t/IO_dip_tab.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8         use Bio::Root::Test;
   9         test_begin(-tests => 17,
  10                            -requires_module => 'Graph');
  11
  12         use_ok('Bio::Network::IO');
  13         use_ok('Bio::Seq');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 #
  19 # read new DIP format
  20 #
  21 my $io = Bio::Network::IO->new(
  22     -format => 'dip_tab',
  23     -file   => test_input_file("tab4part.tab"));
  24 my $g1 = $io->next_network();
  25 ok $g1->edges == 5;
  26 ok $g1->vertices == 7;
  27 #
  28 # read old DIP format
  29 #
  30 $io = Bio::Network::IO->new(
  31   -format => 'dip_tab',
  32   -file   => test_input_file("tab1part.tab"),
  33   -threshold => 0.6);
  34 ok(defined $io);
  35 ok $g1 = $io->next_network();
  36 ok my $node = $g1->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  37 my @proteins = $node->proteins;
  38 ok $proteins[0]->accession_number, 'PIR:A64696';
  39 my %ids = $g1->get_ids_by_node($node);
  40 my $x = 0;
  41 my @ids = qw(A64696 2314583 3053N);
  42 for my $k (keys %ids) {
  43         ok $ids{$k} eq $ids[$x++];
  44 }
  45 #
  46 # test write to filehandle...
  47 #
  48 my $out_file = test_output_file();
  49 my $out =  Bio::Network::IO->new(
  50   -format => 'dip_tab',
  51   -file   => ">".$out_file);
  52 ok(defined $out);
  53 ok $out->write_network($g1);
  54 #
  55 # can we round trip, is the output the same as original format?
  56 #
  57 my $io2 = Bio::Network::IO->new(
  58   -format   => 'dip_tab',
  59   -file     => $out_file);
  60 ok defined $io2;
  61 ok      my $g2 = $io2->next_network();
  62 ok $node = $g2->get_nodes_by_id('PIR:A64696');
  63 @proteins = $node->proteins;
  64 ok $proteins[0]->accession_number eq 'PIR:A64696';
  65
  66 __END__
  67