Added a test for Bio::Index::Hmmer at Index.t, which was not being tested
[bioperl-live.git] / AUTHORS
blobb6d8785a5f9bbb05ad9dee25ca632c430c5fa0bc
1 =head1 PRIMARY AUTHORS AND MAJOR CONTRIBUTORS TO BIOPERL
3 =head2 Releases co-ordinated and submitted by bioperl core devs.
5 =over
7 =item * Sendu Bala <bix at sendu.me.uk>
9 =item * Chris Dagdigian <dag at sonsorol.org>
11 =item * Christopher Fields <cjfields at bioperl.org>
13 =item * Mark Jensen <maj@fortinbras.us>
15 =item * Hilmar Lapp <hlapp at gmx.net>
17 =item * Heikki Lehväslaiho <heikki at ebi.ac.uk>
19 =item * Aaron Mackey <amackey at pcbi.upenn.edu>
21 =item * Brian Osborne <bosborne at bioteam.net>
23 =item * Jason Stajich <jason at bioperl.org>
25 =item * Lincoln Stein <lstein at cshl.org>
27 =back
29 =head2 Previous Bioperl Coordinators:
31 =over
33 =item * Ewan Birney <birney at ebi.ac.uk>
35 =item * Steven Brenner <brenner at compbio.berkeley.edu>
37 =item * Georg Fuellen <fuellen at alum.mit.edu>
39 =item * Steve Chervitz <sac at bioperl.org>
41 =back
43 =head2 Major Contributors
45 (Feel free to add descriptions of which modules you are responsible
46 for if you see fit)
48 =over
50 =item * Richard Adams <Richard.Adams at ed.ac.uk>
52 =item * Shuly Avraham <avraham at cshl.org> - Bio::Graphics::Glyph
54 =item * Peter Blaiklock <pblaiklo at restrictionmapper.org>
56 =item * Benjamin Berman <benb at fruitfly.berkeley.edu>
58 =item * Matthew Betts <Matthew.Betts at ii.uib.no>
60 =item * David Block <dblock at gnf.org>
62 =item * Kris Boulez <kris.boulez at algonomics.com>
64 =item * Tim Bunce <Tim.Bunce at pobox.com> - code optimizations
66 =item * Scott Cain <scott at scottcain.net> - Bio::Graphics::Glyph, Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg, GFF related tools and scripts
68 =item * Yee Man Chan <ymc at yahoo.com> - Bio::Tools::dpAlign
70 =item * Brad Chapman <chapmanb at arches.uga.edu>
72 =item * Roy R. Chaudhuri <roy.chaudhuri at gmail.com> - Bio::SeqUtils Bio::Align::Utilities
74 =item * Michele Clamp <michele at sanger.ac.uk>
76 =item * Malcolm Cook <mec at stowers-institute.org>
78 =item * Tony Cox <avc at sanger.ac.uk>
80 =item * James Cuff <james at sanger.ac.uk>
82 =item * Andrew Dalke <dalke at acm.org>
84 =item * Allen Day <allenday at ucla.edu>
86 =item * Jared Fox <jaredfox at ucla.edu> - Bio::SeqIO::interpro
88 =item * Brian O'Connor <boconnor at ucla.edu> - Bio::TreeIO::svggraph
90 =item * James Diggans <JDiggans at genelogic.com>
92 =item * Peter Dimitrov <dimitrov at gnf.org> - Bio::Ontology
94 =item * Rich Dobson <r.j.dobson at qmul.ac.uk> - Bio::PopGen::IO::hapmap,phase
96 =item * Paul Edlefsen <pedlefsen at systemsbiology.org>
98 =item * Rob Edwards <redwards at utmem.edu> - Bio::Restriction
100 =item * Arne Elofsson <arne at sbc.su.se>
102 =item * David Evans <David.Evans at vir.gla.ac.uk>
104 =item * Mark Fiers <M.W.E.J.Fiers at plant.wag-ur.nl>
106 =item * The Fugu Team <fuguteam at fugu-sg.org>
108 =item * Luc Gauthier <lgauthie at hotmail.com>
110 =item * James Gilbert <jgrg at sanger.ac.uk>
112 =item * Nat Goodman
114 =item * Ed Green <ed at compbio.berkeley.edu>
116 =item * Matthew Hahn <matthew.hahn at duke.edu>
118 =item * Roger Hall <roger at iosea.com>
120 =item * Todd Harris <harris at cshl.org> - SVG support in Bio::Graphics
122 =item * Mauricio Herrera Cuadra <mauricio at open-bio.org>
124 =item * Ian Holmes <ihn at fruitfly.org>
126 =item * Shawn Hoon <shawnh at fugu-sg.org>
128 =item * Robert Hubley <rhubley at systemsbiology.org>
130 =item * Joseph Insana <insana at ebi.ac.uk> - Bio::LiveSeq
132 =item * Donald Jackson <donald.jackson at bms.com> - SiRNA
134 =item * Keith James <kdj at sanger.ac.uk> - Bio::Tools::Geneid
136 =item * Mark A. Jensen <maj at fortinbras.us> - Bio::DB::HIVQuery, Bio::Search::Tiling
138 =item * Nicolas Joly <njoly at pasteur.fr> 
140 =item * Ian Korf <ikorf at sapiens.wustl.edu>
142 =item * Dan Kortschak <kortschak at rsbs.anu.edu.au>
144 =item * Arek Kasprzyk <arek at ebi.ac.uk>
146 =item * Andreas Kähäri <andreas.kahari at ebi.ac.uk>
148 =item * Charles C. Kim <cckim at stanford.edu>
150 =item * Stefan Kirov <skirov at utk.edu> - Bio::Matrix::PSM
152 =item * Balamurugan Kumarasamy <savikalpa at fugu-sg.org>
154 =item * Josh Lauricha <laurichj at cs.ucr.edu> - Bio::SeqIO::tigr
156 =item * Eckhard Lehmann <ecky at e-lehmann.de>
158 =item * Catherine Letondal <letondal at pasteur.fr>
160 =item * Philip Lijnzaad <p.lijnzaad at med.uu.nl>
162 =item * Brad Marshall <bradmars at yahoo.com>
164 =item * Chad Matsalla <chad at dieselwurks.com>
166 =item * Andrew Macgregor <andrew at anatomy.otago.ac.nz>
168 =item * Sheldon McKay <mckays at cshl.edu>
170 =item * Dave Messina <dmessina at cpan.org> - Deobfuscator, judicious meddling
172 =item * Chase Miller <chmille4 at gmail.com> - Bio::Nexml and related IO modules
174 =item * Juha Muilu <muilu at ebi.ac.uk>
176 =item * Chris Mungall <cjm at fruitfly.org>
178 =item * Giri Narasimhan <giri at cs.fiu.edu>
180 =item * Xiaokang Pan <pan at cshl.org> - Bio::Graphics::Glyph
182 =item * Jong Park
184 =item * Matthew Pocock <matthew_pocock at yahoo.co.uk>
186 =item * Lorenz Pollack <lorenz at ist.org> -- BPlite porting
188 =item * Richard Resnick -- original Bio::Seq
190 =item * Todd Richmond <todd at andrew2.stanford.edu>
192 =item * Peter Schattner <schattner at alum.mit.edu>
194 =item * Torsten Seemann <torsten.seemann at infotech.monash.edu.au> -- Bio::Tools::Run::StandaloneBlast
196 =item * Martin Senger <senger at ebi.ac.uk> -- Bio::Biblio
198 =item * Nigam Shah <nigam at psu.edu>
200 =item * Shengqiang Shu <sshu at bdgp.lbl.gov> - Bio::Graphics::Glyph
202 =item * Allen Smith <allens at cpan.org> -- Bio::Matrix and Bio::SimpleAlign fixes
204 =item * Marc Sohrmann <ms2 at sanger.ac.uk>
206 =item * Robson Francisco de Souza <robfsouza at gmail.com> - Bio::Assembly
208 =item * Mark Southern <mark_southern at merck.com>
210 =item * Will Spooner <whs at sanger.ac.uk>
212 =item * Arne Stabenau <stabenau at ebi.ac.uk>
214 =item * Elia Stupka <elia at fugu-sg.org>
216 =item * Gert Thijs <gert.thijs at esat.kuleuven.ac.be> 
218 =item * James Thompson <tex at biosysadmin.com> - Bio::Matrix::PSM protein-related modules.
220 =item * Charles Tilford <tilfordc at bms.com>
222 =item * Anthony Underwood <aunderwood at phls.org.uk>
224 =item * Paul-Christophe Varoutas 
226 =item * Andrew G. Walsh <paeruginosa at hotmail.com>
228 =item * Kai Wang <tumorimmunology at yahoo.com>
230 =item * Gary Williams <G.Williams at hgmp.mrc.ac.uk>
232 =item * Mark Wilkinson <mwilkinson at gene.pbi.nrc.ca>
234 =item * Helge Weissig <helgew at sdsc.edu>
236 =item * Juguang Xiao <juguang at tll.org.sg>
238 =item * Alex Zelensky <alex_zelensky at mac.com> - Bioperl-DB 
240 =item * Peili Zhang <peili at morgan.harvard.edu>
242 =item * Christian M. Zmasek <czmasek at gnf.org> - Bio::Phenotype & Bio::Ontology
244 =back