t/Node.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id: protgraph.t,v 1.1 2004/03/13 23:45:32 radams Exp
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS = 30;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph; };
  22         if ($@) {
  23                 warn "Perl's Graph needed for the bioperl-network package, skipping tests";
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26 }
  27
  28 END {
  29         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  30                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  31         }
  32 }
  33
  34 exit 0 if $ERROR ==  1;
  35
  36 require Bio::Network::ProteinNet;
  37 require Bio::Network::Node;
  38 require Bio::Seq;
  39
  40 my $verbose = 0;
  41 $verbose = 1 if $DEBUG;
  42
  43 ok 1;
  44
  45 my $seq1 = Bio::Seq->new(-seq => "aaaaaaa",-display_id => 1);
  46 my $seq2 = Bio::Seq->new(-seq => "ttttttt",-display_id => 2);
  47 my $seq3 = Bio::Seq->new(-seq => "ggggggg",-display_id => 3);
  48
  49 #
  50 # 1 protein
  51 #
  52 my $node = Bio::Network::Node->new(-protein => $seq1);
  53 ok $node->is_complex, 0;
  54 my $count = $node->proteins;
  55 ok $count, 1;
  56
  57 my @proteins = $node->proteins;
  58 ok $proteins[0]->seq, "aaaaaaa";
  59 ok $proteins[0]->display_id, 1;
  60 ok $node->subunit_number($proteins[0]), undef;
  61 $node->subunit_number($proteins[0],52);
  62 ok $node->subunit_number($proteins[0]), 52;
  63
  64 #
  65 # 1 or more proteins, but no subunit composition
  66 #
  67 $node = Bio::Network::Node->new(-protein => [($seq1,$seq2,$seq3)]);
  68 ok $node->is_complex, 1;
  69 @proteins = $node->proteins;
  70 my $x = 0;
  71 my @seqs = qw(aaaaaaa ggggggg ttttttt);
  72 for my $protein (@proteins) {
  73         ok $protein->seq, $seqs[$x++];
  74         ok $node->subunit_number($protein), undef;
  75 }
  76 $count = $node->proteins;
  77 ok $count, 3;
  78
  79 $node = Bio::Network::Node->new(-protein => [($seq1)]);
  80 ok $node->is_complex, 0;
  81
  82 #
  83 # 1 or more proteins, specifying subunit composition
  84 #
  85 $node = Bio::Network::Node->new(-protein => [ [($seq1, 2) ],
  86                                                                                                                   [ ($seq2, 3) ],
  87                                                                                                                   [ ($seq3, 1)] ]);
  88 ok $node->is_complex, 1;
  89 @proteins = $node->proteins;
  90 $x = 0;
  91 @seqs = qw(aaaaaaa ggggggg ttttttt);
  92 my @nums = (2,1,3);
  93 for my $protein (@proteins) {
  94         ok $protein->seq, $seqs[$x];
  95         ok $node->subunit_number($protein), $nums[$x++];
  96 }
  97 $count = $node->proteins;
  98 ok $count, 3;
  99
 100 $node = Bio::Network::Node->new(-protein => [ [($seq3, 1)] ]);
 101 ok $node->is_complex, 0;
 102 ok $node->proteins, 1;
 103
 104 $node = Bio::Network::Node->new(-protein => [ [($seq3, 1)],
 105                                                                                                                   [($seq2, 1)] ] );
 106 ok $node->is_complex, 1;
 107 ok $node->proteins, 2;
 108 $node->is_complex(0);
 109 ok $node->is_complex, 0;
 110
 111 $node->subunit_number($seq2,2);
 112 ok $node->subunit_number($seq2), 2;
 113
 114 __END__
 115