TODO

   1
   2
   3 What doesn't greylag do that SIMR cares about?
   4
   5
   6 - differential modification of residues, w/alternation
   7
   8 - cluster implementation
   9
  10 - cyclic "permutations" (for scoring accuracy)
  11
  12
  13
  14
  15 ------------------------------------------------------------------------------
  16 These features would be better than what we currently have
  17 ------------------------------------------------------------------------------
  18
  19 - multiple deltas for a residue (e.g. M+42, M+14)
  20
  21 - isotope differential delta
  22
  23
  24 - built-in database shuffling
  25
  26
  27 - refinement step
  28   - differential mods
  29
  30
  31 - motif-based (or position-based) differential deltas
  32   - pyrrolidone carboxyl acid deltas?
  33
  34
  35 - neutral loss?
  36
  37
  38
  39 current sloccount comparison:
  40 xtandem: cpp: 13058 (+ 1271 for parallel tandem)
  41 greylag: cpp: 595 py: 863
  42 omssa: cpp: 7583 (plus an unknown, possibly large number from the NCBI toolkits [33 distinct headers])
  43                 (the toolkits are 1000000 sloc, 65% cpp, 34% c)
  44
  45 valgrind it
  46
  47 add 'throw()' to cpu-critical functions?
  48
  49 double-check handling of FP arithmetic using epsilons (no ==, no strict <)
  50 test spectrum synthesis
  51
  52 test semi-tryptic cleavage
  53
  54 More reference info here
  55 http://www.expasy.org/tools/findmod/findmod_masses.html