t/SeqHound_DB.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 15,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)],
  12                            -requires_networking => 1);
  13
  14         use_ok('Bio::DB::SeqHound');
  15 }
  16
  17 END {
  18         unlink $Bio::DB::SeqHound::LOGFILENAME if -f $Bio::DB::SeqHound::LOGFILENAME;
  19 }
  20
  21 my $verbose = test_debug();
  22
  23 my ($db,$seq,$seqio);
  24 # get a single seq
  25
  26 $seq = $seqio = undef;
  27
  28 SKIP: {
  29     $db = Bio::DB::SeqHound->new(-verbose=>$verbose);
  30     eval {ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('J00522')));};
  31         skip('Could not connect to seqhound, skipping tests', 10) if $@;
  32     is( $seq->length, 408);
  33     ok defined ($db->request_format('fasta'));
  34     eval {ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('NP_862707')));};
  35         skip('Could not connect to seqhound, skipping tests', 7) if $@;
  36     is( $seq->accession, 'NP_862707');
  37     is( $seq->length, 227);
  38     ok( defined($db = Bio::DB::SeqHound->new(-verbose=>$verbose,
  39                                         -retrievaltype => 'tempfile')));
  40     eval {ok(defined($seqio = $db->get_Stream_by_id(['BTACHRE'])));};
  41         skip('Could not connect to seqhound, skipping tests', 3) if $@;
  42     undef $db; # testing to see if we can remove db
  43     ok( defined($seq = $seqio->next_seq()));
  44     is( $seq->length, 1621);
  45 }
  46
  47 $seq = $seqio = undef;
  48
  49 SKIP: {
  50     $db = Bio::DB::SeqHound->new(-verbose => $verbose,
  51                             -retrievaltype => 'tempfile',
  52                             -format => 'genbank'
  53                             );
  54     eval {ok( defined($seqio = $db->get_Stream_by_acc(['J00522', 'AF303112', 'J02231'])));};
  55         skip('Could not connect to seqhound for batch test, skipping tests', 4) if $@;
  56         is($seqio->next_seq->length, 408);
  57     is($seqio->next_seq->length, 1611);
  58     is($seqio->next_seq->length, 200);
  59 }