docs/release-notes/tools.rst

   1 Improvements to |Gromacs| tools
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 pdb2gmx writes total charge differently
   5 ---------------------------------------
   6
   7 pdb2gmx notes the total charge for each residue in the ``[atoms]``
   8 field of the topology file it produces. The fact that this should
   9 generally be an integer can be used for troubleshooting issues in
  10 system or force field preparation. This printing is now done only once
  11 per residue, rather than for every atom.
  12
  13 nmeig does thermochemistry
  14 ---------------------------------------
  15 The nmeig tool that analyzes the Hessian matrix from a normal mode
  16 analysis now generates thermochemical properties like standard
  17 entropy, heat capacity at constant volume, internal thermal energy
  18 and zero-point energy. The analysis is based on the harmonic
  19 approximation that is the same as what is used in quantum chemistry.