t/Graph-Articulation.x

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id: protgraph.t,v 1.1 2004/03/13 23:45:32 radams Exp
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS = 47;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph; };
  22         if ($@) {
  23                 warn "Perl's Graph needed for the bioperl-network package, skipping tests";
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26 }
  27
  28 END {
  29         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  30                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  31         }
  32 }
  33
  34 exit 0 if $ERROR ==  1;
  35
  36 require Bio::Network::ProteinNet;
  37 require Bio::Network::IO;
  38 require Bio::Network::Interaction;
  39
  40 my $verbose = 0;
  41 $verbose = 1 if $DEBUG;
  42
  43 # tests for Graph's problematic articulation_points()
  44
  45 ok 1;
  46
  47 #
  48 # read old DIP format
  49 #
  50 my $io = Bio::Network::IO->new(
  51   -format => 'dip_tab',
  52   -file   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","tab1part.tab"),
  53   -threshold => 0.6);
  54 ok(defined $io);
  55 ok my $g1 = $io->next_network();
  56
  57 my @nodes = $g1->articulation_points();
  58 ok $#nodes, 12;
  59 my $nodes = $g1->articulation_points();
  60 ok $nodes, 13;
  61 #
  62 # test articulation_points, but first check that each Node
  63 # in network can load...
  64 #
  65 $io = Bio::Network::IO->new
  66 (-format => 'psi',
  67  -file   => Bio::Root::IO->catfile("t","data","bovin_small_intact.xml"));
  68 my $g = $io->next_network();
  69
  70 @nodes = $g->nodes;
  71 ok scalar @nodes, 23;
  72 foreach my $node (@nodes) {
  73         my @seqs = $nodes[0]->proteins;
  74         ok $seqs[0]->display_id;
  75 }
  76
  77 # ($ap, $bc, $br) = $g->biconnectivity;
  78
  79 @nodes = $g->articulation_points;
  80 ok scalar @nodes, 4; # OK, inspected in Cytoscape
  81
  82 my @eids = qw(EBI-307814 EBI-79764 EBI-620432 EBI-620400);
  83 my @seqs = $nodes[0]->proteins; # Node not always loaded
  84 my $id = $seqs[0]->display_id;
  85 ok grep /$id/, @eids;
  86 @seqs = $nodes[1]->proteins; # Node not always loaded
  87 $id = $seqs[0]->display_id;
  88 ok grep /$id/, @eids;
  89 @seqs = $nodes[2]->proteins; # Node not always loaded
  90 $id = $seqs[0]->display_id;
  91 ok grep /$id/, @eids;
  92 @seqs = $nodes[3]->proteins; # Node not always loaded
  93 $id = $seqs[0]->display_id;
  94 ok grep /$id/, @eids;
  95 #
  96 # additional articulation_points tests
  97 # arath_small-02.xml is PSI MI version 1.0
  98 #
  99 ok $io = Bio::Network::IO->new
 100   (-format => 'psi',
 101         -file   => Bio::Root::IO->catfile("t", "data", "arath_small-02.xml"));
 102 ok $g1 = $io->next_network();
 103 ok $g1->nodes, 73;
 104 ok $g1->interactions, 516;
 105 @nodes = $g1->articulation_points;
 106 ok scalar @nodes, 8;
 107 my @ids = qw(EBI-621930 EBI-622235 EBI-622281 EBI-622140
 108                           EBI-622382 EBI-622306 EBI-622264 EBI-622203 );
 109 for my $node (@nodes) {
 110         for my $prot ($node->proteins) {
 111                 my $id = $prot->display_id;
 112                 ok grep /$id/,@ids;
 113         }
 114 }
 115
 116 __END__
 117