    CE1   HE1
1906    CE1   NE2
1907    NE2   CD2
1908    CD2   HD2
1909      C   OC1
1910      C   OC2
1911     -C     N
1912  [ impropers ]
1913     -C    CA     N     H    
1914     CA   OC1     C   OC2    
1915     CG   CE1   ND1   HD1    
1916     CG   NE2   CD2   HD2    
1917    ND1   NE2   CE1   HE1    
1918    ND1   CD2    CG    CB    
1919                         
1920 [ CHIE ]
1921  [ atoms ]
1922      N    N           -0.38210     1
1923      H    H            0.26810     2
1924     CA    CT          -0.26990     3
1925     HA    H1           0.16500     4
1926     CB    CT          -0.10680     5
1927    HB1    HC           0.06200     6
1928    HB2    HC           0.06200     7
1929     CG    CC           0.27240     8
1930    ND1    NB          -0.55170     9
1931    CE1    CR           0.15580    10
1932    HE1    H5           0.14480    11
1933    NE2    NA          -0.26700    12
1934    HE2    H            0.33190    13
1935    CD2    CW          -0.25880    14
1936    HD2    H4           0.19570    15
1937      C    C            0.79160    16
1938    OC1    O2          -0.80650    17
1939    OC2    O2          -0.80650    18
1940  [ bonds ]
1941      N     H
1942      N    CA
1943     CA    HA
1944     CA    CB
1945     CA     C
1946     CB   HB1
1947     CB   HB2
1948     CB    CG
1949     CG   ND1
1950     CG   CD2
1951    ND1   CE1
1952    CE1   HE1
1953    CE1   NE2
1954    NE2   HE2
1955    NE2   CD2
1956    CD2   HD2
1957      C   OC1
1958      C   OC2
1959     -C     N
1960  [ impropers ]
1961     -C    CA     N     H    
1962     CA   OC1     C   OC2    
1963    CE1   CD2   NE2   HE2    
1964     CG   NE2   CD2   HD2    
1965    ND1   NE2   CE1   HE1    
1966    ND1   CD2    CG    CB    
1967                         
1968 [ CHIP ]
1969  [ atoms ]
1970      N    N           -0.34810     1
1971      H    H            0.27640     2
1972     CA    CT          -0.14450     3
1973     HA    H1           0.11150     4
1974     CB    CT          -0.08000     5
1975    HB1    HC           0.08680     6
1976    HB2    HC           0.08680     7
1977     CG    CC           0.02980     8
1978    ND1    NA          -0.15010     9
1979    HD1    H            0.38830    10
1980    CE1    CR          -0.02510    11
1981    HE1    H5           0.26940    12
1982    NE2    NA          -0.16830    13
1983    HE2    H            0.39130    14
1984    CD2    CW          -0.12560    15
1985    HD2    H4           0.23360    16
1986      C    C            0.80320    17
1987    OC1    O2          -0.81770    18
1988    OC2    O2          -0.81770    19
1989  [ bonds ]
1990      N     H
1991      N    CA
1992     CA    HA
1993     CA    CB
1994     CA     C
1995     CB   HB1
1996     CB   HB2
1997     CB    CG
1998     CG   ND1
1999     CG   CD2
2000    ND1   HD1
2001    ND1   CE1
2002    CE1   HE1
2003    CE1   NE2
2004    NE2   HE2
2005    NE2   CD2
2006    CD2   HD2
2007      C   OC1
2008      C   OC2
2009     -C     N
2010  [ impropers ]
2011     -C    CA     N     H    
2012     CA   OC1     C   OC2    
2013     CG   CE1   ND1   HD1    
2014    CE1   CD2   NE2   HE2    
2015     CG   NE2   CD2   HD2    
2016    ND1   NE2   CE1   HE1    
2017    ND1   CD2    CG    CB    
2018                         
2019 [ CTRP ]
2020  [ atoms ]
2021      N    N           -0.38210     1
2022      H    H            0.26810     2
2023     CA    CT          -0.20840     3
2024     HA    H1           0.12720     4
2025     CB    CT          -0.07420     5
2026    HB1    HC           0.04970     6
2027    HB2    HC           0.04970     7
2028     CG    C*          -0.07960     8
2029    CD1    CW          -0.18080     9
2030    HD1    H4           0.20430    10
2031    NE1    NA          -0.33160    11
2032    HE1    H            0.34130    12
2033    CE2    CN           0.12220    13
2034    CZ2    CA          -0.25940    14
2035    HZ2    HA           0.15670    15
2036    CH2    CA          -0.10200    16
2037    HH2    HA           0.14010    17
2038    CZ3    CA          -0.22870    18
2039    HZ3    HA           0.15070    19
2040    CE3    CA          -0.18370    20
2041    HE3    HA           0.14910    21
2042    CD2    CB           0.10780    22
2043      C    C            0.76580    23
2044    OC1    O2          -0.80110    24
2045    OC2    O2          -0.80110    25
2046  [ bonds ]
2047      N     H
2048      N    CA
2049     CA    HA
2050     CA    CB
2051     CA     C
2052     CB   HB1
2053     CB   HB2
2054     CB    CG
2055     CG   CD1
2056     CG   CD2
2057    CD1   HD1
2058    CD1   NE1
2059    NE1   HE1
2060    NE1   CE2
2061    CE2   CZ2
2062    CE2   CD2
2063    CZ2   HZ2
2064    CZ2   CH2
2065    CH2   HH2
2066    CH2   CZ3
2067    CZ3   HZ3
2068    CZ3   CE3
2069    CE3   HE3
2070    CE3   CD2
2071      C   OC1
2072      C   OC2
2073     -C     N
2074  [ impropers ]
2075     -C    CA     N     H    
2076     CA   OC1     C   OC2    
2077    CD1   CE2   NE1   HE1    
2078    CE2   CH2   CZ2   HZ2    
2079    CZ2   CZ3   CH2   HH2    
2080    CH2   CE3   CZ3   HZ3    
2081    CZ3   CD2   CE3   HE3    
2082     CG   NE1   CD1   HD1    
2083    CD1   CD2    CG    CB    
2084                         
2085 [ CPHE ]
2086  [ atoms ]
2087      N    N           -0.38210     1
2088      H    H            0.26810     2
2089     CA    CT          -0.18250     3
2090     HA    H1           0.10980     4
2091     CB    CT          -0.09590     5
2092    HB1    HC           0.04430     6
2093    HB2    HC           0.04430     7
2094     CG    CA           0.05520     8
2095    CD1    CA          -0.13000     9
2096    HD1    HA           0.14080    10
2097    CE1    CA          -0.18470    11
2098    HE1    HA           0.14610    12
2099     CZ    CA          -0.09440    13
2100     HZ    HA           0.12800    14
2101    CE2    CA          -0.18470    15
2102    HE2    HA           0.14610    16
2103    CD2    CA          -0.13000    17
2104    HD2    HA           0.14080    18
2105      C    C            0.76600    19
2106    OC1    O2          -0.80260    20
2107    OC2    O2          -0.80260    21
2108  [ bonds ]
2109      N     H
2110      N    CA
2111     CA    HA
2112     CA    CB
2113     CA     C
2114     CB   HB1
2115     CB   HB2
2116     CB    CG
2117     CG   CD1
2118     CG   CD2
2119    CD1   HD1
2120    CD1   CE1
2121    CE1   HE1
2122    CE1    CZ
2123     CZ    HZ
2124     CZ   CE2
2125    CE2   HE2
2126    CE2   CD2
2127    CD2   HD2
2128      C   OC1
2129      C   OC2
2130     -C     N
2131  [ impropers ]
2132     -C    CA     N     H    
2133     CA   OC1     C   OC2    
2134     CG   CE2   CD2   HD2    
2135     CZ   CD2   CE2   HE2    
2136    CE1   CE2    CZ    HZ    
2137    CD1    CZ   CE1   HE1    
2138     CG   CE1   CD1   HD1    
2139    CD1   CD2    CG    CB    
2140                         
2141 [ CTYR ]
2142  [ atoms ]
2143      N    N           -0.38210     1
2144      H    H            0.26810     2
2145     CA    CT          -0.20150     3
2146     HA    H1           0.10920     4
2147     CB    CT          -0.07520     5
2148    HB1    HC           0.04900     6
2149    HB2    HC           0.04900     7
2150     CG    CA           0.02430     8
2151    CD1    CA          -0.19220     9
2152    HD1    HA           0.17800    10
2153    CE1    CA          -0.24580    11
2154    HE1    HA           0.16730    12
2155     CZ    C            0.33950    13
2156     OH    OH          -0.56430    14
2157     HH    HO           0.40170    15
2158    CE2    CA          -0.24580    16
2159    HE2    HA           0.16730    17
2160    CD2    CA          -0.19220    18
2161    HD2    HA           0.17800    19
2162      C    C            0.78170    20
2163    OC1    O2          -0.80700    21
2164    OC2    O2          -0.80700    22
2165  [ bonds ]
2166      N     H
2167      N    CA
2168     CA    HA
2169     CA    CB
2170     CA     C
2171     CB   HB1
2172     CB   HB2
2173     CB    CG
2174     CG   CD1
2175     CG   CD2
2176    CD1   HD1
2177    CD1   CE1
2178    CE1   HE1
2179    CE1    CZ
2180     CZ    OH
2181     CZ   CE2
2182     OH    HH
2183    CE2   HE2
2184    CE2   CD2
2185    CD2   HD2
2186      C   OC1
2187      C   OC2
2188     -C     N
2189  [ impropers ]
2190     -C    CA     N     H    
2191     CA   OC1     C   OC2    
2192     CG   CE2   CD2   HD2    
2193     CZ   CD2   CE2   HE2    
2194    CD1    CZ   CE1   HE1    
2195     CG   CE1   CD1   HD1    
2196    CD1   CD2    CG    CB    
2197    CE1   CE2    CZ    OH    
2198                         
2199 [ CGLU ]
2200  [ atoms ]
2201      N    N           -0.51920     1
2202      H    H            0.30550     2
2203     CA    CT          -0.20590     3
2204     HA    H1           0.13990     4
2205     CB    CT           0.00710     5
2206    HB1    HC          -0.00780     6
2207    HB2    HC          -0.00780     7
2208     CG    CT           0.06750     8
2209    HG1    HC          -0.05480     9
2210    HG2    HC          -0.05480    10
2211     CD    C            0.81830    11
2212    OE1    O2          -0.82200    12
2213    OE2    O2          -0.82200    13
2214      C    C            0.74200    14
2215    OC1    O2          -0.79300    15
2216    OC2    O2          -0.79300    16
2217  [ bonds ]
2218      N     H
2219      N    CA
2220     CA    HA
2221     CA    CB
2222     CA     C
2223     CB   HB1
2224     CB   HB2
2225     CB    CG
2226     CG   HG1
2227     CG   HG2
2228     CG    CD
2229     CD   OE1
2230     CD   OE2
2231      C   OC1
2232      C   OC2
2233     -C     N
2234  [ impropers ]
2235     -C    CA     N     H    
2236     CA   OC1     C   OC2    
2237     CG   OE1    CD   OE2    
2238                         
2239 [ CASP ]
2240  [ atoms ]
2241      N    N           -0.51920     1
2242      H    H            0.30550     2
2243     CA    CT          -0.18170     3
2244     HA    H1           0.10460     4
2245     CB    CT          -0.06770     5
2246    HB1    HC          -0.02120     6
2247    HB2    HC          -0.02120     7
2248     CG    C            0.88510     8
2249    OD1    O2          -0.81620     9
2250    OD2    O2          -0.81620    10
2251      C    C            0.72560    11
2252    OC1    O2          -0.78870    12
2253    OC2    O2          -0.78870    13
2254  [ bonds ]
2255      N     H
2256      N    CA
2257     CA    HA
2258     CA    CB
2259     CA     C
2260     CB   HB1
2261     CB   HB2
2262     CB    CG
2263     CG   OD1
2264     CG   OD2
2265      C   OC1
2266      C   OC2
2267     -C     N
2268  [ dihedrals ]
2269      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult1
2270      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult2
2271      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult3
2272      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult4
2273      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult5
2274      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult6
2275     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
2276     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
2277     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
2278     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
2279     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
2280     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
2281     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
2282     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
2283     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
2284     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
2285     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
2286     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
2287  [ impropers ]
2288     -C    CA     N     H    
2289     CA   OC1     C   OC2    
2290     CB   OD1    CG   OD2    
2291                         
2292 [ CLYS ]
2293  [ atoms ]
2294      N    N           -0.34810     1
2295      H    H            0.27640     2
2296     CA    CT          -0.29030     3
2297     HA    H1           0.14380     4
2298     CB    CT          -0.05380     5
2299    HB1    HC           0.04820     6
2300    HB2    HC           0.04820     7
2301     CG    CT           0.02270     8
2302    HG1    HC           0.01340     9
2303    HG2    HC           0.01340    10
2304     CD    CT          -0.03920    11
2305    HD1    HC           0.06110    12
2306    HD2    HC           0.06110    13
2307     CE    CT          -0.01760    14
2308    HE1    HP           0.11210    15
2309    HE2    HP           0.11210    16
2310     NZ    N3          -0.37410    17
2311    HZ1    H            0.33740    18
2312    HZ2    H            0.33740    19
2313    HZ3    H            0.33740    20
2314      C    C            0.84880    21
2315    OC1    O2          -0.82520    22
2316    OC2    O2          -0.82520    23
2317  [ bonds ]
2318      N     H
2319      N    CA
2320     CA    HA
2321     CA    CB
2322     CA     C
2323     CB   HB1
2324     CB   HB2
2325     CB    CG
2326     CG   HG1
2327     CG   HG2
2328     CG    CD
2329     CD   HD1
2330     CD   HD2
2331     CD    CE
2332     CE   HE1
2333     CE   HE2
2334     CE    NZ
2335     NZ   HZ1
2336     NZ   HZ2
2337     NZ   HZ3
2338      C   OC1
2339      C   OC2
2340     -C     N
2341  [ impropers ]
2342     -C    CA     N     H    
2343     CA   OC1     C   OC2    
2344                         
2345 [ CPRO ]
2346  [ atoms ]
2347      N    N           -0.28020     1
2348     CD    CT           0.04340     2
2349    HD1    H1           0.03310     3
2350    HD2    H1           0.03310     4
2351     CG    CT           0.04660     5
2352    HG1    HC           0.01720     6
2353    HG2    HC           0.01720     7
2354     CB    CT          -0.05430     8
2355    HB1    HC           0.03810     9
2356    HB2    HC           0.03810    10
2357     CA    CT          -0.13360    11
2358     HA    H1           0.07760    12
2359      C    C            0.66310    13
2360    OC1    O2          -0.76970    14
2361    OC2    O2          -0.76970    15
2362  [ bonds ]
2363      N    CD
2364      N    CA
2365     CD   HD1
2366     CD   HD2
2367     CD    CG
2368     CG   HG1
2369     CG   HG2
2370     CG    CB
2371     CB   HB1
2372     CB   HB2
2373     CB    CA
2374     CA    HA
2375     CA     C
2376      C   OC1
2377      C   OC2
2378     -C     N
2379  [ impropers ]
2380     CA   OC1     C   OC2    
2381     -C    CD     N    CA    
2382                         
2383 [ CCYN ]
2384  [ atoms ]
2385      N    N           -0.38210     1
2386      H    H            0.26810     2
2387     CA    CT          -0.16350     3
2388     HA    H1           0.13960     4
2389     CB    CT          -0.19960     5
2390    HB1    H1           0.14370     6
2391    HB2    H1           0.14370     7
2392     SG    SH          -0.31020     8
2393     HG    HS           0.20680     9
2394      C    C            0.74970    10
2395    OC1    O2          -0.79810    11
2396    OC2    O2          -0.79810    12
2397  [ bonds ]
2398      N     H
2399      N    CA
2400     CA    HA
2401     CA    CB
2402     CA     C
2403     CB   HB1
2404     CB   HB2
2405     CB    SG
2406     SG    HG
2407      C   OC1
2408      C   OC2
2409     -C     N
2410  [ impropers ]
2411     -C    CA     N     H    
2412     CA   OC1     C   OC2    
2413                         
2414 [ CCYX ]
2415  [ atoms ]
2416      N    N           -0.38210     1
2417      H    H            0.26810     2
2418     CA    CT          -0.13180     3
2419     HA    H1           0.09380     4
2420     CB    CT          -0.19430     5
2421    HB1    H1           0.12280     6
2422    HB2    H1           0.12280     7
2423     SG    S           -0.05290     8
2424      C    C            0.76180     9
2425    OC1    O2          -0.80410    10
2426    OC2    O2          -0.80410    11
2427  [ bonds ]
2428      N     H
2429      N    CA
2430     CA    HA
2431     CA    CB
2432     CA     C
2433     CB   HB1
2434     CB   HB2
2435     CB    SG
2436      C   OC1
2437      C   OC2
2438     -C     N
2439  [ impropers ]
2440     -C    CA     N     H    
2441     CA   OC1     C   OC2    
2442                         
2443 [ CMET ]
2444  [ atoms ]
2445      N    N           -0.38210     1
2446      H    H            0.26810     2
2447     CA    CT          -0.25970     3
2448     HA    H1           0.12770     4
2449     CB    CT          -0.02360     5
2450    HB1    HC           0.04800     6
2451    HB2    HC           0.04800     7
2452     CG    CT           0.04920     8
2453    HG1    H1           0.03170     9
2454    HG2    H1           0.03170    10
2455     SD    S           -0.26920    11
2456     CE    CT          -0.03760    12
2457    HE1    H1           0.06250    13
2458    HE2    H1           0.06250    14
2459    HE3    H1           0.06250    15
2460      C    C            0.80130    16
2461    OC1    O2          -0.81050    17
2462    OC2    O2          -0.81050    18
2463  [ bonds ]
2464      N     H
2465      N    CA
2466     CA    HA
2467     CA    CB
2468     CA     C
2469     CB   HB1
2470     CB   HB2
2471     CB    CG
2472     CG   HG1
2473     CG   HG2
2474     CG    SD
2475     SD    CE
2476     CE   HE1
2477     CE   HE2
2478     CE   HE3
2479      C   OC1
2480      C   OC2
2481     -C     N
2482  [ impropers ]
2483     -C    CA     N     H    
2484     CA   OC1     C   OC2    
2486 ; N-terminal AA's                        
2488 [ NALA ]
2489  [ atoms ]
2490      N    N3           0.14140     1
2491     H1    H            0.19970     2
2492     H2    H            0.19970     3
2493     H3    H            0.19970     4
2494     CA    CT           0.09620     5
2495     HA    HP           0.08890     6
2496     CB    CT          -0.05970     7
2497    HB1    HC           0.03000     8
2498    HB2    HC           0.03000     9
2499    HB3    HC           0.03000    10
2500      C    C            0.61630    11
2501      O    O           -0.57220    12
2502  [ bonds ]
2503      N    H1
2504      N    H2
2505      N    H3
2506      N    CA
2507     CA    HA
2508     CA    CB
2509     CA     C
2510     CB   HB1
2511     CB   HB2
2512     CB   HB3
2513      C     O
2514      C    +N
2515  [ impropers ]
2516     CA    +N     C     O
2517                         
2518 [ NGLY ]
2519  [ atoms ]
2520      N    N3           0.29430     1
2521     H1    H            0.16420     2
2522     H2    H            0.16420     3
2523     H3    H            0.16420     4
2524     CA    CT          -0.01000     5
2525    HA1    HP           0.08950     6
2526    HA2    HP           0.08950     7
2527      C    C            0.61630     8
2528      O    O           -0.57220     9
2529  [ bonds ]
2530      N    H1
2531      N    H2
2532      N    H3
2533      N    CA
2534     CA   HA1
2535     CA   HA2
2536     CA     C
2537      C     O
2538      C    +N
2539  [ impropers ]
2540     CA    +N     C     O
2541                         
2542 [ NSER ]
2543  [ atoms ]
2544      N    N3           0.18490     1
2545     H1    H            0.18980     2
2546     H2    H            0.18980     3
2547     H3    H            0.18980     4
2548     CA    CT           0.05670     5
2549     HA    HP           0.07820     6
2550     CB    CT           0.25960     7
2551    HB1    H1           0.02730     8
2552    HB2    H1           0.02730     9
2553     OG    OH          -0.67140    10
2554     HG    HO           0.42390    11
2555      C    C            0.61630    12
2556      O    O           -0.57220    13
2557  [ bonds ]
2558      N    H1
2559      N    H2
2560      N    H3
2561      N    CA
2562     CA    HA
2563     CA    CB
2564     CA     C
2565     CB   HB1
2566     CB   HB2
2567     CB    OG
2568     OG    HG
2569      C     O
2570      C    +N
2571  [ impropers ]
2572     CA    +N     C     O
2573                         
2574 [ NTHR ]
2575  [ atoms ]
2576      N    N3           0.18120     1
2577     H1    H            0.19340     2
2578     H2    H            0.19340     3
2579     H3    H            0.19340     4
2580     CA    CT           0.00340     5
2581     HA    HP           0.10870     6
2582     CB    CT           0.45140     7
2583     HB    H1          -0.03230     8
2584    CG2    CT          -0.25540     9
2585   HG21    HC           0.06270    10
2586   HG22    HC           0.06270    11
2587   HG23    HC           0.06270    12
2588    OG1    OH          -0.67640    13
2589    HG1    HO           0.40700    14
2590      C    C            0.61630    15
2591      O    O           -0.57220    16
2592  [ bonds ]
2593      N    H1
2594      N    H2
2595      N    H3
2596      N    CA
2597     CA    HA
2598     CA    CB
2599     CA     C
2600     CB    HB
2601     CB   CG2
2602     CB   OG1
2603    CG2  HG21
2604    CG2  HG22
2605    CG2  HG23
2606    OG1   HG1
2607      C     O
2608      C    +N
2609  [ impropers ]
2610     CA    +N     C     O
2611                         
2612 [ NLEU ]
2613  [ atoms ]
2614      N    N3           0.10100     1
2615     H1    H            0.21480     2
2616     H2    H            0.21480     3
2617     H3    H            0.21480     4
2618     CA    CT           0.01040     5
2619     HA    HP           0.10530     6
2620     CB    CT          -0.02440     7
2621    HB1    HC           0.02560     8
2622    HB2    HC           0.02560     9
2623     CG    CT           0.34210    10
2624     HG    HC          -0.03800    11
2625    CD1    CT          -0.41060    12
2626   HD11    HC           0.09800    13
2627   HD12    HC           0.09800    14
2628   HD13    HC           0.09800    15
2629    CD2    CT          -0.41040    16
2630   HD21    HC           0.09800    17
2631   HD22    HC           0.09800    18
2632   HD23    HC           0.09800    19
2633      C    C            0.61230    20
2634      O    O           -0.57130    21
2635  [ bonds ]
2636      N    H1
2637      N    H2
2638      N    H3
2639      N    CA
2640     CA    HA
2641     CA    CB
2642     CA     C
2643     CB   HB1
2644     CB   HB2
2645     CB    CG
2646     CG    HG
2647     CG   CD1
2648     CG   CD2
2649    CD1  HD11
2650    CD1  HD12
2651    CD1  HD13
2652    CD2  HD21
2653    CD2  HD22
2654    CD2  HD23
2655      C     O
2656      C    +N
2657  [ dihedrals ]
2658      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult1
2659      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult2
2660      C    CA    CB    CG        torsion_LEU_C_CA_CB_CG_mult3
2661  [ impropers ]
2662     CA    +N     C     O
2663                         
2664 [ NILE ]
2665  [ atoms ]
2666      N    N3           0.03110     1
2667     H1    H            0.23290     2
2668     H2    H            0.23290     3
2669     H3    H            0.23290     4
2670     CA    CT           0.02570     5
2671     HA    HP           0.10310     6
2672     CB    CT           0.18850     7
2673     HB    HC           0.02130     8
2674    CG2    CT          -0.37200     9
2675   HG21    HC           0.09470    10
2676   HG22    HC           0.09470    11
2677   HG23    HC           0.09470    12
2678    CG1    CT          -0.03870    13
2679   HG11    HC           0.02010    14
2680   HG12    HC           0.02010    15
2681     CD    CT          -0.09080    16
2682    HD1    HC           0.02260    17
2683    HD2    HC           0.02260    18
2684    HD3    HC           0.02260    19
2685      C    C            0.61230    20
2686      O    O           -0.57130    21
2687  [ bonds ]
2688      N    H1
2689      N    H2
2690      N    H3
2691      N    CA
2692     CA    HA
2693     CA    CB
2694     CA     C
2695     CB    HB
2696     CB   CG2
2697     CB   CG1
2698    CG2  HG21
2699    CG2  HG22
2700    CG2  HG23
2701    CG1  HG11
2702    CG1  HG12
2703    CG1    CD
2704     CD   HD1
2705     CD   HD2
2706     CD   HD3
2707      C     O
2708      C    +N
2709  [ dihedrals ]
2710      N    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult1
2711      B    CA    CB   CG2        torsion_ILE_N_CA_CB_CG2_mult2
2712  [ impropers ]
2713     CA    +N     C     O
2714                         
2715 [ NVAL ]
2716  [ atoms ]
2717      N    N3           0.05770     1
2718     H1    H            0.22720     2
2719     H2    H            0.22720     3
2720     H3    H            0.22720     4
2721     CA    CT          -0.00540     5
2722     HA    HP           0.10930     6
2723     CB    CT           0.31960     7
2724     HB    HC          -0.02210     8
2725    CG1    CT          -0.31290     9
2726   HG11    HC           0.07350    10
2727   HG12    HC           0.07350    11
2728   HG13    HC           0.07350    12
2729    CG2    CT          -0.31290    13
2730   HG21    HC           0.07350    14
2731   HG22    HC           0.07350    15
2732   HG23    HC           0.07350    16
2733      C    C            0.61630    17
2734      O    O           -0.57220    18
2735  [ bonds ]
2736      N    H1
2737      N    H2
2738      N    H3
2739      N    CA
2740     CA    HA
2741     CA    CB
2742     CA     C
2743     CB    HB
2744     CB   CG1
2745     CB   CG2
2746    CG1  HG11
2747    CG1  HG12
2748    CG1  HG13
2749    CG2  HG21
2750    CG2  HG22
2751    CG2  HG23
2752      C     O
2753      C    +N
2754  [ impropers ]
2755     CA    +N     C     O
2756                         
2757 [ NASN ]
2758  [ atoms ]
2759      N    N3           0.18010     1
2760     H1    H            0.19210     2
2761     H2    H            0.19210     3
2762     H3    H            0.19210     4
2763     CA    CT           0.03680     5
2764     HA    HP           0.12310     6
2765     CB    CT          -0.02830     7
2766    HB1    HC           0.05150     8
2767    HB2    HC           0.05150     9
2768     CG    C            0.58330    10
2769    OD1    O           -0.57440    11
2770    ND2    N           -0.86340    12
2771   HD21    H            0.40970    13
2772   HD22    H            0.40970    14
2773      C    C            0.61630    15
2774      O    O           -0.57220    16
2775  [ bonds ]
2776      N    H1
2777      N    H2
2778      N    H3
2779      N    CA
2780     CA    HA
2781     CA    CB
2782     CA     C
2783     CB   HB1
2784     CB   HB2
2785     CB    CG
2786     CG   OD1
2787     CG   ND2
2788    ND2  HD21
2789    ND2  HD22
2790      C     O
2791      C    +N
2792  [ dihedrals ]
2793      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult1
2794      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult2
2795      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult3
2796      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult4
2797      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult5
2798      C    CA    CB    CG        torsion_ASN_C_CA_CB_CG_mult6
2799     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult1
2800     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult2
2801     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult3
2802     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult4
2803     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult5
2804     CA    CB    CG   ND2        torsion_ASN_CA_CB_CG_ND2_mult6
2805  [ impropers ]
2806     CA    +N     C     O
2807     CB   ND2    CG   OD1
2808     CG  HD21   ND2  HD22
2809                         
2810 [ NGLN ]
2811  [ atoms ]
2812      N    N3           0.14930     1
2813     H1    H            0.19960     2
2814     H2    H            0.19960     3
2815     H3    H            0.19960     4
2816     CA    CT           0.05360     5
2817     HA    HP           0.10150     6
2818     CB    CT           0.06510     7
2819    HB1    HC           0.00500     8
2820    HB2    HC           0.00500     9
2821     CG    CT          -0.09030    10
2822    HG1    HC           0.03310    11
2823    HG2    HC           0.03310    12
2824     CD    C            0.73540    13
2825    OE1    O           -0.61330    14
2826    NE2    N           -1.00310    15
2827   HE21    H            0.44290    16
2828   HE22    H            0.44290    17
2829      C    C            0.61230    18
2830      O    O           -0.57130    19
2831  [ bonds ]
2832      N    H1
2833      N    H2
2834      N    H3
2835      N    CA
2836     CA    HA
2837     CA    CB
2838     CA     C
2839     CB   HB1
2840     CB   HB2
2841     CB    CG
2842     CG   HG1
2843     CG   HG2
2844     CG    CD
2845     CD   OE1
2846     CD   NE2
2847    NE2  HE21
2848    NE2  HE22
2849      C     O
2850      C    +N
2851  [ impropers ]
2852     CA    +N     C     O
2853     CG   NE2    CD   OE1
2854     CD  HE21   NE2  HE22
2855                         
2856 [ NARG ]
2857  [ atoms ]
2858      N    N3           0.13050     1
2859     H1    H            0.20830     2
2860     H2    H            0.20830     3
2861     H3    H            0.20830     4
2862     CA    CT          -0.02230     5
2863     HA    HP           0.12420     6
2864     CB    CT           0.01180     7
2865    HB1    HC           0.02260     8
2866    HB2    HC           0.02260     9
2867     CG    CT           0.02360    10
2868    HG1    HC           0.03090    11
2869    HG2    HC           0.03090    12
2870     CD    CT           0.09350    13
2871    HD1    H1           0.05270    14
2872    HD2    H1           0.05270    15
2873     NE    N2          -0.56500    16
2874     HE    H            0.35920    17
2875     CZ    CA           0.82810    18
2876    NH1    N2          -0.86930    19
2877   HH11    H            0.44940    20
2878   HH12    H            0.44940    21
2879    NH2    N2          -0.86930    22
2880   HH21    H            0.44940    23
2881   HH22    H            0.44940    24
2882      C    C            0.72140    25
2883      O    O           -0.60130    26
2884  [ bonds ]
2885      N    H1
2886      N    H2
2887      N    H3
2888      N    CA
2889     CA    HA
2890     CA    CB
2891     CA     C
2892     CB   HB1
2893     CB   HB2
2894     CB    CG
2895     CG   HG1
2896     CG   HG2
2897     CG    CD
2898     CD   HD1
2899     CD   HD2
2900     CD    NE
2901     NE    HE
2902     NE    CZ
2903     CZ   NH1
2904     CZ   NH2
2905    NH1  HH11
2906    NH1  HH12
2907    NH2  HH21
2908    NH2  HH22
2909      C     O
2910      C    +N
2911  [ impropers ]
2912     CA    +N     C     O
2913     NE   NH1    CZ   NH2
2914     CD    CZ    NE    HE
2915     CZ  HH11   NH1  HH12
2916     CZ  HH21   NH2  HH22
2917                         
2918 [ NHID ]
2919  [ atoms ]
2920      N    N3           0.15420     1
2921     H1    H            0.19630     2
2922     H2    H            0.19630     3
2923     H3    H            0.19630     4
2924     CA    CT           0.09640     5
2925     HA    HP           0.09580     6
2926     CB    CT           0.02590     7
2927    HB1    HC           0.02090     8
2928    HB2    HC           0.02090     9
2929     CG    CC          -0.03990    10
2930    ND1    NA          -0.38190    11
2931    HD1    H            0.36320    12
2932    CE1    CR           0.21270    13
2933    HE1    H5           0.13850    14
2934    NE2    NB          -0.57110    15
2935    CD2    CV           0.10460    16
2936    HD2    H4           0.12990    17
2937      C    C            0.61230    18
2938      O    O           -0.57130    19
2939  [ bonds ]
2940      N    H1
2941      N    H2
2942      N    H3
2943      N    CA
2944     CA    HA
2945     CA    CB
2946     CA     C
2947     CB   HB1
2948     CB   HB2
2949     CB    CG
2950     CG   ND1
2951     CG   CD2
2952    ND1   HD1
2953    ND1   CE1
2954    CE1   HE1
2955    CE1   NE2
2956    NE2   CD2
2957    CD2   HD2
2958      C     O
2959      C    +N
2960  [ impropers ]
2961     CA    +N     C     O
2962     CG   CE1   ND1   HD1
2963     CG   NE2   CD2   HD2
2964    ND1   NE2   CE1   HE1
2965    ND1   CD2    CG    CB
2966                         
2967 [ NHIE ]
2968  [ atoms ]
2969      N    N3           0.14720     1
2970     H1    H            0.20160     2
2971     H2    H            0.20160     3
2972     H3    H            0.20160     4
2973     CA    CT           0.02360     5
2974     HA    HP           0.13800     6
2975     CB    CT           0.04890     7
2976    HB1    HC           0.02230     8
2977    HB2    HC           0.02230     9
2978     CG    CC           0.17400    10
2979    ND1    NB          -0.55790    11
2980    CE1    CR           0.18040    12
2981    HE1    H5           0.13970    13
2982    NE2    NA          -0.27810    14
2983    HE2    H            0.33240    15
2984    CD2    CW          -0.23490    16
2985    HD2    H4           0.19630    17
2986      C    C            0.61230    18
2987      O    O           -0.57130    19
2988  [ bonds ]
2989      N    H1
2990      N    H2
2991      N    H3
2992      N    CA
2993     CA    HA
2994     CA    CB
2995     CA     C
2996     CB   HB1
2997     CB   HB2
2998     CB    CG
2999     CG   ND1
3000     CG   CD2
3001    ND1   CE1
3002    CE1   HE1
3003    CE1   NE2
3004    NE2   HE2
3005    NE2   CD2
3006    CD2   HD2
3007      C     O
3008      C    +N
3009  [ impropers ]
3010     CA    +N     C     O
3011    CE1   CD2   NE2   HE2
3012     CG   NE2   CD2   HD2
3013    ND1   NE2   CE1   HE1
3014    ND1   CD2    CG    CB
3015                         
3016 [ NHIP ]
3017  [ atoms ]
3018      N    N3           0.25600     1
3019     H1    H            0.17040     2
3020     H2    H            0.17040     3
3021     H3    H            0.17040     4
3022     CA    CT           0.05810     5
3023     HA    HP           0.10470     6
3024     CB    CT           0.04840     7
3025    HB1    HC           0.05310     8
3026    HB2    HC           0.05310     9
3027     CG    CC          -0.02360    10
3028    ND1    NA          -0.15100    11
3029    HD1    H            0.38210    12
3030    CE1    CR          -0.00110    13
3031    HE1    H5           0.26450    14
3032    NE2    NA          -0.17390    15
3033    HE2    H            0.39210    16
3034    CD2    CW          -0.14330    17
3035    HD2    H4           0.24950    18
3036      C    C            0.72140    19
3037      O    O           -0.60130    20
3038  [ bonds ]
3039      N    H1
3040      N    H2
3041      N    H3
3042      N    CA
3043     CA    HA
3044     CA    CB
3045     CA     C
3046     CB   HB1
3047     CB   HB2
3048     CB    CG
3049     CG   ND1
3050     CG   CD2
3051    ND1   HD1
3052    ND1   CE1
3053    CE1   HE1
3054    CE1   NE2
3055    NE2   HE2
3056    NE2   CD2
3057    CD2   HD2
3058      C     O
3059      C    +N
3060  [ impropers ]
3061     CA    +N     C     O
3062     CG   CE1   ND1   HD1
3063    CE1   CD2   NE2   HE2
3064     CG   NE2   CD2   HD2
3065    ND1   NE2   CE1   HE1
3066    ND1   CD2    CG    CB
3067                         
3068 [ NTRP ]
3069  [ atoms ]
3070      N    N3           0.19130     1
3071     H1    H            0.18880     2
3072     H2    H            0.18880     3
3073     H3    H            0.18880     4
3074     CA    CT           0.04210     5
3075     HA    HP           0.11620     6
3076     CB    CT           0.05430     7
3077    HB1    HC           0.02220     8
3078    HB2    HC           0.02220     9
3079     CG    C*          -0.16540    10
3080    CD1    CW          -0.17880    11
3081    HD1    H4           0.21950    12
3082    NE1    NA          -0.34440    13
3083    HE1    H            0.34120    14
3084    CE2    CN           0.15750    15
3085    CZ2    CA          -0.27100    16
3086    HZ2    HA           0.15890    17
3087    CH2    CA          -0.10800    18
3088    HH2    HA           0.14110    19
3089    CZ3    CA          -0.20340    20
3090    HZ3    HA           0.14580    21
3091    CE3    CA          -0.22650    22
3092    HE3    HA           0.16460    23
3093    CD2    CB           0.11320    24
3094      C    C            0.61230    25
3095      O    O           -0.57130    26
3096  [ bonds ]
3097      N    H1
3098      N    H2
3099      N    H3
3100      N    CA
3101     CA    HA
3102     CA    CB
3103     CA     C
3104     CB   HB1
3105     CB   HB2
3106     CB    CG
3107     CG   CD1
3108     CG   CD2
3109    CD1   HD1
3110    CD1   NE1
3111    NE1   HE1
3112    NE1   CE2
3113    CE2   CZ2
3114    CE2   CD2
3115    CZ2   HZ2
3116    CZ2   CH2
3117    CH2   HH2
3118    CH2   CZ3
3119    CZ3   HZ3
3120    CZ3   CE3
3121    CE3   HE3
3122    CE3   CD2
3123      C     O
3124      C    +N
3125  [ impropers ]
3126     CA    +N     C     O
3127    CD1   CE2   NE1   HE1
3128    CE2   CH2   CZ2   HZ2
3129    CZ2   CZ3   CH2   HH2
3130    CH2   CE3   CZ3   HZ3
3131    CZ3   CD2   CE3   HE3
3132     CG   NE1   CD1   HD1
3133    CD1   CD2    CG    CB
3134                         
3135 [ NPHE ]
3136  [ atoms ]
3137      N    N3           0.17370     1
3138     H1    H            0.19210     2
3139     H2    H            0.19210     3
3140     H3    H            0.19210     4
3141     CA    CT           0.07330     5
3142     HA    HP           0.10410     6
3143     CB    CT           0.03300     7
3144    HB1    HC           0.01040     8
3145    HB2    HC           0.01040     9
3146     CG    CA           0.00310    10
3147    CD1    CA          -0.13920    11
3148    HD1    HA           0.13740    12
3149    CE1    CA          -0.16020    13
3150    HE1    HA           0.14330    14
3151     CZ    CA          -0.12080    15
3152     HZ    HA           0.13290    16
3153    CE2    CA          -0.16030    17
3154    HE2    HA           0.14330    18
3155    CD2    CA          -0.13910    19
3156    HD2    HA           0.13740    20
3157      C    C            0.61230    21
3158      O    O           -0.57130    22
3159  [ bonds ]
3160      N    H1
3161      N    H2
3162      N    H3
3163      N    CA
3164     CA    HA
3165     CA    CB
3166     CA     C
3167     CB   HB1
3168     CB   HB2
3169     CB    CG
3170     CG   CD1
3171     CG   CD2
3172    CD1   HD1
3173    CD1   CE1
3174    CE1   HE1
3175    CE1    CZ
3176     CZ    HZ
3177     CZ   CE2
3178    CE2   HE2
3179    CE2   CD2
3180    CD2   HD2
3181      C     O
3182      C    +N
3183  [ impropers ]
3184     CA    +N     C     O
3185     CG   CE2   CD2   HD2
3186     CZ   CD2   CE2   HE2
3187    CE1   CE2    CZ    HZ
3188    CD1    CZ   CE1   HE1
3189     CG   CE1   CD1   HD1
3190    CD1   CD2    CG    CB
3191                         
3192 [ NTYR ]
3193  [ atoms ]
3194      N    N3           0.19400     1
3195     H1    H            0.18730     2
3196     H2    H            0.18730     3
3197     H3    H            0.18730     4
3198     CA    CT           0.05700     5
3199     HA    HP           0.09830     6
3200     CB    CT           0.06590     7
3201    HB1    HC           0.01020     8
3202    HB2    HC           0.01020     9
3203     CG    CA          -0.02050    10
3204    CD1    CA          -0.20020    11
3205    HD1    HA           0.17200    12
3206    CE1    CA          -0.22390    13
3207    HE1    HA           0.16500    14
3208     CZ    C            0.31390    15
3209     OH    OH          -0.55780    16
3210     HH    HO           0.40010    17
3211    CE2    CA          -0.22390    18
3212    HE2    HA           0.16500    19
3213    CD2    CA          -0.20020    20
3214    HD2    HA           0.17200    21
3215      C    C            0.61230    22
3216      O    O           -0.57130    23
3217  [ bonds ]
3218      N    H1
3219      N    H2
3220      N    H3
3221      N    CA
3222     CA    HA
3223     CA    CB
3224     CA     C
3225     CB   HB1
3226     CB   HB2
3227     CB    CG
3228     CG   CD1
3229     CG   CD2
3230    CD1   HD1
3231    CD1   CE1
3232    CE1   HE1
3233    CE1    CZ
3234     CZ    OH
3235     CZ   CE2
3236     OH    HH
3237    CE2   HE2
3238    CE2   CD2
3239    CD2   HD2
3240      C     O
3241      C    +N
3242  [ impropers ]
3243     CA    +N     C     O
3244     CG   CE2   CD2   HD2
3245     CZ   CD2   CE2   HE2
3246    CD1    CZ   CE1   HE1
3247     CG   CE1   CD1   HD1
3248    CD1   CD2    CG    CB
3249    CE1   CE2    CZ    OH
3250                         
3251                         
3252 [ NGLU ]
3253  [ atoms ]
3254      N    N3           0.00170     1
3255     H1    H            0.23910     2
3256     H2    H            0.23910     3
3257     H3    H            0.23910     4
3258     CA    CT           0.05880     5
3259     HA    HP           0.12020     6
3260     CB    CT           0.09090     7
3261    HB1    HC          -0.02320     8
3262    HB2    HC          -0.02320     9
3263     CG    CT          -0.02360    10
3264    HG1    HC          -0.03150    11
3265    HG2    HC          -0.03150    12
3266     CD    C            0.80870    13
3267    OE1    O2          -0.81890    14
3268    OE2    O2          -0.81890    15
3269      C    C            0.56210    16
3270      O    O           -0.58890    17
3271  [ bonds ]
3272      N    H1
3273      N    H2
3274      N    H3
3275      N    CA
3276     CA    HA
3277     CA    CB
3278     CA     C
3279     CB   HB1
3280     CB   HB2
3281     CB    CG
3282     CG   HG1
3283     CG   HG2
3284     CG    CD
3285     CD   OE1
3286     CD   OE2
3287      C     O
3288      C    +N
3289  [ impropers ]
3290     CA    +N     C     O
3291     CG   OE1    CD   OE2
3292                         
3293 [ NASP ]
3294  [ atoms ]
3295      N    N3           0.07820     1
3296     H1    H            0.22000     2
3297     H2    H            0.22000     3
3298     H3    H            0.22000     4
3299     CA    CT           0.02920     5
3300     HA    HP           0.11410     6
3301     CB    CT          -0.02350     7
3302    HB1    HC          -0.01690     8
3303    HB2    HC          -0.01690     9
3304     CG    C            0.81940    10
3305    OD1    O2          -0.80840    11
3306    OD2    O2          -0.80840    12
3307      C    C            0.56210    13
3308      O    O           -0.58890    14
3309  [ bonds ]
3310      N    H1
3311      N    H2
3312      N    H3
3313      N    CA
3314     CA    HA
3315     CA    CB
3316     CA     C
3317     CB   HB1
3318     CB   HB2
3319     CB    CG
3320     CG   OD1
3321     CG   OD2
3322      C     O
3323      C    +N
3324  [ dihedrals ]
3325      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult1
3326      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult2
3327      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult3
3328      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult4
3329      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult5
3330      N    CA    CB    CG        torsion_ASP_N_CA_CB_CG_mult6
3331     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
3332     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
3333     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
3334     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
3335     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
3336     CA    CB    CG   OD1        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
3337     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult1
3338     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult2
3339     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult3
3340     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult4
3341     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult5
3342     CA    CB    CG   OD2        torsion_ASP_CA_CB_CG_OD_mult6
3343  [ impropers ]
3344     CA    +N     C     O
3345     CB   OD1    CG   OD2
3346                         
3347 [ NLYS ]
3348  [ atoms ]
3349      N    N3           0.09660     1
3350     H1    H            0.21650     2
3351     H2    H            0.21650     3
3352     H3    H            0.21650     4
3353     CA    CT          -0.00150     5
3354     HA    HP           0.11800     6
3355     CB    CT           0.02120     7
3356    HB1    HC           0.02830     8
3357    HB2    HC           0.02830     9
3358     CG    CT          -0.00480    10
3359    HG1    HC           0.01210    11
3360    HG2    HC           0.01210    12
3361     CD    CT          -0.06080    13
3362    HD1    HC           0.06330    14
3363    HD2    HC           0.06330    15
3364     CE    CT          -0.01810    16
3365    HE1    HP           0.11710    17
3366    HE2    HP           0.11710    18
3367     NZ    N3          -0.37640    19
3368    HZ1    H            0.33820    20
3369    HZ2    H            0.33820    21
3370    HZ3    H            0.33820    22
3371      C    C            0.72140    23
3372      O    O           -0.60130    24
3373  [ bonds ]
3374      N    H1
3375      N    H2
3376      N    H3
3377      N    CA
3378     CA    HA
3379     CA    CB
3380     CA     C
3381     CB   HB1
3382     CB   HB2
3383     CB    CG
3384     CG   HG1
3385     CG   HG2
3386     CG    CD
3387     CD   HD1
3388     CD   HD2
3389     CD    CE
3390     CE   HE1
3391     CE   HE2
3392     CE    NZ
3393     NZ   HZ1
3394     NZ   HZ2
3395     NZ   HZ3
3396      C     O
3397      C    +N
3398  [ impropers ]
3399     CA    +N     C     O
3400                         
3401 [ NPRO ]
3402  [ atoms ]
3403      N    N3          -0.20200     1
3404     H1    H            0.31200     2
3405     H2    H            0.31200     3
3406     CD    CT          -0.01200     4
3407    HD1    HP           0.10000     5
3408    HD2    HP           0.10000     6
3409     CG    CT          -0.12100     7
3410    HG1    HC           0.10000     8
3411    HG2    HC           0.10000     9
3412     CB    CT          -0.11500    10
3413    HB1    HC           0.10000    11
3414    HB2    HC           0.10000    12
3415     CA    CT           0.10000    13
3416     HA    HP           0.10000    14
3417      C    C            0.52600    15
3418      O    O           -0.50000    16
3419  [ bonds ]
3420      N    H1
3421      N    H2
3422      N    CD
3423      N    CA
3424     CD   HD1
3425     CD   HD2
3426     CD    CG
3427     CG   HG1
3428     CG   HG2
3429     CG    CB
3430     CB   HB1
3431     CB   HB2
3432     CB    CA
3433     CA    HA
3434     CA     C
3435      C     O
3436      C    +N
3437  [ impropers ]
3438     CA    +N     C     O
3439                         
3440 [ NCYN ]
3441  [ atoms ]
3442      N    N3           0.13250     1
3443     H1    H            0.20230     2
3444     H2    H            0.20230     3
3445     H3    H            0.20230     4
3446     CA    CT           0.09270     5
3447     HA    HP           0.14110     6
3448     CB    CT          -0.11950     7
3449    HB1    H1           0.11880     8
3450    HB2    H1           0.11880     9
3451     SG    SH          -0.32980    10
3452     HG    HS           0.19750    11
3453      C    C            0.61230    12
3454      O    O           -0.57130    13
3455  [ bonds ]
3456      N    H1
3457      N    H2
3458      N    H3
3459      N    CA
3460     CA    HA
3461     CA    CB
3462     CA     C
3463     CB   HB1
3464     CB   HB2
3465     CB    SG
3466     SG    HG
3467      C     O
3468      C    +N
3469  [ impropers ]
3470     CA    +N     C     O
3471                         
3472 [ NCYX ]
3473  [ atoms ]
3474      N    N3           0.20690     1
3475     H1    H            0.18150     2
3476     H2    H            0.18150     3
3477     H3    H            0.18150     4
3478     CA    CT           0.10550     5
3479     HA    HP           0.09220     6
3480     CB    CT          -0.02770     7
3481    HB1    H1           0.06800     8
3482    HB2    H1           0.06800     9
3483     SG    S           -0.09840    10
3484      C    C            0.61230    11
3485      O    O           -0.57130    12
3486  [ bonds ]
3487      N    H1
3488      N    H2
3489      N    H3
3490      N    CA
3491     CA    HA
3492     CA    CB
3493     CA     C
3494     CB   HB2
3495     CB   HB1
3496     CB    SG
3497      C     O
3498      C    +N
3499  [ impropers ]
3500     CA    +N     C     O
3501                         
3502 [ NMET ]
3503  [ atoms ]
3504      N    N3           0.15920     1
3505     H1    H            0.19840     2
3506     H2    H            0.19840     3
3507     H3    H            0.19840     4
3508     CA    CT           0.02210     5
3509     HA    HP           0.11160     6
3510     CB    CT           0.08650     7
3511    HB1    HC           0.01250     8
3512    HB2    HC           0.01250     9
3513     CG    CT           0.03340    10
3514    HG1    H1           0.02920    11
3515    HG2    H1           0.02920    12
3516     SD    S           -0.27740    13
3517     CE    CT          -0.03410    14
3518    HE1    H1           0.05970    15
3519    HE2    H1           0.05970    16
3520    HE3    H1           0.05970    17
3521      C    C            0.61230    18
3522      O    O           -0.57130    19
3523  [ bonds ]
3524      N    H1
3525      N    H2
3526      N    H3
3527      N    CA
3528     CA    HA
3529     CA    CB
3530     CA     C
3531     CB   HB1
3532     CB   HB2
3533     CB    CG
3534     CG   HG1
3535     CG   HG2
3536     CG    SD
3537     SD    CE
3538     CE   HE1
3539     CE   HE2
3540     CE   HE3
3541      C     O
3542      C    +N
3543  [ impropers ]
3544     CA    +N     C     O