t/Graph-MD5.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3 # $Id: protgraph.t,v 1.1 2004/03/13 23:45:32 radams Exp
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS  = 19;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph::Undirected; };
  22         if ( $@ ) {
  23                 warn("Graph required by the bioperl-network package, skipping tests");
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26         eval { require Digest::MD5; };
  27         if ( $@ ) {
  28                 warn("Digest::MD5 required for these tests, skipping tests");
  29                 $ERROR = 1;
  30         }
  31 }
  32
  33 END {
  34         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  35                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  36         }
  37 }
  38 exit 0 if $ERROR == 1;
  39
  40 #
  41 # The purpose of these tests is to check to see if bugs have been
  42 # fixed in Perl's Graph, particularly refvertexed bugs
  43 #
  44 my $g = Graph::Undirected->new(refvertexed => 1);
  45
  46 ok 1;
  47
  48 my $seq1 = Digest::MD5->new;
  49 my $seq2 = Digest::MD5->new;
  50 my $seq3 = Digest::MD5->new;
  51 my $seq4 = Digest::MD5->new;
  52
  53 my $str = "ljfgouyouiyougs";
  54
  55 $g->add_vertices($seq1,$seq2,$seq3,$seq4);
  56 $g->add_edges([$seq1,$seq2],[$seq3,$seq4],[$seq3,$seq2]);
  57
  58 my @vs = $g->vertices; # OK
  59 ok $vs[0]->add($str);
  60
  61 my $c = $g->complete; # OK
  62 @vs = $c->vertices;
  63 ok $vs[0]->add($str);
  64
  65 my $comp = $g->complement; # OK
  66 @vs = $comp->vertices;
  67 ok $vs[0]->add($str);
  68
  69 @vs = $g->interior_vertices; # OK
  70 ok $vs[0]->add($str);
  71
  72 my $apsp = $g->APSP_Floyd_Warshall;
  73 @vs = $apsp->path_vertices($seq1,$seq4); # OK
  74 ok $vs[0]->add($str);
  75
  76 my $seq = $g->random_vertex; # OK
  77 ok $seq->add($str);
  78
  79 my @rts = $g->articulation_points;
  80 ok @rts;
  81
  82 my $t = Graph::Traversal::DFS->new($g);
  83 $t->dfs;
  84 @vs = $t->seen;
  85 for my $seq (@vs) {
  86         ok $seq->add($str); # NOT OK in version .73
  87 }
  88
  89 @vs = $g->articulation_points;
  90 ok $vs[0]->add($str); # OK in version .70
  91 ok scalar @vs, 2;
  92
  93 my @cc = $g->connected_components;
  94 for my $ref (@cc) {
  95         for my $seq (@$ref) {
  96                 ok $seq->add($str); # OK in version .70
  97         }
  98 }
  99
 100 my @bs = $g->bridges;
 101 ok $bs[0][0]->add($str); # NOT OK in version .73
 102
 103 my $cg = $g->connected_graph;
 104 @vs = $cg->vertices;
 105 # ok $vs[0]->add($str); # is my usage correct?
 106
 107 my @spd = $g->SP_Dijkstra($seq1,$seq4); # OK in version .70
 108
 109 my @spbf = $g->SP_Bellman_Ford($seq1,$seq4); # OK in version .70
 110
 111 __END__