t/MapIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 51);
  11
  12         use_ok('Bio::MapIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 ok my $mapio = Bio::MapIO->new(-verbose => $verbose,
  18                                                                                 -format => 'mapmaker',
  19                                                                                 -file   => test_input_file('mapmaker.out'));
  20
  21 my $map = $mapio->next_map;
  22
  23 isa_ok($map, 'Bio::Map::MapI');
  24
  25 is $map->units, 'cM';
  26 is $map->type, 'Genetic';
  27 is $map->name('test map'), 'test map'; # map name is unset for this data type
  28
  29 my $count;
  30 foreach my $marker ( $map->each_element ) {
  31         $count++;
  32         is($marker->position->order,$count);
  33 }
  34 is $count,18;
  35
  36 ok $mapio = Bio::MapIO->new(-format => 'mapmaker',
  37                                                                         -file   => test_input_file('mapmaker.txt'));
  38
  39 $map = $mapio->next_map;
  40 is $map->length,382.5;
  41
  42 $count = 0;
  43 foreach my $marker ( $map->each_element ) {
  44         $count++;
  45         is($marker->position->order,$count);
  46 }
  47 is $count,13;
  48
  49 ok $mapio = Bio::MapIO->new(-format => 'fpc',
  50                                                                         -file   => test_input_file('ctgdemo.fpc'));
  51
  52 $map = $mapio->next_map;
  53
  54 is($map->length, 0);
  55 is($map->version, 7.2);
  56 is($map->modification_user, 'cari');
  57 is($map->group_type, 'Chromosome');
  58 is($map->group_abbr, 'Chr');
  59 is($map->core_exists, 0);
  60
  61 $count = 0;
  62 foreach my $marker ($map->each_markerid) {
  63         $count++;
  64 }
  65
  66 is($count,150);
  67
  68 # add tests for get_markerobj
  69
  70 $count = 0;
  71 foreach my $clone ($map->each_cloneid) {
  72         $count++;
  73 }
  74
  75 is($count,618);
  76
  77 # add tests for get_cloneobj
  78
  79 $count = 0;
  80 foreach my $contig ($map->each_contigid) {
  81         $count++;
  82 }
  83
  84 is($count,2);
  85
  86 # add tests for get_contigobj
  87
  88 # need tests for
  89 # matching_bands
  90 # coincidence_score
  91 # print_contiglist
  92 # print_markerlist
  93 # print_gffstyle