t/IO_psi25.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8         use Bio::Root::Test;
   9         test_begin(-tests => 9,
  10                            -requires_module => 'Graph',
  11                            -requires_module => 'XML::Twig');
  12
  13         use_ok('Bio::Network::IO');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 #
  19 # PSI XML from IntAct
  20 #
  21 ok my $io = Bio::Network::IO->new
  22   (-format  => 'psi25',
  23         -file    => test_input_file("human_small-01.xml"),
  24    -verbose => $verbose );
  25 ok my $g1 = $io->next_network();
  26 ok $g1->node_count == 646;
  27 # remember that interactions are only formed of pairs of nodes
  28 ok $g1->interactions == 439;
  29 #
  30 # PSI XML from MINT
  31 #
  32 ok $io = Bio::Network::IO->new
  33   (-format => 'psi25',
  34         -file   => test_input_file("Viruses.psi25.xml"),
  35    -verbose => $verbose );
  36 ok $g1 = $io->next_network();
  37 ok $g1->node_count == 521;
  38 ok $g1->interactions == 994;
  39
  40
  41 __END__