t/Tools_sim4.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Tools_sim4.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     use lib 't/lib';
   7     use BioperlTest;
   8
   9     test_begin(-tests => 27);
  10
  11         use_ok('Bio::Tools::Sim4::Results');
  12 }
  13
  14 my $sim4 = Bio::Tools::Sim4::Results->new(-file=> test_input_file('sim4.rev'), -estisfirst=>0);
  15 ok ( $sim4, 'new Sim4 results instance') ;
  16
  17
  18 my $exonset = $sim4->next_exonset;
  19 my @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  20
  21 is (scalar(@exons), 10);
  22
  23 my $exon = 1;
  24 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'HSHNCPA1';
  25 like($exons[$exon]->seq_id(), qr/human/);
  26 is $exons[$exon]->strand(), -1;
  27 is $exons[$exon]->start(), 1048;
  28 is $exons[$exon]->end(), 1117;
  29 is $exons[$exon]->score, 93;
  30 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 1198;
  31
  32
  33 $sim4 = Bio::Tools::Sim4::Results->new(-file=> test_input_file('sim4.for.for'), -estisfirst=>0);
  34 ok ( $sim4, 'new Sim4 results instance') ;
  35
  36 $exonset = $sim4->next_exonset;
  37 @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  38
  39 is (scalar(@exons), 4);
  40
  41 $exon = 1;
  42 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'hs_est';
  43 is $exons[$exon]->seq_id(), 'human';
  44 is $exons[$exon]->strand(), 1;
  45 is $exons[$exon]->start(), 1377;
  46 is $exons[$exon]->end(), 1500;
  47 is $exons[$exon]->score, 99;
  48 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 479;
  49
  50 ok($sim4->next_exonset);
  51 @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  52
  53 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'hs_est';
  54 is $exons[$exon]->seq_id(), 'human';
  55 is $exons[$exon]->strand(), 1;
  56 is $exons[$exon]->est_hit->start(), 120;
  57 is $exons[$exon]->est_hit->end(), 243;
  58 is $exons[$exon]->score, 99;
  59 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 479;