t/IO_psi25.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3 # $Id$
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS = 9;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph; };
  22         if ( $@ ) {
  23                 warn("Graph required for graph creation and analysis, skipping tests");
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26         eval { require XML::Twig; };
  27         if ($@) {
  28                 warn "XML::Twig needed for XML format parsing, skipping tests";
  29                 $ERROR = 1;
  30         }
  31 }
  32
  33 END {
  34         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  35                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  36         }
  37 }
  38
  39 exit 0 if $ERROR == 1;
  40
  41 require Bio::Network::IO;
  42
  43 my $verbose = 0;
  44 $verbose = 1 if $DEBUG;
  45
  46 ok 1;
  47
  48 #
  49 # PSI XML from IntAct
  50 #
  51 ok my $io = Bio::Network::IO->new
  52   (-format  => 'psi25',
  53         -file    => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "human_small-01.xml"),
  54    -verbose => $verbose );
  55 ok my $g1 = $io->next_network();
  56 ok $g1->node_count, 646;
  57 # remember that interactions are only formed of pairs of nodes
  58 ok $g1->interactions, 439;
  59 #
  60 # PSI XML from MINT
  61 #
  62 ok $io = Bio::Network::IO->new
  63   (-format => 'psi25',
  64         -file   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "Viruses.psi25.xml"),
  65    -verbose => $verbose );
  66 ok $g1 = $io->next_network();
  67 ok $g1->node_count, 521;
  68 ok $g1->interactions, 994;
  69
  70
  71 __END__