man/man1/g_rdf.1

   1 .TH g_rdf 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_rdf - calculates radial distribution functions
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rdf\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " rdf.xvg "
  12 .BI "-sq" " sq.xvg "
  13 .BI "-cn" " rdf_cn.xvg "
  14 .BI "-hq" " hq.xvg "
  15 .BI "-[no]h" ""
  16 .BI "-nice" " int "
  17 .BI "-b" " time "
  18 .BI "-e" " time "
  19 .BI "-dt" " time "
  20 .BI "-[no]w" ""
  21 .BI "-[no]xvgr" ""
  22 .BI "-bin" " real "
  23 .BI "-[no]com" ""
  24 .BI "-rdf" " enum "
  25 .BI "-[no]pbc" ""
  26 .BI "-[no]norm" ""
  27 .BI "-[no]xy" ""
  28 .BI "-cut" " real "
  29 .BI "-ng" " int "
  30 .BI "-fade" " real "
  31 .BI "-nlevel" " int "
  32 .BI "-startq" " real "
  33 .BI "-endq" " real "
  34 .BI "-energy" " real "
  35 .SH DESCRIPTION
  36 The structure of liquids can be studied by either neutron or X-ray
  37 scattering. The most common way to describe liquid structure is by a
  38 radial distribution function. However, this is not easy to obtain from
  39 a scattering experiment.
  40
  41
  42 g_rdf calculates radial distribution functions in different ways.
  43 The normal method is around a (set of) particle(s), the other method
  44 is around the center of mass of a set of particles.
  45 With both methods rdf's can also be calculated around axes parallel
  46 to the z-axis with option
  47 .B -xy
  48 .
  49
  50
  51 The option
  52 .B -rdf
  53 sets the type of rdf to be computed.
  54 Default is for atoms or particles, but one can also select center
  55 of mass or geometry of molecules or residues. In all cases only
  56 the atoms in the index groups are taken into account.
  57 For molecules and/or the center of mass option a run input file
  58 is required.
  59 Other weighting than COM or COG can currently only be achieved
  60 by providing a run input file with different masses.
  61 Option
  62 .B -com
  63 also works in conjunction with
  64 .B -rdf
  65 .
  66
  67 If a run input file is supplied (
  68 .B -s
  69 ) and
  70 .B -rdf
  71 is set
  72 to
  73 .B atom
  74 , exclusions defined
  75 in that file are taken into account when calculating the rdf.
  76 The option
  77 .B -cut
  78 is meant as an alternative way to avoid
  79 intramolecular peaks in the rdf plot.
  80 It is however better to supply a run input file with a higher number of
  81 exclusions. For eg. benzene a topology with nrexcl set to 5
  82 would eliminate all intramolecular contributions to the rdf.
  83 Note that all atoms in the selected groups are used, also the ones
  84 that don't have Lennard-Jones interactions.
  85
  86
  87 Option
  88 .B -cn
  89 produces the cumulative number rdf,
  90 i.e. the average number of particles within a distance r.
  91
  92
  93 To bridge the gap between theory and experiment structure factors can
  94 be computed (option
  95 .B -sq
  96 ). The algorithm uses FFT, the gridspacing of which is determined by option
  97 .B -grid
  98 .
  99 .SH FILES
 100 .BI "-f" " traj.xtc"
 101 .B Input
 102  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 103
 104 .BI "-s" " topol.tpr"
 105 .B Input, Opt.
 106  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 107
 108 .BI "-n" " index.ndx"
 109 .B Input, Opt.
 110  Index file
 111
 112 .BI "-o" " rdf.xvg"
 113 .B Output, Opt.
 114  xvgr/xmgr file
 115
 116 .BI "-sq" " sq.xvg"
 117 .B Output, Opt.
 118  xvgr/xmgr file
 119
 120 .BI "-cn" " rdf_cn.xvg"
 121 .B Output, Opt.
 122  xvgr/xmgr file
 123
 124 .BI "-hq" " hq.xvg"
 125 .B Output, Opt.
 126  xvgr/xmgr file
 127
 128 .SH OTHER OPTIONS
 129 .BI "-[no]h"  "no    "
 130  Print help info and quit
 131
 132 .BI "-nice"  " int" " 19"
 133  Set the nicelevel
 134
 135 .BI "-b"  " time" " 0     "
 136  First frame (ps) to read from trajectory
 137
 138 .BI "-e"  " time" " 0     "
 139  Last frame (ps) to read from trajectory
 140
 141 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 142  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 143
 144 .BI "-[no]w"  "no    "
 145  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 146
 147 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 148  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 149
 150 .BI "-bin"  " real" " 0.002 "
 151  Binwidth (nm)
 152
 153 .BI "-[no]com"  "no    "
 154  RDF with respect to the center of mass of first group
 155
 156 .BI "-rdf"  " enum" " atom"
 157  RDF type:
 158 .B atom
 159 ,
 160 .B mol_com
 161 ,
 162 .B mol_cog
 163 ,
 164 .B res_com
 165 or
 166 .B res_cog
 167
 168
 169 .BI "-[no]pbc"  "yes   "
 170  Use periodic boundary conditions for computing distances. Without PBC the maximum range will be three times the larges box edge.
 171
 172 .BI "-[no]norm"  "yes   "
 173  Normalize for volume and density
 174
 175 .BI "-[no]xy"  "no    "
 176  Use only the x and y components of the distance
 177
 178 .BI "-cut"  " real" " 0     "
 179  Shortest distance (nm) to be considered
 180
 181 .BI "-ng"  " int" " 1"
 182  Number of secondary groups to compute RDFs around a central group
 183
 184 .BI "-fade"  " real" " 0     "
 185  From this distance onwards the RDF is tranformed by g'(r) = 1 + [g(r)-1] exp(-(r/fade-1)2 to make it go to 1 smoothly. If fade is 0.0 nothing is done.
 186
 187 .BI "-nlevel"  " int" " 20"
 188  Number of different colors in the diffraction image
 189
 190 .BI "-startq"  " real" " 0     "
 191  Starting q (1/nm)
 192
 193 .BI "-endq"  " real" " 60    "
 194  Ending q (1/nm)
 195
 196 .BI "-energy"  " real" " 12    "
 197  Energy of the incoming X-ray (keV)
 198