man/man1/g_sdf.1

   1 .TH g_sdf 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_sdf - calculates the spatial distribution function (faster than g_spatial)
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_sdf\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-s" " topol.tpr "
  11 .BI "-o" " gom_plt.dat "
  12 .BI "-r" " refmol.gro "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-b" " time "
  16 .BI "-e" " time "
  17 .BI "-dt" " time "
  18 .BI "-mode" " int "
  19 .BI "-triangle" " vector "
  20 .BI "-dtri" " vector "
  21 .BI "-bin" " real "
  22 .BI "-grid" " vector "
  23 .SH DESCRIPTION
  24 g_sdf calculates the spatial distribution function (SDF) of a set of atoms
  25 within a coordinate system defined by three atoms. There is single body,
  26 two body and three body SDF implemented (select with option -mode).
  27 In the single body case the local coordinate system is defined by using
  28 a triple of atoms from one single molecule, for the two and three body case
  29 the configurations are dynamically searched complexes of two or three
  30 molecules (or residues) meeting certain distance consitions (see below).
  31
  32
  33 The program needs a trajectory, a GROMACS run input file and an index
  34 file to work.
  35 You have to setup 4 groups in the index file before using g_sdf:
  36
  37
  38 The first three groups are used to define the SDF coordinate system.
  39 The programm will dynamically generate the atom tripels according to
  40 the selected -mode:
  41 In -mode 1 the triples will be just the 1st, 2nd, 3rd, ... atoms from
  42 groups 1, 2 and 3. Hence the nth entries in groups 1, 2 and 3 must be from the
  43 same residue. In -mode 2 the triples will be 1st, 2nd, 3rd, ... atoms from
  44 groups 1 and 2 (with the nth entries in groups 1 and 2 having the same res-id).
  45 For each pair from groups 1 and 2  group 3 is searched for an atom meeting the
  46 distance conditions set with -triangle and -dtri relative to atoms 1 and 2. In
  47 -mode 3 for each atom in group 1 group 2 is searched for an atom meeting the
  48 distance condition and if a pair is found group 3 is searched for an atom
  49 meeting the further conditions. The triple will only be used if all three atoms
  50 have different res-id's.
  51
  52
  53 The local coordinate system is always defined using the following scheme:
  54 Atom 1 will be used as the point of origin for the SDF. Atom 1 and 2 will define the principle axis (Z) of the coordinate system.
  55 The other two axis will be defined inplane (Y) and normal (X) to the plane through
  56 Atoms 1, 2 and 3. The fourth group
  57 contains the atoms for which the SDF will be evaluated.
  58
  59
  60 For -mode 2 and 3 you have to define the distance conditions for the
  61 2 resp. 3 molecule complexes to be searched for using -triangle and -dtri.
  62
  63
  64 The SDF will be sampled in cartesian coordinates.
  65 Use '-grid x y z' to define the size of the SDF grid around the
  66 reference molecule.
  67 The Volume of the SDF grid will be V=x*y*z (nm3). Use -bin to set the binwidth for grid.
  68
  69
  70 The output will be a binary 3D-grid file (gom_plt.dat) in the .plt format that can be be
  71 read directly by gOpenMol.
  72 The option -r will generate a .gro file with the reference molecule(s) transfered to
  73 the SDF coordinate system. Load this file into gOpenMol and display the
  74 SDF as a contour plot (see http://www.csc.fi/gopenmol/index.phtml for
  75 further documentation).
  76
  77
  78 For further information about SDF's have a look at: A. Vishnyakov, JPC A, 105,
  79 2001, 1702 and the references cited within.
  80 .SH FILES
  81 .BI "-f" " traj.xtc"
  82 .B Input
  83  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  84
  85 .BI "-n" " index.ndx"
  86 .B Input
  87  Index file
  88
  89 .BI "-s" " topol.tpr"
  90 .B Input, Opt.
  91  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  92
  93 .BI "-o" " gom_plt.dat"
  94 .B Output
  95  Generic data file
  96
  97 .BI "-r" " refmol.gro"
  98 .B Output, Opt.
  99  Structure file: gro g96 pdb
 100
 101 .SH OTHER OPTIONS
 102 .BI "-[no]h"  "no    "
 103  Print help info and quit
 104
 105 .BI "-nice"  " int" " 19"
 106  Set the nicelevel
 107
 108 .BI "-b"  " time" " 0     "
 109  First frame (ps) to read from trajectory
 110
 111 .BI "-e"  " time" " 0     "
 112  Last frame (ps) to read from trajectory
 113
 114 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 115  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 116
 117 .BI "-mode"  " int" " 1"
 118  SDF in [1,2,3] particle mode
 119
 120 .BI "-triangle"  " vector" " 0 0 0"
 121  r(1,3), r(2,3), r(1,2)
 122
 123 .BI "-dtri"  " vector" " 0.03 0.03 0.03"
 124  dr(1,3), dr(2,3), dr(1,2)
 125
 126 .BI "-bin"  " real" " 0.05  "
 127  Binwidth for the 3D-grid (nm)
 128
 129 .BI "-grid"  " vector" " 1 1 1"
 130  Size of the 3D-grid (nm,nm,nm)
 131