update Changes (first of a few)
[bioperl-live.git] / t / data / 
tree7477ee9664b960cd0aa8d28b078978bafdee84a1
drwxr-xr-x   ..
-rw-r--r-- 3614 01_basic.xml
-rw-r--r-- 4258 02_dogfish_dict_cdao_lsid_taxrefs.xml
-rw-r--r-- 3988 02_dogfish_no_taxrefs.xml
-rw-r--r-- 4106 02_dogfish_rdfa_2_cdao_lsid_taxrefs.xml
-rw-r--r-- 4311 02_dogfish_rdfa_tdwg_lsid_taxrefs.xml
-rw-r--r-- 4078 02_mackerel_dict_cdao_lsid_taxrefs.xml
-rw-r--r-- 3818 02_mackerel_no_taxrefs.xml
-rw-r--r-- 3938 02_mackerel_rdfa_2_cdao_lsid_taxrefs.xml
-rw-r--r-- 4158 02_mackerel_rdfa_tdwg_lsid_taxrefs.xml
-rw-r--r-- 4081 03_bootstraps.xml
-rw-r--r-- 3982 03_bootstraps_in_tag.xml
-rw-r--r-- 3702 04_labeled_ancestors.xml
-rw-r--r-- 4637 05_ancestral_states.xml
-rw-r--r-- 187046 13-pilE-F.scf
-rw-r--r-- 326268 1A11.pdb
-rw-r--r-- 36774 1A3I.pdb
-rwxr-xr-x 48762 1BPT.pdb
-rwxr-xr-x 1980068 1ZZ19XR301R-Alignment.tblastn
-rw-r--r-- 670 2008.blasttable
-rw-r--r-- 9466 27-contig_Newbler.ace
-rw-r--r-- 1002 503384.MEGABLAST.0
-rw-r--r-- 33771 503384.MEGABLAST.2
-rw-r--r-- 76371 5X_1895.FASTXY
-rw-r--r-- 150984 8HVP.pdb
-rw-r--r-- 561 AAC12660.fa
-rw-r--r-- 7473 AB077698.gb
-rw-r--r-- 8068 AE003528_ecoli.bls
-rw-r--r-- 363286 AE003644_Adh-genomic.gb
-rw-r--r-- 2542 AF032047.gbk
-rw-r--r-- 3088 AF165282.gb
-rw-r--r-- 5289 AF222649-rc.gbk
-rw-r--r-- 3753 AF305198.gb
-rw-r--r-- 3775 AHCYL1.kegg
-rw-r--r-- 180554 ATF14F8.gbk
-rw-r--r-- 7132 AY095303S1.gbk
-rw-r--r-- 3377 AY763288.gb
-rw-r--r-- 24552 AnnIX-v003.gbk
-rw-r--r-- 1813 BAB68554.gb
-rw-r--r-- 7068 BC000007.gbk
-rw-r--r-- 1411 BEL16-LTR_AG.embl
-rw-r--r-- 4001 BK000016-tpa.gbk
-rw-r--r-- 2122 BLOSUM50
-rw-r--r-- 15572 BN000066-tpa.embl
-rw-r--r-- 6087 BOSS_DROME.FASTP_v35_04
-rw-r--r-- 15145 Bird_Ovomucoids.nex
-rw-r--r-- 8063 CG11099.fasaln
-rw-r--r-- 7991 CG2865.fasaln
-rw-r--r-- 252800 D10483.gbk
-rw-r--r-- 1918 D12555.gbk
-rw-r--r-- 3019 DQ018368.gb
-rw-r--r-- 246524 ECAPAH02.embl
-rw-r--r-- 4341 EG352462.gbxml
-rw-r--r-- 543 ENr111.mfa.example.elems
-rw-r--r-- 117125 Fang_2003.xml
-rw-r--r-- 1607 GO.defs.test
-rw-r--r-- 944 GO.defs.test2
-rw-r--r-- 1117 Genscan.FastA
-rw-r--r-- 22470 Glimmer2.out
-rw-r--r-- 13427 Glimmer3.detail
-rw-r--r-- 1088 Glimmer3.predict
-rw-r--r-- 11277 GlimmerHMM.out
-rw-r--r-- 2075 GlimmerM.out
-rw-r--r-- 4383 HM138502.gbk
-rw-r--r-- 144675 HUMBETGLOA.FASTA
-rw-r--r-- 3117 HUMBETGLOA.fa
-rw-r--r-- 380 HUMBETGLOA.gff
-rw-r--r-- 5000 HUMBETGLOA.grail
-rw-r--r-- 2080 HUMBETGLOA.grailexp
-rw-r--r-- 429 HUMBETGLOA.mzef
-rw-r--r-- 11333 HUMBETGLOA.tblastx
-rw-r--r-- 4675 KF527485.gbk
-rw-r--r-- 102329 Kingdoms_DNA.nex
-rw-r--r-- 2471 L77119.hmmer
-rw-r--r-- 809 LOAD_Ccd1.dnd
-rw-r--r-- 16748 LittleChrY.dbsnp.xml
-rw-r--r-- 6530 M0.mlc
-rw-r--r-- 6614 M12730.gb
-rwxr-xr-x 5291 MSGEFTUA.gb
-rw-r--r-- 3021 Mcjanrna_rdbII.gbk
-rw-r--r-- 3940 MmCT
-rw-r--r-- 4082255 NC_000007-ribosomal-slippage.gb
-rw-r--r-- 604326 NC_001284.gbk
-rw-r--r-- 25452 NC_002058_multDBLINK_bug3375.gb
-rw-r--r-- 2895 NC_006346.gb
-rw-r--r-- 6339 NC_006511-short.gbk
-rw-r--r-- 11599 NC_008536.gb
-rw-r--r-- 10385 NM_002254.gb
-rw-r--r-- 16510 NT_021877.gbk
-rw-r--r-- 3122 ORTHOMCL2345.cluster.aa.fa.aln.aa.phy.txt
-rw-r--r-- 6191 O_sat.wgs
-rw-r--r-- 28890 P33897
-rw-r--r-- 14348 P35527.gb
-rw-r--r-- 19690 P39765.gb
-rw-r--r-- 2068 PAM250
-rw-r--r-- 23264 PX1CG.gb
-rw-r--r-- 31326 Primate_mtDNA.nex
-rw-r--r-- 2175 Q8GBD3.swiss
-rw-r--r-- 20211 Rab1.chaos-xml
-rw-r--r-- 31312 SPAN_Family4nl.nex
-rw-r--r-- 113964 SPAN_Family7n.nex
-rw-r--r-- 10585 SPAN_Family8a.nex
-rw-r--r-- 2063 SwissProt.dat
-rw-r--r-- 21454 T7.aln
-rw-r--r-- 14735 Treebase-chlamy-dna.nex
-rw-r--r-- 65632 U58726.gb
-rw-r--r-- 3189 U71225.gb
-rw-r--r-- 3189 U71225.gb.mac
-rw-r--r-- 3189 U71225.gb.unix
-rw-r--r-- 3247 U71225.gb.win
-rw-r--r-- 4316 U83300.bsml
-rw-r--r-- 95062 UnaSmithHIV-both.nex
-rw-r--r-- 5724 X98338_Adh-mRNA.gb
-rw-r--r-- 4696 YP_007988852.gp
-rw-r--r-- 912898 ZABJ4EA7014.CH878695.1.blast.txt
-rw-r--r-- 15630 a_thaliana.blastn
-rw-r--r-- 3670 aaml.mlc
-rw-r--r-- 3253 aaml_pairwise.mlc
-rwxr-xr-x 341980 acefile.ace.1
-rwxr-xr-x 67580 acefile.singlets
-rw-r--r-- 17058 adh.mb_tree.nexus
-rw-r--r-- 174 alleles.fas
-rw-r--r-- 294 alnfile.fasta
-rw-r--r-- 446 amino.fa
-rw-r--r-- 198 amphora.newick
-rw-r--r-- 7664 ar.embl
-rw-r--r-- 28584 assembly_with_singlets.ace
-rw-r--r-- 82659 atp1.matrix
-rw-r--r-- 3434 ay007676.gb
-rw-r--r-- 2327 ay116458.gb
-rw-r--r-- 2206 ay149291.gb
drwxr-xr-x - bad_dbfa
-rw-r--r-- 1045 badfasta.fa
-rw-r--r-- 65011 barns-combined.nex
-rw-r--r-- 929 baseml.pairwise
-rw-r--r-- 1209 baseml.usertree
-rw-r--r-- 448 basic-bush.nex
-rw-r--r-- 438 basic-ladder.nex
drwxr-xr-x - biodbgff
-rw-r--r-- 19544 biofpc.cor
-rw-r--r-- 78279 biofpc.fpc
-rw-r--r-- 8300 biorecipe.nhx
-rw-r--r-- 2942 bl2seq+.blastn
-rw-r--r-- 1487 bl2seq.blastn
-rw-r--r-- 1270 bl2seq.blastn.rev
-rw-r--r-- 2899 bl2seq.blastx.out
-rw-r--r-- 6327 bl2seq.bug940.out
-rw-r--r-- 2219 bl2seq.out
-rw-r--r-- 1886 bl2seq.tblastn.out
-rw-r--r-- 13790 bl2seq.tblastx.out
-rw-r--r-- 22211 blast.report
-rw-r--r-- 1318 blast_no_hit_desc.txt
-rw-r--r-- 3002 blast_plus.blastp
-rw-r--r-- 7042 blastp2215.blast
-rw-r--r-- 637 blat.psLayout3
-rw-r--r-- 2072 blosum62.bla
-rw-r--r-- 42 bootstrap.tre
-rw-r--r-- 5529 branchSite.mlc
-rw-r--r-- 8893 brassica_ATH.WUBLASTN
-rw-r--r-- 47696 bug1986.blast2
-rw-r--r-- 5059 bug1986.blastp
-rw-r--r-- 13984 bug2120.phd
-rw-r--r-- 1793 bug2246.blast
-rw-r--r-- 1261 bug2391.megablast
-rw-r--r-- 41767 bug2399.tblastn
-rw-r--r-- 1136 bug2453.maf
-rw-r--r-- 2206 bug2473.fasta
-rw-r--r-- 11676 bug2862.pmr
-rw-r--r-- 2991 bug2869.tree
-rw-r--r-- 239 bug2901.fa
-rw-r--r-- 4006 bug2937.fasta
-rwxr-xr-x 19093 bug2942.blastx
-rw-r--r-- 37229 bug2982.embl
-rwxr-xr-x 3394 bug2982.gb
-rw-r--r-- 1703 bug3021.gmap
-rw-r--r-- 4054 bug3086.embl
-rw-r--r-- 6559 bug3331.mlc
-rw-r--r-- 21507 c200-vs-yeast.BLASTN
-rw-r--r-- 732 c200-vs-yeast.BLASTN.m8
-rw-r--r-- 12611 calm.swiss
-rw-r--r-- 21968 catalase-webblast.BLASTP
-rw-r--r-- 15377 cds-266.fas
-rw-r--r-- 1518 cds_sample.embl
-rw-r--r-- 80606 chad100.scf
-rw-r--r-- 548 char-interleave.nex
-rw-r--r-- 496 char-matrix-spaces.nex
-rw-r--r-- 23742 characters+trees.nexml.xml
-rw-r--r-- 21273 characters.nexml.old.xml
-rw-r--r-- 17219 cmsearch.multi.out
-rw-r--r-- 2227 cmsearch.nohit.out
-rw-r--r-- 8033 cmsearch_output.txt
-rw-r--r-- 13018 codeml.mlc
-rw-r--r-- 6080 codeml315.mlc
-rw-r--r-- 20202 codeml4.mlc
-rw-r--r-- 20264 codeml43.mlc
-rw-r--r-- 11329 codeml43_nssites.mlc
-rw-r--r-- 37150 codeml45.mlc
-rw-r--r-- 37096 codeml45b.mlc
drwxr-xr-x - codeml_lysozyme
-rw-r--r-- 10521 codeml_nan.mlc
-rw-r--r-- 22148 codeml_nssites.mlc
-rw-r--r-- 851 compLD_missingtest.prettybase
-rwxr-xr-x 302 compLD_test.prettybase
-rw-r--r-- 2591 component.ontology.test
-rw-r--r-- 442 component.ontology.test2
drwxr-xr-x - consed_project
-rwxr-xr-x 5487 contig-by-hand.wublastp
-rw-r--r-- 25702 contigspectrumtest.tigr
-rw-r--r-- 959 crab.dat.cn
-rw-r--r-- 908 crab.nj
-rw-r--r-- 1146 crab.njb
-rw-r--r-- 117 crypto.sim4-0
-rw-r--r-- 930 crypto.sim4-3
-rw-r--r-- 1152 crypto.sim4-4
-rw-r--r-- 185044 ctgdemo.fpc
-rw-r--r-- 5973 cys1_dicdi.water
-rwxr-xr-x 2516 cysprot.fa
-rw-r--r-- 4476 cysprot.msf
-rw-r--r-- 2183 cysprot.needle
-rw-r--r-- 23066 cysprot.tblastn
-rw-r--r-- 2177 cysprot.water
-rw-r--r-- 13870 cysprot1.FASTA
-rw-r--r-- 360 cysprot1.fa
-rw-r--r-- 1097 cysprot1a.fa
-rw-r--r-- 1931 cysprot1a.msf
-rw-r--r-- 1418 cysprot1b.fa
-rw-r--r-- 8627 cysprot1b.hmmsearch
-rw-r--r-- 2469 cysprot1b.msf
-rw-r--r-- 93 cysprot1b.newick
-rw-r--r-- 42909 cysprot_vs_gadfly.FASTA
drwxr-xr-x - dbfa
drwxr-xr-x - dbqual
-rw-r--r-- 124825 dcr1_sp.WUBLASTP
-rw-r--r-- 28538 dmel_2Lchunk.gb
-rw-r--r-- 220 dna1.fa
-rw-r--r-- 581 dna2.fa
-rw-r--r-- 650 dnaE-bsub-prot.fa
-rw-r--r-- 2117 dnaE-bsub.fa
-rw-r--r-- 6127 dnaEbsub_ecoli.wublastx
-rw-r--r-- 4428 dnaEbsub_ecoli.wutblastn
-rw-r--r-- 8487 dnaEbsub_ecoli.wutblastx
-rw-r--r-- 2364 dq519393.gb
-rw-r--r-- 14320 echofilter.wublastn
-rw-r--r-- 26165 ecoli-trna-qrna.out
-rw-r--r-- 5840 ecoli_domains.rpsblast
-rw-r--r-- 11275 ecolitst.bls
-rw-r--r-- 932 ecolitst.fa
-rw-r--r-- 3151 ecolitst.noseqs.wublastp
-rw-r--r-- 13047 ecolitst.wublastp
-rw-r--r-- 645 empty.bl2seq
-rw-r--r-- 743010 entrezgene.dat
-rw-r--r-- 169091 entrezgene_bug3453.dat
-rw-r--r-- 1324 ex1.nucl.nhx
-rw-r--r-- 16737 example.hap
-rw-r--r-- 111 example.phase
-rw-r--r-- 1502 example.vcf
-rw-r--r-- 3283 exonerate.output.dontwork
-rw-r--r-- 426 exonerate.output.negativescore.works
-rw-r--r-- 6056 exonerate.output.works
-rw-r--r-- 6057 exonerate.whitespace_before_query.works
-rw-r--r-- 1802 expected.blast.out
-rw-r--r-- 6466 exsignalp.out
-rw-r--r-- 21446 factor7.embl
drwxr-xr-x - fastq
-rw-r--r-- 3640 fgenesh.out
-rw-r--r-- 14410 footprinter.out
-rw-r--r-- 28 forward_primer.fa
-rw-r--r-- 50 forward_reverse_primers.fa
-rw-r--r-- 21114 frac_problems.blast
-rw-r--r-- 10923 frac_problems2.blast
-rw-r--r-- 6583 frac_problems3.blast
-rw-r--r-- 1833 geneid_1.0.out
-rw-r--r-- 518 genemark-fragment.out
-rw-r--r-- 6774 genemark.out
-rw-r--r-- 15953 genewise.out
-rw-r--r-- 5193 genewise_output.paracel_btk
-rw-r--r-- 333 genomewise.out
-rw-r--r-- 571 genomic-seq.epcr
-rw-r--r-- 171524 genomic-seq.fasta
-rw-r--r-- 12795 genomic-seq.genscan
-rw-r--r-- 1772 genomic-seq.mzef
-rw-r--r-- 2826 gf-s71.needle
-rw-r--r-- 4371 glimmer3-fragment.detail
-rw-r--r-- 285 glimmer3-fragment.predict
-rw-r--r-- 2848296 gmap_f9-multiple_results.txt
-rw-r--r-- 180568 gmap_f9-reverse-strand.txt
-rw-r--r-- 177605 gmap_f9.txt
-rw-r--r-- 435 headerless.psl
-rw-r--r-- 1553 hg16_chroms.gff
-rw-r--r-- 1977 hmmpfam.out
-rw-r--r-- 3724 hmmpfam_HSPdashline.txt
-rw-r--r-- 29028 hmmpfam_cs.out
-rwxr-xr-x 2712 hmmpfam_fake.out
-rw-r--r-- 4937 hmmpfam_multiresult.out
-rw-r--r-- 11990 hmmscan.out
-rw-r--r-- 7023 hmmscan_multi_domain.out
-rw-r--r-- 3943 hmmscan_qry_stop.txt
-rw-r--r-- 7670 hmmscan_sec_struct.out
-rwxr-xr-x 152396 hmmsearch.out
-rw-r--r-- 1247 hmmsearch3.out
-rw-r--r-- 14243 hmmsearch3_multi.out
-rw-r--r-- 970 hs_est.est2genome
-rw-r--r-- 58 hs_fugu.newick
-rw-r--r-- 821 hs_owlmonkey.aln
-rw-r--r-- 387 hs_owlmonkey.fas
-rw-r--r-- 416 hs_owlmonkey.fasta
-rw-r--r-- 19197 hsinsulin.blastcl3.blastn
-rw-r--r-- 33913 humor.maf
-rw-r--r-- 2030 humts1.pal
-rw-r--r-- 525 hybrid2.gff3
-rw-r--r-- 3122 ids-with-spaces.phy
-rw-r--r-- 2056 in.fasta
-rw-r--r-- 1481 insulin.water
-rw-r--r-- 154646 interpro.xml
-rw-r--r-- 1683 interpro_ebi.xml
-rw-r--r-- 462281 interpro_relationship.xml
-rw-r--r-- 61095 interpro_sample.xml
-rw-r--r-- 33750 interpro_short.xml
-rw-r--r-- 547 intrablock-comment.nex
-rw-r--r-- 1086 little.largemultifasta
-rw-r--r-- 615 long-names.nex
-rw-r--r-- 8483 longnames.aln
-rw-r--r-- 405 longnames.dnd
-rw-r--r-- 65 lucy.info
-rw-r--r-- 2752 lucy.qual
-rw-r--r-- 1109 lucy.seq
-rw-r--r-- 64 lucy.stderr
-rw-r--r-- 8937 lysozyme6.protml
-rw-r--r-- 296 lysozyme6.simple.protml
drwxr-xr-x - map_hem
-rw-r--r-- 1490 mapmaker.out
-rw-r--r-- 508 mapmaker.txt
-rw-r--r-- 167175 mast.dat
-rwxr-xr-x 2011 masta.dat
-rwxr-xr-x 986958 match.output
drwxr-xr-x - mbsout
-rw-r--r-- 4000 megablast_output.paracel_btk
-rw-r--r-- 22246 meme.dat
-rw-r--r-- 3038 mini-AE001405.gb
-rw-r--r-- 355 mini-align.aln
-rwxr-xr-x 112490 mixedmast.dat
-rw-r--r-- 4550 mpath.ontology.test
drwxr-xr-x - msout
-rw-r--r-- 35616 multi.blast.m8
-rw-r--r-- 36880 multi.blast.m9
-rw-r--r-- 15255 multi.phd
-rw-r--r-- 911 multi_1.fa
-rw-r--r-- 911 multi_2.fa
-rw-r--r-- 107694 multi_blast.bls
-rw-r--r-- 703 multifa.seq
-rwxr-xr-x 1739 multifa.seq.qual
-rw-r--r-- 590 multiline-intrablock-comment.nex
-rw-r--r-- 19244 multiresult_blastn+.bls
-rw-r--r-- 13868 multiseq.bls
-rw-r--r-- 19475 multiseq_tags.phd
-rw-r--r-- 12924 mutations.dat
-rw-r--r-- 12924 mutations.old.dat
-rw-r--r-- 17209 mutations.old.xml
-rw-r--r-- 17195 mutations.xml
-rw-r--r-- 45164 myco_sites.gff
-rw-r--r-- 537 nei_gojobori_test.aln
-rw-r--r-- 129 neighbor.dist
-rw-r--r-- 5208 new_blastn.txt
drwxr-xr-x - nexml
-rw-r--r-- 3577 nhmmer-3.1.out
-rw-r--r-- 1079 nhx-bacteria.nhx
-rwxr-xr-x 467 no-genes.genscan
-rw-r--r-- 14368 no_FH.embl
-rw-r--r-- 18517 no_cds_example.gb
-rw-r--r-- 35592 no_hsps.blastp
-rw-r--r-- 57 no_semicolon.newick
-rw-r--r-- 1602 noninterleaved.phy
-rw-r--r-- 234 nucmatrix.txt
-rw-r--r-- 15903 omim_genemap_test
-rw-r--r-- 15902 omim_genemap_test_nolinebreak
-rw-r--r-- 3414 omim_text_test
-rw-r--r-- 8483 pep-266.aln
-rw-r--r-- 1621 pfamOutput-bug3376.out
-rw-r--r-- 15018 pfam_tests.stk
-rw-r--r-- 14234 phi.out
-rw-r--r-- 184937 phipsi.out
-rw-r--r-- 12224 phmmer.out
-rw-r--r-- 12759 phylipdist-36.out
-rw-r--r-- 301 phylipdist.out
-rw-r--r-- 15291 phyloxml_examples.xml
-rw-r--r-- 224 pictogram.fa
-rw-r--r-- 2564 polymorphism.dat
-rw-r--r-- 3513 polymorphism.old.xml
-rw-r--r-- 3512 polymorphism.xml
-rw-r--r-- 588 popgen_saureus.dat
-rw-r--r-- 1299 popgen_saureus.multidat
-rw-r--r-- 274 popstats.prettybase
-rw-r--r-- 9063 pre_rel9.swiss
-rw-r--r-- 229 primedseq.fa
-rwxr-xr-x 2475 primer3_infile.txt
-rwxr-xr-x 4873 primer3_outfile.txt
-rw-r--r-- 10777 primer3_output.txt
-rw-r--r-- 27198 prints.out
-rw-r--r-- 775 promoterwise.out
-rw-r--r-- 21357 protpars.phy
-rw-r--r-- 443 protpars_longid.phy
-rw-r--r-- 289 pseudowise.out
-rw-r--r-- 4100 psi_xml.dat
-rw-r--r-- 347612 psiblastreport.out
-rw-r--r-- 9942 purine_v081.infernal
-rw-r--r-- 331 puzzle.tre
-rw-r--r-- 2961 qrna-relloc.out
-rwxr-xr-x 15726 qualfile.qual
-rw-r--r-- 469 quoted-strings1.nex
-rw-r--r-- 469 quoted-strings2.nex
-rw-r--r-- 841 radical-whitespace.nex
-rw-r--r-- 863 radical-whitespace_02.nex
-rw-r--r-- 990 rebase.itype2
-rw-r--r-- 10405 rebase.withrefm
-rw-r--r-- 15067 reference_ace.ace
drwxr-xr-x - registry
-rw-r--r-- 7580 regulation_test.obo
-rw-r--r-- 9100 rel9.swiss
-rw-r--r-- 1894 repeatmasker.fa.out
-rw-r--r-- 92443 revcomp_mrna.gb
-rw-r--r-- 22534 rfam_tests.stk
-rw-r--r-- 25127 ribosome-slippage.gb
-rw-r--r-- 22984 roa1.dat
-rw-r--r-- 9084 roa1.gbxml
-rw-r--r-- 4322 roa1.genbank
-rw-r--r-- 12559 roa1.swiss
-rw-r--r-- 4551 roa1_v2.dat
-rw-r--r-- 5675 rpsblast.bls
-rw-r--r-- 1411 rpsblast_no_hits.bls
-rw-r--r-- 69575 sample_dataset.tigr
-rw-r--r-- 753 sbay_c127.fas
-rw-r--r-- 11819 sbay_c545-yeast.BLASTZ.PSL
-rw-r--r-- 198 seg.out
-rw-r--r-- 58 semicolon.newick
-rwxr-xr-x 300 seqdatabase.ini
drwxr-xr-x - seqfeaturedb
-rw-r--r-- 1114 seqfile.pir
-rw-r--r-- 911 seqs.fas
-rw-r--r-- 37876 sequencefamily.dat
-rw-r--r-- 1194 seqxml.xml
-rw-r--r-- 15558 short.blx
-rw-r--r-- 466 signalp.hmm.short
-rw-r--r-- 3302 signalp.hmm.summary
-rw-r--r-- 6648 signalp.negative.out
-rw-r--r-- 923 signalp.nn.short
-rw-r--r-- 4511 signalp.nn.summary
-rw-r--r-- 6724 signalp.positive.out
-rw-r--r-- 1405 signalp.short
-rw-r--r-- 6486 signalp.summary
-rw-r--r-- 362 sim4.for.for
-rw-r--r-- 198 sim4.for.rev
-rw-r--r-- 423 sim4.rev
-rw-r--r-- 6865 singleNSsite.mlc
-rw-r--r-- 2928 singlescore.gbk
-rw-r--r-- 4841 singlet_w_CT.ace
-rw-r--r-- 220907 so.obo
-rw-r--r-- 3978 sofa.ontology
-rw-r--r-- 638 sp_subset.obo
-rw-r--r-- 13291 spaced_fasta.fa
-rw-r--r-- 469 spaces.nex
-rw-r--r-- 1614 sparsealn.needle
-rw-r--r-- 154 spidey.noalignment
-rw-r--r-- 6187 spidey.test1
-rw-r--r-- 44302 sprintf.rnamotif
-rw-r--r-- 8998 ssp160.embl.1
-rw-r--r-- 19728 sv40_small.xml
-rw-r--r-- 37876 swiss.dat
-rw-r--r-- 1119 swisspfam.data
-rw-r--r-- 6846 tab1part.mif
-rw-r--r-- 234 tab2part.mif
-rw-r--r-- 1648 tab3part.mif
-rw-r--r-- 629 tandem_repeats_finder.dat
-rw-r--r-- 200 tandem_repeats_finder.noresults
-rw-r--r-- 582 tandem_repeats_finder_no_desc.dat
-rw-r--r-- 1933 targetp.out
drwxr-xr-x - taxdump
drwxr-xr-x - taxonomy
-rw-r--r-- 2849 tblastn.out
-rw-r--r-- 573 test 2.txt
-rw-r--r-- 28 test-1.tab
-rw-r--r-- 370 test-1.tab.gb
-rw-r--r-- 22246 test-3.0-1.meme
-rw-r--r-- 19462 test-3.0-2.meme
-rw-r--r-- 170661 test-4.9.meme
-rw-r--r-- 159873 test.abi
-rw-r--r-- 1141 test.ace
-rw-r--r-- 22397 test.bam
-rw-r--r-- 31347 test.bowtie
-rw-r--r-- 6774 test.cns.fastq
-rw-r--r-- 43985 test.ctf
-rw-r--r-- 13576 test.embl
-rw-r--r-- 13583 test.embl2sq
-rw-r--r-- 4584 test.exp
-rw-r--r-- 804 test.fasta
-rw-r--r-- 2722 test.fastq
-rw-r--r-- 45268 test.game
-rw-r--r-- 593 test.gcg
-rw-r--r-- 3801 test.gcgblast
-rw-r--r-- 11212 test.gcgfasta
-rw-r--r-- 15971 test.genbank
-rw-r--r-- 10044 test.genbank.noseq
-rw-r--r-- 8334 test.infernal
-rw-r--r-- 11267 test.interpro
-rw-r--r-- 6727 test.interpro-go.xml
-rw-r--r-- 888 test.lasergene
-rw-r--r-- 8086 test.locuslink
-rw-r--r-- 72806 test.maq
-rw-r--r-- 217 test.metafasta
-rw-r--r-- 107 test.nh
-rw-r--r-- 408 test.nhx
-rwxr-xr-x 7803 test.phd
-rw-r--r-- 802 test.pir
-rw-r--r-- 1125 test.pln
-rw-r--r-- 518 test.raw
-rw-r--r-- 33363 test.ref.fas
-rw-r--r-- 2845 test.swiss
-rw-r--r-- 740 test.tab
-rw-r--r-- 3226 test.tigrxml
-rw-r--r-- 6363 test.tseq
-rw-r--r-- 30240 test.tsv
-rw-r--r-- 573 test.txt
-rw-r--r-- 53875 test.waba
-rw-r--r-- 47616 test.xls
-rw-r--r-- 30251 test.ztr
-rw-r--r-- 896 test1.blasttab3
-rw-r--r-- 3255 test1.wublastp
-rw-r--r-- 3028 test2.infernal
-rw-r--r-- 365 test2.raw
-rw-r--r-- 371 test_badlf.gcg
-rw-r--r-- 234 test_clear_range.fastq
-rw-r--r-- 400 test_data.axt
-rw-r--r-- 6774 test_singlets.cns.fastq
-rw-r--r-- 37298 test_singlets.maq
-rw-r--r-- 445 test_space.embl
-rw-r--r-- 25837 testaln.arp
-rw-r--r-- 4296 testaln.clustalw
-rw-r--r-- 4649 testaln.fasta
-rw-r--r-- 2722 testaln.fastq
-rw-r--r-- 57 testaln.list
-rw-r--r-- 1003 testaln.mase
-rw-r--r-- 1391 testaln.mega
-rw-r--r-- 145 testaln.metafasta
-rw-r--r-- 7252 testaln.msf
-rw-r--r-- 555 testaln.nexus
-rw-r--r-- 4208 testaln.pfam
-rw-r--r-- 259 testaln.phylip
-rw-r--r-- 12505 testaln.po
-rw-r--r-- 4653 testaln.prodom
-rw-r--r-- 66201 testaln.psi
-rw-r--r-- 4825 testaln.selex
-rw-r--r-- 19929 testaln.stockholm
-rw-r--r-- 2163 testaln.xmfa
-rw-r--r-- 1155 testaln2.arp
-rw-r--r-- 6342 testaln2.fasta
-rw-r--r-- 3167 testdat.exonerate
-rw-r--r-- 4282 testdata.crossmatch
-rw-r--r-- 14206 testdbaccnums.out
-rw-r--r-- 852 testfile.erpin
-rw-r--r-- 3379 testfuzzy.genbank
-rw-r--r-- 109 tiny.stk
-rw-r--r-- 549 tmhmm.out
-rw-r--r-- 600 tmp.fst
-rw-r--r-- 3096303 tol-2010-02-18.nhx
-rw-r--r-- 369 traits.tab
-rw-r--r-- 212 traittree.nexus
-rw-r--r-- 2403 transfac.dat
drwxr-xr-x - transfac_pro
-rw-r--r-- 287 tree_nonewline.nexus
-rw-r--r-- 4552 trees.nexml.old.xml
-rw-r--r-- 3034 tricky.wublast
-rw-r--r-- 19953 trna.strict.rnamotif
-rw-r--r-- 8562 unigene.data
-rw-r--r-- 1067 urease.tre.nexus
-rw-r--r-- 126453 version2.scf
-rw-r--r-- 126454 version3.scf
-rw-r--r-- 6682 wellcome_tol.nhx
-rwxr-xr-x 2462145 withrefm.906
-rw-r--r-- 4351 worm_fam_2785.cdna
-rw-r--r-- 13554 yeast.tRNAscanSE
-rw-r--r-- 5901 yn00.mlc
-rw-r--r-- 29012 yn00_45.mlc