t/Graph-MD5.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3 # $Id$
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS  = 20;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph::Undirected; };
  22         if ( $@ ) {
  23                 warn("Graph required by the bioperl-network package, skipping tests");
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26         eval { require Digest::MD5; };
  27         if ( $@ ) {
  28                 warn("Digest::MD5 required for these tests, skipping tests");
  29                 $ERROR = 1;
  30         }
  31 }
  32
  33 END {
  34         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  35                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  36         }
  37 }
  38 exit 0 if $ERROR == 1;
  39
  40 #
  41 # The purpose of these tests is to check to see if bugs have been
  42 # fixed in Perl's Graph, particularly refvertexed bugs
  43 #
  44 my $g = Graph::Undirected->new(refvertexed => 1);
  45
  46 ok 1;
  47
  48 my $seq1 = Digest::MD5->new;
  49 my $seq2 = Digest::MD5->new;
  50 my $seq3 = Digest::MD5->new;
  51 my $seq4 = Digest::MD5->new;
  52
  53 my $str = "ljfgouyouiyougs";
  54
  55 $g->add_vertices($seq1,$seq2,$seq3,$seq4);
  56 $g->add_edges([$seq1,$seq2],[$seq3,$seq4],[$seq3,$seq2]);
  57
  58 my @vs = $g->vertices; # OK
  59 ok $vs[0]->add($str);
  60
  61 my $c = $g->complete; # OK
  62 @vs = $c->vertices;
  63 ok $vs[0]->add($str);
  64
  65 my $comp = $g->complement; # OK
  66 @vs = $comp->vertices;
  67 ok $vs[0]->add($str);
  68
  69 @vs = $g->interior_vertices; # OK
  70 ok $vs[0]->add($str);
  71
  72 my $apsp = $g->APSP_Floyd_Warshall;
  73 @vs = $apsp->path_vertices($seq1,$seq4); # OK
  74 ok $vs[0]->add($str);
  75
  76 my $seq = $g->random_vertex; # OK
  77 ok $seq->add($str);
  78
  79 my $t = Graph::Traversal::DFS->new($g);
  80 $t->dfs;
  81 @vs = $t->seen;
  82 ok scalar @vs, 4;
  83 for my $seq (@vs) {
  84         ok $seq->add($str); # NOT OK in version .73
  85 }
  86
  87 @vs = $g->articulation_points;
  88 ok scalar @vs, 2;
  89 ok $vs[0]->add($str); # OK in version .70
  90 ok $vs[1]->add($str);
  91
  92 my @cc = $g->connected_components;
  93 for my $ref (@cc) {
  94         for my $seq (@$ref) {
  95                 ok $seq->add($str); # OK in version .70
  96         }
  97 }
  98
  99 my @bs = $g->bridges;
 100 ok $bs[0][0]->add($str); # NOT OK in version .73
 101
 102 my $cg = $g->connected_graph;
 103 @vs = $cg->vertices;
 104 # ok $vs[0]->add($str); # is my usage correct?
 105
 106 my @spd = $g->SP_Dijkstra($seq1,$seq4); # OK in version .70
 107
 108 my @spbf = $g->SP_Bellman_Ford($seq1,$seq4); # OK in version .70
 109
 110 __END__