man/man1/editconf.1

   1 .TH editconf 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 editconf - edits the box and writes subgroups
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3editconf\fP
   8 .BI "-f" " conf.gro "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-o" " out.gro "
  11 .BI "-mead" " mead.pqr "
  12 .BI "-bf" " bfact.dat "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-[no]w" ""
  16 .BI "-[no]ndef" ""
  17 .BI "-bt" " enum "
  18 .BI "-box" " vector "
  19 .BI "-angles" " vector "
  20 .BI "-d" " real "
  21 .BI "-[no]c" ""
  22 .BI "-center" " vector "
  23 .BI "-translate" " vector "
  24 .BI "-rotate" " vector "
  25 .BI "-[no]princ" ""
  26 .BI "-scale" " vector "
  27 .BI "-density" " real "
  28 .BI "-[no]pbc" ""
  29 .BI "-[no]grasp" ""
  30 .BI "-rvdw" " real "
  31 .BI "-sig56" " real "
  32 .BI "-[no]vdwread" ""
  33 .BI "-[no]atom" ""
  34 .BI "-[no]legend" ""
  35 .BI "-label" " string "
  36 .SH DESCRIPTION
  37 editconf converts generic structure format to
  38 .B .gro
  39 ,
  40 .B .g96
  41
  42 or
  43 .B .pdb
  44 .
  45
  46
  47
  48 The box can be modified with options
  49 .B -box
  50 ,
  51 .B -d
  52 and
  53
  54 .B -angles
  55 . Both
  56 .B -box
  57 and
  58 .B -d
  59
  60 will center the system in the box.
  61
  62
  63
  64 Option
  65 .B -bt
  66 determines the box type:
  67 .B triclinic
  68 is a
  69 triclinic box,
  70 .B cubic
  71 is a rectangular box with all sides equal
  72
  73 .B dodecahedron
  74 represents a rhombic dodecahedron and
  75 .B octahedron
  76 is a truncated octahedron.
  77 The last two are special cases of a triclinic box.
  78 The length of the three box vectors of the truncated octahedron is the
  79 shortest distance between two opposite hexagons.
  80 The volume of a dodecahedron is 0.71 and that of a truncated octahedron
  81 is 0.77 of that of a cubic box with the same periodic image distance.
  82
  83
  84
  85 Option
  86 .B -box
  87 requires only
  88 one value for a cubic box, dodecahedron and a truncated octahedron.
  89
  90
  91
  92 With
  93 .B -d
  94 and a
  95 .B triclinic
  96 box the size of the system in the x, y
  97 and z directions is used. With
  98 .B -d
  99 and
 100 .B cubic
 101 ,
 102
 103 .B dodecahedron
 104 or
 105 .B octahedron
 106 boxes, the dimensions are set
 107 to the diameter of the system (largest distance between atoms) plus twice
 108 the specified distance.
 109
 110
 111
 112 Option
 113 .B -angles
 114 is only meaningful with option
 115 .B -box
 116 and
 117 a triclinic box and can not be used with option
 118 .B -d
 119 .
 120
 121
 122
 123 When
 124 .B -n
 125 or
 126 .B -ndef
 127 is set, a group
 128 can be selected for calculating the size and the geometric center,
 129 otherwise the whole system is used.
 130
 131
 132
 133
 134 .B -rotate
 135 rotates the coordinates and velocities.
 136
 137
 138
 139
 140 .B -princ
 141 aligns the principal axes of the system along the
 142 coordinate axes, this may allow you to decrease the box volume,
 143 but beware that molecules can rotate significantly in a nanosecond.
 144
 145
 146
 147 Scaling is applied before any of the other operations are
 148 performed. Boxes and coordinates can be scaled to give a certain density (option
 149
 150 .B -density
 151 ). Note that this may be inaccurate in case a gro
 152 file is given as input. A special feature of the scaling option, when the
 153 factor -1 is given in one dimension, one obtains a mirror image,
 154 mirrored in one of the plains, when one uses -1 in three dimensions
 155 a point-mirror image is obtained.
 156
 157
 158 Groups are selected after all operations have been applied.
 159
 160
 161 Periodicity can be removed in a crude manner.
 162 It is important that the box sizes at the bottom of your input file
 163 are correct when the periodicity is to be removed.
 164
 165
 166
 167 When writing
 168 .B .pdb
 169 files, B-factors can be
 170 added with the
 171 .B -bf
 172 option. B-factors are read
 173 from a file with with following format: first line states number of
 174 entries in the file, next lines state an index
 175 followed by a B-factor. The B-factors will be attached per residue
 176 unless an index is larger than the number of residues or unless the
 177
 178 .B -atom
 179 option is set. Obviously, any type of numeric data can
 180 be added instead of B-factors.
 181 .B -legend
 182 will produce
 183 a row of CA atoms with B-factors ranging from the minimum to the
 184 maximum value found, effectively making a legend for viewing.
 185
 186
 187
 188 With the option -mead a special pdb (pqr) file for the MEAD electrostatics
 189 program (Poisson-Boltzmann solver) can be made. A further prerequisite
 190 is that the input file is a run input file.
 191 The B-factor field is then filled with the Van der Waals radius
 192 of the atoms while the occupancy field will hold the charge.
 193
 194
 195
 196 The option -grasp is similar, but it puts the charges in the B-factor
 197 and the radius in the occupancy.
 198
 199
 200
 201 Finally with option
 202 .B -label
 203 editconf can add a chain identifier
 204 to a pdb file, which can be useful for analysis with e.g. rasmol.
 205
 206
 207 To convert a truncated octrahedron file produced by a package which uses
 208 a cubic box with the corners cut off (such as Gromos) use:
 209
 210
 211 .B editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out
 212
 213
 214 where
 215 .B veclen
 216 is the size of the cubic box times sqrt(3)/2.
 217 .SH FILES
 218 .BI "-f" " conf.gro"
 219 .B Input
 220  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
 221
 222 .BI "-n" " index.ndx"
 223 .B Input, Opt.
 224  Index file
 225
 226 .BI "-o" " out.gro"
 227 .B Output, Opt.
 228  Structure file: gro g96 pdb
 229
 230 .BI "-mead" " mead.pqr"
 231 .B Output, Opt.
 232  Coordinate file for MEAD
 233
 234 .BI "-bf" " bfact.dat"
 235 .B Input, Opt.
 236  Generic data file
 237
 238 .SH OTHER OPTIONS
 239 .BI "-[no]h"  "no    "
 240  Print help info and quit
 241
 242 .BI "-nice"  " int" " 0"
 243  Set the nicelevel
 244
 245 .BI "-[no]w"  "no    "
 246  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 247
 248 .BI "-[no]ndef"  "no    "
 249  Choose output from default index groups
 250
 251 .BI "-bt"  " enum" " triclinic"
 252  Box type for -box and -d:
 253 .B triclinic
 254 ,
 255 .B cubic
 256 ,
 257 .B dodecahedron
 258 or
 259 .B octahedron
 260
 261
 262 .BI "-box"  " vector" " 0 0 0"
 263  Box vector lengths (a,b,c)
 264
 265 .BI "-angles"  " vector" " 90 90 90"
 266  Angles between the box vectors (bc,ac,ab)
 267
 268 .BI "-d"  " real" " 0     "
 269  Distance between the solute and the box
 270
 271 .BI "-[no]c"  "no    "
 272  Center molecule in box (implied by -box and -d)
 273
 274 .BI "-center"  " vector" " 0 0 0"
 275  Coordinates of geometrical center
 276
 277 .BI "-translate"  " vector" " 0 0 0"
 278  Translation
 279
 280 .BI "-rotate"  " vector" " 0 0 0"
 281  Rotation around the X, Y and Z axes in degrees
 282
 283 .BI "-[no]princ"  "no    "
 284  Orient molecule(s) along their principal axes
 285
 286 .BI "-scale"  " vector" " 1 1 1"
 287  Scaling factor
 288
 289 .BI "-density"  " real" " 1000  "
 290  Density (g/l) of the output box achieved by scaling
 291
 292 .BI "-[no]pbc"  "no    "
 293  Remove the periodicity (make molecule whole again)
 294
 295 .BI "-[no]grasp"  "no    "
 296  Store the charge of the atom in the B-factor field and the radius of the atom in the occupancy field
 297
 298 .BI "-rvdw"  " real" " 0.12  "
 299  Default Van der Waals radius (in nm) if one can not be found in the database or if no parameters are present in the topology file
 300
 301 .BI "-sig56"  " real" " 0     "
 302  Use rmin/2 (minimum in the Van der Waals potential) rather than sigma/2
 303
 304 .BI "-[no]vdwread"  "no    "
 305  Read the Van der Waals radii from the file vdwradii.dat rather than computing the radii based on the force field
 306
 307 .BI "-[no]atom"  "no    "
 308  Force B-factor attachment per atom
 309
 310 .BI "-[no]legend"  "no    "
 311  Make B-factor legend
 312
 313 .BI "-label"  " string" " A"
 314  Add chain label for all residues
 315
 316 .SH KNOWN PROBLEMS
 317 \- For complex molecules, the periodicity removal routine may break down, in that case you can use trjconv
 318