t/IO_psi25.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8         test_begin(-tests => 9,
   9                            -requires_module => 'Graph',
  10                            -requires_module => 'XML::Twig');
  11
  12         use_ok('Bio::Network::IO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 #
  18 # PSI XML from IntAct
  19 #
  20 ok my $io = Bio::Network::IO->new
  21   (-format  => 'psi25',
  22         -file    => test_input_file("human_small-01.xml"),
  23    -verbose => $verbose );
  24 ok my $g1 = $io->next_network();
  25 ok $g1->node_count == 646;
  26 # remember that interactions are only formed of pairs of nodes
  27 ok $g1->interactions == 439;
  28 #
  29 # PSI XML from MINT
  30 #
  31 ok $io = Bio::Network::IO->new
  32   (-format => 'psi25',
  33         -file   => test_input_file("Viruses.psi25.xml"),
  34    -verbose => $verbose );
  35 ok $g1 = $io->next_network();
  36 ok $g1->node_count == 521;
  37 ok $g1->interactions == 994;
  38
  39
  40 __END__