t/IO_psi.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3 # $Id: protgraph.t,v 1.1 2004/03/13 23:45:32 radams Exp
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS = 19;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph; };
  22         if ( $@ ) {
  23                 warn("Graph required for graph creation and analysis, skipping tests");
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26         eval { require XML::Twig; };
  27         if ($@) {
  28                 warn "XML::Twig needed for XML format parsing, skipping tests";
  29                 $ERROR = 1;
  30         }
  31 }
  32
  33 END {
  34         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  35                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  36         }
  37 }
  38
  39 exit 0 if $ERROR == 1;
  40
  41 require Bio::Network::IO;
  42
  43 my $verbose = 0;
  44 $verbose = 1 if $DEBUG;
  45
  46 ok 1;
  47
  48 #
  49 # PSI XML from DIP
  50 #
  51 ok my $io = Bio::Network::IO->new
  52   (-format => 'psi',
  53         -file   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "psi_xml.dat"));
  54 ok my $g1 = $io->next_network();
  55 ok $g1->edge_count, 3;
  56 ok $g1->node_count, 4;
  57 ok $g1->is_connected,1;
  58 my $n = $g1->get_nodes_by_id('O24853');
  59 my @proteins = $n->proteins;
  60 ok $proteins[0]->species->binomial('FULL'),"Helicobacter pylori 26695";
  61 ok $proteins[0]->primary_seq->desc,"hypothetical HP0001";
  62 my @rts = $g1->articulation_points;
  63 ok scalar @rts,1; # correct, by inspection in Cytoscape
  64 @proteins = $rts[0]->proteins;
  65 my $seq = $proteins[0];
  66 ok $seq->desc,"hypothetical HP0001"; # correct, by inspection in Cytoscape
  67
  68 #
  69 # PSI XML from IntAct
  70 #
  71 ok $io = Bio::Network::IO->new
  72   (-format => 'psi',
  73         -file   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "sv40_small.xml"));
  74 ok $g1 = $io->next_network();
  75 ok $g1->edge_count, 3;
  76 ok $g1->node_count, 5;
  77 ok $g1->is_connected, "";
  78
  79 $n = $g1->get_nodes_by_id("P03070");
  80 @proteins = $n->proteins;
  81 ok $proteins[0]->species->binomial('FULL'),"Simian virus 40";
  82 ok $proteins[0]->primary_seq->desc,"Large T antigen";
  83
  84 my @components = $g1->connected_components;
  85 ok scalar @components, 2;
  86
  87 # seems there's an intermittent bug in articulation_points() here
  88 # but not in the invocation above
  89 # @rts = $g1->articulation_points;
  90 # ok scalar @rts, 1; # OK, inspected in Cytoscape
  91 # @proteins = $rts[0]->proteins;
  92 # $seq = $proteins[0];
  93 # ok $seq->desc,"Erythropoietin receptor precursor"; # OK, inspected in Cytoscape
  94
  95 #
  96 # GO terms
  97 #
  98 $n = $g1->get_nodes_by_id("EBI-474016");
  99 @proteins = $n->proteins;
 100
 101 #
 102 # PSI XML from HPRD
 103 #
 104 ok $io = Bio::Network::IO->new
 105   (-format => 'psi',
 106         -file   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "00001.xml"));
 107 # ok $g1 = $io->next_network();
 108 # The individual files from HPRD are not standard PSI, problems parsing them
 109
 110 __END__
 111