man/man1/g_polystat.1

   1 .TH g_polystat 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_polystat - calculates static properties of polymers
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_polystat\fP
   8 .BI "-s" " topol.tpr "
   9 .BI "-f" " traj.xtc "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " polystat.xvg "
  12 .BI "-v" " polyvec.xvg "
  13 .BI "-p" " persist.xvg "
  14 .BI "-[no]h" ""
  15 .BI "-nice" " int "
  16 .BI "-b" " time "
  17 .BI "-e" " time "
  18 .BI "-dt" " time "
  19 .BI "-tu" " enum "
  20 .BI "-[no]w" ""
  21 .BI "-[no]xvgr" ""
  22 .BI "-[no]mw" ""
  23 .BI "-[no]pc" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 g_polystat plots static properties of polymers as a function of time
  26 and prints the average.
  27
  28
  29 By default it determines the average end-to-end distance and radii
  30 of gyration of polymers. It asks for an index group and split this
  31 into molecules. The end-to-end distance is then determined using
  32 the first and the last atom in the index group for each molecules.
  33 For the radius of gyration the total and the three principal components
  34 for the average gyration tensor are written.
  35 With option
  36 .B -v
  37 the eigenvectors are written.
  38 With option
  39 .B -pc
  40 also the average eigenvalues of the individual
  41 gyration tensors are written.
  42
  43
  44 With option
  45 .B -p
  46 the presistence length is determined.
  47 The chosen index group should consist of atoms that are
  48 consecutively bonded in the polymer mainchains.
  49 The presistence length is then determined from the cosine of
  50 the angles between bonds with an index difference that is even,
  51 the odd pairs are not used, because straight polymer backbones
  52 are usually all trans and therefore only every second bond aligns.
  53 The persistence length is defined as number of bonds where
  54 the average cos reaches a value of 1/e. This point is determined
  55 by a linear interpolation of log(cos).
  56 .SH FILES
  57 .BI "-s" " topol.tpr"
  58 .B Input
  59  Run input file: tpr tpb tpa
  60
  61 .BI "-f" " traj.xtc"
  62 .B Input
  63  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  64
  65 .BI "-n" " index.ndx"
  66 .B Input, Opt.
  67  Index file
  68
  69 .BI "-o" " polystat.xvg"
  70 .B Output
  71  xvgr/xmgr file
  72
  73 .BI "-v" " polyvec.xvg"
  74 .B Output, Opt.
  75  xvgr/xmgr file
  76
  77 .BI "-p" " persist.xvg"
  78 .B Output, Opt.
  79  xvgr/xmgr file
  80
  81 .SH OTHER OPTIONS
  82 .BI "-[no]h"  "no    "
  83  Print help info and quit
  84
  85 .BI "-nice"  " int" " 19"
  86  Set the nicelevel
  87
  88 .BI "-b"  " time" " 0     "
  89  First frame (ps) to read from trajectory
  90
  91 .BI "-e"  " time" " 0     "
  92  Last frame (ps) to read from trajectory
  93
  94 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  95  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  96
  97 .BI "-tu"  " enum" " ps"
  98  Time unit:
  99 .B ps
 100 ,
 101 .B fs
 102 ,
 103 .B ns
 104 ,
 105 .B us
 106 ,
 107 .B ms
 108 or
 109 .B s
 110
 111
 112 .BI "-[no]w"  "no    "
 113  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 114
 115 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 116  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 117
 118 .BI "-[no]mw"  "yes   "
 119  Use the mass weighting for radii of gyration
 120
 121 .BI "-[no]pc"  "no    "
 122  Plot average eigenvalues
 123