t/Graph-Articulation.x

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id: Node.t 14466 2008-02-04 05:15:58Z bosborne $
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS = 51;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph; };
  22         if ($@) {
  23                 warn "Perl's Graph needed for the bioperl-network package, skipping tests";
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26 }
  27
  28 END {
  29         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  30                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  31         }
  32 }
  33
  34 exit 0 if $ERROR == 1;
  35
  36 require Bio::Network::IO;
  37
  38 my $verbose = 0;
  39 $verbose = 1 if $DEBUG;
  40
  41 # tests for Graph's problematic articulation_points()
  42 # As of 2/2008 this test suite is still not reliably passing -
  43 # I run it 5 times and I'll get an error 1 out of 5:
  44 # Can't locate object method "proteins" via package "Bio::Network::Node...
  45
  46 ok 1;
  47
  48 #
  49 # read old DIP format
  50 #
  51 my $io = Bio::Network::IO->new(
  52   -format => 'dip_tab',
  53   -file   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","tab1part.tab"),
  54   -threshold => 0.6);
  55 ok(defined $io);
  56 ok my $g1 = $io->next_network();
  57
  58 my @nodes = $g1->articulation_points();
  59 ok $#nodes, 12;
  60 my $nodes = $g1->articulation_points();
  61 ok $nodes, 13;
  62 #
  63 # test articulation_points, but first check that each Node
  64 # in network exists as an object
  65 #
  66 $io = Bio::Network::IO->new
  67 (-format => 'psi10',
  68  -file   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","bovin_small_intact.xml"));
  69 my $g = $io->next_network();
  70
  71 @nodes = $g->nodes;
  72 ok scalar @nodes, 23;
  73
  74 foreach my $node (@nodes) {
  75         my @seqs = $node->proteins;
  76         ok $seqs[0]->display_id;
  77 }
  78
  79 # ($ap, $bc, $br) = $g->biconnectivity;
  80
  81 @nodes = $g->articulation_points;
  82 ok scalar @nodes, 4; # OK, inspected in Cytoscape
  83
  84 my @eids = qw(Q29462 P16106 Q27954 P53619);
  85 foreach my $node (@nodes) {
  86         my @seqs = $node->proteins;
  87         ok my $id = $seqs[0]->display_id;
  88         ok grep /$id/, @eids;
  89 }
  90 #
  91 # additional articulation_points tests
  92 # arath_small-02.xml is PSI MI version 1.0
  93 #
  94 ok $io = Bio::Network::IO->new
  95   (-format => 'psi10',
  96         -file   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "arath_small-02.xml"));
  97 ok $g1 = $io->next_network();
  98 ok $g1->nodes, 73;
  99 ok $g1->interactions, 516;
 100 @nodes = $g1->articulation_points;
 101 ok scalar @nodes, 8;
 102
 103 for my $node (@nodes) {
 104         for my $prot ($node->proteins) {
 105                 ok $prot->display_id;
 106         }
 107 }
 108
 109 __END__