scripts/tree/nexus2nh.PLS

   1 #!perl -w
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 nexus2nh - convert nexus format trees (from PAUP* and MrBayes) to new hampshire
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   7 =head1 SYNOPSIS
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   9  nexus2nh file.nexus > file.nh
  10
  11  # OR pipe in through STDIN
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  13  cat file.nexus | nexus2nh > file.nh
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  15  # OR specify an output
  16
  17  nexus2nh -o file.nh file.nexus
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  19 =head1 DESCRIPTION
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  21 Convert Nexus Tree files into Newick/New Hampshire format tree files.
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  24 =cut
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  26 use strict;
  27 use Bio::TreeIO;
  28 use Getopt::Long;
  29
  30 my $outfile;
  31
  32 GetOptions('o|out|outfile:s' => \$outfile);
  33
  34 my $in = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus', -fh => \*ARGV);
  35 my $out;
  36 if( $outfile ) {
  37     $out= Bio::TreeIO->new(-format => 'newick',
  38                            -file   => ">$outfile");
  39 } else {
  40     # write to STDOUT
  41     $out= Bio::TreeIO->new(-format => 'newick');
  42 }
  43
  44 while( my $t = $in->next_tree ) {
  45     $out->write_tree($t);
  46 }