t/rnamotif.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 116,
  11                -requires_module => 'Bio::Tools::RNAMotif');
  12
  13     use_ok('Bio::Tools::ERPIN');
  14     use_ok('Bio::Tools::Infernal');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 ### RNAMotif.pm tests ###
  20
  21 my $parser = Bio::Tools::RNAMotif->new(
  22                 -verbose => $verbose,
  23         -file => test_input_file('trna.strict.rnamotif'),
  24         -motiftag => 'tRNA_gene',
  25         -desctag => 'tRNA');
  26
  27 my @genes;
  28 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
  29     push @genes, $gene;
  30 }
  31
  32
  33 my $val;
  34 is($genes[1]->display_name, 'tRNA','RNAMotif::display_name()');
  35 is($genes[12]->seq_id, 'M33910','RNAMotif::seq_id()');
  36 is($genes[6]->primary_tag, 'tRNA_gene','RNAMotif::primary_tag()');
  37 is($genes[22]->start, 464,'RNAMotif::start()');
  38 is($genes[8]->end, 585,'RNAMotif::end()');
  39 is($genes[9]->strand, 1,'RNAMotif::strand()');
  40 is(($genes[90]->get_tag_values('sequence'))[0],
  41    'cggatt ta ttg ggcg taa a gggct cgtaggc ggctc'.
  42    ' gtcgcgtccggtgtgaaagtc catc gcttaac ggtg gatctg cgcc',
  43    "RNAMotif::get_tag_values('sequence')");
  44 is(($genes[90]->get_tag_values('descfile'))[0], 'trna.strict.descr',
  45    "RNAMotif::get_tag_values('descfile')");
  46 is(($genes[4]->get_tag_values('descline'))[0],
  47    'gi|173683|gb|M10671|ACSTRW Avian oncornavirus Trp-tRNA',
  48    "RNAMotif::get_tag_values('descline')");
  49 is(($genes[26]->get_tag_values('secstructure'))[0],
  50    'h5 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 h3 ss',
  51    "RNAMotif::get_tag_values('secstructure')");
  52 is($genes[4]->score, '0.000','RNAMotif::score()');
  53 is($genes[4]->source_tag, 'RNAMotif','RNAMotif::source_tag()');
  54
  55 @genes=();
  56
  57 $parser = Bio::Tools::RNAMotif->new(
  58                         -verbose => $verbose,
  59             -file => test_input_file('sprintf.rnamotif'),
  60             -motiftag => 'term',
  61             -desctag => 'stem_loop');
  62
  63 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
  64     push @genes, $gene;
  65 }
  66
  67 is($genes[1]->display_name, 'stem_loop','RNAMotif::display_name()');
  68 is($genes[12]->seq_id, 'M82700','RNAMotif::seq_id()');
  69 is($genes[6]->primary_tag, 'term','RNAMotif::primary_tag()');
  70 is($genes[22]->start, 141,'RNAMotif::start()');
  71 is($genes[8]->end, 154,'RNAMotif::end()');
  72 is($genes[9]->strand, -1,'RNAMotif::strand()');
  73 is(($genes[90]->get_tag_values('sequence'))[0], 'ggggaag cttg cttcccc',
  74    "RNAMotif::get_tag_values('sequence')");
  75 is(($genes[84]->get_tag_values('descfile'))[0], 'sprintf.descr',
  76    "RNAMotif::get_tag_values('descfile')");
  77 is(($genes[4]->get_tag_values('descline'))[0],
  78    'gi|173741|gb|M83548|AQF16SRRN Aquifex pyrophilus 16S ribosomal RNA (16S rRNA)',
  79    "RNAMotif::get_tag_values('descline')");
  80 is(($genes[26]->get_tag_values('secstructure'))[0], 'h5 ss h3',
  81    "RNAMotif::get_Annotations('secstructure')");
  82 is($genes[4]->score, '-12.100,5,gaaa','RNAMotif::score()');
  83 is($genes[4]->source_tag, 'RNAMotif','RNAMotif::source_tag()');
  84
  85 ### ERPIN.pm tests ###
  86
  87 @genes = ();
  88
  89 my @erpinstats = (
  90 ['30260185','5181155','5181183',1,'CTTT.aacc--.CAACC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',
  91  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
  92  '1.68e-05'],
  93 ['30260185','3709092','3709121',-1,'CTTT.taatt-.CAGTC.CTGTGA.GACCG.g.AAAG',
  94  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
  95  '5.61e-05'],
  96 ['30260185','3710524','3710553',-1,'TTTT.aaatg-.TAGTC.CTGTGA.GGCTG.c.CAAA',
  97  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
  98  '1.31e-04'],
  99 ['30260185','3711223','3711251',-1,'CTTT.aaca--.CAGCC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',
 100  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 101  '4.44e-06']
 102 );
 103
 104 $parser = Bio::Tools::ERPIN->new(
 105                         -verbose => $verbose,
 106             -file => test_input_file('testfile.erpin'),
 107             -motiftag => 'protein_bind',
 108                         -desctag =>  'pyrR_BL');
 109
 110 while( my $gene = $parser->next_prediction ) {
 111         my @stats = @{ shift @erpinstats };
 112         is($gene->display_name, 'pyrR_BL','ERPIN::display_name()');
 113         is($gene->seq_id, shift @stats,'ERPIN::seq_id()');
 114         is($gene->primary_tag, 'protein_bind','ERPIN::primary_tag()');
 115         is($gene->start, shift @stats,'ERPIN::start()');
 116         is($gene->end, shift @stats,'ERPIN::end()');
 117         is($gene->strand, shift @stats,'ERPIN::strand()');
 118         ($val) = $gene->get_tag_values('sequence');
 119         is($val, shift @stats, "ERPIN::get_tag_values('sequence')");
 120         eval {($val) = $gene->get_tag_values('descfile')}; # no descfile
 121         like($@, qr(asking for tag value that does not exist descfile));
 122         ($val) = $gene->get_tag_values('descline');
 123         is($val, shift @stats, "ERPIN::get_tag_values('descline')");
 124         eval {($val) = $gene->get_tag_values('secstructure')}; # no secstructure
 125         like($@, qr(asking for tag value that does not exist secstructure));
 126         is($gene->score, shift @stats,'ERPIN::score()');
 127         is($gene->source_tag, 'ERPIN','ERPIN::source_tag()');
 128 }
 129
 130 ### Infernal.pm tests ###
 131
 132 my @stats = (
 133 ['30260185','5181155','5181183',1,'CTTT.aacc--.CAACC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',0,
 134  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 135  0,'1.68e-05'],
 136 ['30260185','3709092','3709121',-1,'CTTT.taatt-.CAGTC.CTGTGA.GACCG.g.AAAG',0,
 137  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 138  0,'5.61e-05'],
 139 ['30260185','3710524','3710553',-1,'TTTT.aaatg-.TAGTC.CTGTGA.GGCTG.c.CAAA',0,
 140  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 141  0,'1.31e-04'],
 142 ['30260185','3711223','3711251',-1,'CTTT.aaca--.CAGCC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',0,
 143  'gi|30260185|gb|AE016879.1| Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 144  0,'4.44e-06']
 145 );
 146
 147 $parser = Bio::Tools::Infernal->new(
 148             -file => test_input_file('test.infernal'),
 149             -motiftag => 'misc_binding',
 150             -desctag => 'Purine riboswitch',
 151             -cm    => 'Purine',
 152             -rfam  =>  'RF00167',
 153             -minscore => 20);
 154
 155 my $gene = $parser->next_prediction;
 156 # get query (model) data
 157 is($gene->display_name, 'Purine riboswitch','Infernal::display_name()');
 158 is($gene->seq_id, 'RF00167','Infernal::seq_id()');
 159 is($gene->primary_tag, 'misc_binding','Infernal::primary_tag()');
 160 is($gene->source_tag, 'Infernal 0.71','Infernal::source_tag()');
 161 is($gene->start, '1','Infernal::start()');
 162 is($gene->end, '102','Infernal::end()');
 163 is($gene->strand, '0','Infernal::strand()');
 164 is($gene->score, '78.40','Infernal::strand()');
 165 # get hit data
 166 $gene->invert;
 167 is($gene->display_name, 'Purine riboswitch','Infernal::display_name()');
 168 is($gene->seq_id, '2239287','Infernal::seq_id()');
 169 is($gene->primary_tag, 'misc_binding','Infernal::primary_tag()');
 170 is($gene->source_tag, 'Infernal 0.71','Infernal::source_tag()');
 171 is($gene->start, '15589','Infernal::start()');
 172 is($gene->end, '15691','Infernal::end()');
 173 is($gene->strand, '1','Infernal::strand()');
 174 is($gene->score, '78.40','Infernal::strand()');
 175 ($val) = $gene->get_tag_values('model');
 176 is($val,
 177    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 178    "Infernal::get_tag_values('model')");
 179 ($val) = $gene->get_tag_values('midline');
 180 is($val,
 181    ' A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:GGCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++',
 182    "Infernal::get_tag_values('midline')");
 183 ($val) = $gene->get_tag_values('hit');
 184 is($val,
 185    'CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA',
 186    "Infernal::get_tag_values('hit')");
 187 ($val) = $gene->get_tag_values('secstructure');
 188 is($val,
 189    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::',
 190    "Infernal::get_tag_values('secstructure')");
 191 ($val) = $gene->get_tag_values('seq_name'),
 192 is($val, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115',
 193    "Infernal::get_tag_values('seq_name')");
 194
 195 $gene = $parser->next_prediction;
 196 # get query (model) data
 197 is($gene->display_name, 'Purine riboswitch','Infernal::display_name()');
 198 is($gene->seq_id, 'RF00167','Infernal::seq_id()');
 199 is($gene->primary_tag, 'misc_binding','Infernal::primary_tag()');
 200 is($gene->source_tag, 'Infernal 0.71','Infernal::source_tag()');
 201 is($gene->start, '1','Infernal::start()');
 202 is($gene->end, '102','Infernal::end()');
 203 is($gene->strand, '0','Infernal::strand()');
 204 is($gene->score, '81.29','Infernal::strand()');
 205
 206 $gene->invert; # switch to get hit data
 207 is($gene->display_name, 'Purine riboswitch','Infernal::display_name()');
 208 is($gene->seq_id, '2239287','Infernal::seq_id()');
 209 is($gene->primary_tag, 'misc_binding','Infernal::primary_tag()');
 210 is($gene->source_tag, 'Infernal 0.71','Infernal::source_tag()');
 211 is($gene->start, '11655','Infernal::start()');
 212 is($gene->end, '11756','Infernal::end()');
 213 is($gene->strand, '1','Infernal::strand()');
 214 is($gene->score, '81.29','Infernal::strand()');
 215 ($val) = $gene->get_tag_values('model');
 216 is($val,
 217    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 218    "Infernal::get_tag_values('model')");
 219 ($val) = $gene->get_tag_values('midline');
 220 is($val,
 221    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 222    "Infernal::get_tag_values('midline')");
 223 ($val) = $gene->get_tag_values('hit');
 224 is($val,
 225    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 226    "Infernal::get_tag_values('hit')");
 227 ($val) = $gene->get_tag_values('secstructure');
 228 is($val,
 229    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 230    "Infernal::get_tag_values('secstructure')");
 231 ($val) = $gene->get_tag_values('seq_name');
 232 is($val,
 233    'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115',
 234    "Infernal::get_tag_values('seq_name')");