t/Edge.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id: protgraph.t,v 1.1 2004/03/13 23:45:32 radams Exp
   4
   5 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $ERROR);
   6 use strict;
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
   8
   9 BEGIN {
  10         # to handle systems with no installed Test module
  11         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12         # as a fallback
  13         eval { require Test; };
  14         $ERROR = 0;
  15         if ( $@ ) {
  16                 use lib 't';
  17         }
  18         use Test;
  19         $NUMTESTS = 7;
  20         plan tests => $NUMTESTS;
  21         eval { require Graph; };
  22         if ($@) {
  23                 warn "Graph module needed for the bioperl-network package, skipping tests";
  24                 $ERROR = 1;
  25         }
  26 }
  27
  28 END {
  29         foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  30                 skip("Missing dependencies. Skipping tests",1);
  31         }
  32 }
  33
  34 exit 0 if $ERROR ==  1;
  35
  36 require Bio::Network::ProteinNet;
  37 require Bio::Network::Edge;
  38 require Bio::Network::Node;
  39 require Bio::Seq;
  40
  41 my $verbose = 0;
  42 $verbose = 1 if $DEBUG;
  43
  44 ok 1;
  45
  46 my $seq1 = Bio::Seq->new(-seq => "aaaaaaa");
  47 my $seq2 = Bio::Seq->new(-seq => "ttttttt");
  48 my $seq3 = Bio::Seq->new(-seq => "ccccccc");
  49
  50 my $node1 = Bio::Network::Node->new(-protein => $seq1);
  51 my $node2 = Bio::Network::Node->new(-protein => [($seq2,$seq3)]);
  52
  53 my $edge = Bio::Network::Edge->new(-nodes => [($node1,$node2)]);
  54 ok 1;
  55 my $count = $edge->nodes;
  56 ok $count, 2;
  57
  58 my @nodes = $edge->nodes;
  59 ok $#nodes, 1;
  60
  61 # suppose that it's possible to construct an Edge with 1 Node,
  62 # interacting with itself
  63 $edge = Bio::Network::Edge->new(-nodes => [($node1)]);
  64 ok 1;
  65 $count = $edge->nodes;
  66 ok $count, 1;
  67
  68 @nodes = $edge->nodes;
  69 ok scalar @nodes, 1;
  70
  71 __END__
  72