t/SearchIO_sim4.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Sim4.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     use lib 't/lib';
   7     use BioperlTest;
   8
   9     test_begin(-tests => 102);
  10
  11         use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 # parse align format 0
  15 my $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
  16                                -file   => test_input_file('crypto.sim4-0')
  17                                );
  18 my $r = $parser->next_result;
  19 is ($r->query_name, 'cn416');
  20 is ($r->query_length, 630);
  21
  22 my $hit = $r->next_hit;
  23 is ($hit->name, 'Contig147');
  24 is ($hit->description, 'Contig147.fa');
  25 is ($hit->length, 1086);
  26
  27 my $hsp = $hit->next_hsp;
  28 is ($hsp->query->start, 36);
  29 is ($hsp->query->end, 132);
  30 is ($hsp->query->strand, 1);
  31 is ($hsp->hit->start, 191);
  32 is ($hsp->hit->end, 286);
  33 is ($hsp->hit->strand, 1);
  34
  35 $hsp = $hit->next_hsp;
  36 is ($hsp->query->start, 133);
  37 is ($hsp->query->end, 191);
  38 is ($hsp->query->strand, 1);
  39 is ($hsp->hit->start, 343);
  40 is ($hsp->hit->end, 401);
  41 is ($hsp->hit->strand, 1);
  42
  43 # parse align format 3
  44 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
  45                             -file   => test_input_file('crypto.sim4-3')
  46                             );
  47 $r = $parser->next_result;
  48 is ($r->query_name, 'cn416');
  49 is ($r->query_length, 630);
  50 $hit = $r->next_hit;
  51 is ($hit->name, 'Contig147');
  52 is ($hit->description, 'Contig147.fa');
  53 is ($hit->length, 1086);
  54
  55 $hsp = $hit->next_hsp;
  56 is ($hsp->query->start, 36);
  57 is ($hsp->query->end, 132);
  58 is ($hsp->query->strand, 1);
  59 is ($hsp->hit->start, 191);
  60 is ($hsp->hit->end, 286);
  61 is ($hsp->hit->strand, 1);
  62
  63 $hsp = $hit->next_hsp;
  64 is ($hsp->query->start, 133);
  65 is ($hsp->query->end, 191);
  66 is ($hsp->query->strand, 1);
  67 is ($hsp->hit->start, 343);
  68 is ($hsp->hit->end, 401);
  69 is ($hsp->hit->strand, 1);
  70
  71 # parse align format 4
  72 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
  73                             -file   => test_input_file('crypto.sim4-4')
  74                             );
  75 $r = $parser->next_result;
  76 is ($r->query_name, 'cn416');
  77 is ($r->query_length, 630);
  78
  79 $hit = $r->next_hit;
  80 is ($hit->name, 'Contig147');
  81 is ($hit->length, 1086);
  82
  83 $hsp = $hit->next_hsp;
  84 is ($hsp->query->start, 36);
  85 is ($hsp->query->end, 132);
  86 is ($hsp->query->strand, 1);
  87 is ($hsp->hit->start, 191);
  88 is ($hsp->hit->end, 286);
  89 is ($hsp->hit->strand, 1);
  90
  91 $hsp = $hit->next_hsp;
  92 is ($hsp->query->start, 133);
  93 is ($hsp->query->end, 191);
  94 is ($hsp->query->strand, 1);
  95 is ($hsp->hit->start, 343);
  96 is ($hsp->hit->end, 401);
  97 is ($hsp->hit->strand, 1);
  98
  99
 100 # do the other sim4 files
 101 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
 102                             -file   => test_input_file('sim4.rev')
 103                             );
 104 $r = $parser->next_result;
 105 is ($r->query_name, '/nfs/disk21/birney/prog/wise2/example/human.rev');
 106 is ($r->query_length, 5368);
 107 $hit = $r->next_hit;
 108 is ($hit->name, 'HSHNCPA1');
 109 is ($hit->description, 'temp.cdna');
 110 is ($hit->length, 1198);
 111
 112 $hsp = $hit->next_hsp;
 113 is ($hsp->query->start, 486);
 114 is ($hsp->query->end, 503);
 115 is ($hsp->query->strand, 1);
 116 is ($hsp->hit->start, 10);
 117 is ($hsp->hit->end, 27);
 118 is ($hsp->hit->strand, -1);
 119
 120 $hsp = $hit->next_hsp;
 121 is ($hsp->query->start, 1048);
 122 is ($hsp->query->end, 1117);
 123 is ($hsp->query->strand, 1);
 124 is ($hsp->hit->start, 194);
 125 is ($hsp->hit->end, 265);
 126 is ($hsp->hit->strand, -1);
 127
 128 # do the other sim4 files fwd
 129 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
 130                             -file   => test_input_file('sim4.for.for')
 131                             );
 132 $r = $parser->next_result;
 133 is ($r->query_name, 'human.genomic');
 134 is ($r->query_length, 5368);
 135 $hit = $r->next_hit;
 136 is ($hit->name, 'hs_est');
 137 is ($hit->description, 'est.for');
 138 is ($hit->length, 479);
 139
 140 $hsp = $hit->next_hsp;
 141 is ($hsp->query->start, 695);
 142 is ($hsp->query->end, 813);
 143 is ($hsp->query->strand, 1);
 144 is ($hsp->hit->start, 1);
 145 is ($hsp->hit->end, 119);
 146 is ($hsp->hit->strand, 1);
 147
 148 $hsp = $hit->next_hsp;
 149 is ($hsp->query->start, 1377);
 150 is ($hsp->query->end, 1500);
 151 is ($hsp->query->strand, 1);
 152 is ($hsp->hit->start, 120);
 153 is ($hsp->hit->end, 243);
 154 is ($hsp->hit->strand, 1);
 155
 156 # do the other sim4 files fwd rev
 157 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
 158                             -file   => test_input_file('sim4.for.rev')
 159                             );
 160 $r = $parser->next_result;
 161 is ($r->query_name, 'human.genomic');
 162 is ($r->query_length, 5368);
 163 $hit = $r->next_hit;
 164 is ($hit->name, 'REVCOMP');
 165 is ($hit->description, 'hn_est.rev');
 166 is ($hit->length, 479);
 167
 168 $hsp = $hit->next_hsp;
 169 is ($hsp->query->start, 695);
 170 is ($hsp->query->end, 813);
 171 is ($hsp->query->strand, 1);
 172 is ($hsp->hit->start, 1);
 173 is ($hsp->hit->end, 119);
 174 is ($hsp->hit->strand, -1);
 175
 176 $hsp = $hit->next_hsp;
 177 is ($hsp->query->start, 1377);
 178 is ($hsp->query->end, 1500);
 179 is ($hsp->query->strand, 1);
 180 is ($hsp->hit->start, 120);
 181 is ($hsp->hit->end, 243);
 182 is ($hsp->hit->strand, -1);