scripts/completion.bash

   1 shopt -s extglob
   2 _do_dssp_compl() {
   3 local p c
   4 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
   5 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ssdump -map -o -sc -a -ta -aa -h -X -nice -b -e -dt -tu -w -sss' -- $c)); return 0; fi
   6 case "$p" in
   7 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
   8 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
   9 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  10 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  11 -ssdump) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  12 -map) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.map*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  13 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  14 -sc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  15 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  16 -ta) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  17 -aa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  18 esac }
  19 complete -F _do_dssp_compl do_dssp
  20 shopt -s extglob
  21 _editconf_compl() {
  22 local p c
  23 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  24 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -bf -h -X -nice -w -ndef -bt -box -angles -d -c -center -rotate -princ -scale -density -pbc -mead -grasp -rvdw -atom -legend -label' -- $c)); return 0; fi
  25 case "$p" in
  26 -bt) COMPREPLY=( $(compgen -W ' tric cubic dodecahedron octahedron ' -- $c ));;
  27 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  28 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  29 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  30 -bf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  31 esac }
  32 complete -F _editconf_compl editconf
  33 shopt -s extglob
  34 _eneconv_compl() {
  35 local p c
  36 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  37 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -X -nice -b -e -dt -offset -settime -nosort -scalefac -noerror' -- $c)); return 0; fi
  38 case "$p" in
  39 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  40 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  41 esac }
  42 complete -F _eneconv_compl eneconv
  43 shopt -s extglob
  44 _g_anaeig_compl() {
  45 local p c
  46 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  47 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -v -v2 -f -s -n -eig1 -eig2 -disp -proj -2d -3d -filt -extr -over -inpr -h -X -nice -b -e -dt -tu -w -first -last -skip -max -nframes -split' -- $c)); return 0; fi
  48 case "$p" in
  49 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
  50 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  51 -v2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  52 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  53 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  54 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  55 -eig1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  56 -eig2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  57 -disp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  58 -proj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  59 -2d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  60 -3d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  61 -filt) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  62 -extr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  63 -over) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  64 -inpr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  65 esac }
  66 complete -F _g_anaeig_compl g_anaeig
  67 shopt -s extglob
  68 _g_analyze_compl() {
  69 local p c
  70 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  71 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -ac -msd -cc -dist -av -ee -h -X -nice -w -notime -b -e -n -d -bw -errbar -power -nosubav -oneacf -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
  72 case "$p" in
  73 -errbar) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none stddev error 90 ' -- $c ));;
  74 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
  75 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac ' -- $c ));;
  76 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  77 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  78 -msd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  79 -cc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  80 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  81 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  82 -ee) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  83 esac }
  84 complete -F _g_analyze_compl g_analyze
  85 shopt -s extglob
  86 _g_angle_compl() {
  87 local p c
  88 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
  89 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -od -ov -of -ot -oh -oc -h -X -nice -b -e -dt -w -type -all -binwidth -chandler -avercorr -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
  90 case "$p" in
  91 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle dihedral improper ryckaert-bellemans ' -- $c ));;
  92 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
  93 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac ' -- $c ));;
  94 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  95 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  96 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  97 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  98 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
  99 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 100 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 101 -oh) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 102 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 103 esac }
 104 complete -F _g_angle_compl g_angle
 105 shopt -s extglob
 106 _g_bond_compl() {
 107 local p c
 108 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 109 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -l -h -X -nice -b -e -dt -w -blen -tol -noaver' -- $c)); return 0; fi
 110 case "$p" in
 111 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 112 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 113 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 114 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 115 esac }
 116 complete -F _g_bond_compl g_bond
 117 shopt -s extglob
 118 _g_bundle_compl() {
 119 local p c
 120 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 121 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ol -od -oz -ot -otr -otl -ok -okr -okl -oa -h -X -nice -b -e -dt -tu -na -z' -- $c)); return 0; fi
 122 case "$p" in
 123 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
 124 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 125 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 126 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 127 -ol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 128 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 129 -oz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 130 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 131 -otr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 132 -otl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 133 -ok) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 134 -okr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 135 -okl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 136 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 137 esac }
 138 complete -F _g_bundle_compl g_bundle
 139 shopt -s extglob
 140 _g_chi_compl() {
 141 local p c
 142 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 143 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -c -f -o -p -ss -jc -corr -g -h -X -nice -b -e -dt -w -r0 -phi -psi -omega -rama -viol -all -shift -run -maxchi -nonormhisto -ramomega -bfact -bmax -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 144 case "$p" in
 145 -maxchi) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 4 5 6 ' -- $c ));;
 146 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 147 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac ' -- $c ));;
 148 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 149 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 150 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 151 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 152 -ss) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 153 -jc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 154 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 155 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 156 esac }
 157 complete -F _g_chi_compl g_chi
 158 shopt -s extglob
 159 _g_cluster_compl() {
 160 local p c
 161 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 162 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -dm -o -g -dist -ev -sz -tr -ntr -clid -cl -h -X -nice -b -e -dt -tu -w -dista -nlevels -keepfree -cutoff -max -skip -av -wcl -nst -rmsmin -method -binary -M -P -seed -niter -kT' -- $c)); return 0; fi
 163 case "$p" in
 164 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
 165 -method) COMPREPLY=( $(compgen -W ' linkage jarvis-patrick monte-carlo diagonalization gromos ' -- $c ));;
 166 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 167 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 168 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 169 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 170 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 171 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 172 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 173 -ev) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 174 -sz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 175 -tr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 176 -ntr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 177 -clid) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 178 -cl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 179 esac }
 180 complete -F _g_cluster_compl g_cluster
 181 shopt -s extglob
 182 _g_confrms_compl() {
 183 local p c
 184 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 185 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f1 -f2 -o -n1 -n2 -h -X -nice -one -pbc' -- $c)); return 0; fi
 186 case "$p" in
 187 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 188 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 189 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 190 -n1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 191 -n2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 192 esac }
 193 complete -F _g_confrms_compl g_confrms
 194 shopt -s extglob
 195 _g_covar_compl() {
 196 local p c
 197 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 198 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -v -av -l -xpm -xpma -h -X -nice -b -e -dt -tu -nofit -ref -mwa -last' -- $c)); return 0; fi
 199 case "$p" in
 200 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
 201 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 202 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 203 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 204 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 205 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 206 -av) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 207 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 208 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 209 -xpma) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 210 esac }
 211 complete -F _g_covar_compl g_covar
 212 shopt -s extglob
 213 _g_density_compl() {
 214 local p c
 215 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 216 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -ei -o -h -X -nice -b -e -dt -w -d -sl -number -ed -count' -- $c)); return 0; fi
 217 case "$p" in
 218 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 219 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 220 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 221 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 222 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 223 esac }
 224 complete -F _g_density_compl g_density
 225 shopt -s extglob
 226 _g_dielectric_compl() {
 227 local p c
 228 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 229 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -d -o -c -h -X -nice -b -e -dt -w -fft -nox1 -eint -bfit -efit -tail -A -tau1 -tau2 -eps0 -epsRF -fix -ffn -nsmooth' -- $c)); return 0; fi
 230 case "$p" in
 231 -ffn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac ' -- $c ));;
 232 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 233 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 234 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 235 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 236 esac }
 237 complete -F _g_dielectric_compl g_dielectric
 238 shopt -s extglob
 239 _g_dih_compl() {
 240 local p c
 241 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 242 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -h -X -nice -b -e -dt -w -sa -mult' -- $c)); return 0; fi
 243 case "$p" in
 244 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 245 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 246 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 247 esac }
 248 complete -F _g_dih_compl g_dih
 249 shopt -s extglob
 250 _g_dipoles_compl() {
 251 local p c
 252 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 253 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -enx -f -s -n -o -e -a -d -c -g -q -h -X -nice -b -e -dt -w -mu -mumax -epsilonRF -skip -temp -avercorr -gkratom -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 254 case "$p" in
 255 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 256 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac ' -- $c ));;
 257 -enx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 258 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 259 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 260 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 261 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 262 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 263 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 264 -d) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 265 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 266 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 267 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 268 esac }
 269 complete -F _g_dipoles_compl g_dipoles
 270 shopt -s extglob
 271 _g_disre_compl() {
 272 local p c
 273 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 274 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -ds -da -dn -dm -dr -l -n -h -X -nice -b -e -dt -w -ntop' -- $c)); return 0; fi
 275 case "$p" in
 276 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 277 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 278 -ds) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 279 -da) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 280 -dn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 281 -dm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 282 -dr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 283 -l) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 284 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 285 esac }
 286 complete -F _g_disre_compl g_disre
 287 shopt -s extglob
 288 _g_dist_compl() {
 289 local p c
 290 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 291 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -X -nice -b -e -dt -dist' -- $c)); return 0; fi
 292 case "$p" in
 293 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 294 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 295 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 296 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 297 esac }
 298 complete -F _g_dist_compl g_dist
 299 shopt -s extglob
 300 _g_dyndom_compl() {
 301 local p c
 302 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 303 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -n -h -X -nice -firstangle -lastangle -nframe -maxangle -trans -head -tail' -- $c)); return 0; fi
 304 case "$p" in
 305 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 306 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 307 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 308 esac }
 309 complete -F _g_dyndom_compl g_dyndom
 310 shopt -s extglob
 311 _g_enemat_compl() {
 312 local p c
 313 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 314 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -groups -eref -emat -etot -h -X -nice -b -e -dt -w -sum -skip -nomean -nlevels -max -min -nocoul -coulr -coul14 -nolj -lj14 -bham -nofree -temp' -- $c)); return 0; fi
 315 case "$p" in
 316 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 317 -groups) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 318 -eref) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 319 -emat) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 320 -etot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 321 esac }
 322 complete -F _g_enemat_compl g_enemat
 323 shopt -s extglob
 324 _g_energy_compl() {
 325 local p c
 326 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 327 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s -o -viol -pairs -corr -vis -ravg -h -X -nice -b -e -w -fee -fetemp -zero -sum -dp -mutot -skip -aver -nmol -ndf -fluc -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 328 case "$p" in
 329 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 330 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac ' -- $c ));;
 331 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 332 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 333 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 334 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 335 -viol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 336 -pairs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 337 -corr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 338 -vis) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 339 -ravg) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 340 esac }
 341 complete -F _g_energy_compl g_energy
 342 shopt -s extglob
 343 _g_gyrate_compl() {
 344 local p c
 345 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 346 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -n -h -X -nice -b -e -dt -w -q -p' -- $c)); return 0; fi
 347 case "$p" in
 348 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 349 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 350 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 351 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 352 esac }
 353 complete -F _g_gyrate_compl g_gyrate
 354 shopt -s extglob
 355 _g_h2order_compl() {
 356 local p c
 357 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 358 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -nm -s -o -h -X -nice -b -e -dt -w -d -sl' -- $c)); return 0; fi
 359 case "$p" in
 360 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 361 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 362 -nm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 363 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 364 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 365 esac }
 366 complete -F _g_h2order_compl g_h2order
 367 shopt -s extglob
 368 _g_hbond_compl() {
 369 local p c
 370 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 371 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -g -sel -num -ac -dist -ang -hx -hbn -hbm -da -h -X -nice -b -e -dt -ins -a -r -abin -rbin -nonitacc -shell' -- $c)); return 0; fi
 372 case "$p" in
 373 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 374 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 375 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 376 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 377 -sel) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 378 -num) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 379 -ac) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 380 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 381 -ang) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 382 -hx) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 383 -hbn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 384 -hbm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 385 -da) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 386 esac }
 387 complete -F _g_hbond_compl g_hbond
 388 shopt -s extglob
 389 _g_helix_compl() {
 390 local p c
 391 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 392 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -f -to -cz -co -h -X -nice -b -e -dt -w -r0 -q -noF -db -ev -ahxstart -ahxend' -- $c)); return 0; fi
 393 case "$p" in
 394 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 395 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 396 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 397 -to) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.g87*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 398 -cz) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 399 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 400 esac }
 401 complete -F _g_helix_compl g_helix
 402 shopt -s extglob
 403 _g_lie_compl() {
 404 local p c
 405 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 406 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -X -nice -b -e -dt -w -Elj -Eqq -Clj -Cqq -ligand' -- $c)); return 0; fi
 407 case "$p" in
 408 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 409 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 410 esac }
 411 complete -F _g_lie_compl g_lie
 412 shopt -s extglob
 413 _g_mdmat_compl() {
 414 local p c
 415 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 416 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -mean -frames -no -h -X -nice -b -e -dt -t -nlevels' -- $c)); return 0; fi
 417 case "$p" in
 418 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 419 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 420 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 421 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 422 -frames) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 423 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 424 esac }
 425 complete -F _g_mdmat_compl g_mdmat
 426 shopt -s extglob
 427 _g_mindist_compl() {
 428 local p c
 429 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 430 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -od -on -o -h -X -nice -b -e -dt -w -matrix -d -pi' -- $c)); return 0; fi
 431 case "$p" in
 432 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 433 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 434 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 435 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 436 -on) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 437 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.out*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 438 esac }
 439 complete -F _g_mindist_compl g_mindist
 440 shopt -s extglob
 441 _g_morph_compl() {
 442 local p c
 443 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 444 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f1 -f2 -o -or -n -h -X -nice -w -ninterm -first -last -nofit' -- $c)); return 0; fi
 445 case "$p" in
 446 -f1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 447 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 448 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 449 -or) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 450 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 451 esac }
 452 complete -F _g_morph_compl g_morph
 453 shopt -s extglob
 454 _g_msd_compl() {
 455 local p c
 456 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 457 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -mol -h -X -nice -b -e -dt -tu -w -type -lateral -ngroup -nomw -trestart -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 458 case "$p" in
 459 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
 460 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
 461 -lateral) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no x y z ' -- $c ));;
 462 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 463 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 464 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 465 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 466 -mol) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 467 esac }
 468 complete -F _g_msd_compl g_msd
 469 shopt -s extglob
 470 _g_nmeig_compl() {
 471 local p c
 472 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 473 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -v -h -X -nice -nom -first -last' -- $c)); return 0; fi
 474 case "$p" in
 475 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 476 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 477 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 478 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 479 esac }
 480 complete -F _g_nmeig_compl g_nmeig
 481 shopt -s extglob
 482 _g_nmens_compl() {
 483 local p c
 484 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 485 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -v -e -s -n -o -h -X -nice -temp -seed -num -first -last' -- $c)); return 0; fi
 486 case "$p" in
 487 -v) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 488 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 489 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 490 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 491 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 492 esac }
 493 complete -F _g_nmens_compl g_nmens
 494 shopt -s extglob
 495 _g_order_compl() {
 496 local p c
 497 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 498 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -od -os -h -X -nice -b -e -dt -w -d -sl -szonly -unsat' -- $c)); return 0; fi
 499 case "$p" in
 500 -d) COMPREPLY=( $(compgen -W ' z x y ' -- $c ));;
 501 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 502 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 503 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 504 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 505 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 506 -os) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 507 esac }
 508 complete -F _g_order_compl g_order
 509 shopt -s extglob
 510 _g_potential_compl() {
 511 local p c
 512 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 513 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -o -oc -of -h -X -nice -b -e -dt -w -d -sl -cb -ce -tz -spherical' -- $c)); return 0; fi
 514 case "$p" in
 515 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 516 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 517 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 518 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 519 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 520 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 521 esac }
 522 complete -F _g_potential_compl g_potential
 523 shopt -s extglob
 524 _g_rama_compl() {
 525 local p c
 526 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 527 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -h -X -nice -b -e -dt -w' -- $c)); return 0; fi
 528 case "$p" in
 529 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 530 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 531 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 532 esac }
 533 complete -F _g_rama_compl g_rama
 534 shopt -s extglob
 535 _g_rdf_compl() {
 536 local p c
 537 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 538 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -sq -cn -hq -image -h -X -nice -b -e -dt -w -bin -com -cut -fade -grid -nlevel -wave' -- $c)); return 0; fi
 539 case "$p" in
 540 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 541 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 542 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 543 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 544 -sq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 545 -cn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 546 -hq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 547 -image) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 548 esac }
 549 complete -F _g_rdf_compl g_rdf
 550 shopt -s extglob
 551 _g_rms_compl() {
 552 local p c
 553 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 554 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -f2 -n -o -mir -a -dist -m -bin -bm -h -X -nice -b -e -dt -tu -w -what -nopbc -nofit -prev -split -skip -skip2 -max -min -bmax -bmin -nlevels' -- $c)); return 0; fi
 555 case "$p" in
 556 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
 557 -what) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rmsd rho rhosc ' -- $c ));;
 558 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 559 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 560 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 561 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 562 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 563 -mir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 564 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 565 -dist) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 566 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 567 -bin) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 568 -bm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 569 esac }
 570 complete -F _g_rms_compl g_rms
 571 shopt -s extglob
 572 _g_rmsdist_compl() {
 573 local p c
 574 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 575 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -equiv -o -rms -scl -mean -nmr3 -nmr6 -noe -h -X -nice -b -e -dt -w -nlevels -max -nosumh' -- $c)); return 0; fi
 576 case "$p" in
 577 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 578 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 579 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 580 -equiv) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 581 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 582 -rms) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 583 -scl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 584 -mean) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 585 -nmr3) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 586 -nmr6) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 587 -noe) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 588 esac }
 589 complete -F _g_rmsdist_compl g_rmsdist
 590 shopt -s extglob
 591 _g_rmsf_compl() {
 592 local p c
 593 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 594 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -q -oq -ox -o -od -oc -dir -h -X -nice -b -e -dt -w -res -aniso' -- $c)); return 0; fi
 595 case "$p" in
 596 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 597 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 598 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 599 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 600 -oq) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 601 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 602 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 603 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 604 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 605 -dir) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 606 esac }
 607 complete -F _g_rmsf_compl g_rmsf
 608 shopt -s extglob
 609 _g_rotacf_compl() {
 610 local p c
 611 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 612 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -X -nice -b -e -dt -w -d -noaver -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 613 case "$p" in
 614 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 615 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac ' -- $c ));;
 616 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 617 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 618 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 619 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 620 esac }
 621 complete -F _g_rotacf_compl g_rotacf
 622 shopt -s extglob
 623 _g_saltbr_compl() {
 624 local p c
 625 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 626 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -h -X -nice -b -e -dt -t -sep' -- $c)); return 0; fi
 627 case "$p" in
 628 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 629 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 630 esac }
 631 complete -F _g_saltbr_compl g_saltbr
 632 shopt -s extglob
 633 _g_sas_compl() {
 634 local p c
 635 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 636 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -o -r -q -ao -n -i -h -X -nice -b -e -dt -w -solsize -ndots -qmax -minarea -skip -noprot' -- $c)); return 0; fi
 637 case "$p" in
 638 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 639 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 640 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 641 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 642 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 643 -ao) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 644 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 645 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 646 esac }
 647 complete -F _g_sas_compl g_sas
 648 shopt -s extglob
 649 _g_sgangle_compl() {
 650 local p c
 651 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 652 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -s -oa -od -od1 -od2 -h -X -nice -b -e -dt -w' -- $c)); return 0; fi
 653 case "$p" in
 654 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 655 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 656 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 657 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 658 -od) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 659 -od1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 660 -od2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 661 esac }
 662 complete -F _g_sgangle_compl g_sgangle
 663 shopt -s extglob
 664 _g_sorient_compl() {
 665 local p c
 666 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 667 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -no -ro -co -h -X -nice -b -e -dt -w -com -rmin -rmax -nbin' -- $c)); return 0; fi
 668 case "$p" in
 669 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 670 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 671 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 672 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 673 -no) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 674 -ro) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 675 -co) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 676 esac }
 677 complete -F _g_sorient_compl g_sorient
 678 shopt -s extglob
 679 _g_tcaf_compl() {
 680 local p c
 681 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 682 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ot -oa -o -of -oc -ov -h -X -nice -b -e -dt -w -mol -k34 -wt' -- $c)); return 0; fi
 683 case "$p" in
 684 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 685 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 686 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 687 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 688 -oa) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 689 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 690 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 691 -oc) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 692 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 693 esac }
 694 complete -F _g_tcaf_compl g_tcaf
 695 shopt -s extglob
 696 _g_traj_compl() {
 697 local p c
 698 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 699 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -ox -ov -of -ob -ot -ekr -h -X -nice -b -e -dt -tu -w -com -mol -nojump -nox -noy -noz -len' -- $c)); return 0; fi
 700 case "$p" in
 701 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
 702 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 703 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 704 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 705 -ox) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 706 -ov) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 707 -of) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 708 -ob) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 709 -ot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 710 -ekr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 711 esac }
 712 complete -F _g_traj_compl g_traj
 713 shopt -s extglob
 714 _g_velacc_compl() {
 715 local p c
 716 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 717 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -X -nice -b -e -dt -w -mol -acflen -nonormalize -P -fitfn -ncskip -beginfit -endfit' -- $c)); return 0; fi
 718 case "$p" in
 719 -P) COMPREPLY=( $(compgen -W ' 0 1 2 3 ' -- $c ));;
 720 -fitfn) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none exp aexp exp_exp vac ' -- $c ));;
 721 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 722 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 723 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 724 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 725 esac }
 726 complete -F _g_velacc_compl g_velacc
 727 shopt -s extglob
 728 _genbox_compl() {
 729 local p c
 730 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 731 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -cp -cs -ci -o -p -h -X -nice -box -nmol -try -seed -vdwd -shell' -- $c)); return 0; fi
 732 case "$p" in
 733 -cp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 734 -cs) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 735 -ci) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 736 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 737 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 738 esac }
 739 complete -F _genbox_compl genbox
 740 shopt -s extglob
 741 _genconf_compl() {
 742 local p c
 743 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 744 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -trj -h -X -nice -nbox -dist -seed -rot -shuffle -sort -block -nmolat -maxrot -renumber' -- $c)); return 0; fi
 745 case "$p" in
 746 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 747 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 748 -trj) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 749 esac }
 750 complete -F _genconf_compl genconf
 751 shopt -s extglob
 752 _genion_compl() {
 753 local p c
 754 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 755 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -o -g -pot -h -X -nice -np -pname -pq -nn -nname -nq -rmin -random -seed' -- $c)); return 0; fi
 756 case "$p" in
 757 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 758 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 759 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 760 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 761 -pot) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdb*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 762 esac }
 763 complete -F _genion_compl genion
 764 shopt -s extglob
 765 _genpr_compl() {
 766 local p c
 767 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 768 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -h -X -nice -fc' -- $c)); return 0; fi
 769 case "$p" in
 770 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 771 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 772 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 773 esac }
 774 complete -F _genpr_compl genpr
 775 shopt -s extglob
 776 _gmxcheck_compl() {
 777 local p c
 778 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 779 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -s1 -s2 -c -e -e2 -h -X -nice -vdwfac -bonlo -bonhi -tol' -- $c)); return 0; fi
 780 case "$p" in
 781 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 782 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 783 -s1) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 784 -s2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 785 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 786 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 787 -e2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 788 esac }
 789 complete -F _gmxcheck_compl gmxcheck
 790 shopt -s extglob
 791 _gmxdump_compl() {
 792 local p c
 793 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 794 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -e -h -X -nice -nonr' -- $c)); return 0; fi
 795 case "$p" in
 796 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 797 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 798 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 799 esac }
 800 complete -F _gmxdump_compl gmxdump
 801 shopt -s extglob
 802 _grompp_compl() {
 803 local p c
 804 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 805 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -po -c -r -n -deshuf -p -pp -o -t -h -X -nice -nov -time -np -shuffle -sort -normdumbds -load -maxwarn -check14' -- $c)); return 0; fi
 806 case "$p" in
 807 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 808 -po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mdp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 809 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 810 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 811 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 812 -deshuf) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 813 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 814 -pp) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 815 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 816 -t) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 817 esac }
 818 complete -F _grompp_compl grompp
 819 shopt -s extglob
 820 _highway_compl() {
 821 local p c
 822 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 823 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -a -h -X -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
 824 case "$p" in
 825 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 826 -a) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 827 esac }
 828 complete -F _highway_compl highway
 829 shopt -s extglob
 830 _make_ndx_compl() {
 831 local p c
 832 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 833 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -n -o -h -X -nice' -- $c)); return 0; fi
 834 case "$p" in
 835 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 836 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 837 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 838 esac }
 839 complete -F _make_ndx_compl make_ndx
 840 shopt -s extglob
 841 _mdrun_compl() {
 842 local p c
 843 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 844 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -x -c -e -g -dgdl -table -rerun -ei -eo -pi -po -pd -pn -h -X -nice -deffnm -np -v -nocompact' -- $c)); return 0; fi
 845 case "$p" in
 846 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 847 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 848 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 849 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 850 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 851 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 852 -dgdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 853 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 854 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 855 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 856 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 857 -pi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ppa*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 858 -po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ppa*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 859 -pd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 860 -pn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 861 esac }
 862 complete -F _mdrun_compl mdrun
 863 shopt -s extglob
 864 _mk_angndx_compl() {
 865 local p c
 866 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 867 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -n -h -X -nice -type' -- $c)); return 0; fi
 868 case "$p" in
 869 -type) COMPREPLY=( $(compgen -W ' angle g96-angle dihedral improper ryckaert-bellemans phi-psi ' -- $c ));;
 870 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 871 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 872 esac }
 873 complete -F _mk_angndx_compl mk_angndx
 874 shopt -s extglob
 875 _ngmx_compl() {
 876 local p c
 877 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 878 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -h -X -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
 879 case "$p" in
 880 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 881 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 882 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 883 esac }
 884 complete -F _ngmx_compl ngmx
 885 shopt -s extglob
 886 _nmrun_compl() {
 887 local p c
 888 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 889 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -m -g -h -X -nice -np -v -nocompact' -- $c)); return 0; fi
 890 case "$p" in
 891 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 892 -m) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.mtx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 893 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 894 esac }
 895 complete -F _nmrun_compl nmrun
 896 shopt -s extglob
 897 _pdb2gmx_compl() {
 898 local p c
 899 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 900 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -p -i -n -q -h -X -nice -merge -inter -ss -ter -lys -asp -glu -his -angle -dist -una -nosort -H14 -ignh -alldih -dummy -heavyh -deuterate' -- $c)); return 0; fi
 901 case "$p" in
 902 -dummy) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none hydrogens aromatics ' -- $c ));;
 903 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 904 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 905 -p) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 906 -i) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.itp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 907 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 908 -q) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 909 esac }
 910 complete -F _pdb2gmx_compl pdb2gmx
 911 shopt -s extglob
 912 _protonate_compl() {
 913 local p c
 914 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 915 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -h -X -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
 916 case "$p" in
 917 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 918 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 919 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 920 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 921 esac }
 922 complete -F _protonate_compl protonate
 923 shopt -s extglob
 924 _tpbconv_compl() {
 925 local p c
 926 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 927 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -f -n -o -h -X -nice -time -extend -until -nounconstrained' -- $c)); return 0; fi
 928 case "$p" in
 929 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 930 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 931 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 932 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 933 esac }
 934 complete -F _tpbconv_compl tpbconv
 935 shopt -s extglob
 936 _trjcat_compl() {
 937 local p c
 938 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 939 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -o -n -h -X -nice -b -e -dt -prec -novel -settime -nosort' -- $c)); return 0; fi
 940 case "$p" in
 941 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 942 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 943 esac }
 944 complete -F _trjcat_compl trjcat
 945 shopt -s extglob
 946 _trjconv_compl() {
 947 local p c
 948 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 949 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -s -n -fr -h -X -nice -b -e -tu -w -skip -dt -dump -t0 -timestep -pbc -ur -center -box -shift -fit -pfit -ndec -novel -force -trunc -exec -app -split -sep' -- $c)); return 0; fi
 950 case "$p" in
 951 -tu) COMPREPLY=( $(compgen -W ' ps fs ns us ms s m h ' -- $c ));;
 952 -pbc) COMPREPLY=( $(compgen -W ' none whole inbox nojump ' -- $c ));;
 953 -ur) COMPREPLY=( $(compgen -W ' rect tric compact ' -- $c ));;
 954 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 955 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 956 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 957 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 958 -fr) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 959 esac }
 960 complete -F _trjconv_compl trjconv
 961 shopt -s extglob
 962 _trjorder_compl() {
 963 local p c
 964 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 965 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -n -o -h -X -nice -b -e -dt -na -da' -- $c)); return 0; fi
 966 case "$p" in
 967 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 968 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa|gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 969 -n) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 970 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 971 esac }
 972 complete -F _trjorder_compl trjorder
 973 shopt -s extglob
 974 _wheel_compl() {
 975 local p c
 976 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 977 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -h -X -nice -r0 -rot0 -T -nonn' -- $c)); return 0; fi
 978 case "$p" in
 979 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.dat*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 980 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 981 esac }
 982 complete -F _wheel_compl wheel
 983 shopt -s extglob
 984 _x2top_compl() {
 985 local p c
 986 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 987 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -o -r -h -X -nice -kb -kt -kp -nexcl -H14 -alldih -noround -nopairs -name' -- $c)); return 0; fi
 988 case "$p" in
 989 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent|tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 990 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.top*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 991 -r) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.rtp*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
 992 esac }
 993 complete -F _x2top_compl x2top
 994 shopt -s extglob
 995 _xmdrun_compl() {
 996 local p c
 997 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
 998 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -s -o -x -c -e -g -dgdl -table -rerun -ei -eo -j -jo -ffout -devout -runav -pi -po -pd -pn -h -X -nice -deffnm -np -v -nocompact -multi -glas -ionize' -- $c)); return 0; fi
 999 case "$p" in
1000 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1001 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(trr|trj)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1002 -x) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xtc*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1003 -c) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(gro|g96|pdb|brk|ent)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1004 -e) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(edr|ene)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1005 -g) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.log*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1006 -dgdl) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1007 -table) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1008 -rerun) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1009 -ei) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edi*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1010 -eo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.edo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1011 -j) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1012 -jo) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.gct*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1013 -ffout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1014 -devout) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1015 -runav) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xvg*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1016 -pi) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ppa*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1017 -po) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ppa*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1018 -pd) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.pdo*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1019 -pn) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.ndx*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1020 esac }
1021 complete -F _xmdrun_compl xmdrun
1022 shopt -s extglob
1023 _xpm2ps_compl() {
1024 local p c
1025 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1026 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -f2 -di -do -o -xpm -h -X -nice -w -noframe -title -yonce -legend -diag -combine -bx -by -rainbow -gradient -skip -zeroline' -- $c)); return 0; fi
1027 case "$p" in
1028 -title) COMPREPLY=( $(compgen -W ' top once ylabel none ' -- $c ));;
1029 -legend) COMPREPLY=( $(compgen -W ' both first second none ' -- $c ));;
1030 -diag) COMPREPLY=( $(compgen -W ' first second none ' -- $c ));;
1031 -combine) COMPREPLY=( $(compgen -W ' halves add sub mult div ' -- $c ));;
1032 -rainbow) COMPREPLY=( $(compgen -W ' no blue red ' -- $c ));;
1033 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1034 -f2) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1035 -di) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1036 -do) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.m2p*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1037 -o) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.eps*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1038 -xpm) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.xpm*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1039 esac }
1040 complete -F _xpm2ps_compl xpm2ps
1041 shopt -s extglob
1042 _xrama_compl() {
1043 local p c
1044 COMPREPLY=() c=${COMP_WORDS[COMP_CWORD]} p=${COMP_WORDS[COMP_CWORD-1]}
1045 if (( $COMP_CWORD <= 1 )) || [[ $c == -* ]]; then COMPREPLY=( $(compgen  -W ' -f -s -h -X -nice -b -e -dt' -- $c)); return 0; fi
1046 case "$p" in
1047 -f) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(xtc|trr|trj|gro|g96|pdb|g87)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1048 -s) COMPREPLY=( $(compgen -X '!*.+(tpr|tpb|tpa)*(.gz|.Z)' -f $c ; compgen -S '/' -X '.*' -d $c ));;
1049 esac }
1050 complete -F _xrama_compl xrama