t/Graph-Seq.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8         test_begin(-tests => 21,
   9                            -requires_module => 'Graph');
  10
  11         use_ok('Graph::Undirected');
  12         use_ok('Graph::Traversal::DFS');
  13         use_ok('Bio::Seq');
  14
  15 }
  16
  17 #
  18 # The purpose of these tests is to check to see if bugs have been
  19 # fixed in Perl's Graph, particularly if refvertexed == 1
  20 #
  21 my $g = Graph::Undirected->new(refvertexed => 1);
  22
  23 ok 1;
  24
  25 my $seq1 = Bio::Seq->new(-seq => "aaaaaaa");
  26 my $seq2 = Bio::Seq->new(-seq => "ttttttt");
  27 my $seq3 = Bio::Seq->new(-seq => "ccccccc");
  28 my $seq4 = Bio::Seq->new(-seq => "ggggggg");
  29
  30 $g->add_vertices($seq1,$seq2,$seq3,$seq4);
  31 $g->add_edges([$seq1,$seq2],[$seq3,$seq4],[$seq3,$seq2]);
  32
  33 my @vs = $g->vertices;
  34 ok $vs[0]->seq;
  35
  36 my $c = $g->complete;
  37 @vs = $c->vertices;
  38 ok $vs[0]->seq;
  39
  40 my $comp = $g->complement;
  41 @vs = $comp->vertices;
  42 ok $vs[0]->seq;
  43
  44 @vs = $g->interior_vertices;
  45 ok $vs[0]->seq;
  46
  47 my $apsp = $g->APSP_Floyd_Warshall;
  48 @vs = $apsp->path_vertices($seq1,$seq4);
  49 ok $vs[0]->seq;
  50
  51 my $seq = $g->random_vertex;
  52 ok $seq->seq;
  53
  54 my $t = Graph::Traversal::DFS->new($g);
  55 $t->dfs;
  56 @vs = $t->seen;
  57 for my $seq (@vs) {
  58         ok $seq->seq;
  59 }
  60
  61 # Fixed in Graph .86
  62 @vs = $g->articulation_points;
  63 ok $vs[0]->seq; # not OK in Graph v. .80
  64 ok scalar @vs == 2;
  65
  66 my @cc = $g->connected_components;
  67 for my $ref (@cc) {
  68         for my $seq (@$ref) {
  69                 ok $seq->seq;
  70         }
  71 }
  72
  73 my @bs = $g->bridges;
  74 ok $bs[0][0]->seq;
  75
  76 my $cg = $g->connected_graph;
  77 @vs = $cg->vertices;
  78 # ok $vs[0]->seq; incorrect usage
  79
  80 my @spd = $g->SP_Dijkstra($seq1,$seq4);
  81
  82 my @spbf = $g->SP_Bellman_Ford($seq1,$seq4);
  83
  84 __END__