t/Graph-Seq.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3 # $Id: protgraph.t,v 1.1 2004/03/13 23:45:32 radams Exp
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS  = 16;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph; };
  22         if ( $@ ) {
  23                 warn("Perl's Graph required by the bioperl-network package, skipping tests");
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26 }
  27
  28 END {
  29         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  30                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  31         }
  32 }
  33 exit 0 if $ERROR == 1;
  34
  35 require Graph::Undirected;
  36 require Graph::Traversal::DFS;
  37 require Bio::Seq;
  38
  39 #
  40 # The purpose of these tests is to check to see if bugs have been
  41 # fixed in Perl's Graph, particularly if refvertexed == 1
  42 #
  43 my $g = Graph::Undirected->new(refvertexed => 1);
  44
  45 ok 1;
  46
  47 my $seq1 = Bio::Seq->new(-seq => "aaaaaaa");
  48 my $seq2 = Bio::Seq->new(-seq => "ttttttt");
  49 my $seq3 = Bio::Seq->new(-seq => "ccccccc");
  50 my $seq4 = Bio::Seq->new(-seq => "ggggggg");
  51
  52 $g->add_vertices($seq1,$seq2,$seq3,$seq4);
  53 $g->add_edges([$seq1,$seq2],[$seq3,$seq4],[$seq3,$seq2]);
  54
  55 my @vs = $g->vertices;
  56 ok $vs[0]->seq;
  57
  58 my $c = $g->complete;
  59 @vs = $c->vertices;
  60 ok $vs[0]->seq;
  61
  62 my $comp = $g->complement;
  63 @vs = $comp->vertices;
  64 ok $vs[0]->seq;
  65
  66 @vs = $g->interior_vertices;
  67 ok $vs[0]->seq;
  68
  69 my $apsp = $g->APSP_Floyd_Warshall;
  70 @vs = $apsp->path_vertices($seq1,$seq4);
  71 ok $vs[0]->seq;
  72
  73 my $seq = $g->random_vertex;
  74 ok $seq->seq;
  75
  76 my $t = Graph::Traversal::DFS->new($g);
  77 $t->dfs;
  78 @vs = $t->seen;
  79 for my $seq (@vs) {
  80         ok $seq->seq;
  81 }
  82
  83 # Still an intermittent bug
  84 # @vs = $g->articulation_points;
  85 # ok $vs[0]->seq; # not OK in Graph v. .80
  86 # ok scalar @vs, 2;
  87
  88 my @cc = $g->connected_components;
  89 for my $ref (@cc) {
  90         for my $seq (@$ref) {
  91                 ok $seq->seq;
  92         }
  93 }
  94
  95 my @bs = $g->bridges;
  96 ok $bs[0][0]->seq;
  97
  98 my $cg = $g->connected_graph;
  99 @vs = $cg->vertices;
 100 # ok $vs[0]->seq; incorrect usage
 101
 102 my @spd = $g->SP_Dijkstra($seq1,$seq4);
 103
 104 my @spbf = $g->SP_Bellman_Ford($seq1,$seq4);
 105
 106 __END__