README

   1
   2                Welcome to the official version of GROMACS!
   3
   4 If you are familiar with Unix, it should be fairly trivial to compile and
   5 install GROMACS. GROMACS uses only the CMake build sytem, and our
   6 installation guide can be found at
   7 http://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html
   8
   9 Of course we will do our utmost to help you with any problems, but PLEASE
  10 READ THE INSTALLATION INSTRUCTIONS BEFORE CONTACTING US!
  11
  12 There are also several other online resources available from the homepage,
  13 and special information for developers.
  14
  15 If you are a developer, or change the source for any other reason, check
  16 out http://www.gromacs.org/Developer_Zone.
  17
  18                                * * * * *
  19
  20 GROMACS is free software, distributed under the GNU Lesser General
  21 Public License, version 2.1 However, scientific software is a little
  22 special compared to most other programs. Both you, we, and all other
  23 GROMACS users depend on the quality of the code, and when we find bugs
  24 (every piece of software has them) it is crucial that we can correct
  25 it and say that it was fixed in version X of the file or package
  26 release. For the same reason, it is important that you can reproduce
  27 other people's result from a certain GROMACS version.
  28
  29 The easiest way to avoid this kind of problems is to get your modifications
  30 included in the main distribution. We'll be happy to consider any decent
  31 code. If it's a separate program it can probably be included in the contrib
  32 directory straight away (not supported by us), but for major changes in the
  33 main code we appreciate if you first test that it works with (and without)
  34 MPI, threads, double precision, etc.
  35
  36 If you still want to distribute a modified version or use part of GROMACS
  37 in your own program, remember that the entire project must be licensed
  38 according to the requirements of the LGPL v2.1 license under which you
  39 received this copy of GROMACS. We request that it must clearly be labeled as
  40 derived work. It should not use the name "official GROMACS", and make
  41 sure support questions are directed to you instead of the GROMACS developers.
  42 Sorry for the hard wording, but it is meant to protect YOUR reseach results!
  43
  44                                * * * * *
  45
  46 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
  47 To help us fund development, we humbly ask that you cite the GROMACS papers:
  48
  49 * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  50   H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  51   Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  52   DOI: https://doi.org/10.1016/0010-4655(95)00042-E
  53
  54 * GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable
  55   molecular simulation
  56   B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl
  57   J. Chem. Theory Comput. 4 (2008) pp. 435-447
  58   DOI: https://doi.org/10.1021/ct700301q
  59
  60 * GROMACS 4.5: a high-throughput and highly parallel open source
  61   molecular simulation toolkit
  62   Sander Pronk, Szilárd Páll, Roland Schulz, Per Larsson, Pär Bjelkmar,
  63   Rossen Apostolov, Michael R. Shirts, Jeremy C. Smith, Peter M. Kasson,
  64   David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl.
  65   Bioinformatics 29 (2013) pp. 845-54
  66   DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt055
  67
  68 * Tackling Exascale Software Challenges in Molecular Dynamics Simulations
  69   with GROMACS
  70   Szilárd Páll, Mark J. Abraham, Carsten Kutzner, Berk Hess, Erik Lindahl
  71   In S. Markidis & E. Laure (Eds.), Solving Software Challenges for Exascale,
  72   Lecture Notes for Computer Science, 8759 (2015) pp. 3–27
  73   DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-319-15976-8_1
  74
  75 * GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers
  76   M. J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl,
  77   SoftwareX, 1, (2015), 19-25
  78   DOI: https://doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001
  79
  80 There are a lot of cool features we'd like to include in future versions,
  81 but our resources are limited. All kinds of donations are welcome, both in
  82 form of code, hardware and funding! Industrial users who choose to pay
  83 for a license pro bono (it is still LGPL and can be redistributed freely) or
  84 contribute in other ways are listed as GROMACS supporters on our webpages.
  85 Don't hesitate to contact us if you are interested.
  86
  87
  88                        Good luck with your simulations!
  89
  90                               The GROMACS Crew