t/DBFasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 BEGIN {
   6     use lib 't/lib';
   7         use BioperlTest;
   8
   9         test_begin(-tests => 14,
  10                            -requires_module => 'Bio::DB::Fasta');
  11
  12         use_ok('Bio::Root::IO');
  13         use_ok('File::Copy');
  14 }
  15
  16 my $DEBUG = test_debug();
  17
  18 # this obfuscation is to deal with lockfiles by GDBM_File which can
  19 # only be created on local filesystems apparently so will cause test
  20 # to block and then fail when the testdir is on an NFS mounted system
  21
  22 my $io = Bio::Root::IO->new(-verbose => $DEBUG);
  23 my $tempdir = $io->tempdir('CLEANUP' => 1);
  24 my $test_dbdir = $io->catfile($tempdir, 'dbfa');
  25 mkdir($test_dbdir); # make the directory
  26 my $indir = test_input_file('dbfa');
  27 opendir(INDIR,$indir) || die("cannot open dir $indir");
  28 # effectively do a cp -r but only copy the files that are in there, no subdirs
  29 for my $file ( map { $io->catfile($indir,$_) } readdir(INDIR) ) {
  30         next unless (-f $file );
  31         copy($file, $test_dbdir);
  32 }
  33 closedir(INDIR);
  34
  35 # now use this temporary dir for the db file
  36 my $db = Bio::DB::Fasta->new($test_dbdir, -reindex => 1);
  37 ok($db);
  38 cmp_ok($db->length('CEESC13F'), '>', 0);
  39 is(length $db->seq('CEESC13F:1,10'), 10);
  40 is(length $db->seq('AW057119',1,10), 10);
  41 my $primary_seq = $db->get_Seq_by_id('AW057119');
  42 ok($primary_seq);
  43 cmp_ok(length($primary_seq->seq), '>', 0);
  44 ok(!defined $db->get_Seq_by_id('foobarbaz'));
  45 undef $db;
  46 undef $primary_seq;
  47
  48 my (%h,$dna1,$dna2);
  49 ok(tie(%h,'Bio::DB::Fasta',$test_dbdir));
  50 ok($h{'AW057146'});
  51 ok($dna1 = $h{'AW057146:1,10'});
  52 ok($dna2 = $h{'AW057146:10,1'});
  53
  54 my $revcom = reverse $dna1;
  55 $revcom =~ tr/gatcGATC/ctagCTAG/;
  56 is($dna2, $revcom);