docs/user-guide/index.rst

   1 .. _user guide:
   2
   3 **********
   4 User guide
   5 **********
   6
   7 .. highlight:: bash
   8
   9 This guide provides
  10
  11 * material introducing |Gromacs|
  12 * practical advice for making effective use of |Gromacs|.
  13
  14 For getting, building and installing |Gromacs|, see the
  15 :doc:`/install-guide/index`.
  16 For background on algorithms and implementations, see the
  17 :ref:`reference manual part <gmx-reference-manual-rst>` of the documentation.
  18
  19 |GMX_MANUAL_DOI_STRING|
  20
  21 |GMX_SOURCE_DOI_STRING|
  22
  23 .. todo::
  24
  25    This is going to require more organization now that
  26    we are getting more content available.
  27
  28 .. toctree::
  29    :maxdepth: 2
  30
  31    getting-started
  32    system-preparation
  33    managing-simulations
  34    faq
  35    force-fields
  36    cmdline
  37    mdp-options
  38    mdrun-features
  39    mdrun-performance
  40    run-time-errors
  41    cmdline
  42    terminology
  43    environment-variables
  44    floating-point
  45    security
  46    deprecation-policy