t/Graph-Seq.t

   1 # This is -*-Perl-*- code#
   2 # Bioperl Test Harness Script for Modules#
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8         use Bio::Root::Test;
   9         test_begin(-tests => 21,
  10                            -requires_module => 'Graph');
  11
  12         use_ok('Graph::Undirected');
  13         use_ok('Graph::Traversal::DFS');
  14         use_ok('Bio::Seq');
  15
  16 }
  17
  18 #
  19 # The purpose of these tests is to check to see if bugs have been
  20 # fixed in Perl's Graph, particularly if refvertexed == 1
  21 #
  22 my $g = Graph::Undirected->new(refvertexed => 1);
  23
  24 ok 1;
  25
  26 my $seq1 = Bio::Seq->new(-seq => "aaaaaaa");
  27 my $seq2 = Bio::Seq->new(-seq => "ttttttt");
  28 my $seq3 = Bio::Seq->new(-seq => "ccccccc");
  29 my $seq4 = Bio::Seq->new(-seq => "ggggggg");
  30
  31 $g->add_vertices($seq1,$seq2,$seq3,$seq4);
  32 $g->add_edges([$seq1,$seq2],[$seq3,$seq4],[$seq3,$seq2]);
  33
  34 my @vs = $g->vertices;
  35 ok $vs[0]->seq;
  36
  37 my $c = $g->complete;
  38 @vs = $c->vertices;
  39 ok $vs[0]->seq;
  40
  41 my $comp = $g->complement;
  42 @vs = $comp->vertices;
  43 ok $vs[0]->seq;
  44
  45 @vs = $g->interior_vertices;
  46 ok $vs[0]->seq;
  47
  48 my $apsp = $g->APSP_Floyd_Warshall;
  49 @vs = $apsp->path_vertices($seq1,$seq4);
  50 ok $vs[0]->seq;
  51
  52 my $seq = $g->random_vertex;
  53 ok $seq->seq;
  54
  55 my $t = Graph::Traversal::DFS->new($g);
  56 $t->dfs;
  57 @vs = $t->seen;
  58 for my $seq (@vs) {
  59         ok $seq->seq;
  60 }
  61
  62 # Fixed in Graph .86
  63 @vs = $g->articulation_points;
  64 ok $vs[0]->seq; # not OK in Graph v. .80
  65 ok scalar @vs == 2;
  66
  67 my @cc = $g->connected_components;
  68 for my $ref (@cc) {
  69         for my $seq (@$ref) {
  70                 ok $seq->seq;
  71         }
  72 }
  73
  74 my @bs = $g->bridges;
  75 ok $bs[0][0]->seq;
  76
  77 my $cg = $g->connected_graph;
  78 @vs = $cg->vertices;
  79 # ok $vs[0]->seq; incorrect usage
  80
  81 my @spd = $g->SP_Dijkstra($seq1,$seq4);
  82
  83 my @spbf = $g->SP_Bellman_Ford($seq1,$seq4);
  84
  85 __END__