t/IO_dip_tab.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id: protgraph.t,v 1.1 2004/03/13 23:45:32 radams Exp
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS = 16;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph; };
  22         if ($@) {
  23                 warn "Perl's Graph needed for the bioperl-network package, skipping tests";
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26 }
  27
  28 END {
  29         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  30                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  31         }
  32         unlink "t/data/out.tab" if -e "t/data/out.tab";
  33 }
  34
  35 exit 0 if $ERROR ==  1;
  36
  37 require Bio::Network::IO;
  38
  39 my $verbose = 0;
  40 $verbose = 1 if $DEBUG;
  41
  42 ok 1;
  43
  44 #
  45 # read new DIP format
  46 #
  47 my $io = Bio::Network::IO->new(
  48     -format => 'dip_tab',
  49     -file   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","tab4part.tab"));
  50 my $g1 = $io->next_network();
  51 ok $g1->edges,5;
  52 ok $g1->vertices,7;
  53 #
  54 # read old DIP format
  55 #
  56 $io = Bio::Network::IO->new(
  57   -format => 'dip_tab',
  58   -file   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","tab1part.tab"),
  59   -threshold => 0.6);
  60 ok(defined $io);
  61 ok $g1 = $io->next_network();
  62 ok my $node = $g1->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  63 my @proteins = $node->proteins;
  64 ok $proteins[0]->accession_number, 'PIR:A64696';
  65 my %ids = $g1->get_ids_by_node($node);
  66 my $x = 0;
  67 my @ids = qw(A64696 2314583 3053N);
  68 for my $k (keys %ids) {
  69         ok $ids{$k},$ids[$x++];
  70 }
  71 #
  72 # test write to filehandle...
  73 #
  74 my $out =  Bio::Network::IO->new(
  75   -format => 'dip_tab',
  76   -file   => ">". Bio::Root::IO->catfile("t","data","out.tab"));
  77 ok(defined $out);
  78 ok $out->write_network($g1);
  79 #
  80 # can we round trip, is the output the same as original format?
  81 #
  82 my $io2 = Bio::Network::IO->new(
  83   -format   => 'dip_tab',
  84   -file     => Bio::Root::IO->catfile("t","data","out.tab"));
  85 ok defined $io2;
  86 ok      my $g2 = $io2->next_network();
  87 ok $node = $g2->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  88 @proteins = $node->proteins;
  89 ok $proteins[0]->accession_number, 'PIR:A64696';
  90
  91 __END__
  92