t/IO_psi10.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8         use Bio::Root::Test;
   9         test_begin(-tests => 22,
  10                            -requires_module => 'Graph',
  11                            -requires_module => 'XML::Twig');
  12
  13         use_ok('Bio::Network::IO');
  14         use_ok('Bio::Network::Node');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 #
  20 # PSI XML from DIP
  21 #
  22 ok my $io = Bio::Network::IO->new
  23   (-format => 'psi10',
  24         -file   => test_input_file("psi_xml.dat"));
  25 ok my $g1 = $io->next_network();
  26 is $g1->edge_count, 3;
  27 is $g1->node_count, 4;
  28 is $g1->is_connected, 1;
  29 my $n = $g1->get_nodes_by_id('O24853');
  30 my @proteins = $n->proteins;
  31 is $proteins[0]->species->node_name, "Helicobacter pylori 26695";
  32 is $proteins[0]->primary_seq->desc, "hypothetical HP0001";
  33 my @rts = $g1->articulation_points;
  34 is scalar @rts, 1; # correct, by inspection in Cytoscape
  35 @proteins = $rts[0]->proteins;
  36 my $seq = $proteins[0];
  37 is $seq->desc, "hypothetical HP0001"; # correct, by inspection in Cytoscape
  38
  39 #
  40 # PSI XML from IntAct
  41 #
  42 ok $io = Bio::Network::IO->new
  43   (-format => 'psi10',
  44         -file   => test_input_file("sv40_small.xml"));
  45 ok $g1 = $io->next_network();
  46 is $g1->edge_count, 3;
  47 is $g1->node_count, 5;
  48 is $g1->is_connected, "";
  49
  50 $n = $g1->get_nodes_by_id("P03070");
  51 @proteins = $n->proteins;
  52 is $proteins[0]->species->scientific_name, "Simian virus 40";
  53 is $proteins[0]->primary_seq->desc, "Large T antigen";
  54
  55 my @components = $g1->connected_components;
  56 is scalar @components, 2;
  57
  58 # there was an intermittent bug in articulation_points() here
  59 # but not in the invocation above, this appears to be fixed
  60 # in Graph v. .86
  61 @rts = $g1->articulation_points;
  62 is scalar @rts, 1;
  63 @proteins = $rts[0]->proteins;
  64 $seq = $proteins[0];
  65 is $seq->desc, "Erythropoietin receptor precursor";
  66
  67 #
  68 # GO terms
  69 #
  70 $n = $g1->get_nodes_by_id("EBI-474016");
  71 @proteins = $n->proteins;
  72
  73 #
  74 # PSI XML from HPRD
  75 #
  76 # The individual files from HPRD are not standard PSI, problems parsing them
  77 ok $io = Bio::Network::IO->new
  78   (-format => 'psi10',
  79         -file   => test_input_file("00001.xml"));
  80 # ok $g1 = $io->next_network();
  81
  82 __END__
  83