t/SearchIO_erpin.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_erpin.t 14672 2008-04-22 21:42:50Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 91);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ($searchio, $result, $iter, $hit, $hsp, $algorithm, $meta);
  16
  17 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'erpin',
  18                                 -file   => test_input_file('testfile.erpin'),
  19                                 -model => 'stem-loop',
  20                                 -query_acc => 'test',
  21                                 -version => 5.5,
  22                                 -verbose => 2
  23                                );
  24 $result = $searchio->next_result;
  25 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
  26 $algorithm = $result->algorithm;
  27 is($result->algorithm, 'ERPIN', "Result $algorithm");
  28 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
  29 is($result->algorithm_version, 5.5, "Result $algorithm version");
  30 is($result->available_parameters, 2, "Result parameters");
  31 is($result->available_statistics, 1, "Result statistics");
  32 is($result->database_entries, '', "Result entries");
  33 is($result->database_letters, '', "Result letters");
  34 is($result->database_name, 'AE016879.fna', "Result database_name");
  35 is($result->num_hits, 1, "Result num_hits");
  36 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
  37 is($result->query_accession, 'test', "Result query_accession");
  38 is($result->query_description, '40 sequences of length 43', "Result query_description");
  39 is($result->query_name, '/home/Administrator/pyrR.epn', "Result query_name");
  40
  41 $hit = $result->next_hit;
  42 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
  43 is($hit->accession, 'AE016879.1', "Hit accession");
  44 is($hit->ncbi_gi, '30260185', "Hit GI");
  45 is($hit->algorithm, 'ERPIN', "Hit algorithm");
  46 is($hit->bits, 31.64, "Hit bits");
  47 is($hit->description, 'Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
  48    "Hit description"); # no hit descs yet
  49 is($hit->length, 0, "Hit length");
  50 is($hit->locus, '', "Hit locus");
  51 is($hit->n, 4, "Hit n");
  52 is($hit->name, 'gi|30260185|gb|AE016879.1|', "Hit name");
  53 is($hit->num_hsps, 4, "Hit num_hsps");
  54 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
  55 is($hit->query_length, undef, "Hit query_length");
  56 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
  57 is($hit->raw_score, 31.64, "Hit raw_score");
  58 is($hit->score, 31.64, "Hit score");
  59 is($hit->significance, '4.44e-06', "Hit significance");
  60
  61 $hsp = $hit->next_hsp;
  62 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
  63 is($hsp->algorithm, 'ERPIN', "HSP algorithm");
  64 is($hsp->evalue, '1.68e-05', "HSP evalue");
  65 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
  66 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
  67 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
  68 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
  69 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
  70 is($hsp->hit_string,
  71    'CTTT.aacc--.CAACC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',
  72    "HSP hit_string");
  73 is($hsp->homology_string,
  74    '',
  75    "HSP homology_string");
  76 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
  77 is($hsp->hsp_length, 37, "HSP hsp_length");
  78 is($hsp->length, 37, "HSP length");
  79 is($hsp->links, undef, "HSP links");
  80 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
  81 is($hsp->query_string,
  82    '',
  83    "HSP query_string");
  84 is($hsp->range, 37, "HSP range");
  85 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
  86 is($hsp->significance, '1.68e-05', "HSP significance");
  87 is($hsp->expect, '1.68e-05', "HSP expect");
  88 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
  89 is($hsp->seq_str,
  90    '',
  91    "HSP seq_str");
  92 is($hsp->start, 1, "HSP start");
  93 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
  94 is($hsp->meta, undef, "HSP meta");
  95 is($hsp->meta, undef);
  96 is($hsp->meta, undef);
  97 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
  98 is($hsp->meta, undef);
  99 is($hsp->meta, undef);
 100
 101 # ERPIN lacks sequence for query, will spit back a warning..
 102 eval{$hsp->get_aln};
 103 like($@, qr'Missing query string, can\'t build alignment','ERPIN get_aln warning');
 104
 105 $hsp = $hit->next_hsp;
 106 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 107 is($hsp->algorithm, 'ERPIN', "HSP algorithm");
 108 is($hsp->evalue, '5.61e-05', "HSP evalue");
 109 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 110 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 111 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 112 is($hsp->gaps, 1, "HSP gaps");
 113 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 114 is($hsp->hit_string,
 115    'CTTT.taatt-.CAGTC.CTGTGA.GACCG.g.AAAG',
 116    "HSP hit_string");
 117 is($hsp->homology_string,
 118    '',
 119    "HSP homology_string");
 120 is($hsp->query_string,
 121    '',
 122    "HSP query_string");
 123 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 124 is($hsp->hsp_length, 37, "HSP hsp_length");
 125 is($hsp->length, 37, "HSP length");
 126 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 127 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 128 is($hsp->range, 37, "HSP range");
 129 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 130 is($hsp->significance, '5.61e-05', "HSP significance");
 131 is($hsp->end, 37, "HSP end");
 132 is($hsp->expect, '5.61e-05', "HSP expect");
 133 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 134 is($hsp->seq_str,   '',   "HSP seq_str");
 135 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 136 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 137 is($hsp->meta, undef);
 138 is($hsp->meta, undef);
 139 is($hsp->strand('hit'), -1, "HSP strand");