.travis.yml

   1 language: perl
   2 perl:
   3   - "5.18"
   4   #- "5.16"
   5   #- "5.14"
   6   #- "5.12"
   7   #- "5.10"
   8
   9 env: PERL_CPANM_OPT="--notest --force --skip-satisfied"
  10
  11 before_install:
  12     - "bash ./travis_scripts/samtools_install"
  13
  14 install:
  15     #This should solve problem installing Perl's DB_File & GraphViz
  16     - "sudo apt-get install libdb-dev graphviz libgd2-xpm-dev libxml2-dev 2>&1 | tail -n 4"
  17     #These are recommended or required Perl libraries:
  18     - "cpanm GD 2>&1 | tail -n 1"
  19     - "cpanm HTML::TableExtract DBI Data::Stag DB_File 2>&1 | tail -n 1"
  20     - "cpanm DBD::mysql DBD::Pg DBD::SQLite 2>&1 | tail -n 1"
  21     - "cpanm Algorithm::Munkres Array::Compare Convert::Binary::C Error 2>&1 | tail -n 1"
  22     - "cpanm Graph SVG SVG::Graph GraphViz 2>&1 | tail -n 1"
  23     - "cpanm XML::DOM::XPath XML::Parser XML::Parser::PerlSAX 2>&1 | tail -n 1"
  24     - "cpanm XML::SAX XML::SAX::Writer XML::Simple XML::LibXML XML::Twig XML::Writer 2>&1 | tail -n 1"
  25     - "cpanm PostScript::TextBlock Set::Scalar Sort::Naturally YAML | tail -n 1"
  26     - "cpanm Math::Random SOAP::Lite Spreadsheet::ParseExcel | tail -n 1"
  27     - "cpanm Bio::Phylo | tail -n 1"
  28     - "cpanm Bio::ASN1::EntrezGene 2>&1 | tail -n 1"
  29     - "export SAMTOOLS=$( pwd )/samtools; cpanm -v Bio::DB::Sam"
  30     #for some reason tests and deps aren't skipped here.  Will have to look into it more...
  31     #git repos, seems to only work for simple checkouts, so pure perl only (TODO: look into before_script for more detail)
  32     - "git clone https://github.com/bioperl/Bio-Root.git; export PERL5LIB=$( pwd )/Bio-Root/lib:$PERL5LIB"
  33     #This installs BioPerl itself:
  34     - "perl ./Build.PL --accept"
  35
  36 script:
  37     - "./Build test"
  38
  39 #TODO - send emails to bioperl-guts-l
  40 notifications:
  41   email: false
  42
  43 # whitelist branches
  44 branches:
  45   only:
  46     - master
  47     - topic/travis-scripts